MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI02

Total Repeats: 187

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013207	CG	3	6	84	89	0 %	0 %	50 %	50 %	257793043
2	NC_013207	CG	3	6	230	235	0 %	0 %	50 %	50 %	257793043
3	NC_013207	GA	3	6	266	271	50 %	0 %	50 %	0 %	257793043
4	NC_013207	AT	3	6	643	648	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013207	TG	3	6	669	674	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013207	TG	3	6	738	743	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013207	TC	3	6	761	766	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_013207	GT	3	6	1234	1239	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013207	GT	3	6	1369	1374	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013207	AC	3	6	1472	1477	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_013207	CA	3	6	1737	1742	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_013207	TC	3	6	1778	1783	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_013207	TC	3	6	3224	3229	0 %	50 %	0 %	50 %	257793048
14	NC_013207	CG	3	6	3385	3390	0 %	0 %	50 %	50 %	257793048
15	NC_013207	CG	3	6	3571	3576	0 %	0 %	50 %	50 %	257793048
16	NC_013207	GC	3	6	4125	4130	0 %	0 %	50 %	50 %	257793048
17	NC_013207	GC	3	6	4696	4701	0 %	0 %	50 %	50 %	257793048
18	NC_013207	GC	4	8	5427	5434	0 %	0 %	50 %	50 %	257793049
19	NC_013207	GC	3	6	5712	5717	0 %	0 %	50 %	50 %	257793049
20	NC_013207	TG	3	6	6963	6968	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013207	CT	3	6	7010	7015	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_013207	CA	3	6	7428	7433	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_013207	GA	3	6	7451	7456	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013207	GT	3	6	8681	8686	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013207	CG	3	6	9433	9438	0 %	0 %	50 %	50 %	257793051
26	NC_013207	AG	3	6	9891	9896	50 %	0 %	50 %	0 %	257793051
27	NC_013207	GC	3	6	9985	9990	0 %	0 %	50 %	50 %	257793051
28	NC_013207	AG	3	6	11841	11846	50 %	0 %	50 %	0 %	257793052
29	NC_013207	CA	3	6	12248	12253	50 %	0 %	0 %	50 %	257793052
30	NC_013207	AC	3	6	12886	12891	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_013207	AT	3	6	12898	12903	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013207	AT	3	6	12930	12935	50 %	50 %	0 %	0 %	257793053
33	NC_013207	TC	3	6	14060	14065	0 %	50 %	0 %	50 %	257793055
34	NC_013207	CA	3	6	14641	14646	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_013207	CG	3	6	15639	15644	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
36	NC_013207	CG	3	6	15742	15747	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_013207	GC	3	6	15821	15826	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
38	NC_013207	TC	3	6	16369	16374	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_013207	AT	3	6	16698	16703	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013207	AC	3	6	17149	17154	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_013207	CG	3	6	17159	17164	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_013207	GT	3	6	17224	17229	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013207	CG	3	6	20548	20553	0 %	0 %	50 %	50 %	257793061
44	NC_013207	TG	3	6	20556	20561	0 %	50 %	50 %	0 %	257793061
45	NC_013207	AG	3	6	21706	21711	50 %	0 %	50 %	0 %	257793062
46	NC_013207	GA	3	6	22466	22471	50 %	0 %	50 %	0 %	257793064
