MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Lactobacillus rhamnosus Lc 705 chromosome

Total Repeats: 1761

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013199	TATAT	2	10	1487	1496	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013199	TAAAA	2	10	3091	3100	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013199	TAGGC	2	10	3302	3311	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_013199	GCAAG	2	10	3836	3845	40 %	0 %	40 %	20 %	258538196
5	NC_013199	GATCG	2	10	4026	4035	20 %	20 %	40 %	20 %	258538196
6	NC_013199	GAAAA	2	10	7758	7767	80 %	0 %	20 %	0 %	258538198
7	NC_013199	AAAAT	2	10	10024	10033	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013199	ATTTG	2	10	14208	14217	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013199	CCGGT	2	10	15918	15927	0 %	20 %	40 %	40 %	258538208
10	NC_013199	AGCAG	2	10	17947	17956	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_013199	TGGTG	2	10	22404	22413	0 %	40 %	60 %	0 %	258538214
12	NC_013199	AACTG	2	10	25063	25072	40 %	20 %	20 %	20 %	258538216
13	NC_013199	GATGC	2	10	25313	25322	20 %	20 %	40 %	20 %	258538216
14	NC_013199	GAATA	2	10	25784	25793	60 %	20 %	20 %	0 %	258538217
15	NC_013199	AAAAC	2	10	28635	28644	80 %	0 %	0 %	20 %	258538218
16	NC_013199	ATGAC	2	10	29317	29326	40 %	20 %	20 %	20 %	258538219
17	NC_013199	CTGAT	2	10	30082	30091	20 %	40 %	20 %	20 %	258538220
18	NC_013199	GATTT	2	10	36316	36325	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013199	TTAAT	2	10	36531	36540	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013199	TTTTC	2	10	36912	36921	0 %	80 %	0 %	20 %	258538228
21	NC_013199	AAGGA	2	10	37663	37672	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013199	TAGAT	2	10	41825	41834	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013199	GATCG	2	10	43989	43998	20 %	20 %	40 %	20 %	258538233
24	NC_013199	AAAGC	2	10	45425	45434	60 %	0 %	20 %	20 %	258538234
25	NC_013199	AGACA	2	10	48412	48421	60 %	0 %	20 %	20 %	258538234
26	NC_013199	AGCCA	2	10	48619	48628	40 %	0 %	20 %	40 %	258538234
27	NC_013199	ACAGT	2	10	49095	49104	40 %	20 %	20 %	20 %	258538234
28	NC_013199	CATCG	2	10	52412	52421	20 %	20 %	20 %	40 %	258538237
29	NC_013199	AGCCC	2	10	55441	55450	20 %	0 %	20 %	60 %	258538239
30	NC_013199	TTGGC	2	10	55524	55533	0 %	40 %	40 %	20 %	258538239
31	NC_013199	CCGAT	2	10	58751	58760	20 %	20 %	20 %	40 %	258538241
32	NC_013199	GGCGT	2	10	61228	61237	0 %	20 %	60 %	20 %	258538243
33	NC_013199	AAGTG	2	10	62605	62614	40 %	20 %	40 %	0 %	258538244
34	NC_013199	CATAG	2	10	68212	68221	40 %	20 %	20 %	20 %	258538248
35	NC_013199	CTGAG	2	10	71336	71345	20 %	20 %	40 %	20 %	258538251
36	NC_013199	TTGGA	2	10	71818	71827	20 %	40 %	40 %	0 %	258538251
37	NC_013199	AATGG	2	10	73593	73602	40 %	20 %	40 %	0 %	258538252
38	NC_013199	GATCC	2	10	76225	76234	20 %	20 %	20 %	40 %	258538255
39	NC_013199	GTGGC	2	10	77566	77575	0 %	20 %	60 %	20 %	258538257
40	NC_013199	GCCAA	2	10	78501	78510	40 %	0 %	20 %	40 %	258538258
41	NC_013199	AGTTC	2	10	78735	78744	20 %	40 %	20 %	20 %	258538259
42	NC_013199	AAACC	2	10	78963	78972	60 %	0 %	0 %	40 %	258538259
43	NC_013199	AGATC	2	10	80977	80986	40 %	20 %	20 %	20 %	258538261
44	NC_013199	CGTTT	2	10	84475	84484	0 %	60 %	20 %	20 %	258538264
45	NC_013199	TGGGA	2	10	88179	88188	20 %	20 %	60 %	0 %	258538268
46	NC_013199	GAAAA	2	10	88993	89002	80 %	0 %	20 %	0 %	258538270
47	NC_013199	GAATC	2	10	90248	90257	40 %	20 %	20 %	20 %	258538270
