MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI01

Total Repeats: 228

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013206	GGCC	2	8	1272	1279	0 %	0 %	50 %	50 %	257792945
2	NC_013206	GTCG	2	8	2089	2096	0 %	25 %	50 %	25 %	257792946
3	NC_013206	TGTA	2	8	2305	2312	25 %	50 %	25 %	0 %	257792946
4	NC_013206	GGCA	2	8	2345	2352	25 %	0 %	50 %	25 %	257792946
5	NC_013206	TGTA	2	8	2450	2457	25 %	50 %	25 %	0 %	257792946
6	NC_013206	ATCC	2	8	2730	2737	25 %	25 %	0 %	50 %	257792946
7	NC_013206	TCTT	2	8	3129	3136	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_013206	CTAC	2	8	3377	3384	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_013206	GGTG	2	8	3407	3414	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013206	ATTG	2	8	4412	4419	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013206	ATGA	2	8	4631	4638	50 %	25 %	25 %	0 %	257792949
12	NC_013206	GGTC	2	8	5458	5465	0 %	25 %	50 %	25 %	257792951
13	NC_013206	GCCT	2	8	6272	6279	0 %	25 %	25 %	50 %	257792954
14	NC_013206	CCGT	2	8	6635	6642	0 %	25 %	25 %	50 %	257792954
15	NC_013206	GAAC	2	8	6973	6980	50 %	0 %	25 %	25 %	257792955
16	NC_013206	GTCG	2	8	7338	7345	0 %	25 %	50 %	25 %	257792955
17	NC_013206	CCGC	2	8	7359	7366	0 %	0 %	25 %	75 %	257792955
18	NC_013206	TTGC	2	8	7429	7436	0 %	50 %	25 %	25 %	257792955
19	NC_013206	TGTC	2	8	7732	7739	0 %	50 %	25 %	25 %	257792955
20	NC_013206	ACGT	2	8	8742	8749	25 %	25 %	25 %	25 %	257792956
21	NC_013206	GATG	2	8	9495	9502	25 %	25 %	50 %	0 %	257792957
22	NC_013206	GCAG	2	8	10953	10960	25 %	0 %	50 %	25 %	257792958
23	NC_013206	TGCG	2	8	10962	10969	0 %	25 %	50 %	25 %	257792958
24	NC_013206	ACTC	2	8	11157	11164	25 %	25 %	0 %	50 %	257792959
25	NC_013206	GCAC	2	8	11388	11395	25 %	0 %	25 %	50 %	257792959
26	NC_013206	CGGC	2	8	11613	11620	0 %	0 %	50 %	50 %	257792959
27	NC_013206	CTTG	2	8	12243	12250	0 %	50 %	25 %	25 %	257792959
28	NC_013206	CGGC	2	8	13413	13420	0 %	0 %	50 %	50 %	257792960
29	NC_013206	TCGT	2	8	14013	14020	0 %	50 %	25 %	25 %	257792961
30	NC_013206	CACC	2	8	14737	14744	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
31	NC_013206	GCAT	2	8	14779	14786	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_013206	ATGC	2	8	15013	15020	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_013206	CCCA	2	8	15431	15438	25 %	0 %	0 %	75 %	257792963
34	NC_013206	GCCA	2	8	15592	15599	25 %	0 %	25 %	50 %	257792963
35	NC_013206	CCGG	2	8	15715	15722	0 %	0 %	50 %	50 %	257792963
36	NC_013206	TTTC	2	8	15872	15879	0 %	75 %	0 %	25 %	257792964
37	NC_013206	GCCT	2	8	16622	16629	0 %	25 %	25 %	50 %	257792965
38	NC_013206	TGCC	2	8	16819	16826	0 %	25 %	25 %	50 %	257792965
39	NC_013206	CGCC	2	8	16835	16842	0 %	0 %	25 %	75 %	257792965
40	NC_013206	CACT	2	8	16973	16980	25 %	25 %	0 %	50 %	257792965
41	NC_013206	ATCC	2	8	17295	17302	25 %	25 %	0 %	50 %	257792965
42	NC_013206	TTTG	2	8	17522	17529	0 %	75 %	25 %	0 %	257792965
43	NC_013206	ATCA	2	8	17743	17750	50 %	25 %	0 %	25 %	257792965
44	NC_013206	GAAG	2	8	18057	18064	50 %	0 %	50 %	0 %	257792965
45	NC_013206	TCGC	2	8	18149	18156	0 %	25 %	25 %	50 %	257792965
46	NC_013206	GCTC	2	8	18848	18855	0 %	25 %	25 %	50 %	257792966
47	NC_013206	CTGG	2	8	18876	18883	0 %	25 %	50 %	25 %	257792966
48	NC_013206	ACTG	2	8	20043	20050	25 %	25 %	25 %	25 %	257792966
49	NC_013206	AGCG	2	8	20403	20410	25 %	0 %	50 %	25 %	257792966