47	NC_013207	CG	3	6	22593	22598	0 %	0 %	50 %	50 %	257793064
48	NC_013207	CT	3	6	23044	23049	0 %	50 %	0 %	50 %	257793064
49	NC_013207	TG	3	6	23928	23933	0 %	50 %	50 %	0 %	257793065
50	NC_013207	AG	3	6	24099	24104	50 %	0 %	50 %	0 %	257793065
51	NC_013207	GA	3	6	25105	25110	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013207	CG	3	6	25536	25541	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_013207	TC	3	6	25608	25613	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_013207	GT	3	6	25677	25682	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013207	TG	3	6	26185	26190	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013207	TG	4	8	27657	27664	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013207	AT	3	6	27675	27680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013207	GA	3	6	27681	27686	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013207	CG	3	6	27984	27989	0 %	0 %	50 %	50 %	257793066
60	NC_013207	CG	3	6	28940	28945	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_013207	GA	3	6	28984	28989	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013207	GA	3	6	29051	29056	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013207	CT	3	6	29068	29073	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_013207	GA	3	6	29247	29252	50 %	0 %	50 %	0 %	257793067
65	NC_013207	TA	3	6	29406	29411	50 %	50 %	0 %	0 %	257793067
66	NC_013207	AG	3	6	29878	29883	50 %	0 %	50 %	0 %	257793068
67	NC_013207	AT	3	6	29977	29982	50 %	50 %	0 %	0 %	257793068
68	NC_013207	GC	4	8	30846	30853	0 %	0 %	50 %	50 %	257793068
69	NC_013207	AG	3	6	33225	33230	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013207	CG	3	6	33985	33990	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_013207	GA	3	6	34065	34070	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013207	AC	3	6	34231	34236	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_013207	GC	4	8	34676	34683	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_013207	TG	3	6	35978	35983	0 %	50 %	50 %	0 %	257793073
75	NC_013207	CA	3	6	36028	36033	50 %	0 %	0 %	50 %	257793073
76	NC_013207	AT	3	6	36544	36549	50 %	50 %	0 %	0 %	257793073
77	NC_013207	CG	3	6	37326	37331	0 %	0 %	50 %	50 %	257793074
78	NC_013207	GT	3	6	39808	39813	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013207	GC	3	6	40392	40397	0 %	0 %	50 %	50 %	257793075
80	NC_013207	CA	3	6	40407	40412	50 %	0 %	0 %	50 %	257793075
81	NC_013207	AC	3	6	40413	40418	50 %	0 %	0 %	50 %	257793075
82	NC_013207	TG	3	6	41865	41870	0 %	50 %	50 %	0 %	257793079
83	NC_013207	GC	3	6	41933	41938	0 %	0 %	50 %	50 %	257793079
84	NC_013207	GC	4	8	42701	42708	0 %	0 %	50 %	50 %	257793080
85	NC_013207	GT	3	6	42709	42714	0 %	50 %	50 %	0 %	257793080
86	NC_013207	GT	3	6	42755	42760	0 %	50 %	50 %	0 %	257793080
87	NC_013207	GC	3	6	43020	43025	0 %	0 %	50 %	50 %	257793081
88	NC_013207	GC	3	6	43029	43034	0 %	0 %	50 %	50 %	257793081
89	NC_013207	TG	3	6	43190	43195	0 %	50 %	50 %	0 %	257793081
90	NC_013207	GC	4	8	44224	44231	0 %	0 %	50 %	50 %	257793083
91	NC_013207	AG	3	6	44391	44396	50 %	0 %	50 %	0 %	257793083
92	NC_013207	AG	3	6	46159	46164	50 %	0 %	50 %	0 %	257793085
93	NC_013207	AG	3	6	46852	46857	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013207	GC	3	6	47051	47056	0 %	0 %	50 %	50 %	257793086
95	NC_013207	GC	3	6	49291	49296	0 %	0 %	50 %	50 %	257793087