48	NC_013199	ATCGC	2	10	93570	93579	20 %	20 %	20 %	40 %	258538272
49	NC_013199	GTTTT	2	10	100319	100328	0 %	80 %	20 %	0 %	258538282
50	NC_013199	CGAAG	2	10	101041	101050	40 %	0 %	40 %	20 %	258538282
51	NC_013199	CCCAT	2	10	101057	101066	20 %	20 %	0 %	60 %	258538282
52	NC_013199	AGTCG	2	10	101195	101204	20 %	20 %	40 %	20 %	258538282
53	NC_013199	ATCAT	2	10	103711	103720	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_013199	GCTTG	2	10	105004	105013	0 %	40 %	40 %	20 %	258538285
55	NC_013199	GTTTC	2	10	105936	105945	0 %	60 %	20 %	20 %	258538286
56	NC_013199	CCATG	2	10	108430	108439	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_013199	AAAAC	2	10	109228	109237	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_013199	TGGGC	2	10	113455	113464	0 %	20 %	60 %	20 %	258538295
59	NC_013199	AGGGC	2	10	113508	113517	20 %	0 %	60 %	20 %	258538295
60	NC_013199	GCTTT	2	10	114162	114171	0 %	60 %	20 %	20 %	258538295
61	NC_013199	TAACG	2	10	117446	117455	40 %	20 %	20 %	20 %	258538297
62	NC_013199	CCTTG	2	10	117954	117963	0 %	40 %	20 %	40 %	258538298
63	NC_013199	TCTTT	2	10	120336	120345	0 %	80 %	0 %	20 %	258538301
64	NC_013199	ATTGT	2	10	121902	121911	20 %	60 %	20 %	0 %	258538302
65	NC_013199	CAAAA	2	10	122641	122650	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_013199	AACCA	2	10	125081	125090	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_013199	AGCTG	2	10	125801	125810	20 %	20 %	40 %	20 %	258538306
68	NC_013199	AAAAC	2	10	126755	126764	80 %	0 %	0 %	20 %	258538307
69	NC_013199	CGTGG	2	10	132288	132297	0 %	20 %	60 %	20 %	258538311
70	NC_013199	ACCGC	2	10	134656	134665	20 %	0 %	20 %	60 %	258538313
71	NC_013199	GCATC	2	10	136085	136094	20 %	20 %	20 %	40 %	258538314
72	NC_013199	AGGCT	2	10	136338	136347	20 %	20 %	40 %	20 %	258538314
73	NC_013199	GAATC	2	10	136911	136920	40 %	20 %	20 %	20 %	258538315
74	NC_013199	TGGCG	2	10	137106	137115	0 %	20 %	60 %	20 %	258538315
75	NC_013199	AATCA	2	10	138644	138653	60 %	20 %	0 %	20 %	258538316
76	NC_013199	TTTTC	2	10	138961	138970	0 %	80 %	0 %	20 %	258538316
77	NC_013199	GTTTG	2	10	139701	139710	0 %	60 %	40 %	0 %	258538317
78	NC_013199	GGTCA	2	10	140216	140225	20 %	20 %	40 %	20 %	258538318
79	NC_013199	CAGCT	2	10	140439	140448	20 %	20 %	20 %	40 %	258538318
80	NC_013199	CAGCA	2	10	143019	143028	40 %	0 %	20 %	40 %	258538319
81	NC_013199	GGGAT	2	10	144343	144352	20 %	20 %	60 %	0 %	258538320
82	NC_013199	CTCAA	2	10	146490	146499	40 %	20 %	0 %	40 %	258538321
83	NC_013199	GTGCC	2	10	148100	148109	0 %	20 %	40 %	40 %	258538324
84	NC_013199	TAATT	2	10	151684	151693	40 %	60 %	0 %	0 %	258538327
85	NC_013199	ATCGG	2	10	152673	152682	20 %	20 %	40 %	20 %	258538328
86	NC_013199	GTTCG	2	10	154202	154211	0 %	40 %	40 %	20 %	258538330
87	NC_013199	CGGTG	2	10	155161	155170	0 %	20 %	60 %	20 %	258538331
88	NC_013199	GCAAG	2	10	158477	158486	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_013199	TGCTG	2	10	164711	164720	0 %	40 %	40 %	20 %	258538341
90	NC_013199	ACGCT	2	10	164748	164757	20 %	20 %	20 %	40 %	258538341
91	NC_013199	ATTGC	2	10	166970	166979	20 %	40 %	20 %	20 %	258538343
92	NC_013199	GCAAT	2	10	168786	168795	40 %	20 %	20 %	20 %	258538345
93	NC_013199	GCGTG	2	10	171776	171785	0 %	20 %	60 %	20 %	258538350
94	NC_013199	GAAGA	2	10	172008	172017	60 %	0 %	40 %	0 %	258538350
95	NC_013199	CAAAC	2	10	173223	173232	60 %	0 %	0 %	40 %	258538351
96	NC_013199	AATTT	2	10	173959	173968	40 %	60 %	0 %	0 %	258538351
