MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanocaldococcus fervens AG86 chromosome

Total Repeats: 316

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013156	AATAA	2	10	9282	9291	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013156	TATAA	2	10	21524	21533	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013156	TTTAA	2	10	24041	24050	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013156	ACAAA	2	10	27813	27822	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_013156	TTTGA	2	10	32756	32765	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013156	ATAAA	2	10	34320	34329	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013156	TTTTA	2	10	38845	38854	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013156	ATTTT	2	10	42393	42402	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013156	GAAAT	2	10	42937	42946	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013156	TTAAT	2	10	46054	46063	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013156	ACATT	2	10	52077	52086	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_013156	TAAAA	2	10	70405	70414	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013156	GTTTA	2	10	72553	72562	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013156	AAAAT	2	10	76396	76405	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013156	TAAAA	2	10	80237	80246	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013156	ACTTT	2	10	101453	101462	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013156	TATTT	2	10	103694	103703	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013156	TGTTT	2	10	108589	108598	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013156	TTTCA	2	10	114402	114411	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_013156	TTTCT	2	10	115572	115581	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_013156	CTAAA	2	10	119069	119078	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_013156	ATTTT	2	10	119177	119186	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013156	AATAA	2	10	120557	120566	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013156	TAATT	2	10	127332	127341	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013156	AAAAT	2	10	129148	129157	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013156	TTCAA	2	10	129565	129574	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_013156	TTGTA	2	10	129859	129868	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013156	TTTAA	2	10	132513	132522	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013156	TTAAT	2	10	137622	137631	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013156	AAATA	2	10	137756	137765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013156	ATTTT	2	10	147802	147811	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013156	ATTTT	2	10	148995	149004	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013156	TTAGA	2	10	155960	155969	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013156	AAAAT	2	10	156951	156960	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013156	CTCAC	2	10	157618	157627	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
36	NC_013156	TTTTA	2	10	157658	157667	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013156	ATTGA	2	10	158395	158404	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013156	GTTAA	2	10	159039	159048	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013156	GGAAG	2	10	159071	159080	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013156	AAGAA	2	10	160650	160659	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013156	TTCTT	2	10	173319	173328	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_013156	ATTTT	2	10	182099	182108	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013156	GGCTC	2	10	193222	193231	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_013156	ATTTT	2	10	209614	209623	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013156	TTAAA	2	10	209630	209639	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013156	ATTTT	2	10	209674	209683	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013156	ATTTT	2	10	211462	211471	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013156	CTTTT	2	10	220327	220336	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_013156	ACTTT	2	10	221894	221903	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_013156	TACAT	2	10	226179	226188	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_013156	TAAAT	2	10	232504	232513	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013156	ATAAA	2	10	233035	233044	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013156	TAAAA	2	10	233928	233937	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013156	AAACA	2	10	240184	240193	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013156	ATCCA	2	10	259767	259776	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_013156	AGTTA	2	10	262266	262275	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013156	ATTTA	2	10	266062	266071	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013156	TTATT	2	10	269403	269412	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013156	ATAAA	2	10	279361	279370	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013156	TTAAT	2	10	280149	280158	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013156	TTTAG	2	10	281275	281284	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013156	TTCCG	2	10	281445	281454	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_013156	TTCCG	2	10	281517	281526	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_013156	TTCCG	2	10	281587	281596	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_013156	TTCCG	2	10	281659	281668	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_013156	TTCCG	2	10	281725	281734	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_013156	TTCCG	2	10	281791	281800	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_013156	TTCCG	2	10	281857	281866	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_013156	TTCCG	2	10	281922	281931	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_013156	TTCCG	2	10	281990	281999	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_013156	TTCCG	2	10	282058	282067	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_013156	TTCCG	2	10	282125	282134	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_013156	TTCCG	2	10	282194	282203	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_013156	TTCCG	2	10	282258	282267	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_013156	TTCCG	2	10	282326	282335	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_013156	TTCCG	2	10	282393	282402	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_013156	TTCCG	2	10	282460	282469	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_013156	TTCCG	2	10	282524	282533	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_013156	TTCCG	2	10	282591	282600	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_013156	TTCCG	2	10	282659	282668	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_013156	TTCCG	2	10	282726	282735	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_013156	TTCCG	2	10	282794	282803	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_013156	TTCCG	2	10	282862	282871	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_013156	TAATT	2	10	283120	283129	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013156	CGGAA	2	10	313267	313276	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_013156	TAATG	2	10	314154	314163	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013156	AATAA	2	10	325454	325463	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013156	AATTA	2	10	325952	325961	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013156	TCATT	2	10	328177	328186	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_013156	AAGAA	2	10	328273	328282	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013156	TTAAA	2	10	329543	329552	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013156	AATTA	2	10	338094	338103	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013156	AAAAT	2	10	342589	342598	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013156	TTTTA	2	10	342933	342942	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013156	TATTT	2	10	347068	347077	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013156	AAAGA	2	10	358969	358978	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013156	AATTA	2	10	364695	364704	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013156	ACACC	2	10	365470	365479	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
