MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI01

Total Repeats: 167

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013206	CCT	2	6	19	24	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_013206	CGG	2	6	125	130	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_013206	ACC	2	6	3041	3046	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_013206	GTA	2	6	3074	3079	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013206	AAG	2	6	3160	3165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013206	CAT	2	6	3169	3174	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_013206	CTG	2	6	3205	3210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_013206	CTC	2	6	3244	3249	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_013206	GGA	2	6	4103	4108	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013206	TCG	2	6	4375	4380	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_013206	GGT	2	6	4720	4725	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013206	CCT	2	6	6003	6008	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_013206	GAT	2	6	14382	14387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013206	CTC	2	6	14529	14534	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_013206	GAG	2	6	14563	14568	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013206	GTC	2	6	14654	14659	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_013206	ATG	2	6	14679	14684	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013206	TGG	2	6	14756	14761	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013206	ACA	2	6	23236	23241	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_013206	AAC	2	6	23266	23271	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_013206	CAG	2	6	24710	24715	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_013206	AGT	2	6	24809	24814	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013206	TAA	2	6	24944	24949	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013206	CGG	2	6	24981	24986	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_013206	ACA	2	6	25046	25051	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_013206	TCC	2	6	25130	25135	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_013206	AGG	2	6	25142	25147	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013206	TTG	2	6	25970	25975	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013206	TGG	2	6	26057	26062	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013206	CTG	2	6	27312	27317	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_013206	TGA	2	6	28034	28039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013206	GGA	2	6	28058	28063	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013206	TAA	3	9	28356	28364	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013206	TGC	2	6	28388	28393	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_013206	GTT	2	6	28472	28477	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013206	TGA	2	6	28600	28605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013206	ACT	2	6	28680	28685	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_013206	ATT	2	6	28827	28832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013206	GGA	2	6	28836	28841	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013206	GAT	2	6	32705	32710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013206	CCA	2	6	34076	34081	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_013206	GTC	2	6	34116	34121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_013206	GAC	2	6	34193	34198	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_013206	GTC	2	6	34284	34289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_013206	TCA	2	6	34301	34306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_013206	TCG	2	6	34417	34422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_013206	TCA	2	6	34551	34556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_013206	GTG	2	6	34714	34719	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013206	AGT	2	6	34754	34759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013206	GAG	2	6	34852	34857	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013206	CTT	2	6	34858	34863	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_013206	GAG	2	6	34871	34876	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013206	GAG	2	6	36001	36006	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013206	TTG	2	6	36010	36015	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013206	GTA	2	6	36025	36030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013206	CTG	2	6	36060	36065	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_013206	GAG	2	6	36079	36084	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013206	TTG	2	6	36110	36115	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013206	GTA	2	6	36163	36168	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013206	GCA	2	6	36553	36558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_013206	TCG	2	6	36643	36648	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_013206	GAG	2	6	36717	36722	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013206	AGT	2	6	36768	36773	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013206	AGA	2	6	36815	36820	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013206	GAG	2	6	37620	37625	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013206	CAT	2	6	37740	37745	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_013206	GTG	2	6	37856	37861	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013206	CGT	2	6	38522	38527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_013206	GCG	2	6	38612	38617	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_013206	CAC	2	6	40083	40088	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_013206	CTT	2	6	40170	40175	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_013206	ACG	2	6	40255	40260	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_013206	TGA	2	6	40286	40291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013206	AAG	2	6	40294	40299	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013206	CAT	2	6	40384	40389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_013206	TAT	2	6	40430	40435	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013206	ACG	2	6	40459	40464	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_013206	ATG	2	6	40499	40504	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013206	GAG	2	6	40599	40604	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013206	GAT	2	6	44389	44394	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013206	TCA	2	6	44609	44614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_013206	AAG	2	6	45005	45010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013206	CTC	2	6	45034	45039	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_013206	CAC	2	6	45920	45925	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_013206	TGA	2	6	45947	45952	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013206	TCC	2	6	45961	45966	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_013206	TCC	2	6	46470	46475	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_013206	CGC	2	6	48066	48071	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_013206	TGA	2	6	48079	48084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013206	TGA	2	6	48108	48113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013206	ATC	2	6	50078	50083	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_013206	GAC	2	6	50540	50545	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_013206	TTC	2	6	50588	50593	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_013206	ACC	2	6	50810	50815	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_013206	CCT	2	6	50955	50960	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_013206	CCT	2	6	52334	52339	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_013206	AGA	2	6	52413	52418	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013206	GGC	2	6	52590	52595	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_013206	GAC	2	6	52610	52615	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_013206	CAT	3	9	52621	52629	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_013206	ACC	2	6	52650	52655	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_013206	CGC	2	6	52672	52677	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_013206	CCT	2	6	53501	53506	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_013206	CTT	2	6	53695	53700	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_013206	TTC	2	6	53707	53712	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_013206	CTT	2	6	53741	53746	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_013206	TTC	2	6	54029	54034	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_013206	TTC	2	6	54056	54061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_013206	AGA	2	6	54080	54085	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013206	CTC	2	6	54102	54107	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_013206	CAT	2	6	54194	54199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_013206	ATT	2	6	55188	55193	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013206	ACC	2	6	56040	56045	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_013206	GAT	2	6	59657	59662	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013206	GGT	2	6	59664	59669	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013206	TCC	2	6	62707	62712	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_013206	CTT	2	6	62731	62736	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_013206	CTC	2	6	62897	62902	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_013206	CCT	2	6	65039	65044	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_013206	TCG	2	6	65156	65161	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_013206	GAC	2	6	65164	65169	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_013206	ACC	2	6	65192	65197	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_013206	GGT	2	6	65240	65245	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013206	CTT	2	6	65471	65476	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_013206	TCA	2	6	65500	65505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_013206	GTT	2	6	65551	65556	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013206	CTT	2	6	65573	65578	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_013206	GTC	2	6	67527	67532	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_013206	CAG	2	6	67566	67571	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_013206	ATG	2	6	67579	67584	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013206	TGA	3	9	67609	67617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013206	CAT	2	6	67653	67658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_013206	ATC	2	6	67814	67819	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_013206	TAT	2	6	67907	67912	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013206	AGT	2	6	68055	68060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013206	AGG	2	6	68296	68301	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013206	AAC	2	6	68330	68335	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_013206	TCC	2	6	68795	68800	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_013206	AAT	2	6	68954	68959	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013206	TTG	2	6	69011	69016	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013206	GGT	2	6	69031	69036	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013206	TCC	2	6	69415	69420	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_013206	AGT	2	6	72152	72157	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013206	TCC	2	6	72705	72710	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
145	NC_013206	GCA	2	6	72729	72734	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_013206	ACA	2	6	72767	72772	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_013206	CTC	2	6	73785	73790	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
148	NC_013206	CCT	2	6	76039	76044	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
149	NC_013206	CAC	2	6	76102	76107	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_013206	TCA	2	6	76231	76236	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_013206	ATG	2	6	76271	76276	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_013206	ATT	2	6	76281	76286	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_013206	GAC	2	6	77448	77453	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_013206	ATC	2	6	77770	77775	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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162	NC_013206	TTC	2	6	88964	88969	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_013206	TAT	2	6	88995	89000	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_013206	GTC	2	6	89015	89020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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166	NC_013206	TCA	2	6	89212	89217	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_013206	CAA	2	6	89381	89386	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.