MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Lactobacillus rhamnosus Lc 705 plasmid pLC1

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013200	ATTC	2	8	431	438	25 %	50 %	0 %	25 %	258509941
2	NC_013200	CGAC	2	8	1823	1830	25 %	0 %	25 %	50 %	258509942
3	NC_013200	GCTG	2	8	3190	3197	0 %	25 %	50 %	25 %	258509943
4	NC_013200	TTGT	2	8	3510	3517	0 %	75 %	25 %	0 %	258509944
5	NC_013200	GATT	2	8	3560	3567	25 %	50 %	25 %	0 %	258509944
6	NC_013200	GATT	2	8	4727	4734	25 %	50 %	25 %	0 %	258509946
7	NC_013200	TCAT	2	8	4844	4851	25 %	50 %	0 %	25 %	258509947
8	NC_013200	AAAG	2	8	5212	5219	75 %	0 %	25 %	0 %	258509948
9	NC_013200	TGAC	2	8	5226	5233	25 %	25 %	25 %	25 %	258509948
10	NC_013200	TCAG	2	8	5693	5700	25 %	25 %	25 %	25 %	258509949
11	NC_013200	CAAC	2	8	6797	6804	50 %	0 %	0 %	50 %	258509950
12	NC_013200	TCCG	2	8	7074	7081	0 %	25 %	25 %	50 %	258509951
13	NC_013200	GTCA	2	8	7296	7303	25 %	25 %	25 %	25 %	258509951
14	NC_013200	TTTC	2	8	7466	7473	0 %	75 %	0 %	25 %	258509951
15	NC_013200	AACA	2	8	7849	7856	75 %	0 %	0 %	25 %	258509951
16	NC_013200	ATTG	2	8	8814	8821	25 %	50 %	25 %	0 %	258509951
17	NC_013200	AACT	2	8	8942	8949	50 %	25 %	0 %	25 %	258509951
18	NC_013200	AAAC	2	8	9411	9418	75 %	0 %	0 %	25 %	258509951
19	NC_013200	GTGA	2	8	11172	11179	25 %	25 %	50 %	0 %	258509955
20	NC_013200	ATCA	2	8	11367	11374	50 %	25 %	0 %	25 %	258509955
21	NC_013200	TGGT	2	8	11434	11441	0 %	50 %	50 %	0 %	258509956
22	NC_013200	GTTG	2	8	11649	11656	0 %	50 %	50 %	0 %	258509956
23	NC_013200	CTCA	2	8	11731	11738	25 %	25 %	0 %	50 %	258509956
24	NC_013200	ACTG	2	8	12867	12874	25 %	25 %	25 %	25 %	258509958
25	NC_013200	TCGT	2	8	13009	13016	0 %	50 %	25 %	25 %	258509958
26	NC_013200	AGAA	2	8	13104	13111	75 %	0 %	25 %	0 %	258509958
27	NC_013200	AAAT	2	8	14227	14234	75 %	25 %	0 %	0 %	258509959
28	NC_013200	CAAA	2	8	15068	15075	75 %	0 %	0 %	25 %	258509960
29	NC_013200	TGAT	2	8	15104	15111	25 %	50 %	25 %	0 %	258509960
30	NC_013200	TAAG	2	8	15606	15613	50 %	25 %	25 %	0 %	258509961
31	NC_013200	TTAA	2	8	15847	15854	50 %	50 %	0 %	0 %	258509962
32	NC_013200	ATGA	2	8	16611	16618	50 %	25 %	25 %	0 %	258509963
33	NC_013200	CAAG	2	8	16734	16741	50 %	0 %	25 %	25 %	258509963
34	NC_013200	ATCA	2	8	18329	18336	50 %	25 %	0 %	25 %	258509964
35	NC_013200	GAAC	2	8	18561	18568	50 %	0 %	25 %	25 %	258509964
36	NC_013200	GCAG	2	8	18795	18802	25 %	0 %	50 %	25 %	258509964
37	NC_013200	AATG	2	8	18933	18940	50 %	25 %	25 %	0 %	258509964
38	NC_013200	TGTA	2	8	19026	19033	25 %	50 %	25 %	0 %	258509964
39	NC_013200	ATAG	2	8	19612	19619	50 %	25 %	25 %	0 %	258509964