99	NC_013156	ATTAT	2	10	366565	366574	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013156	AAAAT	2	10	372289	372298	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013156	ATCTA	2	10	374693	374702	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_013156	ATTTT	2	10	375234	375243	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013156	ATTTC	2	10	385335	385344	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_013156	CTCAT	2	10	391557	391566	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_013156	CATTT	2	10	391727	391736	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_013156	TAATC	2	10	393225	393234	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_013156	AAACC	2	10	393787	393796	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_013156	TTAAC	2	10	395580	395589	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_013156	ACAAA	2	10	396027	396036	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_013156	ATTAT	2	10	396158	396167	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013156	TAATT	2	10	399347	399356	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013156	GAAGA	2	10	399797	399806	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013156	CCCTC	2	10	402403	402412	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
114	NC_013156	ATTTT	2	10	406410	406419	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013156	TATAA	2	10	406447	406456	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013156	ATTAT	2	10	409894	409903	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013156	TAATT	2	10	414558	414567	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013156	TATAA	2	10	414691	414700	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013156	TTTTA	2	10	422531	422540	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013156	CATTG	2	10	429185	429194	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_013156	AATTA	2	10	435486	435495	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013156	TAAAA	2	10	435643	435652	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013156	AGGGG	2	10	435986	435995	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013156	GGCTA	2	10	461685	461694	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_013156	AGCTG	2	10	464086	464095	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_013156	ATCCA	2	10	465896	465905	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_013156	TTAAT	2	10	466782	466791	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013156	AATTA	2	10	470026	470035	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013156	TGAGG	2	10	470135	470144	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013156	AATGT	2	10	474988	474997	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013156	CGAAG	2	10	481870	481879	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_013156	TAATA	2	10	492107	492116	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013156	AAATA	2	10	502398	502407	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013156	TATTT	2	10	502416	502425	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013156	TAATT	2	10	532282	532291	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013156	ACCAT	2	10	536703	536712	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_013156	TTTAA	2	10	541008	541017	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013156	AAATA	2	10	541393	541402	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013156	ATTTA	2	10	541413	541422	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013156	AAATT	2	10	544709	544718	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013156	TCGCT	2	10	550453	550462	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_013156	TTTAA	2	10	553789	553798	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013156	ATTTT	2	10	563122	563131	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013156	ATTTT	2	10	585356	585365	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_013156	TAAAA	2	10	599011	599020	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013156	TAAAA	2	10	603897	603906	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013156	AAATA	2	10	616978	616987	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_013156	CGTTT	2	10	635550	635559	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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151	NC_013156	ATTAA	2	10	651685	651694	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_013156	AAATA	2	10	738758	738767	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_013156	GAAAA	2	10	1321930	1321939	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
292	NC_013156	TAATA	2	10	1323327	1323336	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_013156	ATTTT	2	10	1326114	1326123	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_013156	CAAAA	2	10	1328688	1328697	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
295	NC_013156	TATTT	2	10	1328712	1328721	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_013156	ATTTT	2	10	1343054	1343063	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_013156	CAGCT	2	10	1343590	1343599	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
298	NC_013156	ATTTA	2	10	1343731	1343740	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_013156	AACAT	2	10	1350389	1350398	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
300	NC_013156	TAAAA	2	10	1350407	1350416	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_013156	ATAAA	2	10	1360633	1360642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_013156	GGATA	2	10	1362212	1362221	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
303	NC_013156	ATTTT	2	10	1363357	1363366	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_013156	TAAAA	2	10	1366802	1366811	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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306	NC_013156	TTTAA	2	10	1385833	1385842	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
307	NC_013156	GGATA	2	10	1395796	1395805	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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309	NC_013156	ATTTT	2	10	1424632	1424641	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
310	NC_013156	TTCTA	2	10	1439818	1439827	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
311	NC_013156	TAAAA	2	10	1441517	1441526	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
312	NC_013156	ATAAA	2	10	1444501	1444510	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
313	NC_013156	ATTTT	2	10	1445571	1445580	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_013156	TTTAT	2	10	1445581	1445590	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_013156	AGCCA	2	10	1449315	1449324	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
316	NC_013156	GTGTG	2	10	1480529	1480538	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.