MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus rhamnosus Lc 705 chromosome

Total Repeats: 350

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013199	TATAT	2	10	1487	1496	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013199	TAAAA	2	10	3091	3100	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013199	TAGGC	2	10	3302	3311	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_013199	AAAAT	2	10	10024	10033	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013199	ATTTG	2	10	14208	14217	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013199	AGCAG	2	10	17947	17956	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_013199	GATTT	2	10	36316	36325	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013199	TTAAT	2	10	36531	36540	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013199	AAGGA	2	10	37663	37672	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013199	TAGAT	2	10	41825	41834	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013199	ATCAT	2	10	103711	103720	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_013199	CCATG	2	10	108430	108439	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_013199	AAAAC	2	10	109228	109237	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_013199	CAAAA	2	10	122641	122650	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_013199	AACCA	2	10	125081	125090	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_013199	GCAAG	2	10	158477	158486	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013199	AAGTC	2	10	181293	181302	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_013199	TAAGC	2	10	189258	189267	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_013199	AAATT	2	10	207383	207392	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013199	GACGG	2	10	210743	210752	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_013199	GAAGG	2	10	217051	217060	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013199	GACCC	2	10	220628	220637	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
23	NC_013199	AAGGT	2	10	223184	223193	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013199	TGAGG	2	10	223572	223581	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013199	TATCA	2	10	251827	251836	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_013199	ATTTG	2	10	281414	281423	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013199	CAAAA	2	10	284928	284937	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_013199	TGGGA	2	10	289507	289516	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013199	GTCTG	2	10	290536	290545	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_013199	TCGTG	2	10	290870	290879	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_013199	AAACG	2	10	291944	291953	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_013199	GAGAT	2	10	294357	294366	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013199	AAGAT	2	10	294717	294726	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013199	AGCGC	2	10	363939	363948	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_013199	TGATT	2	10	365960	365969	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013199	ATGCT	2	10	371214	371223	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_013199	ACTAT	2	10	382951	382960	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_013199	GCGAT	2	10	385880	385889	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_013199	AACTG	2	10	386087	386096	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_013199	GCTTG	2	10	392229	392238	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_013199	TGTAT	2	10	402524	402533	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013199	CAGAG	2	10	417685	417694	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_013199	TCAAT	2	10	427381	427390	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_013199	GAAGA	2	10	440160	440169	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013199	CAGCA	2	10	448088	448097	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_013199	CTGGC	2	10	451839	451848	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_013199	GTGAC	2	10	479213	479222	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_013199	CGGAT	2	10	479673	479682	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_013199	GATTT	2	10	479708	479717	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013199	ATTTT	2	10	485418	485427	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013199	TTTAG	2	10	497122	497131	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013199	CGTCA	2	10	497941	497950	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_013199	TTGCT	2	10	508633	508642	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_013199	TATTG	2	10	513608	513617	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013199	AAATG	2	10	518749	518758	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013199	AAAAG	2	10	520188	520197	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013199	ATGCA	2	10	523011	523020	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_013199	TTTCA	2	10	528815	528824	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_013199	AATAA	2	10	552696	552705	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013199	GAAGT	2	10	560955	560964	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013199	TGATT	2	10	562893	562902	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013199	AATCT	2	10	568060	568069	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_013199	TTTCC	2	10	573639	573648	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_013199	GTGTT	2	10	598750	598759	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013199	TAGAT	2	10	600125	600134	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013199	CAAAC	2	10	600304	600313	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_013199	ATTCA	2	10	600986	600995	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_013199	CCTTT	2	10	605110	605119	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_013199	TGAAA	2	10	609233	609242	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013199	ATTTT	2	10	611274	611283	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013199	GGATT	2	10	611407	611416	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013199	ACAGC	2	10	614504	614513	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_013199	TCAAA	2	10	618482	618491	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_013199	AAAAG	2	10	623034	623043	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013199	TAAAA	2	10	638386	638395	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013199	CTCAC	2	10	654699	654708	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
77	NC_013199	CGATT	2	10	661815	661824	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_013199	ATGCT	2	10	664746	664755	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_013199	GTTGG	2	10	669804	669813	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013199	TTTCT	2	10	670043	670052	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_013199	TTCTA	2	10	681696	681705	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_013199	AATCT	2	10	681890	681899	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_013199	AACAC	2	10	683266	683275	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_013199	CATTT	2	10	692554	692563	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_013199	CTTTT	2	10	705343	705352	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_013199	CATGC	2	10	711881	711890	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_013199	GTAAA	2	10	716327	716336	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013199	ACAAA	2	10	720559	720568	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_013199	TATAA	2	10	742854	742863	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013199	ATAGA	2	10	777590	777599	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013199	AGCAA	2	10	791849	791858	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_013199	GCTCT	2	10	801772	801781	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_013199	AATGA	2	10	816586	816595	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013199	ACGAT	2	10	817180	817189	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_013199	GTCTG	2	10	818553	818562	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_013199	TCGTG	2	10	818887	818896	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_013199	AAACG	2	10	819961	819970	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_013199	GAGAT	2	10	822374	822383	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013199	TGGTA	2	10	826697	826706	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013199	AAATT	2	10	832097	832106	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013199	GTCTG	2	10	838577	838586	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_013199	TCGTG	2	10	838911	838920	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_013199	AAACG	2	10	839985	839994	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_013199	GAGAT	2	10	842398	842407	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013199	CCCAG	2	10	887595	887604	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
