MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI02

Total Repeats: 224

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013207	AGTA	2	8	356	363	50 %	25 %	25 %	0 %	257793043
2	NC_013207	TATG	2	8	1267	1274	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013207	CAGT	2	8	2115	2122	25 %	25 %	25 %	25 %	257793045
4	NC_013207	GTCG	2	8	2220	2227	0 %	25 %	50 %	25 %	257793045
5	NC_013207	TTTG	2	8	2947	2954	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013207	GTAT	2	8	3000	3007	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013207	TCAT	2	8	3408	3415	25 %	50 %	0 %	25 %	257793048
8	NC_013207	CACG	2	8	3748	3755	25 %	0 %	25 %	50 %	257793048
9	NC_013207	GAAG	2	8	3814	3821	50 %	0 %	50 %	0 %	257793048
10	NC_013207	CCGA	2	8	4199	4206	25 %	0 %	25 %	50 %	257793048
11	NC_013207	CCAT	2	8	4817	4824	25 %	25 %	0 %	50 %	257793048
12	NC_013207	CGTG	2	8	4902	4909	0 %	25 %	50 %	25 %	257793049
13	NC_013207	CGAG	2	8	5265	5272	25 %	0 %	50 %	25 %	257793049
14	NC_013207	TGGA	2	8	5855	5862	25 %	25 %	50 %	0 %	257793049
15	NC_013207	CGGA	2	8	6273	6280	25 %	0 %	50 %	25 %	257793049
16	NC_013207	ATGG	2	8	7251	7258	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013207	CAGT	2	8	8293	8300	25 %	25 %	25 %	25 %	257793050
18	NC_013207	TCCA	2	8	8370	8377	25 %	25 %	0 %	50 %	257793050
19	NC_013207	ATGG	2	8	8892	8899	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013207	CATC	2	8	9219	9226	25 %	25 %	0 %	50 %	257793051
21	NC_013207	GGCA	2	8	9521	9528	25 %	0 %	50 %	25 %	257793051
22	NC_013207	TTCG	2	8	10454	10461	0 %	50 %	25 %	25 %	257793051
23	NC_013207	GCTG	2	8	10475	10482	0 %	25 %	50 %	25 %	257793051
24	NC_013207	GATG	2	8	11833	11840	25 %	25 %	50 %	0 %	257793052
25	NC_013207	CCGG	2	8	11960	11967	0 %	0 %	50 %	50 %	257793052
26	NC_013207	ATGT	2	8	12308	12315	25 %	50 %	25 %	0 %	257793052
27	NC_013207	GATG	2	8	12482	12489	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013207	TCGC	2	8	13109	13116	0 %	25 %	25 %	50 %	257793053
29	NC_013207	CGCT	2	8	13433	13440	0 %	25 %	25 %	50 %	257793053
30	NC_013207	CATT	2	8	13528	13535	25 %	50 %	0 %	25 %	257793054
31	NC_013207	GACG	2	8	14206	14213	25 %	0 %	50 %	25 %	257793055
32	NC_013207	AATG	2	8	14243	14250	50 %	25 %	25 %	0 %	257793055
33	NC_013207	CCCT	2	8	14260	14267	0 %	25 %	0 %	75 %	257793055
34	NC_013207	GGTT	2	8	14533	14540	0 %	50 %	50 %	0 %	257793055
35	NC_013207	ACCA	2	8	14585	14592	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_013207	GGTA	2	8	14750	14757	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013207	AAGG	2	8	14809	14816	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013207	ATGC	2	8	15462	15469	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_013207	CGAG	2	8	15534	15541	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_013207	GACC	2	8	15731	15738	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_013207	GGAA	2	8	15916	15923	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013207	AGCG	2	8	16168	16175	25 %	0 %	50 %	25 %	257793057
43	NC_013207	TGAA	2	8	16643	16650	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013207	CGAT	2	8	17021	17028	25 %	25 %	25 %	25 %	257793058
45	NC_013207	GTAC	2	8	17074	17081	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_013207	GCGG	2	8	17369	17376	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
47	NC_013207	CTTC	2	8	17433	17440	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_013207	CATA	2	8	17619	17626	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_013207	GGCC	2	8	18031	18038	0 %	0 %	50 %	50 %	257793059
