MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Atopobium parvulum DSM 20469 chromosome

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013203	GTTTT	2	10	22750	22759	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013203	TGATT	2	10	23933	23942	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013203	GAATG	2	10	28637	28646	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013203	ATTTG	2	10	28788	28797	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013203	AATTT	2	10	54359	54368	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013203	CGGTA	2	10	62960	62969	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_013203	CTGCG	2	10	71967	71976	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_013203	ATGGA	2	10	81107	81116	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013203	CAATA	2	10	86248	86257	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_013203	AAATT	2	10	96550	96559	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013203	CAGTA	2	10	108295	108304	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_013203	AGATG	2	10	125534	125543	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013203	TCCTC	2	10	138106	138115	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
14	NC_013203	GTCAC	2	10	143755	143764	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_013203	ATTTA	2	10	145990	145999	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013203	ATAGA	2	10	151482	151491	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013203	GCAAG	2	10	156197	156206	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_013203	TGTTT	2	10	161701	161710	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013203	ACTTT	2	10	206946	206955	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_013203	AGGAG	2	10	217025	217034	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013203	AGTAA	2	10	226151	226160	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013203	GCTTT	2	10	231527	231536	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_013203	CAGAT	2	10	242780	242789	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_013203	CGTCT	2	10	242811	242820	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_013203	TTTTA	2	10	251916	251925	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013203	TTGCG	2	10	261728	261737	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_013203	TAATT	2	10	263326	263335	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013203	AGGTT	2	10	295246	295255	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013203	ATATG	2	10	361954	361963	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013203	TCGAT	2	10	373162	373171	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_013203	TTGCA	2	10	388009	388018	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_013203	GAAAA	2	10	403945	403954	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013203	AACCT	2	10	441277	441286	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_013203	TCAAA	2	10	476053	476062	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_013203	GCATC	2	10	476078	476087	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_013203	ACTAT	2	10	481513	481522	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_013203	GTATT	2	10	506079	506088	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013203	AGTTA	2	10	533713	533722	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013203	AATTA	2	10	573360	573369	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013203	ATGAA	2	10	617004	617013	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013203	CGTCA	2	10	618537	618546	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_013203	TGCAC	2	10	632017	632026	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_013203	GAAAG	2	10	651773	651782	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013203	AAATG	2	10	665535	665544	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013203	CGTAA	2	10	668502	668511	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_013203	TTAGG	2	10	698356	698365	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013203	AAAAT	2	10	710989	710998	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013203	TTTTC	2	10	718108	718117	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_013203	AGCTA	2	10	727634	727643	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_013203	TTTGT	2	10	773174	773183	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013203	ATGTT	2	10	832045	832054	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013203	CAAAG	2	10	837524	837533	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_013203	CTTAT	2	10	860955	860964	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_013203	CTTTC	2	10	869218	869227	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_013203	ATTTT	2	10	880162	880171	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013203	ACTAA	2	10	889069	889078	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_013203	GCAGC	2	10	904121	904130	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_013203	TCATA	2	10	935302	935311	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_013203	CCTAT	2	10	958471	958480	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_013203	GCTTA	2	10	991465	991474	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_013203	CTCTT	2	10	1006899	1006908	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_013203	TCGTC	2	10	1018481	1018490	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_013203	AGTAA	2	10	1024614	1024623	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013203	ACAAA	2	10	1076739	1076748	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_013203	TTGTT	2	10	1088106	1088115	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013203	ATCAA	2	10	1095640	1095649	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_013203	TTGAA	2	10	1110908	1110917	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013203	AATAA	2	10	1153887	1153896	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013203	TTCCC	2	10	1156991	1157000	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_013203	AAAGA	2	10	1157426	1157435	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013203	TTCAA	2	10	1203498	1203507	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_013203	AAAAT	2	10	1211612	1211621	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013203	AAAGC	2	10	1213801	1213810	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_013203	CTTTC	2	10	1214879	1214888	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_013203	CATTT	2	10	1230180	1230189	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_013203	TATCT	2	10	1260984	1260993	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_013203	CTTAA	2	10	1292406	1292415	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_013203	TTATT	2	10	1347659	1347668	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013203	ATATA	2	10	1354498	1354507	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013203	CGGGG	2	10	1356673	1356682	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
81	NC_013203	AAGAA	2	10	1376852	1376861	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013203	TACCT	2	10	1402372	1402381	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_013203	TTTAA	2	10	1407860	1407869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013203	TAACA	2	10	1407963	1407972	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_013203	TAAAA	2	10	1412307	1412316	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013203	TTTAA	2	10	1413729	1413738	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013203	ATTCA	2	10	1419486	1419495	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_013203	TCAAT	2	10	1426885	1426894	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_013203	ATTAA	2	10	1453455	1453464	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013203	AAAGA	2	10	1453845	1453854	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013203	GCCTT	2	10	1455377	1455386	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_013203	CACGA	2	10	1457487	1457496	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_013203	AGTTG	2	10	1458570	1458579	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013203	CGCTG	2	10	1458716	1458725	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
95	NC_013203	CGCGG	2	10	1458746	1458755	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
96	NC_013203	CCAGA	2	10	1481907	1481916	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_013203	GAGTT	2	10	1515002	1515011	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013203	CTTTT	2	10	1521524	1521533	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_013203	AAAAG	2	10	1524199	1524208	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.