MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI02

Total Repeats: 40

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013207	CAAAC	2	10	1957	1966	60 %	0 %	0 %	40 %	257793044
2	NC_013207	ACGAA	2	10	2178	2187	60 %	0 %	20 %	20 %	257793045
3	NC_013207	TCGAT	2	10	2585	2594	20 %	40 %	20 %	20 %	257793046
4	NC_013207	ACGCG	2	10	5320	5329	20 %	0 %	40 %	40 %	257793049
5	NC_013207	AAGCC	2	10	8354	8363	40 %	0 %	20 %	40 %	257793050
6	NC_013207	TTGGA	2	10	9344	9353	20 %	40 %	40 %	0 %	257793051
7	NC_013207	GTATG	2	10	11900	11909	20 %	40 %	40 %	0 %	257793052
8	NC_013207	GATTT	2	10	12057	12066	20 %	60 %	20 %	0 %	257793052
9	NC_013207	ACGCG	2	10	13915	13924	20 %	0 %	40 %	40 %	257793055
10	NC_013207	TAGTC	2	10	15059	15068	20 %	40 %	20 %	20 %	257793056
11	NC_013207	GGGAA	2	10	15125	15134	40 %	0 %	60 %	0 %	257793056
12	NC_013207	TGACG	2	10	24171	24180	20 %	20 %	40 %	20 %	257793065
13	NC_013207	TCCGA	2	10	24574	24583	20 %	20 %	20 %	40 %	257793065
14	NC_013207	TCGAA	2	10	28205	28214	40 %	20 %	20 %	20 %	257793066
15	NC_013207	GAACG	2	10	30898	30907	40 %	0 %	40 %	20 %	257793068
16	NC_013207	GATAT	2	10	33004	33013	40 %	40 %	20 %	0 %	257793071
17	NC_013207	GACAC	2	10	40137	40146	40 %	0 %	20 %	40 %	257793075
18	NC_013207	CGATT	2	10	45340	45349	20 %	40 %	20 %	20 %	257793084
19	NC_013207	GCGCC	2	10	47075	47084	0 %	0 %	40 %	60 %	257793086
20	NC_013207	CCGTC	2	10	48776	48785	0 %	20 %	20 %	60 %	257793087
21	NC_013207	CGGCA	2	10	49190	49199	20 %	0 %	40 %	40 %	257793087
22	NC_013207	CGATG	2	10	52626	52635	20 %	20 %	40 %	20 %	257793090
23	NC_013207	CTATC	2	10	52683	52692	20 %	40 %	0 %	40 %	257793090
24	NC_013207	CGAAG	2	10	54738	54747	40 %	0 %	40 %	20 %	257793092
25	NC_013207	GCCGC	2	10	58511	58520	0 %	0 %	40 %	60 %	257793099
26	NC_013207	ACTCC	2	10	59739	59748	20 %	20 %	0 %	60 %	257793101
27	NC_013207	TTTGC	2	10	61289	61298	0 %	60 %	20 %	20 %	257793102
28	NC_013207	CGGCG	2	10	67689	67698	0 %	0 %	60 %	40 %	257793106
29	NC_013207	GTACG	2	10	70265	70274	20 %	20 %	40 %	20 %	257793108
30	NC_013207	CGAAA	2	10	72665	72674	60 %	0 %	20 %	20 %	257793112
31	NC_013207	TGGAA	2	10	74503	74512	40 %	20 %	40 %	0 %	257793117
32	NC_013207	GACGC	2	10	74716	74725	20 %	0 %	40 %	40 %	257793118
33	NC_013207	GGAAG	2	10	76222	76231	40 %	0 %	60 %	0 %	257793119
34	NC_013207	GGCGC	2	10	77254	77263	0 %	0 %	60 %	40 %	257793121
35	NC_013207	GTTAG	2	10	79430	79439	20 %	40 %	40 %	0 %	257793123
36	NC_013207	CGCGC	2	10	79874	79883	0 %	0 %	40 %	60 %	257793125
37	NC_013207	GGCCC	2	10	82329	82338	0 %	0 %	40 %	60 %	257793128
38	NC_013207	GTTGA	2	10	84191	84200	20 %	40 %	40 %	0 %	257793129
39	NC_013207	TCTTT	2	10	85376	85385	0 %	80 %	0 %	20 %	257793131
40	NC_013207	GGGCG	2	10	86785	86794	0 %	0 %	80 %	20 %	257793133

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.