MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halomicrobium mukohataei DSM 12286 plasmid pHmuk01

Total Repeats: 188

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013201	CGACG	2	10	328	337	20 %	0 %	40 %	40 %	257372909
2	NC_013201	GCCGA	2	10	2235	2244	20 %	0 %	40 %	40 %	257372910
3	NC_013201	CCCGA	2	10	4772	4781	20 %	0 %	20 %	60 %	257372913
4	NC_013201	ACGTG	2	10	5091	5100	20 %	20 %	40 %	20 %	257372913
5	NC_013201	GGTGG	2	10	5206	5215	0 %	20 %	80 %	0 %	257372913
6	NC_013201	CTCCG	2	10	6106	6115	0 %	20 %	20 %	60 %	257372913
7	NC_013201	CGTCG	2	10	7051	7060	0 %	20 %	40 %	40 %	257372913
8	NC_013201	GGACG	2	10	8885	8894	20 %	0 %	60 %	20 %	257372914
9	NC_013201	CAGAC	2	10	9016	9025	40 %	0 %	20 %	40 %	257372914
10	NC_013201	GAACG	2	10	12418	12427	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_013201	CCGAG	2	10	15620	15629	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_013201	TCCGA	2	10	18345	18354	20 %	20 %	20 %	40 %	257372916
13	NC_013201	TCGAC	2	10	19037	19046	20 %	20 %	20 %	40 %	257372917
14	NC_013201	CGGTC	2	10	20064	20073	0 %	20 %	40 %	40 %	257372917
15	NC_013201	GAGAG	2	10	21306	21315	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013201	GGCGA	2	10	22896	22905	20 %	0 %	60 %	20 %	257372919
17	NC_013201	CAGCG	2	10	22944	22953	20 %	0 %	40 %	40 %	257372919
18	NC_013201	CGTCG	2	10	27388	27397	0 %	20 %	40 %	40 %	257372924
19	NC_013201	TCGCG	2	10	27530	27539	0 %	20 %	40 %	40 %	257372924
20	NC_013201	CGAGC	2	10	27798	27807	20 %	0 %	40 %	40 %	257372924
21	NC_013201	GCGAC	2	10	28703	28712	20 %	0 %	40 %	40 %	257372925
22	NC_013201	GGACG	2	10	29016	29025	20 %	0 %	60 %	20 %	257372925
23	NC_013201	CTCGC	2	10	29521	29530	0 %	20 %	20 %	60 %	257372925
24	NC_013201	GCGAG	2	10	29940	29949	20 %	0 %	60 %	20 %	257372925
25	NC_013201	CGGTG	2	10	30807	30816	0 %	20 %	60 %	20 %	257372925
26	NC_013201	GCTGT	2	10	31609	31618	0 %	40 %	40 %	20 %	257372925
27	NC_013201	TCGTC	2	10	31900	31909	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_013201	GAGAG	2	10	32437	32446	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013201	GAAAC	2	10	33918	33927	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_013201	TGGGC	2	10	34343	34352	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_013201	TGGTC	2	10	35589	35598	0 %	40 %	40 %	20 %	257372926
32	NC_013201	GGACA	2	10	35878	35887	40 %	0 %	40 %	20 %	257372927
33	NC_013201	CGCGT	2	10	39907	39916	0 %	20 %	40 %	40 %	257372933
34	NC_013201	GAAAT	2	10	41010	41019	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013201	TATGT	2	10	41310	41319	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013201	CACCC	2	10	41525	41534	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
37	NC_013201	GTGGC	2	10	43658	43667	0 %	20 %	60 %	20 %	257372934
38	NC_013201	TCCCG	2	10	45399	45408	0 %	20 %	20 %	60 %	257372935
39	NC_013201	GATCC	2	10	46010	46019	20 %	20 %	20 %	40 %	257372935
40	NC_013201	CGACG	2	10	46062	46071	20 %	0 %	40 %	40 %	257372935
41	NC_013201	GAACG	2	10	46347	46356	40 %	0 %	40 %	20 %	257372935
42	NC_013201	CGAGA	2	10	46401	46410	40 %	0 %	40 %	20 %	257372935
43	NC_013201	GCTCG	2	10	47127	47136	0 %	20 %	40 %	40 %	257372935
44	NC_013201	ACCGG	2	10	51850	51859	20 %	0 %	40 %	40 %	257372938
45	NC_013201	CCCAG	2	10	55137	55146	20 %	0 %	20 %	60 %	257372939
46	NC_013201	AGGCC	2	10	55695	55704	20 %	0 %	40 %	40 %	257372939