50	NC_013207	TCGA	2	8	18042	18049	25 %	25 %	25 %	25 %	257793059
51	NC_013207	ATCA	2	8	18294	18301	50 %	25 %	0 %	25 %	257793059
52	NC_013207	CCCG	2	8	19126	19133	0 %	0 %	25 %	75 %	257793059
53	NC_013207	GACG	2	8	19635	19642	25 %	0 %	50 %	25 %	257793060
54	NC_013207	GGAC	2	8	19892	19899	25 %	0 %	50 %	25 %	257793060
55	NC_013207	AGTC	2	8	19940	19947	25 %	25 %	25 %	25 %	257793060
56	NC_013207	TCAT	2	8	20347	20354	25 %	50 %	0 %	25 %	257793060
57	NC_013207	GGCG	2	8	20508	20515	0 %	0 %	75 %	25 %	257793061
58	NC_013207	CATG	2	8	20840	20847	25 %	25 %	25 %	25 %	257793062
59	NC_013207	TCCG	2	8	21133	21140	0 %	25 %	25 %	50 %	257793062
60	NC_013207	CGTC	2	8	21295	21302	0 %	25 %	25 %	50 %	257793062
61	NC_013207	CTTA	2	8	21357	21364	25 %	50 %	0 %	25 %	257793062
62	NC_013207	GCCA	2	8	22202	22209	25 %	0 %	25 %	50 %	257793064
63	NC_013207	GCAT	2	8	22498	22505	25 %	25 %	25 %	25 %	257793064
64	NC_013207	TGCC	2	8	22660	22667	0 %	25 %	25 %	50 %	257793064
65	NC_013207	GTTT	2	8	23177	23184	0 %	75 %	25 %	0 %	257793064
66	NC_013207	ACGT	2	8	23473	23480	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_013207	ATAG	2	8	23634	23641	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013207	ATCG	2	8	23793	23800	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_013207	TTGT	2	8	24043	24050	0 %	75 %	25 %	0 %	257793065
70	NC_013207	GGCC	2	8	24114	24121	0 %	0 %	50 %	50 %	257793065
71	NC_013207	GTCG	2	8	24489	24496	0 %	25 %	50 %	25 %	257793065
72	NC_013207	CGTC	2	8	25118	25125	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_013207	GAAA	2	8	26799	26806	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013207	GCAC	2	8	27237	27244	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_013207	GATA	2	8	27366	27373	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013207	TTGA	2	8	27397	27404	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013207	GGTG	2	8	27528	27535	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013207	AATA	2	8	28061	28068	75 %	25 %	0 %	0 %	257793066
79	NC_013207	TGAG	2	8	28545	28552	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013207	GCTG	2	8	28618	28625	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_013207	ACAA	2	8	28958	28965	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_013207	GAAA	2	8	29388	29395	75 %	0 %	25 %	0 %	257793067
83	NC_013207	TTCG	2	8	29505	29512	0 %	50 %	25 %	25 %	257793067
84	NC_013207	GCGG	2	8	29745	29752	0 %	0 %	75 %	25 %	257793067
85	NC_013207	AATC	2	8	29938	29945	50 %	25 %	0 %	25 %	257793068
86	NC_013207	ACAG	2	8	30020	30027	50 %	0 %	25 %	25 %	257793068
87	NC_013207	TGAA	2	8	30623	30630	50 %	25 %	25 %	0 %	257793068
88	NC_013207	TCAT	2	8	30812	30819	25 %	50 %	0 %	25 %	257793068
89	NC_013207	TCAT	2	8	31235	31242	25 %	50 %	0 %	25 %	257793068
90	NC_013207	TCCA	2	8	31540	31547	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_013207	TGGA	2	8	32042	32049	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013207	TTTG	2	8	32067	32074	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013207	CCCT	2	8	32087	32094	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_013207	TCCC	2	8	32247	32254	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
95	NC_013207	TTCC	2	8	32480	32487	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_013207	GATG	2	8	32919	32926	25 %	25 %	50 %	0 %	257793071
97	NC_013207	ATTC	2	8	33064	33071	25 %	50 %	0 %	25 %	257793071
