MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI01

Total Repeats: 209

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013206	CG	3	6	760	765	0 %	0 %	50 %	50 %	257792944
2	NC_013206	CG	3	6	1110	1115	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_013206	CG	3	6	1167	1172	0 %	0 %	50 %	50 %	257792945
4	NC_013206	GT	3	6	1787	1792	0 %	50 %	50 %	0 %	257792945
5	NC_013206	CG	4	8	2404	2411	0 %	0 %	50 %	50 %	257792946
6	NC_013206	GC	3	6	2413	2418	0 %	0 %	50 %	50 %	257792946
7	NC_013206	AT	3	6	3081	3086	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013206	TC	3	6	3517	3522	0 %	50 %	0 %	50 %	257792947
9	NC_013206	CG	3	6	5368	5373	0 %	0 %	50 %	50 %	257792951
10	NC_013206	CG	3	6	5535	5540	0 %	0 %	50 %	50 %	257792951
11	NC_013206	CG	3	6	6083	6088	0 %	0 %	50 %	50 %	257792954
12	NC_013206	CG	4	8	6816	6823	0 %	0 %	50 %	50 %	257792954
13	NC_013206	AC	3	6	7109	7114	50 %	0 %	0 %	50 %	257792955
14	NC_013206	GC	3	6	7156	7161	0 %	0 %	50 %	50 %	257792955
15	NC_013206	GC	3	6	7301	7306	0 %	0 %	50 %	50 %	257792955
16	NC_013206	GC	3	6	7351	7356	0 %	0 %	50 %	50 %	257792955
17	NC_013206	GC	3	6	8030	8035	0 %	0 %	50 %	50 %	257792956
18	NC_013206	CG	3	6	8344	8349	0 %	0 %	50 %	50 %	257792956
19	NC_013206	CG	3	6	8480	8485	0 %	0 %	50 %	50 %	257792956
20	NC_013206	CG	4	8	8557	8564	0 %	0 %	50 %	50 %	257792956
21	NC_013206	CG	3	6	8779	8784	0 %	0 %	50 %	50 %	257792956
22	NC_013206	CG	3	6	9308	9313	0 %	0 %	50 %	50 %	257792956
23	NC_013206	GC	3	6	9713	9718	0 %	0 %	50 %	50 %	257792957
24	NC_013206	AC	3	6	10058	10063	50 %	0 %	0 %	50 %	257792957
25	NC_013206	CG	3	6	10127	10132	0 %	0 %	50 %	50 %	257792957
26	NC_013206	GT	3	6	10590	10595	0 %	50 %	50 %	0 %	257792958
27	NC_013206	CG	3	6	10968	10973	0 %	0 %	50 %	50 %	257792958
28	NC_013206	GA	3	6	11363	11368	50 %	0 %	50 %	0 %	257792959
29	NC_013206	GC	3	6	11753	11758	0 %	0 %	50 %	50 %	257792959
30	NC_013206	GC	3	6	11972	11977	0 %	0 %	50 %	50 %	257792959
31	NC_013206	AC	3	6	12060	12065	50 %	0 %	0 %	50 %	257792959
32	NC_013206	CA	3	6	12072	12077	50 %	0 %	0 %	50 %	257792959
33	NC_013206	CG	3	6	12129	12134	0 %	0 %	50 %	50 %	257792959
34	NC_013206	GT	3	6	13043	13048	0 %	50 %	50 %	0 %	257792960
35	NC_013206	CG	3	6	13083	13088	0 %	0 %	50 %	50 %	257792960
36	NC_013206	TC	3	6	15131	15136	0 %	50 %	0 %	50 %	257792962
37	NC_013206	CT	3	6	15203	15208	0 %	50 %	0 %	50 %	257792962
38	NC_013206	CG	3	6	15231	15236	0 %	0 %	50 %	50 %	257792962
39	NC_013206	CA	3	6	15772	15777	50 %	0 %	0 %	50 %	257792963
40	NC_013206	GC	3	6	16471	16476	0 %	0 %	50 %	50 %	257792965
41	NC_013206	GC	3	6	17039	17044	0 %	0 %	50 %	50 %	257792965
42	NC_013206	CG	3	6	17940	17945	0 %	0 %	50 %	50 %	257792965
43	NC_013206	GA	3	6	19093	19098	50 %	0 %	50 %	0 %	257792966
44	NC_013206	CG	3	6	20382	20387	0 %	0 %	50 %	50 %	257792966
45	NC_013206	GT	3	6	20599	20604	0 %	50 %	50 %	0 %	257792967
46	NC_013206	GC	3	6	20972	20977	0 %	0 %	50 %	50 %	257792967
47	NC_013206	CG	3	6	21312	21317	0 %	0 %	50 %	50 %	257792968
48	NC_013206	GC	3	6	21677	21682	0 %	0 %	50 %	50 %	257792969
49	NC_013206	GC	3	6	21824	21829	0 %	0 %	50 %	50 %	257792969