47	NC_013201	GCTGT	2	10	57218	57227	0 %	40 %	40 %	20 %	257372940
48	NC_013201	GTTCC	2	10	57968	57977	0 %	40 %	20 %	40 %	257372940
49	NC_013201	TTGAA	2	10	58319	58328	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013201	CGTCG	2	10	59882	59891	0 %	20 %	40 %	40 %	257372942
51	NC_013201	CTGAA	2	10	61044	61053	40 %	20 %	20 %	20 %	257372943
52	NC_013201	CTCGT	2	10	61513	61522	0 %	40 %	20 %	40 %	257372944
53	NC_013201	CGTCT	2	10	62515	62524	0 %	40 %	20 %	40 %	257372945
54	NC_013201	CGTCG	2	10	62529	62538	0 %	20 %	40 %	40 %	257372945
55	NC_013201	CGGCG	2	10	62776	62785	0 %	0 %	60 %	40 %	257372946
56	NC_013201	CGACT	2	10	67828	67837	20 %	20 %	20 %	40 %	257372950
57	NC_013201	GTTTA	2	10	71670	71679	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013201	TCCCG	2	10	72330	72339	0 %	20 %	20 %	60 %	257372955
59	NC_013201	GCGTC	2	10	72668	72677	0 %	20 %	40 %	40 %	257372956
60	NC_013201	GAACC	2	10	76065	76074	40 %	0 %	20 %	40 %	257372960
61	NC_013201	CGATG	2	10	76625	76634	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_013201	CGGAC	2	10	77426	77435	20 %	0 %	40 %	40 %	257372962
63	NC_013201	GTCGT	2	10	78065	78074	0 %	40 %	40 %	20 %	257372963
64	NC_013201	TGTTC	2	10	79593	79602	0 %	60 %	20 %	20 %	257372963
65	NC_013201	GTTCT	2	10	79824	79833	0 %	60 %	20 %	20 %	257372964
66	NC_013201	CGTCC	2	10	80154	80163	0 %	20 %	20 %	60 %	257372964
67	NC_013201	GACGC	2	10	80423	80432	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_013201	GCGTC	2	10	80480	80489	0 %	20 %	40 %	40 %	257372965
69	NC_013201	CTGTC	2	10	82595	82604	0 %	40 %	20 %	40 %	257372967
70	NC_013201	CCCGA	2	10	83901	83910	20 %	0 %	20 %	60 %	257372968
71	NC_013201	CCCCT	2	10	85176	85185	0 %	20 %	0 %	80 %	257372968
72	NC_013201	CCGCT	2	10	85807	85816	0 %	20 %	20 %	60 %	257372969
73	NC_013201	TCCGG	2	10	86149	86158	0 %	20 %	40 %	40 %	257372969
74	NC_013201	CGGCG	2	10	87657	87666	0 %	0 %	60 %	40 %	257372970
75	NC_013201	CGTCT	2	10	87904	87913	0 %	40 %	20 %	40 %	257372971
76	NC_013201	CACTG	2	10	87971	87980	20 %	20 %	20 %	40 %	257372971
77	NC_013201	CGGAC	2	10	89057	89066	20 %	0 %	40 %	40 %	257372971
78	NC_013201	ACCCC	2	10	89662	89671	20 %	0 %	0 %	80 %	257372971
79	NC_013201	GACGG	2	10	89991	90000	20 %	0 %	60 %	20 %	257372971
80	NC_013201	GACGG	2	10	90111	90120	20 %	0 %	60 %	20 %	257372971
81	NC_013201	GACGG	2	10	90231	90240	20 %	0 %	60 %	20 %	257372971
82	NC_013201	ACCGG	2	10	90670	90679	20 %	0 %	40 %	40 %	257372971
83	NC_013201	GACGG	2	10	90711	90720	20 %	0 %	60 %	20 %	257372971
84	NC_013201	GGATC	2	10	90979	90988	20 %	20 %	40 %	20 %	257372972
85	NC_013201	GACCT	2	10	92123	92132	20 %	20 %	20 %	40 %	257372972
86	NC_013201	TCGAT	2	10	92589	92598	20 %	40 %	20 %	20 %	257372973
87	NC_013201	CGAGT	2	10	93259	93268	20 %	20 %	40 %	20 %	257372973
88	NC_013201	ATGTG	2	10	93600	93609	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013201	ACCGC	2	10	95821	95830	20 %	0 %	20 %	60 %	257372975
90	NC_013201	CGGGG	2	10	98214	98223	0 %	0 %	80 %	20 %	257372979
91	NC_013201	CCGGA	2	10	100297	100306	20 %	0 %	40 %	40 %	257372980
92	NC_013201	GACGG	2	10	100521	100530	20 %	0 %	60 %	20 %	257372980
93	NC_013201	ACGCG	2	10	101927	101936	20 %	0 %	40 %	40 %	257372981
94	NC_013201	TCGCT	2	10	102777	102786	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_013201	AGGAC	2	10	107695	107704	40 %	0 %	40 %	20 %	257372986
96	NC_013201	ACGGC	2	10	108478	108487	20 %	0 %	40 %	40 %	257372987
