MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI01

Total Repeats: 32

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013206	GAACGC	2	12	593	604	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257792944
2	NC_013206	CACCGT	2	12	670	681	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	257792944
3	NC_013206	TCTCCA	2	12	5162	5173	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	257792950
4	NC_013206	CTCGAT	2	12	6281	6292	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	257792954
5	NC_013206	TGATAC	2	12	6702	6713	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	257792954
6	NC_013206	CGCCCA	2	12	7804	7815	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	257792955
7	NC_013206	CGAGCG	2	12	9692	9703	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	257792957
8	NC_013206	ACTGTG	2	12	9746	9757	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	257792957
9	NC_013206	GGCGCA	2	12	19181	19192	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	257792966
10	NC_013206	GCCCGC	2	12	19716	19727	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	257792966
11	NC_013206	GTCCTT	2	12	21204	21215	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	257792967
12	NC_013206	AGGATG	2	12	21236	21247	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	257792967
13	NC_013206	AGCCAC	2	12	21391	21402	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	257792968
14	NC_013206	GTCTCC	2	12	26989	27000	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	257792975
15	NC_013206	ATGGTG	2	12	27251	27262	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013206	CTTCAT	2	12	44644	44655	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	257792995
17	NC_013206	TGGAAC	2	12	50008	50019	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	257793002
18	NC_013206	CACGCG	2	12	51168	51179	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	257793004
19	NC_013206	TTCGAA	2	12	51322	51333	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	257793004
20	NC_013206	CACGAC	2	12	57207	57218	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	257793010
21	NC_013206	GCGTGC	2	12	61574	61585	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	257793013
22	NC_013206	CCTGTA	2	12	65274	65285	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_013206	TGGAGA	2	12	67426	67437	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	257793019
24	NC_013206	GGCACT	2	12	68399	68410	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_013206	GAAAGC	2	12	73641	73652	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	257793027
26	NC_013206	ACACGT	2	12	74079	74090	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	257793028
27	NC_013206	TGATCT	2	12	82243	82254	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	257793032
28	NC_013206	CACCTG	2	12	82367	82378	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	257793032
29	NC_013206	ACCGTG	2	12	83331	83342	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257793032
30	NC_013206	GAATAG	2	12	84247	84258	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	257793033
31	NC_013206	GAACGC	2	12	86193	86204	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793036
32	NC_013206	TCCTGT	2	12	90269	90280	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	257793040

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.