MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1_lp54

Total Repeats: 47

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013129	ATTTTT	2	12	75	86	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013129	TAAAAA	2	12	91	102	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013129	ATTAAT	2	12	564	575	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013129	ATTAAT	2	12	654	665	50 %	50 %	0 %	0 %	256041952
5	NC_013129	AATTAA	2	12	1153	1164	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013129	TTAAAC	2	12	1625	1636	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	256041953
7	NC_013129	CTGTAT	2	12	3697	3708	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	256041955
8	NC_013129	AAATTT	2	12	4535	4546	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013129	CTTAAG	2	12	4607	4618	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_013129	TAAAAA	2	12	4638	4649	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013129	ACAATA	2	12	5572	5583	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	256041957
12	NC_013129	ATTGAG	2	12	6102	6113	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	256041958
13	NC_013129	AAAAGT	2	12	10932	10943	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	256041965
14	NC_013129	GAAAAA	2	12	12056	12067	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	256041966
15	NC_013129	AAAAAC	2	12	12539	12550	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	256041966
16	NC_013129	AAAGCA	2	12	13011	13022	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	256041967
17	NC_013129	GATAAA	2	12	14336	14347	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	256041969
18	NC_013129	TAAAGA	2	12	14486	14497	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	256041969
19	NC_013129	TTTTTA	2	12	17130	17141	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	256041973
20	NC_013129	TTAAAT	2	12	17300	17311	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013129	TTCCAA	2	12	23137	23148	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	256041978
22	NC_013129	TCTTTT	2	12	24431	24442	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_013129	ATCAAA	2	12	24642	24653	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	256041980
24	NC_013129	TTTTTA	2	12	25062	25073	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	256041980
25	NC_013129	TGAAGA	2	12	25717	25728	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	256041981
26	NC_013129	ATTATG	2	12	25908	25919	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	256041981
27	NC_013129	GTTTTA	2	12	30536	30547	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	256041988
28	NC_013129	GCTTAA	2	12	31622	31633	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	256041989
29	NC_013129	AGGCAC	2	12	31787	31798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	256041990
30	NC_013129	AAAAAG	2	12	33759	33770	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	256041993
31	NC_013129	AAATTC	2	12	33861	33872	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	256041993
32	NC_013129	TACAAA	2	12	34545	34556	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	256041994
33	NC_013129	AAATAT	2	12	35260	35271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	256041995
34	NC_013129	ACAAAA	2	12	35285	35296	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	256041995
35	NC_013129	CTTTTT	2	12	38079	38090	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_013129	TTTGGG	2	12	38320	38331	0 %	50 %	50 %	0 %	256042000
37	NC_013129	GTATTA	2	12	38515	38526	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	256042000
38	NC_013129	AAAATT	2	12	39516	39527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013129	ATTAAT	2	12	41033	41044	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013129	GTTTAA	2	12	41322	41333	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013129	ATTGAT	2	12	42152	42163	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013129	ATTAAA	2	12	42502	42513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013129	CTTTGT	2	12	44406	44417	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	256042006
44	NC_013129	TTTAAA	2	12	46286	46297	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013129	AATATA	2	12	50513	50524	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013129	TTGTTT	2	12	50724	50735	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013129	GGAATT	2	12	51493	51504	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	256042013

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.