97	NC_013201	CCGGG	2	10	108872	108881	0 %	0 %	60 %	40 %	257372987
98	NC_013201	CGAGA	2	10	109007	109016	40 %	0 %	40 %	20 %	257372987
99	NC_013201	GCCCG	2	10	109755	109764	0 %	0 %	40 %	60 %	257372987
100	NC_013201	CGACG	2	10	109805	109814	20 %	0 %	40 %	40 %	257372987
101	NC_013201	ACCGG	2	10	111525	111534	20 %	0 %	40 %	40 %	257372988
102	NC_013201	AGTCG	2	10	112875	112884	20 %	20 %	40 %	20 %	257372988
103	NC_013201	TCGAC	2	10	113574	113583	20 %	20 %	20 %	40 %	257372988
104	NC_013201	GTCGA	2	10	114952	114961	20 %	20 %	40 %	20 %	257372989
105	NC_013201	GTCGT	2	10	117152	117161	0 %	40 %	40 %	20 %	257372990
106	NC_013201	CTGCC	2	10	121786	121795	0 %	20 %	20 %	60 %	257372994
107	NC_013201	GTCAG	2	10	126944	126953	20 %	20 %	40 %	20 %	257372996
108	NC_013201	CGAGC	2	10	127904	127913	20 %	0 %	40 %	40 %	257372997
109	NC_013201	CGACA	2	10	128077	128086	40 %	0 %	20 %	40 %	257372997
110	NC_013201	TCAAC	2	10	129183	129192	40 %	20 %	0 %	40 %	257372997
111	NC_013201	CCGCT	2	10	130100	130109	0 %	20 %	20 %	60 %	257372997
112	NC_013201	ACCGA	2	10	130676	130685	40 %	0 %	20 %	40 %	257372997
113	NC_013201	GTATG	2	10	131080	131089	20 %	40 %	40 %	0 %	257372997
114	NC_013201	GACTT	2	10	131145	131154	20 %	40 %	20 %	20 %	257372997
115	NC_013201	GAAGC	2	10	132326	132335	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_013201	GGGCT	2	10	136613	136622	0 %	20 %	60 %	20 %	257373003
117	NC_013201	CCGGA	2	10	137476	137485	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_013201	GCCCG	2	10	138636	138645	0 %	0 %	40 %	60 %	257373004
119	NC_013201	CGACG	2	10	138881	138890	20 %	0 %	40 %	40 %	257373005
120	NC_013201	GACTG	2	10	139411	139420	20 %	20 %	40 %	20 %	257373005
121	NC_013201	GACAC	2	10	140383	140392	40 %	0 %	20 %	40 %	257373006
122	NC_013201	CCACG	2	10	140422	140431	20 %	0 %	20 %	60 %	257373006
123	NC_013201	GATCG	2	10	141788	141797	20 %	20 %	40 %	20 %	257373006
124	NC_013201	GCCGC	2	10	142766	142775	0 %	0 %	40 %	60 %	257373007
125	NC_013201	TCGAC	2	10	143128	143137	20 %	20 %	20 %	40 %	257373008
126	NC_013201	AGACG	2	10	143569	143578	40 %	0 %	40 %	20 %	257373008
127	NC_013201	CAGCG	2	10	149027	149036	20 %	0 %	40 %	40 %	257373013
128	NC_013201	CGTAA	2	10	149423	149432	40 %	20 %	20 %	20 %	257373013
129	NC_013201	CGGGA	2	10	149946	149955	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
130	NC_013201	GTCCA	2	10	150783	150792	20 %	20 %	20 %	40 %	257373016
131	NC_013201	GCCGC	2	10	156557	156566	0 %	0 %	40 %	60 %	257373021
132	NC_013201	TCCAG	2	10	157311	157320	20 %	20 %	20 %	40 %	257373022
133	NC_013201	GTTTT	2	10	158057	158066	0 %	80 %	20 %	0 %	257373022
134	NC_013201	TCAAC	2	10	159201	159210	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_013201	CACTA	2	10	159466	159475	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_013201	GTCGC	2	10	160712	160721	0 %	20 %	40 %	40 %	257373025
137	NC_013201	GCTTC	2	10	166384	166393	0 %	40 %	20 %	40 %	257373033
138	NC_013201	TCTGC	2	10	166441	166450	0 %	40 %	20 %	40 %	257373033
139	NC_013201	AGCGG	2	10	166627	166636	20 %	0 %	60 %	20 %	257373033
140	NC_013201	GGTCG	2	10	172303	172312	0 %	20 %	60 %	20 %	257373039
141	NC_013201	TACGA	2	10	173432	173441	40 %	20 %	20 %	20 %	257373041
142	NC_013201	GTCGC	2	10	173618	173627	0 %	20 %	40 %	40 %	257373041
143	NC_013201	GCACC	2	10	175336	175345	20 %	0 %	20 %	60 %	257373042
144	NC_013201	GGTCG	2	10	175469	175478	0 %	20 %	60 %	20 %	257373042