98	NC_013207	ATTG	2	8	33114	33121	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013207	AACG	2	8	33252	33259	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_013207	GAAT	2	8	33307	33314	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013207	TGCC	2	8	33438	33445	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_013207	CAAG	2	8	33724	33731	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_013207	TCGA	2	8	33850	33857	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_013207	TGCC	2	8	33961	33968	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_013207	AACG	2	8	34142	34149	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_013207	CGGA	2	8	34708	34715	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
107	NC_013207	GGTT	2	8	34720	34727	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013207	TAAA	2	8	34998	35005	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013207	CATG	2	8	35343	35350	25 %	25 %	25 %	25 %	257793072
110	NC_013207	TGTT	2	8	35410	35417	0 %	75 %	25 %	0 %	257793072
111	NC_013207	GACC	2	8	35597	35604	25 %	0 %	25 %	50 %	257793073
112	NC_013207	GAAG	2	8	36083	36090	50 %	0 %	50 %	0 %	257793073
113	NC_013207	TCTT	2	8	36456	36463	0 %	75 %	0 %	25 %	257793073
114	NC_013207	ATCG	2	8	37478	37485	25 %	25 %	25 %	25 %	257793074
115	NC_013207	ATCC	2	8	37986	37993	25 %	25 %	0 %	50 %	257793074
116	NC_013207	AGGA	2	8	38070	38077	50 %	0 %	50 %	0 %	257793074
117	NC_013207	TGGA	2	8	38775	38782	25 %	25 %	50 %	0 %	257793074
118	NC_013207	TTCT	2	8	38871	38878	0 %	75 %	0 %	25 %	257793074
119	NC_013207	GTGG	2	8	39028	39035	0 %	25 %	75 %	0 %	257793074
120	NC_013207	TCGT	2	8	39666	39673	0 %	50 %	25 %	25 %	257793074
121	NC_013207	TCGG	2	8	40892	40899	0 %	25 %	50 %	25 %	257793076
122	NC_013207	TCCC	2	8	41055	41062	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
123	NC_013207	ACGA	2	8	41506	41513	50 %	0 %	25 %	25 %	257793078
124	NC_013207	GTGG	2	8	41571	41578	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013207	TGGG	2	8	42726	42733	0 %	25 %	75 %	0 %	257793080
126	NC_013207	GTTT	2	8	43419	43426	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013207	GACA	2	8	43671	43678	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_013207	GGCT	2	8	43747	43754	0 %	25 %	50 %	25 %	257793082
129	NC_013207	GAAA	2	8	43838	43845	75 %	0 %	25 %	0 %	257793082
130	NC_013207	TTTG	2	8	44138	44145	0 %	75 %	25 %	0 %	257793083
131	NC_013207	GTCG	2	8	44568	44575	0 %	25 %	50 %	25 %	257793083
132	NC_013207	ATGG	2	8	44589	44596	25 %	25 %	50 %	0 %	257793083
133	NC_013207	TTCA	2	8	44662	44669	25 %	50 %	0 %	25 %	257793083
134	NC_013207	GTGC	2	8	44971	44978	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_013207	TCTG	2	8	44983	44990	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_013207	ATGA	2	8	45408	45415	50 %	25 %	25 %	0 %	257793084
137	NC_013207	GCAT	2	8	45532	45539	25 %	25 %	25 %	25 %	257793084
138	NC_013207	CCGT	2	8	45603	45610	0 %	25 %	25 %	50 %	257793084
139	NC_013207	CCTT	2	8	45611	45618	0 %	50 %	0 %	50 %	257793084
140	NC_013207	GCCT	2	8	45687	45694	0 %	25 %	25 %	50 %	257793084
141	NC_013207	CGGG	2	8	45949	45956	0 %	0 %	75 %	25 %	257793085
142	NC_013207	GCAG	2	8	47358	47365	25 %	0 %	50 %	25 %	257793086
143	NC_013207	GAGC	2	8	47522	47529	25 %	0 %	50 %	25 %	257793086
144	NC_013207	GTGG	2	8	47913	47920	0 %	25 %	75 %	0 %	257793086
145	NC_013207	AATC	2	8	48222	48229	50 %	25 %	0 %	25 %	257793086
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.