50	NC_013206	GTGC	2	8	20432	20439	0 %	25 %	50 %	25 %	257792966
51	NC_013206	TCAC	2	8	20561	20568	25 %	25 %	0 %	50 %	257792967
52	NC_013206	CCAC	2	8	21725	21732	25 %	0 %	0 %	75 %	257792969
53	NC_013206	TGCT	2	8	21932	21939	0 %	50 %	25 %	25 %	257792969
54	NC_013206	CTTG	2	8	22366	22373	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_013206	GAGT	2	8	22593	22600	25 %	25 %	50 %	0 %	257792971
56	NC_013206	ACGA	2	8	22606	22613	50 %	0 %	25 %	25 %	257792971
57	NC_013206	GGTA	2	8	23022	23029	25 %	25 %	50 %	0 %	257792971
58	NC_013206	ACTT	2	8	23250	23257	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_013206	CACT	2	8	23447	23454	25 %	25 %	0 %	50 %	257792972
60	NC_013206	CCTC	2	8	23769	23776	0 %	25 %	0 %	75 %	257792972
61	NC_013206	CCGA	2	8	24092	24099	25 %	0 %	25 %	50 %	257792972
62	NC_013206	TCGT	2	8	24121	24128	0 %	50 %	25 %	25 %	257792972
63	NC_013206	AAAG	2	8	24302	24309	75 %	0 %	25 %	0 %	257792973
64	NC_013206	TCTT	2	8	25267	25274	0 %	75 %	0 %	25 %	257792974
65	NC_013206	TACA	2	8	25632	25639	50 %	25 %	0 %	25 %	257792974
66	NC_013206	ATCC	2	8	26288	26295	25 %	25 %	0 %	50 %	257792975
67	NC_013206	GCAC	2	8	26719	26726	25 %	0 %	25 %	50 %	257792975
68	NC_013206	CTCG	2	8	26879	26886	0 %	25 %	25 %	50 %	257792975
69	NC_013206	CAAA	2	8	27549	27556	75 %	0 %	0 %	25 %	257792976
70	NC_013206	CGAC	2	8	27818	27825	25 %	0 %	25 %	50 %	257792977
71	NC_013206	ACGA	2	8	27826	27833	50 %	0 %	25 %	25 %	257792977
72	NC_013206	ACTG	2	8	27923	27930	25 %	25 %	25 %	25 %	257792977
73	NC_013206	GGTC	2	8	28179	28186	0 %	25 %	50 %	25 %	257792978
74	NC_013206	GACC	2	8	28195	28202	25 %	0 %	25 %	50 %	257792978
75	NC_013206	GCAG	2	8	28374	28381	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_013206	ACGA	2	8	28630	28637	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_013206	TTTG	2	8	28800	28807	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013206	TGGA	2	8	29119	29126	25 %	25 %	50 %	0 %	257792979
79	NC_013206	ATGA	2	8	29171	29178	50 %	25 %	25 %	0 %	257792980
80	NC_013206	GCAG	2	8	29185	29192	25 %	0 %	50 %	25 %	257792980
81	NC_013206	GAAA	2	8	29833	29840	75 %	0 %	25 %	0 %	257792980
82	NC_013206	TGAA	2	8	30494	30501	50 %	25 %	25 %	0 %	257792981
83	NC_013206	GTCG	2	8	30665	30672	0 %	25 %	50 %	25 %	257792981
84	NC_013206	TTTG	2	8	30772	30779	0 %	75 %	25 %	0 %	257792981
85	NC_013206	TGGT	2	8	31589	31596	0 %	50 %	50 %	0 %	257792981
86	NC_013206	ACGT	2	8	32001	32008	25 %	25 %	25 %	25 %	257792982
87	NC_013206	AAGA	2	8	32034	32041	75 %	0 %	25 %	0 %	257792982
88	NC_013206	TGAG	2	8	32288	32295	25 %	25 %	50 %	0 %	257792982
89	NC_013206	TGGC	2	8	32679	32686	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_013206	GAAA	2	8	32945	32952	75 %	0 %	25 %	0 %	257792983
91	NC_013206	TTAA	2	8	33072	33079	50 %	50 %	0 %	0 %	257792983
92	NC_013206	GGAA	2	8	33174	33181	50 %	0 %	50 %	0 %	257792983
93	NC_013206	CATT	2	8	33715	33722	25 %	50 %	0 %	25 %	257792983
94	NC_013206	TTGA	2	8	33798	33805	25 %	50 %	25 %	0 %	257792983
95	NC_013206	CATT	2	8	34594	34601	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_013206	TCGT	2	8	34736	34743	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_013206	ATTT	2	8	34785	34792	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013206	AATT	2	8	35013	35020	50 %	50 %	0 %	0 %	257792984