145	NC_013201	CTCGT	2	10	175511	175520	0 %	40 %	20 %	40 %	257373043
146	NC_013201	CCGTC	2	10	177848	177857	0 %	20 %	20 %	60 %	257373045
147	NC_013201	ACACC	2	10	179797	179806	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
148	NC_013201	CGCGA	2	10	182301	182310	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
149	NC_013201	TCCTC	2	10	182531	182540	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
150	NC_013201	ACGAC	2	10	182717	182726	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
151	NC_013201	CGTCC	2	10	186257	186266	0 %	20 %	20 %	60 %	257373051
152	NC_013201	ACGCC	2	10	186351	186360	20 %	0 %	20 %	60 %	257373051
153	NC_013201	ACGTG	2	10	187426	187435	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
154	NC_013201	GAGCT	2	10	189251	189260	20 %	20 %	40 %	20 %	257373053
155	NC_013201	ATCGA	2	10	190097	190106	40 %	20 %	20 %	20 %	257373055
156	NC_013201	ACGTC	2	10	190181	190190	20 %	20 %	20 %	40 %	257373055
157	NC_013201	GTCGG	2	10	191781	191790	0 %	20 %	60 %	20 %	257373056
158	NC_013201	GCTCG	2	10	193544	193553	0 %	20 %	40 %	40 %	257373058
159	NC_013201	ACGCG	2	10	193877	193886	20 %	0 %	40 %	40 %	257373058
160	NC_013201	CGCGA	2	10	194607	194616	20 %	0 %	40 %	40 %	257373059
161	NC_013201	GACCA	2	10	195617	195626	40 %	0 %	20 %	40 %	257373061
162	NC_013201	CGGCC	2	10	195855	195864	0 %	0 %	40 %	60 %	257373061
163	NC_013201	GGCGA	2	10	196178	196187	20 %	0 %	60 %	20 %	257373062
164	NC_013201	ACGCG	2	10	197069	197078	20 %	0 %	40 %	40 %	257373063
165	NC_013201	ATATA	2	10	198442	198451	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_013201	CCGAC	2	10	202208	202217	20 %	0 %	20 %	60 %	257373067
167	NC_013201	CTCGT	2	10	202601	202610	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
168	NC_013201	AGCTT	2	10	202689	202698	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
169	NC_013201	AGCTA	2	10	202702	202711	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
170	NC_013201	CTGGG	2	10	202993	203002	0 %	20 %	60 %	20 %	257373068
171	NC_013201	CCGGC	2	10	203419	203428	0 %	0 %	40 %	60 %	257373068
172	NC_013201	AGCGA	2	10	204536	204545	40 %	0 %	40 %	20 %	257373069
173	NC_013201	GTCCT	2	10	207614	207623	0 %	40 %	20 %	40 %	257373072
174	NC_013201	AGCGG	2	10	209227	209236	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
175	NC_013201	TCGAC	2	10	209375	209384	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
176	NC_013201	ACCGT	2	10	209658	209667	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
177	NC_013201	GACTC	2	10	210936	210945	20 %	20 %	20 %	40 %	257373076
178	NC_013201	TCGCG	2	10	211365	211374	0 %	20 %	40 %	40 %	257373076
179	NC_013201	GACCG	2	10	211421	211430	20 %	0 %	40 %	40 %	257373076
180	NC_013201	CGTCA	2	10	211543	211552	20 %	20 %	20 %	40 %	257373077
181	NC_013201	AACGG	2	10	213096	213105	40 %	0 %	40 %	20 %	257373078
182	NC_013201	GATCG	2	10	215901	215910	20 %	20 %	40 %	20 %	257373079
183	NC_013201	AGACG	2	10	216398	216407	40 %	0 %	40 %	20 %	257373080
184	NC_013201	CAGCG	2	10	217622	217631	20 %	0 %	40 %	40 %	257373081
185	NC_013201	ATCGG	2	10	219794	219803	20 %	20 %	40 %	20 %	257373083
186	NC_013201	GAGCG	2	10	220370	220379	20 %	0 %	60 %	20 %	257373083
187	NC_013201	GGCTG	2	10	220463	220472	0 %	20 %	60 %	20 %	257373083
188	NC_013201	CACCG	2	10	220584	220593	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.