MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Halorhabdus utahensis DSM 12940 chromosome

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013158	GTCTGG	2	12	118555	118566	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_013158	GTCCGT	2	12	126551	126562	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_013158	CACCCA	2	12	147824	147835	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_013158	CGTCTT	2	12	295589	295600	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_013158	GCGCTG	2	12	352601	352612	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_013158	TGCTGG	2	12	371709	371720	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_013158	AGGCAA	2	12	374643	374654	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_013158	GGAACG	2	12	375746	375757	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_013158	TTCCCT	2	12	396496	396507	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_013158	AGTGGG	2	12	479059	479070	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013158	CCGACA	2	12	489382	489393	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_013158	TCGAGA	2	12	574367	574378	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_013158	TGCCGA	2	12	587285	587296	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_013158	GAATAT	2	12	590086	590097	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013158	GTCCCT	2	12	615315	615326	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
16	NC_013158	TGAAAG	2	12	657835	657846	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013158	CGATAG	2	12	658289	658300	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_013158	CGGCCG	2	12	709158	709169	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19	NC_013158	AACCGA	2	12	711860	711871	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_013158	GGTCAT	2	12	772873	772884	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_013158	CCATGA	2	12	783763	783774	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_013158	GTCGGG	2	12	810821	810832	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_013158	CGTGTC	2	12	885519	885530	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_013158	TCCGGT	2	12	887414	887425	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_013158	AGTCCG	2	12	1044804	1044815	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_013158	GTCGGT	2	12	1044954	1044965	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_013158	CTCTCA	2	12	1049794	1049805	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_013158	GCGTCG	2	12	1055646	1055657	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_013158	GACGCA	2	12	1056696	1056707	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_013158	ATTACC	2	12	1092920	1092931	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_013158	CATTCG	2	12	1101204	1101215	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_013158	CTTCGA	2	12	1114559	1114570	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_013158	GGCCGA	2	12	1177190	1177201	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_013158	ACACGA	2	12	1192524	1192535	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_013158	AGTGAA	2	12	1246184	1246195	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013158	TTCACT	2	12	1262259	1262270	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_013158	CGAATC	2	12	1304252	1304263	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_013158	TCAATT	2	12	1356003	1356014	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_013158	AACGTC	2	12	1417476	1417487	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_013158	CGGGAT	2	12	1417940	1417951	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_013158	GAAAGC	2	12	1440509	1440520	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_013158	TTTCAC	2	12	1530731	1530742	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_013158	CACGTC	2	12	1574466	1574477	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
44	NC_013158	GTCGCC	2	12	1653078	1653089	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_013158	CCTGGA	2	12	1659162	1659173	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_013158	TGAGAG	2	12	1666232	1666243	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013158	GATCGG	2	12	1667433	1667444	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_013158	TATGAC	2	12	1688560	1688571	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_013158	CCTTAC	2	12	1688794	1688805	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_013158	ACGGCG	2	12	1742022	1742033	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_013158	GAGTGG	2	12	1742048	1742059	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013158	ACCGAC	2	12	1793228	1793239	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_013158	TATGAA	2	12	1798343	1798354	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013158	GTCGAC	2	12	1812287	1812298	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_013158	TCGACG	2	12	1812399	1812410	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_013158	GGGCGC	2	12	1822332	1822343	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_013158	AGCGAG	2	12	1841121	1841132	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_013158	TTACAT	2	12	1843035	1843046	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_013158	CGTTCG	2	12	1843527	1843538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_013158	CTCGCT	2	12	1849556	1849567	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_013158	GCTTTG	2	12	1892475	1892486	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_013158	CATCGA	2	12	1912113	1912124	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_013158	AGTATG	2	12	1913013	1913024	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013158	CGCGAT	2	12	1958429	1958440	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_013158	AAGTTG	2	12	2036335	2036346	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013158	TCGCGT	2	12	2048666	2048677	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_013158	ACAACC	2	12	2078928	2078939	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_013158	ACAACC	2	12	2078976	2078987	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_013158	ATTGTA	2	12	2079406	2079417	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013158	AGGCCG	2	12	2128286	2128297	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_013158	CGCGTC	2	12	2145397	2145408	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
72	NC_013158	TCCAAT	2	12	2155642	2155653	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_013158	TCGTTA	2	12	2173876	2173887	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_013158	GGGTTC	2	12	2252393	2252404	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_013158	CGAAAG	2	12	2299838	2299849	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_013158	ATAAAT	2	12	2313762	2313773	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013158	CGGGGA	2	12	2416346	2416357	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_013158	GATATC	2	12	2424311	2424322	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_013158	GATCGG	2	12	2438807	2438818	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_013158	GATCCG	2	12	2445650	2445661	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_013158	CAAATC	2	12	2503689	2503700	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_013158	TCATTG	2	12	2630798	2630809	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_013158	GGCGAC	2	12	2643290	2643301	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_013158	GACACT	2	12	2664554	2664565	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_013158	GCCAGC	2	12	2727940	2727951	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_013158	CGCTCG	2	12	2801722	2801733	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
87	NC_013158	GCCAAA	2	12	2827984	2827995	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_013158	AACGTG	2	12	2920862	2920873	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_013158	GACGGC	2	12	2973710	2973721	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.