50	NC_013206	GC	3	6	22124	22129	0 %	0 %	50 %	50 %	257792970
51	NC_013206	CG	3	6	22144	22149	0 %	0 %	50 %	50 %	257792970
52	NC_013206	GC	3	6	22181	22186	0 %	0 %	50 %	50 %	257792970
53	NC_013206	AC	3	6	23124	23129	50 %	0 %	0 %	50 %	257792971
54	NC_013206	AC	3	6	23341	23346	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_013206	TG	3	6	23352	23357	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013206	AT	3	6	23457	23462	50 %	50 %	0 %	0 %	257792972
57	NC_013206	AC	3	6	24231	24236	50 %	0 %	0 %	50 %	257792973
58	NC_013206	AG	3	6	24714	24719	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013206	TG	3	6	25022	25027	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013206	AC	3	6	25525	25530	50 %	0 %	0 %	50 %	257792974
61	NC_013206	GT	3	6	25573	25578	0 %	50 %	50 %	0 %	257792974
62	NC_013206	CA	3	6	25638	25643	50 %	0 %	0 %	50 %	257792974
63	NC_013206	GT	3	6	25716	25721	0 %	50 %	50 %	0 %	257792974
64	NC_013206	GT	3	6	26111	26116	0 %	50 %	50 %	0 %	257792975
65	NC_013206	CG	3	6	26958	26963	0 %	0 %	50 %	50 %	257792975
66	NC_013206	TA	3	6	28438	28443	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013206	TA	3	6	28717	28722	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013206	CG	3	6	28735	28740	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_013206	AT	3	6	29814	29819	50 %	50 %	0 %	0 %	257792980
70	NC_013206	TG	3	6	29963	29968	0 %	50 %	50 %	0 %	257792980
71	NC_013206	AT	3	6	30396	30401	50 %	50 %	0 %	0 %	257792980
72	NC_013206	TA	3	6	30507	30512	50 %	50 %	0 %	0 %	257792981
73	NC_013206	GC	3	6	30753	30758	0 %	0 %	50 %	50 %	257792981
74	NC_013206	AT	3	6	30874	30879	50 %	50 %	0 %	0 %	257792981
75	NC_013206	TA	4	8	32845	32852	50 %	50 %	0 %	0 %	257792983
76	NC_013206	CA	3	6	32972	32977	50 %	0 %	0 %	50 %	257792983
77	NC_013206	GA	3	6	33686	33691	50 %	0 %	50 %	0 %	257792983
78	NC_013206	AG	3	6	35389	35394	50 %	0 %	50 %	0 %	257792984
79	NC_013206	GA	3	6	35523	35528	50 %	0 %	50 %	0 %	257792984
80	NC_013206	TA	3	6	35780	35785	50 %	50 %	0 %	0 %	257792984
81	NC_013206	GA	3	6	37068	37073	50 %	0 %	50 %	0 %	257792986
82	NC_013206	CA	3	6	37363	37368	50 %	0 %	0 %	50 %	257792986
83	NC_013206	AC	3	6	38006	38011	50 %	0 %	0 %	50 %	257792987
84	NC_013206	GC	3	6	38141	38146	0 %	0 %	50 %	50 %	257792987
85	NC_013206	CG	3	6	38189	38194	0 %	0 %	50 %	50 %	257792987
86	NC_013206	AT	3	6	38430	38435	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013206	AC	3	6	38788	38793	50 %	0 %	0 %	50 %	257792988
88	NC_013206	GC	3	6	38823	38828	0 %	0 %	50 %	50 %	257792988
89	NC_013206	AG	3	6	38909	38914	50 %	0 %	50 %	0 %	257792988
90	NC_013206	CG	3	6	38916	38921	0 %	0 %	50 %	50 %	257792988
91	NC_013206	GC	4	8	39001	39008	0 %	0 %	50 %	50 %	257792988
92	NC_013206	AG	3	6	39476	39481	50 %	0 %	50 %	0 %	257792988
93	NC_013206	GC	3	6	40836	40841	0 %	0 %	50 %	50 %	257792990
94	NC_013206	CG	4	8	40848	40855	0 %	0 %	50 %	50 %	257792990
95	NC_013206	CA	3	6	40912	40917	50 %	0 %	0 %	50 %	257792990
96	NC_013206	TG	4	8	41291	41298	0 %	50 %	50 %	0 %	257792990
97	NC_013206	CG	3	6	41312	41317	0 %	0 %	50 %	50 %	257792990
98	NC_013206	GC	3	6	41890	41895	0 %	0 %	50 %	50 %	257792991