97	NC_013199	GGCAA	3	15	175040	175054	40 %	0 %	40 %	20 %	258538352
98	NC_013199	AATCA	2	10	175834	175843	60 %	20 %	0 %	20 %	258538353
99	NC_013199	TTGGT	2	10	177485	177494	0 %	60 %	40 %	0 %	258538356
100	NC_013199	TCACT	2	10	180721	180730	20 %	40 %	0 %	40 %	258538360
101	NC_013199	AAGTC	2	10	181293	181302	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_013199	TTCAT	2	10	182272	182281	20 %	60 %	0 %	20 %	258538361
103	NC_013199	TCGAC	2	10	182749	182758	20 %	20 %	20 %	40 %	258538361
104	NC_013199	CAAGC	2	10	185759	185768	40 %	0 %	20 %	40 %	258538364
105	NC_013199	TAAGC	2	10	189258	189267	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_013199	CACAA	2	10	190701	190710	60 %	0 %	0 %	40 %	258538369
107	NC_013199	AATAA	2	10	191150	191159	80 %	20 %	0 %	0 %	258538370
108	NC_013199	GTGAT	2	10	192327	192336	20 %	40 %	40 %	0 %	258538370
109	NC_013199	TGGTC	2	10	193557	193566	0 %	40 %	40 %	20 %	258538372
110	NC_013199	TTCGG	2	10	195769	195778	0 %	40 %	40 %	20 %	258538373
111	NC_013199	GGCCG	2	10	196617	196626	0 %	0 %	60 %	40 %	258538374
112	NC_013199	ATGCG	2	10	198793	198802	20 %	20 %	40 %	20 %	258538376
113	NC_013199	GCCGA	2	10	199383	199392	20 %	0 %	40 %	40 %	258538377
114	NC_013199	CCGTT	2	10	199456	199465	0 %	40 %	20 %	40 %	258538377
115	NC_013199	TTGTT	2	10	203026	203035	0 %	80 %	20 %	0 %	258538381
116	NC_013199	AAATT	2	10	207383	207392	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013199	CAGCC	2	10	209179	209188	20 %	0 %	20 %	60 %	258538386
118	NC_013199	GCTAT	2	10	210376	210385	20 %	40 %	20 %	20 %	258538387
119	NC_013199	GACGG	2	10	210743	210752	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_013199	TTATT	2	10	210930	210939	20 %	80 %	0 %	0 %	258538388
121	NC_013199	CAGAT	2	10	212666	212675	40 %	20 %	20 %	20 %	258538390
122	NC_013199	GAAGG	2	10	217051	217060	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013199	TCTTT	2	10	217181	217190	0 %	80 %	0 %	20 %	258538395
124	NC_013199	GACCC	2	10	220628	220637	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
125	NC_013199	CAAAG	2	10	222840	222849	60 %	0 %	20 %	20 %	258538402
126	NC_013199	AAGGT	2	10	223184	223193	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013199	TTCAT	2	10	223459	223468	20 %	60 %	0 %	20 %	258538403
128	NC_013199	TGAGG	2	10	223572	223581	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013199	TGATC	2	10	226179	226188	20 %	40 %	20 %	20 %	258538410
130	NC_013199	GTTGC	2	10	230978	230987	0 %	40 %	40 %	20 %	258538418
131	NC_013199	AGAGA	2	10	236177	236186	60 %	0 %	40 %	0 %	258538425
132	NC_013199	CGATT	2	10	236621	236630	20 %	40 %	20 %	20 %	258538426
133	NC_013199	AAAGC	2	10	244366	244375	60 %	0 %	20 %	20 %	258538435
134	NC_013199	TCCGG	2	10	244443	244452	0 %	20 %	40 %	40 %	258538435
135	NC_013199	CGAAC	2	10	244539	244548	40 %	0 %	20 %	40 %	258538435
136	NC_013199	GGTTT	2	10	245685	245694	0 %	60 %	40 %	0 %	258538436
137	NC_013199	ACGGT	2	10	248428	248437	20 %	20 %	40 %	20 %	258538439
138	NC_013199	ACCGT	2	10	251450	251459	20 %	20 %	20 %	40 %	258538442
139	NC_013199	GCATC	2	10	251565	251574	20 %	20 %	20 %	40 %	258538442
140	NC_013199	TATCA	2	10	251827	251836	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_013199	CGGTT	2	10	255767	255776	0 %	40 %	40 %	20 %	258538445
142	NC_013199	AAATG	2	10	259736	259745	60 %	20 %	20 %	0 %	258538448
143	NC_013199	AGTCA	2	10	259837	259846	40 %	20 %	20 %	20 %	258538448
144	NC_013199	GGTTA	2	10	264888	264897	20 %	40 %	40 %	0 %	258538454