40	NC_013200	CAAG	2	8	19844	19851	50 %	0 %	25 %	25 %	258509965
41	NC_013200	GAAA	2	8	20411	20418	75 %	0 %	25 %	0 %	258509966
42	NC_013200	TCTT	2	8	20950	20957	0 %	75 %	0 %	25 %	258509967
43	NC_013200	TTGC	2	8	21081	21088	0 %	50 %	25 %	25 %	258509967
44	NC_013200	ATTG	2	8	21248	21255	25 %	50 %	25 %	0 %	258509967
45	NC_013200	TGGT	2	8	21461	21468	0 %	50 %	50 %	0 %	258509967
46	NC_013200	CAAG	2	8	21652	21659	50 %	0 %	25 %	25 %	258509968
47	NC_013200	TACC	2	8	22387	22394	25 %	25 %	0 %	50 %	258509968
48	NC_013200	GTAC	2	8	23092	23099	25 %	25 %	25 %	25 %	258509968
49	NC_013200	TGCG	2	8	23310	23317	0 %	25 %	50 %	25 %	258509968
50	NC_013200	TTAT	2	8	23742	23749	25 %	75 %	0 %	0 %	258509968
51	NC_013200	ACGA	2	8	23777	23784	50 %	0 %	25 %	25 %	258509968
52	NC_013200	CTTA	2	8	24125	24132	25 %	50 %	0 %	25 %	258509968
53	NC_013200	TTGG	2	8	24397	24404	0 %	50 %	50 %	0 %	258509969
54	NC_013200	AATC	2	8	27711	27718	50 %	25 %	0 %	25 %	258509976
55	NC_013200	AATA	2	8	27916	27923	75 %	25 %	0 %	0 %	258509976
56	NC_013200	CCTT	2	8	28058	28065	0 %	50 %	0 %	50 %	258509976
57	NC_013200	TAAG	2	8	28273	28280	50 %	25 %	25 %	0 %	258509976
58	NC_013200	ATTC	2	8	28363	28370	25 %	50 %	0 %	25 %	258509976
59	NC_013200	ATAG	2	8	28486	28493	50 %	25 %	25 %	0 %	258509976
60	NC_013200	AGAT	2	8	28789	28796	50 %	25 %	25 %	0 %	258509976
61	NC_013200	AATT	2	8	29594	29601	50 %	50 %	0 %	0 %	258509977
62	NC_013200	AATT	2	8	29738	29745	50 %	50 %	0 %	0 %	258509977
63	NC_013200	ATTT	2	8	30362	30369	25 %	75 %	0 %	0 %	258509977
64	NC_013200	CAAA	2	8	31521	31528	75 %	0 %	0 %	25 %	258509977
65	NC_013200	ATTA	2	8	31931	31938	50 %	50 %	0 %	0 %	258509977
66	NC_013200	ATTG	2	8	32314	32321	25 %	50 %	25 %	0 %	258509977
67	NC_013200	TTAT	2	8	34300	34307	25 %	75 %	0 %	0 %	258509979
68	NC_013200	ATTC	2	8	34312	34319	25 %	50 %	0 %	25 %	258509979
69	NC_013200	TGAT	2	8	34349	34356	25 %	50 %	25 %	0 %	258509979
70	NC_013200	GATT	2	8	35543	35550	25 %	50 %	25 %	0 %	258509980
71	NC_013200	CCAA	2	8	35662	35669	50 %	0 %	0 %	50 %	258509980
72	NC_013200	TATC	2	8	36019	36026	25 %	50 %	0 %	25 %	258509980
73	NC_013200	GGAC	2	8	36141	36148	25 %	0 %	50 %	25 %	258509980
74	NC_013200	CATT	2	8	36747	36754	25 %	50 %	0 %	25 %	258509981
75	NC_013200	CAAT	2	8	38521	38528	50 %	25 %	0 %	25 %	258509984
76	NC_013200	TCGC	2	8	39320	39327	0 %	25 %	25 %	50 %	258509986
77	NC_013200	AATT	2	8	39734	39741	50 %	50 %	0 %	0 %	258509987
78	NC_013200	TCAA	2	8	40742	40749	50 %	25 %	0 %	25 %	258509989
79	NC_013200	CCAA	2	8	41986	41993	50 %	0 %	0 %	50 %	258509989
