MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 chromosome

Total Repeats: 92

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013205	AAGCGA	2	12	13128	13139	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_013205	AAGCGA	2	12	27431	27442	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_013205	CAGGGG	2	12	153007	153018	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_013205	GCCGCG	2	12	155813	155824	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_013205	CTAGTC	2	12	192604	192615	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_013205	TGAGGG	2	12	202287	202298	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013205	GGAGGC	2	12	203134	203145	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_013205	AAGCGA	2	12	228267	228278	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_013205	ACGGGC	2	12	280250	280261	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_013205	AAGCGA	2	12	298344	298355	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_013205	GCGAGA	2	12	305817	305828	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_013205	CGATAT	2	12	317134	317145	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_013205	CATCGA	2	12	319579	319590	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_013205	CACAGA	2	12	338840	338851	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_013205	CCGCGC	2	12	341096	341107	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_013205	AGGGGA	2	12	350106	350117	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013205	GGCGCG	2	12	367312	367323	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_013205	TCGGAC	2	12	374419	374430	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_013205	TGCATG	2	12	375991	376002	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_013205	AACAGA	2	12	436155	436166	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_013205	AAGCGA	2	12	463038	463049	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_013205	GGAGAC	2	12	536418	536429	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_013205	ATTGGG	2	12	541702	541713	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013205	TGTCAA	2	12	550665	550676	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_013205	TCGAGT	2	12	579760	579771	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_013205	GACGGT	2	12	594647	594658	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_013205	GAGGCG	2	12	594996	595007	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_013205	GCTGAA	2	12	595173	595184	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_013205	CTTCGA	2	12	618866	618877	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_013205	GCTCTG	2	12	624357	624368	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_013205	GACACG	2	12	624982	624993	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_013205	AAATCA	2	12	648818	648829	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_013205	GATGGG	2	12	717667	717678	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013205	GATGGA	2	12	724594	724605	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013205	CAAAAA	2	12	749465	749476	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_013205	GTGTAA	2	12	864720	864731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013205	GACAGG	2	12	883060	883071	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_013205	CCGATA	2	12	995929	995940	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_013205	GGAGTG	2	12	1021824	1021835	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013205	GGCGAT	2	12	1052026	1052037	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_013205	CGCCGA	2	12	1052040	1052051	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_013205	TTAGAA	2	12	1151742	1151753	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013205	TAGTCT	2	12	1157593	1157604	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_013205	CTTCGA	2	12	1202673	1202684	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_013205	GTTCGT	2	12	1207155	1207166	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_013205	GCTCAA	2	12	1292413	1292424	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_013205	TTGACT	2	12	1311563	1311574	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_013205	GCGGTG	2	12	1348244	1348255	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_013205	GTCGGC	2	12	1393086	1393097	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_013205	GGCGCG	2	12	1394008	1394019	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_013205	AAGCGA	2	12	1411178	1411189	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_013205	ACCCGA	2	12	1434191	1434202	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_013205	GGGCCG	2	12	1485640	1485651	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_013205	TGCCGT	2	12	1485842	1485853	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_013205	ACTCTA	2	12	1549984	1549995	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_013205	TTGCAG	2	12	1558142	1558153	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_013205	CAAAAA	2	12	1592352	1592363	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_013205	GAGAAA	2	12	1697500	1697511	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013205	TCGCTT	2	12	1782114	1782125	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_013205	AAGGCA	2	12	1895153	1895164	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_013205	GTGCAA	2	12	1913289	1913300	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_013205	GGCGCG	2	12	1930963	1930974	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_013205	GCGCCC	2	12	1948220	1948231	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_013205	CTCGTT	2	12	2001651	2001662	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_013205	CCGCTC	2	12	2073790	2073801	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_013205	TCTCCA	2	12	2107339	2107350	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_013205	CGGTCT	2	12	2107684	2107695	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_013205	CTGGAG	2	12	2108594	2108605	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_013205	TCGAAA	2	12	2122960	2122971	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_013205	TCAGCG	2	12	2259661	2259672	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_013205	CGCGCC	2	12	2302396	2302407	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_013205	GTCGCA	2	12	2337805	2337816	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_013205	GCCGGA	2	12	2347601	2347612	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_013205	CAGCGG	2	12	2375577	2375588	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_013205	CACACC	2	12	2438558	2438569	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_013205	GACAGA	2	12	2480608	2480619	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_013205	CGCCTC	2	12	2513969	2513980	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_013205	TATTCA	2	12	2591595	2591606	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_013205	AGGGGG	2	12	2619939	2619950	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013205	CTATGA	2	12	2634590	2634601	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_013205	CCTCGC	2	12	2658062	2658073	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_013205	TTCGTG	2	12	2664600	2664611	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_013205	ATGCCG	2	12	2789720	2789731	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_013205	CGCCCT	2	12	2800721	2800732	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_013205	TTTGAT	2	12	2810012	2810023	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013205	GACTTT	2	12	2810029	2810040	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_013205	TTTTTC	2	12	2841207	2841218	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_013205	TTTCTG	2	12	2892049	2892060	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_013205	GCCCCA	2	12	2894998	2895009	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_013205	CGTCCG	2	12	2922673	2922684	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_013205	TCTGCC	2	12	2986075	2986086	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
92	NC_013205	GGCGAG	2	12	2987036	2987047	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.