145	NC_013199	AATCT	2	10	265272	265281	40 %	40 %	0 %	20 %	258538454
146	NC_013199	TTTGA	2	10	267027	267036	20 %	60 %	20 %	0 %	258538456
147	NC_013199	CCGGT	2	10	267424	267433	0 %	20 %	40 %	40 %	258538456
148	NC_013199	CATTT	2	10	274913	274922	20 %	60 %	0 %	20 %	258538464
149	NC_013199	AAAGA	2	10	277761	277770	80 %	0 %	20 %	0 %	258538466
150	NC_013199	GTGGA	2	10	277981	277990	20 %	20 %	60 %	0 %	258538466
151	NC_013199	GACCA	2	10	279111	279120	40 %	0 %	20 %	40 %	258538468
152	NC_013199	AGCTT	2	10	280012	280021	20 %	40 %	20 %	20 %	258538468
153	NC_013199	ATTTG	2	10	281414	281423	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
154	NC_013199	CGGCA	2	10	282651	282660	20 %	0 %	40 %	40 %	258538470
155	NC_013199	TGATG	2	10	283218	283227	20 %	40 %	40 %	0 %	258538471
156	NC_013199	GGGAT	2	10	283233	283242	20 %	20 %	60 %	0 %	258538471
157	NC_013199	CAAAA	2	10	284928	284937	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
158	NC_013199	AATGA	2	10	287019	287028	60 %	20 %	20 %	0 %	258538476
159	NC_013199	AGGTG	2	10	289253	289262	20 %	20 %	60 %	0 %	258538477
160	NC_013199	TGGGA	2	10	289507	289516	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
161	NC_013199	GTCTG	2	10	290536	290545	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
162	NC_013199	TCGTG	2	10	290870	290879	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
163	NC_013199	TCGCA	2	10	291531	291540	20 %	20 %	20 %	40 %	258538482
164	NC_013199	AAACG	2	10	291944	291953	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
165	NC_013199	GAGAT	2	10	294357	294366	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
166	NC_013199	AAGAT	2	10	294717	294726	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
167	NC_013199	ATTCG	2	10	295838	295847	20 %	40 %	20 %	20 %	258538488
168	NC_013199	GGAAT	2	10	295888	295897	40 %	20 %	40 %	0 %	258538488
169	NC_013199	GATGG	2	10	297931	297940	20 %	20 %	60 %	0 %	258538490
170	NC_013199	GAGGT	2	10	300947	300956	20 %	20 %	60 %	0 %	258538493
171	NC_013199	ACGCA	2	10	304861	304870	40 %	0 %	20 %	40 %	258538498
172	NC_013199	GGATG	2	10	306270	306279	20 %	20 %	60 %	0 %	258538499
173	NC_013199	CAAGC	2	10	308071	308080	40 %	0 %	20 %	40 %	258538501
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176	NC_013199	CGGCA	2	10	317112	317121	20 %	0 %	40 %	40 %	258538508
177	NC_013199	CAAAA	2	10	317217	317226	80 %	0 %	0 %	20 %	258538508
178	NC_013199	GCCAA	2	10	321964	321973	40 %	0 %	20 %	40 %	258538511
179	NC_013199	ATCAG	2	10	329075	329084	40 %	20 %	20 %	20 %	258538517
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183	NC_013199	TCGGC	2	10	331843	331852	0 %	20 %	40 %	40 %	258538519
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187	NC_013199	GTTGG	2	10	334668	334677	0 %	40 %	60 %	0 %	258538522
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195	NC_013199	AGCGG	2	10	360759	360768	20 %	0 %	60 %	20 %	258538546
196	NC_013199	TGGTT	2	10	361289	361298	0 %	60 %	40 %	0 %	258538547
197	NC_013199	AGCGC	2	10	363939	363948	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
198	NC_013199	TGATT	2	10	365960	365969	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
199	NC_013199	GATCG	2	10	369052	369061	20 %	20 %	40 %	20 %	258538556
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201	NC_013199	AAACA	2	10	370519	370528	80 %	0 %	0 %	20 %	258538558
202	NC_013199	ATGCT	2	10	371214	371223	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