80	NC_013200	GGCG	2	8	42438	42445	0 %	0 %	75 %	25 %	258509990
81	NC_013200	GGCT	2	8	42837	42844	0 %	25 %	50 %	25 %	258509990
82	NC_013200	CATT	2	8	43222	43229	25 %	50 %	0 %	25 %	258509990
83	NC_013200	TTTG	2	8	43436	43443	0 %	75 %	25 %	0 %	258509991
84	NC_013200	AACA	2	8	43565	43572	75 %	0 %	0 %	25 %	258509991
85	NC_013200	AACT	2	8	43631	43638	50 %	25 %	0 %	25 %	258509991
86	NC_013200	CATA	2	8	45466	45473	50 %	25 %	0 %	25 %	258509994
87	NC_013200	TGAT	2	8	45828	45835	25 %	50 %	25 %	0 %	258509994
88	NC_013200	CTGA	2	8	47553	47560	25 %	25 %	25 %	25 %	258509996
89	NC_013200	AACT	2	8	47590	47597	50 %	25 %	0 %	25 %	258509996
90	NC_013200	GTCG	2	8	47688	47695	0 %	25 %	50 %	25 %	258509996
91	NC_013200	TTGT	2	8	49836	49843	0 %	75 %	25 %	0 %	258510001
92	NC_013200	CAGG	2	8	50626	50633	25 %	0 %	50 %	25 %	258510002
93	NC_013200	CGAC	2	8	50943	50950	25 %	0 %	25 %	50 %	258510002
94	NC_013200	TGAG	2	8	51083	51090	25 %	25 %	50 %	0 %	258510002
95	NC_013200	ACGA	2	8	51092	51099	50 %	0 %	25 %	25 %	258510002
96	NC_013200	TGAC	2	8	51554	51561	25 %	25 %	25 %	25 %	258510003
97	NC_013200	CAGG	2	8	52084	52091	25 %	0 %	50 %	25 %	258510003
98	NC_013200	CATT	2	8	52508	52515	25 %	50 %	0 %	25 %	258510003
99	NC_013200	CAAA	2	8	52713	52720	75 %	0 %	0 %	25 %	258510003
100	NC_013200	AAAC	2	8	52785	52792	75 %	0 %	0 %	25 %	258510003
101	NC_013200	AAAG	2	8	54198	54205	75 %	0 %	25 %	0 %	258510004
102	NC_013200	GATT	2	8	54254	54261	25 %	50 %	25 %	0 %	258510004
103	NC_013200	CAAA	2	8	54425	54432	75 %	0 %	0 %	25 %	258510004
104	NC_013200	TGAG	2	8	54454	54461	25 %	25 %	50 %	0 %	258510004
105	NC_013200	TGGT	2	8	54556	54563	0 %	50 %	50 %	0 %	258510005
106	NC_013200	TGCA	2	8	54607	54614	25 %	25 %	25 %	25 %	258510005
107	NC_013200	CAAC	2	8	54695	54702	50 %	0 %	0 %	50 %	258510005
108	NC_013200	ACCA	2	8	56386	56393	50 %	0 %	0 %	50 %	258510010
109	NC_013200	TCTT	2	8	56659	56666	0 %	75 %	0 %	25 %	258510011
110	NC_013200	GTCA	2	8	56958	56965	25 %	25 %	25 %	25 %	258510011
111	NC_013200	ACGA	2	8	58262	58269	50 %	0 %	25 %	25 %	258510012
112	NC_013200	AGTT	2	8	59280	59287	25 %	50 %	25 %	0 %	258510013
113	NC_013200	ATTG	2	8	59321	59328	25 %	50 %	25 %	0 %	258510013
114	NC_013200	ATAA	2	8	60246	60253	75 %	25 %	0 %	0 %	258510013
115	NC_013200	CAAT	2	8	60467	60474	50 %	25 %	0 %	25 %	258510013
116	NC_013200	AGTA	2	8	61690	61697	50 %	25 %	25 %	0 %	258510014
117	NC_013200	TTGG	2	8	62017	62024	0 %	50 %	50 %	0 %	258510016
118	NC_013200	TGGC	2	8	62937	62944	0 %	25 %	50 %	25 %	258510018

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.