106	NC_013199	ACTGA	2	10	893275	893284	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_013199	GTTTA	2	10	896246	896255	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013199	CATTT	2	10	900635	900644	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_013199	TCATT	2	10	912645	912654	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_013199	CATAG	2	10	916571	916580	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_013199	TCGCT	2	10	919772	919781	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_013199	ATTTT	2	10	954696	954705	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013199	GTTTA	2	10	976626	976635	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013199	ATTTA	2	10	988195	988204	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013199	TAGAT	2	10	992178	992187	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013199	GTGTT	2	10	992400	992409	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013199	GTTTT	2	10	1006204	1006213	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013199	AGTTT	2	10	1017721	1017730	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013199	TGAAT	2	10	1033135	1033144	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013199	CACTT	2	10	1052066	1052075	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_013199	CTTTT	2	10	1058958	1058967	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_013199	GACCC	2	10	1066785	1066794	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
123	NC_013199	GAGCC	2	10	1066894	1066903	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
124	NC_013199	TTTTA	2	10	1090757	1090766	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013199	TTTAG	2	10	1099372	1099381	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013199	TGGAG	2	10	1107613	1107622	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013199	CACCT	2	10	1108792	1108801	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
128	NC_013199	TTTTA	2	10	1113803	1113812	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013199	TGAGT	2	10	1114965	1114974	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013199	TGGGG	2	10	1115294	1115303	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013199	TAGTA	2	10	1117345	1117354	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013199	AAAAT	2	10	1118509	1118518	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013199	AAGAT	2	10	1119710	1119719	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013199	TGCTA	2	10	1120915	1120924	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_013199	ATGCT	2	10	1134045	1134054	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_013199	CAAAA	2	10	1138535	1138544	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_013199	ACGAT	2	10	1150237	1150246	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_013199	ACTAA	2	10	1152844	1152853	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_013199	TGGGG	2	10	1153426	1153435	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013199	AAATT	2	10	1158944	1158953	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013199	GCACG	2	10	1161102	1161111	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
142	NC_013199	TCAAA	2	10	1168102	1168111	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_013199	CAAAA	2	10	1174887	1174896	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_013199	CTGGG	2	10	1182503	1182512	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
145	NC_013199	ATGTC	2	10	1197295	1197304	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_013199	TTACT	2	10	1199049	1199058	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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280	NC_013199	TACAT	2	10	2354930	2354939	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
281	NC_013199	GCCAT	2	10	2362629	2362638	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
282	NC_013199	AACCT	2	10	2362640	2362649	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
283	NC_013199	TTTTA	2	10	2362979	2362988	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
284	NC_013199	TTGTA	2	10	2371122	2371131	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
285	NC_013199	TAAAT	2	10	2378237	2378246	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_013199	CCTTC	2	10	2389562	2389571	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
287	NC_013199	CTTAA	2	10	2394620	2394629	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
288	NC_013199	CAAGG	2	10	2402285	2402294	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
289	NC_013199	TCATT	2	10	2408277	2408286	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
290	NC_013199	TGTGC	2	10	2425284	2425293	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
291	NC_013199	AATTG	2	10	2432296	2432305	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
292	NC_013199	CTTTC	2	10	2432898	2432907	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
293	NC_013199	AACTT	2	10	2433084	2433093	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
294	NC_013199	TCTTT	2	10	2454692	2454701	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
295	NC_013199	TTTAT	2	10	2458912	2458921	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_013199	TACGC	2	10	2466513	2466522	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
297	NC_013199	AATCT	2	10	2482033	2482042	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
298	NC_013199	AACAC	2	10	2483409	2483418	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
299	NC_013199	ATTTC	2	10	2495425	2495434	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
300	NC_013199	CCAGC	2	10	2499945	2499954	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
301	NC_013199	CGGCT	2	10	2520103	2520112	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
302	NC_013199	ATCTC	2	10	2545120	2545129	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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305	NC_013199	TAGCC	2	10	2558993	2559002	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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307	NC_013199	TTTGT	2	10	2579916	2579925	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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309	NC_013199	GGTAT	2	10	2596156	2596165	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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313	NC_013199	CAGTC	2	10	2635571	2635580	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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319	NC_013199	TTTAA	2	10	2658542	2658551	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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323	NC_013199	TCTTG	2	10	2690095	2690104	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
324	NC_013199	TGAAC	2	10	2690168	2690177	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
325	NC_013199	CATTT	2	10	2708282	2708291	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
326	NC_013199	ACATA	2	10	2714577	2714586	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
327	NC_013199	CCCAA	2	10	2714844	2714853	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
328	NC_013199	CTTTT	2	10	2747879	2747888	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
329	NC_013199	TCTTG	2	10	2748612	2748621	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
330	NC_013199	CCAGC	2	10	2763657	2763666	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
331	NC_013199	AAGGT	2	10	2763791	2763800	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
332	NC_013199	GCTAA	2	10	2767384	2767393	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
333	NC_013199	CTGTT	2	10	2768947	2768956	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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340	NC_013199	GGGTT	2	10	2793656	2793665	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
341	NC_013199	AAAAG	2	10	2812752	2812761	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
342	NC_013199	ACCTC	2	10	2815110	2815119	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
343	NC_013199	TCTAA	2	10	2816230	2816239	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
344	NC_013199	TGATT	2	10	2818351	2818360	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
345	NC_013199	AACTT	2	10	2818398	2818407	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
346	NC_013199	AAAAT	2	10	2855736	2855745	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
347	NC_013199	AAATG	2	10	2913472	2913481	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
348	NC_013199	GCTAA	2	10	2929698	2929707	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
349	NC_013199	GATTT	2	10	2955018	2955027	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
350	NC_013199	GCTCT	2	10	2967675	2967684	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.