203	NC_013199	TGCCT	2	10	372506	372515	0 %	40 %	20 %	40 %	258538560
204	NC_013199	TCCAA	2	10	373176	373185	40 %	20 %	0 %	40 %	258538561
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207	NC_013199	TTTAA	2	10	380172	380181	40 %	60 %	0 %	0 %	258538569
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211	NC_013199	AACTG	2	10	386087	386096	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
212	NC_013199	GCTGG	2	10	388403	388412	0 %	20 %	60 %	20 %	258538578
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214	NC_013199	AATTG	2	10	391012	391021	40 %	40 %	20 %	0 %	258538581
215	NC_013199	GCTTG	2	10	392229	392238	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
216	NC_013199	AAAAG	2	10	394315	394324	80 %	0 %	20 %	0 %	258538584
217	NC_013199	CTCAC	2	10	394426	394435	20 %	20 %	0 %	60 %	258538584
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221	NC_013199	ACTGG	2	10	399374	399383	20 %	20 %	40 %	20 %	258538590
222	NC_013199	TAATT	2	10	400134	400143	40 %	60 %	0 %	0 %	258538591
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234	NC_013199	AAGCA	2	10	415309	415318	60 %	0 %	20 %	20 %	258538604
235	NC_013199	AAAGA	2	10	415976	415985	80 %	0 %	20 %	0 %	258538604
236	NC_013199	CAGAG	2	10	417685	417694	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
237	NC_013199	TGGCG	2	10	419626	419635	0 %	20 %	60 %	20 %	258538607
238	NC_013199	CGTAT	2	10	422501	422510	20 %	40 %	20 %	20 %	258538610
239	NC_013199	AGCCA	2	10	422706	422715	40 %	0 %	20 %	40 %	258538610
240	NC_013199	TTTTC	2	10	423099	423108	0 %	80 %	0 %	20 %	258538611
241	NC_013199	GTTTT	2	10	424494	424503	0 %	80 %	20 %	0 %	258538612
242	NC_013199	TCAAT	2	10	427381	427390	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
243	NC_013199	AATGA	2	10	428609	428618	60 %	20 %	20 %	0 %	258538615
244	NC_013199	CATTC	2	10	429454	429463	20 %	40 %	0 %	40 %	258538616
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246	NC_013199	AGCAA	2	10	430471	430480	60 %	0 %	20 %	20 %	258538617
247	NC_013199	GAAAA	2	10	434902	434911	80 %	0 %	20 %	0 %	258538622
248	NC_013199	GTTGT	2	10	435337	435346	0 %	60 %	40 %	0 %	258538622
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250	NC_013199	GAAGA	2	10	440160	440169	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
251	NC_013199	ATGCG	2	10	440486	440495	20 %	20 %	40 %	20 %	258538628
252	NC_013199	GACTG	2	10	442361	442370	20 %	20 %	40 %	20 %	258538629
253	NC_013199	CAAAA	2	10	445462	445471	80 %	0 %	0 %	20 %	258538632
254	NC_013199	GTTTG	2	10	445566	445575	0 %	60 %	40 %	0 %	258538633
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256	NC_013199	CAGCA	2	10	448088	448097	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
257	NC_013199	ATTTG	2	10	449848	449857	20 %	60 %	20 %	0 %	258538636
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259	NC_013199	TCTAA	2	10	451130	451139	40 %	40 %	0 %	20 %	258538637
260	NC_013199	CTGGC	2	10	451839	451848	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
261	NC_013199	AGGAG	2	10	452319	452328	40 %	0 %	60 %	0 %	258538638
262	NC_013199	ATTGC	2	10	454035	454044	20 %	40 %	20 %	20 %	258538640
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264	NC_013199	ATTTG	2	10	457630	457639	20 %	60 %	20 %	0 %	258538644
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401	NC_013199	ATCAA	2	10	673824	673833	60 %	20 %	0 %	20 %	258538851
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