MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI01

Total Repeats: 55

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013206	TTTTG	2	10	2701	2710	0 %	80 %	20 %	0 %	257792946
2	NC_013206	TCGAC	2	10	5624	5633	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_013206	ACGAG	2	10	6745	6754	40 %	0 %	40 %	20 %	257792954
4	NC_013206	TGCCC	2	10	6849	6858	0 %	20 %	20 %	60 %	257792954
5	NC_013206	CGTCC	2	10	13195	13204	0 %	20 %	20 %	60 %	257792960
6	NC_013206	CCGCT	2	10	14139	14148	0 %	20 %	20 %	60 %	257792961
7	NC_013206	CGCCC	2	10	21693	21702	0 %	0 %	20 %	80 %	257792969
8	NC_013206	TAAAC	2	10	23300	23309	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_013206	ACCCC	2	10	24203	24212	20 %	0 %	0 %	80 %	257792973
10	NC_013206	TCGAG	2	10	25898	25907	20 %	20 %	40 %	20 %	257792974
11	NC_013206	CTGCG	2	10	26427	26436	0 %	20 %	40 %	40 %	257792975
12	NC_013206	CTCAT	2	10	26842	26851	20 %	40 %	0 %	40 %	257792975
13	NC_013206	GTTTC	2	10	27856	27865	0 %	60 %	20 %	20 %	257792977
14	NC_013206	CGCGC	2	10	30127	30136	0 %	0 %	40 %	60 %	257792980
15	NC_013206	AAGAT	2	10	36131	36140	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013206	GGAAA	2	10	37485	37494	60 %	0 %	40 %	0 %	257792986
17	NC_013206	AATCC	2	10	38679	38688	40 %	20 %	0 %	40 %	257792988
18	NC_013206	GGGGA	2	10	39342	39351	20 %	0 %	80 %	0 %	257792988
19	NC_013206	TCGGC	2	10	39457	39466	0 %	20 %	40 %	40 %	257792988
20	NC_013206	TTCGA	2	10	39692	39701	20 %	40 %	20 %	20 %	257792989
21	NC_013206	GCGCT	2	10	43730	43739	0 %	20 %	40 %	40 %	257792992
22	NC_013206	GCCTC	2	10	43782	43791	0 %	20 %	20 %	60 %	257792993
23	NC_013206	TTGAT	2	10	45371	45380	20 %	60 %	20 %	0 %	257792996
24	NC_013206	AAGCG	2	10	47169	47178	40 %	0 %	40 %	20 %	257792998
25	NC_013206	TCGAG	2	10	49550	49559	20 %	20 %	40 %	20 %	257793002
26	NC_013206	ACTGA	2	10	52685	52694	40 %	20 %	20 %	20 %	257793006
27	NC_013206	CTCAT	2	10	53919	53928	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_013206	TGCTC	2	10	55413	55422	0 %	40 %	20 %	40 %	257793009
29	NC_013206	ATCCA	2	10	55776	55785	40 %	20 %	0 %	40 %	257793009
30	NC_013206	TTCCC	2	10	55964	55973	0 %	40 %	0 %	60 %	257793009
31	NC_013206	TGCGC	2	10	59137	59146	0 %	20 %	40 %	40 %	257793011
32	NC_013206	CTGTG	2	10	62415	62424	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_013206	TCGGA	2	10	63492	63501	20 %	20 %	40 %	20 %	257793016
34	NC_013206	TTATA	2	10	65448	65457	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013206	ATGCG	2	10	66068	66077	20 %	20 %	40 %	20 %	257793018
36	NC_013206	CGGGA	2	10	67128	67137	20 %	0 %	60 %	20 %	257793019
37	NC_013206	GCCTC	2	10	69359	69368	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_013206	CATAC	2	10	70178	70187	40 %	20 %	0 %	40 %	257793023
39	NC_013206	GAAGA	2	10	72125	72134	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013206	ACTCC	2	10	72980	72989	20 %	20 %	0 %	60 %	257793027
41	NC_013206	TCGTC	2	10	74067	74076	0 %	40 %	20 %	40 %	257793028
42	NC_013206	GCGAG	2	10	77561	77570	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_013206	CGTCC	2	10	78599	78608	0 %	20 %	20 %	60 %	257793032
44	NC_013206	GCTTG	2	10	78952	78961	0 %	40 %	40 %	20 %	257793032
45	NC_013206	TACAC	2	10	79395	79404	40 %	20 %	0 %	40 %	257793032
46	NC_013206	ACTCA	2	10	80186	80195	40 %	20 %	0 %	40 %	257793032
47	NC_013206	CCCGT	2	10	83292	83301	0 %	20 %	20 %	60 %	257793032
48	NC_013206	CGTTA	2	10	84297	84306	20 %	40 %	20 %	20 %	257793033
49	NC_013206	CCAAC	2	10	84821	84830	40 %	0 %	0 %	60 %	257793033
50	NC_013206	CCGCG	2	10	86690	86699	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
51	NC_013206	GCAGC	2	10	86867	86876	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_013206	TCGTG	2	10	88781	88790	0 %	40 %	40 %	20 %	257793039
53	NC_013206	AAAGA	2	10	89459	89468	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013206	CCCGT	2	10	89823	89832	0 %	20 %	20 %	60 %	257793040
55	NC_013206	CCAAC	2	10	91346	91355	40 %	0 %	0 %	60 %	257793041

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.