99	NC_013206	CA	3	6	42045	42050	50 %	0 %	0 %	50 %	257792991
100	NC_013206	TC	3	6	42382	42387	0 %	50 %	0 %	50 %	257792992
101	NC_013206	TC	3	6	42449	42454	0 %	50 %	0 %	50 %	257792992
102	NC_013206	GC	3	6	42531	42536	0 %	0 %	50 %	50 %	257792992
103	NC_013206	TC	4	8	42851	42858	0 %	50 %	0 %	50 %	257792992
104	NC_013206	CG	3	6	42999	43004	0 %	0 %	50 %	50 %	257792992
105	NC_013206	CT	3	6	44339	44344	0 %	50 %	0 %	50 %	257792994
106	NC_013206	TG	3	6	45270	45275	0 %	50 %	50 %	0 %	257792996
107	NC_013206	TG	3	6	45342	45347	0 %	50 %	50 %	0 %	257792996
108	NC_013206	GA	3	6	45415	45420	50 %	0 %	50 %	0 %	257792996
109	NC_013206	CT	3	6	45616	45621	0 %	50 %	0 %	50 %	257792996
110	NC_013206	CG	3	6	46947	46952	0 %	0 %	50 %	50 %	257792998
111	NC_013206	GT	3	6	47089	47094	0 %	50 %	50 %	0 %	257792998
112	NC_013206	GC	3	6	48859	48864	0 %	0 %	50 %	50 %	257793002
113	NC_013206	CG	3	6	48984	48989	0 %	0 %	50 %	50 %	257793002
114	NC_013206	GC	3	6	49035	49040	0 %	0 %	50 %	50 %	257793002
115	NC_013206	CG	3	6	49577	49582	0 %	0 %	50 %	50 %	257793002
116	NC_013206	GC	3	6	49807	49812	0 %	0 %	50 %	50 %	257793002
117	NC_013206	CA	3	6	50106	50111	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_013206	TG	3	6	50135	50140	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013206	TG	3	6	50966	50971	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013206	GC	3	6	51797	51802	0 %	0 %	50 %	50 %	257793005
121	NC_013206	CG	3	6	52083	52088	0 %	0 %	50 %	50 %	257793005
122	NC_013206	CG	3	6	53476	53481	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
123	NC_013206	AT	3	6	53856	53861	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013206	TC	3	6	54778	54783	0 %	50 %	0 %	50 %	257793008
125	NC_013206	CG	3	6	55057	55062	0 %	0 %	50 %	50 %	257793008
126	NC_013206	CA	3	6	55816	55821	50 %	0 %	0 %	50 %	257793009
127	NC_013206	TG	4	8	56032	56039	0 %	50 %	50 %	0 %	257793009
128	NC_013206	TC	3	6	56265	56270	0 %	50 %	0 %	50 %	257793010
129	NC_013206	GC	3	6	56377	56382	0 %	0 %	50 %	50 %	257793010
130	NC_013206	CG	5	10	56418	56427	0 %	0 %	50 %	50 %	257793010
131	NC_013206	GC	3	6	57033	57038	0 %	0 %	50 %	50 %	257793010
132	NC_013206	GC	3	6	57408	57413	0 %	0 %	50 %	50 %	257793010
133	NC_013206	GC	3	6	58490	58495	0 %	0 %	50 %	50 %	257793010
134	NC_013206	TC	3	6	59491	59496	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_013206	GT	3	6	59569	59574	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013206	CG	3	6	59602	59607	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
137	NC_013206	TG	3	6	59613	59618	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013206	GT	3	6	59668	59673	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013206	GT	3	6	59744	59749	0 %	50 %	50 %	0 %	257793012
140	NC_013206	CA	3	6	60201	60206	50 %	0 %	0 %	50 %	257793012
141	NC_013206	GT	3	6	60253	60258	0 %	50 %	50 %	0 %	257793012
142	NC_013206	CG	4	8	60623	60630	0 %	0 %	50 %	50 %	257793013
143	NC_013206	CG	3	6	60774	60779	0 %	0 %	50 %	50 %	257793013
144	NC_013206	GA	3	6	60893	60898	50 %	0 %	50 %	0 %	257793013
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.