99	NC_013206	TTCT	2	8	35271	35278	0 %	75 %	0 %	25 %	257792984
100	NC_013206	AATT	2	8	35299	35306	50 %	50 %	0 %	0 %	257792984
101	NC_013206	AGAT	2	8	35373	35380	50 %	25 %	25 %	0 %	257792984
102	NC_013206	CTTG	2	8	35576	35583	0 %	50 %	25 %	25 %	257792984
103	NC_013206	ATTG	2	8	35593	35600	25 %	50 %	25 %	0 %	257792984
104	NC_013206	AAAC	2	8	35918	35925	75 %	0 %	0 %	25 %	257792984
105	NC_013206	AAAG	2	8	36238	36245	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013206	TGTC	2	8	36330	36337	0 %	50 %	25 %	25 %	257792985
107	NC_013206	ATGA	2	8	36383	36390	50 %	25 %	25 %	0 %	257792985
108	NC_013206	TAGG	2	8	36394	36401	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013206	TCAA	2	8	37180	37187	50 %	25 %	0 %	25 %	257792986
110	NC_013206	AGCA	2	8	37357	37364	50 %	0 %	25 %	25 %	257792986
111	NC_013206	AGTG	2	8	37655	37662	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013206	AGGC	2	8	37675	37682	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
113	NC_013206	TGGA	2	8	38337	38344	25 %	25 %	50 %	0 %	257792987
114	NC_013206	ATGG	2	8	38589	38596	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013206	CATC	2	8	38669	38676	25 %	25 %	0 %	50 %	257792988
116	NC_013206	AATC	2	8	38968	38975	50 %	25 %	0 %	25 %	257792988
117	NC_013206	CACG	2	8	39109	39116	25 %	0 %	25 %	50 %	257792988
118	NC_013206	TTCG	2	8	39357	39364	0 %	50 %	25 %	25 %	257792988
119	NC_013206	CCGA	2	8	39392	39399	25 %	0 %	25 %	50 %	257792988
120	NC_013206	TCTG	2	8	40109	40116	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_013206	TCGC	2	8	40124	40131	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_013206	CGAC	2	8	41057	41064	25 %	0 %	25 %	50 %	257792990
123	NC_013206	TTAG	2	8	41421	41428	25 %	50 %	25 %	0 %	257792991
124	NC_013206	CTCG	2	8	41698	41705	0 %	25 %	25 %	50 %	257792991
125	NC_013206	TTCA	2	8	41804	41811	25 %	50 %	0 %	25 %	257792991
126	NC_013206	GTTC	2	8	41944	41951	0 %	50 %	25 %	25 %	257792991
127	NC_013206	GCGT	2	8	41957	41964	0 %	25 %	50 %	25 %	257792991
128	NC_013206	GCTT	2	8	42255	42262	0 %	50 %	25 %	25 %	257792992
129	NC_013206	CGGG	2	8	43896	43903	0 %	0 %	75 %	25 %	257792993
130	NC_013206	TCCG	2	8	43976	43983	0 %	25 %	25 %	50 %	257792993
131	NC_013206	GCCC	2	8	44473	44480	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
132	NC_013206	CTCC	2	8	45709	45716	0 %	25 %	0 %	75 %	257792996
133	NC_013206	TCAT	2	8	45893	45900	25 %	50 %	0 %	25 %	257792996
134	NC_013206	GATG	2	8	46450	46457	25 %	25 %	50 %	0 %	257792997
135	NC_013206	TAGC	2	8	46545	46552	25 %	25 %	25 %	25 %	257792998
136	NC_013206	GTCG	2	8	47180	47187	0 %	25 %	50 %	25 %	257792998
137	NC_013206	GTCC	2	8	47203	47210	0 %	25 %	25 %	50 %	257792998
138	NC_013206	TCGT	2	8	47272	47279	0 %	50 %	25 %	25 %	257792998
139	NC_013206	GCGT	2	8	47545	47552	0 %	25 %	50 %	25 %	257792998
140	NC_013206	AGCC	2	8	47996	48003	25 %	0 %	25 %	50 %	257792999
141	NC_013206	GCCG	2	8	48129	48136	0 %	0 %	50 %	50 %	257793000
142	NC_013206	CTTC	2	8	49670	49677	0 %	50 %	0 %	50 %	257793002
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179	NC_013206	CATG	2	8	67995	68002	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
180	NC_013206	CATG	2	8	68193	68200	25 %	25 %	25 %	25 %	257793020
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205	NC_013206	AACA	2	8	77485	77492	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.