96	NC_013207	AT	3	6	50915	50920	50 %	50 %	0 %	0 %	257793087
97	NC_013207	CA	3	6	52911	52916	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_013207	GC	3	6	54002	54007	0 %	0 %	50 %	50 %	257793091
99	NC_013207	CG	3	6	54103	54108	0 %	0 %	50 %	50 %	257793091
100	NC_013207	CG	4	8	55087	55094	0 %	0 %	50 %	50 %	257793093
101	NC_013207	AC	3	6	55744	55749	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_013207	GT	3	6	55861	55866	0 %	50 %	50 %	0 %	257793094
103	NC_013207	CG	3	6	56025	56030	0 %	0 %	50 %	50 %	257793094
104	NC_013207	CG	3	6	56051	56056	0 %	0 %	50 %	50 %	257793094
105	NC_013207	AC	3	6	57199	57204	50 %	0 %	0 %	50 %	257793096
106	NC_013207	GC	3	6	57375	57380	0 %	0 %	50 %	50 %	257793097
107	NC_013207	CG	3	6	58969	58974	0 %	0 %	50 %	50 %	257793099
108	NC_013207	GC	3	6	59972	59977	0 %	0 %	50 %	50 %	257793102
109	NC_013207	CG	3	6	60030	60035	0 %	0 %	50 %	50 %	257793102
110	NC_013207	GC	3	6	60129	60134	0 %	0 %	50 %	50 %	257793102
111	NC_013207	CA	3	6	60302	60307	50 %	0 %	0 %	50 %	257793102
112	NC_013207	GC	4	8	60683	60690	0 %	0 %	50 %	50 %	257793102
113	NC_013207	CG	3	6	60691	60696	0 %	0 %	50 %	50 %	257793102
114	NC_013207	GC	3	6	60982	60987	0 %	0 %	50 %	50 %	257793102
115	NC_013207	GC	3	6	61010	61015	0 %	0 %	50 %	50 %	257793102
116	NC_013207	GA	3	6	61781	61786	50 %	0 %	50 %	0 %	257793102
117	NC_013207	GT	3	6	62017	62022	0 %	50 %	50 %	0 %	257793102
118	NC_013207	GA	3	6	62899	62904	50 %	0 %	50 %	0 %	257793103
119	NC_013207	CG	3	6	63200	63205	0 %	0 %	50 %	50 %	257793103
120	NC_013207	TC	3	6	63413	63418	0 %	50 %	0 %	50 %	257793103
121	NC_013207	GC	3	6	63995	64000	0 %	0 %	50 %	50 %	257793103
122	NC_013207	CG	3	6	64195	64200	0 %	0 %	50 %	50 %	257793103
123	NC_013207	GC	3	6	64271	64276	0 %	0 %	50 %	50 %	257793103
124	NC_013207	GA	3	6	64475	64480	50 %	0 %	50 %	0 %	257793103
125	NC_013207	CT	3	6	65359	65364	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_013207	TG	3	6	65382	65387	0 %	50 %	50 %	0 %	257793104
127	NC_013207	TG	3	6	65496	65501	0 %	50 %	50 %	0 %	257793104
128	NC_013207	GC	3	6	66111	66116	0 %	0 %	50 %	50 %	257793104
129	NC_013207	GC	4	8	66266	66273	0 %	0 %	50 %	50 %	257793104
130	NC_013207	AC	4	8	66933	66940	50 %	0 %	0 %	50 %	257793105
131	NC_013207	GC	3	6	67064	67069	0 %	0 %	50 %	50 %	257793105
132	NC_013207	CG	3	6	67337	67342	0 %	0 %	50 %	50 %	257793105
133	NC_013207	GC	3	6	67877	67882	0 %	0 %	50 %	50 %	257793106
134	NC_013207	CG	4	8	68006	68013	0 %	0 %	50 %	50 %	257793106
135	NC_013207	CG	4	8	68645	68652	0 %	0 %	50 %	50 %	257793107
136	NC_013207	GC	3	6	68673	68678	0 %	0 %	50 %	50 %	257793107
137	NC_013207	GC	3	6	68901	68906	0 %	0 %	50 %	50 %	257793107
138	NC_013207	GC	3	6	69195	69200	0 %	0 %	50 %	50 %	257793107
139	NC_013207	GC	3	6	69548	69553	0 %	0 %	50 %	50 %	257793107
140	NC_013207	CG	3	6	69661	69666	0 %	0 %	50 %	50 %	257793107
141	NC_013207	GC	3	6	69879	69884	0 %	0 %	50 %	50 %	257793107
142	NC_013207	GC	3	6	70401	70406	0 %	0 %	50 %	50 %	257793108
143	NC_013207	GA	3	6	70572	70577	50 %	0 %	50 %	0 %	257793108
144	NC_013207	GA	4	8	70783	70790	50 %	0 %	50 %	0 %	257793108
145	NC_013207	GT	3	6	71063	71068	0 %	50 %	50 %	0 %	257793109
146	NC_013207	GC	3	6	71374	71379	0 %	0 %	50 %	50 %	257793109
147	NC_013207	GA	3	6	72039	72044	50 %	0 %	50 %	0 %	257793110
148	NC_013207	GT	3	6	72474	72479	0 %	50 %	50 %	0 %	257793111
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.