MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1_lp54

Total Repeats: 67

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013129	ATTTA	2	10	858	867	40 %	60 %	0 %	0 %	256041952
2	NC_013129	GAATT	2	10	1578	1587	40 %	40 %	20 %	0 %	256041953
3	NC_013129	AGCAA	2	10	1589	1598	60 %	0 %	20 %	20 %	256041953
4	NC_013129	TTTTA	2	10	2066	2075	20 %	80 %	0 %	0 %	256041954
5	NC_013129	GGCAT	2	10	2439	2448	20 %	20 %	40 %	20 %	256041954
6	NC_013129	TAAAT	2	10	4241	4250	60 %	40 %	0 %	0 %	256041955
7	NC_013129	TTAAA	2	10	4888	4897	60 %	40 %	0 %	0 %	256041956
8	NC_013129	AAGAA	2	10	5083	5092	80 %	0 %	20 %	0 %	256041956
9	NC_013129	CAATT	2	10	5741	5750	40 %	40 %	0 %	20 %	256041958
10	NC_013129	TAAAA	2	10	5822	5831	80 %	20 %	0 %	0 %	256041958
11	NC_013129	CATTG	2	10	6661	6670	20 %	40 %	20 %	20 %	256041959
12	NC_013129	AATTT	2	10	8371	8380	40 %	60 %	0 %	0 %	256041961
13	NC_013129	AAGAG	2	10	8711	8720	60 %	0 %	40 %	0 %	256041962
14	NC_013129	CTTTT	2	10	9227	9236	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_013129	ATTTT	2	10	9346	9355	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013129	TATAA	2	10	9388	9397	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013129	AGTAA	2	10	9691	9700	60 %	20 %	20 %	0 %	256041964
18	NC_013129	AGTAA	2	10	10597	10606	60 %	20 %	20 %	0 %	256041965
19	NC_013129	TACTT	2	10	11669	11678	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_013129	ATAAA	2	10	12510	12519	80 %	20 %	0 %	0 %	256041966
21	NC_013129	ATTCA	2	10	13847	13856	40 %	40 %	0 %	20 %	256041968
22	NC_013129	TTAAA	2	10	13879	13888	60 %	40 %	0 %	0 %	256041968
23	NC_013129	GATTT	2	10	14218	14227	20 %	60 %	20 %	0 %	256041968
24	NC_013129	TTTGA	2	10	15024	15033	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013129	ATAAA	3	15	17332	17346	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013129	TTTTA	2	10	17409	17418	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013129	ATTTT	2	10	17436	17445	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013129	AATTA	2	10	18072	18081	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013129	AATAA	2	10	18134	18143	80 %	20 %	0 %	0 %	256041974
30	NC_013129	AAAAG	2	10	19128	19137	80 %	0 %	20 %	0 %	256041975
31	NC_013129	TTCTT	2	10	19809	19818	0 %	80 %	0 %	20 %	256041975
32	NC_013129	CAAAA	2	10	19987	19996	80 %	0 %	0 %	20 %	256041975
33	NC_013129	TAATT	2	10	20375	20384	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013129	TGATT	2	10	21549	21558	20 %	60 %	20 %	0 %	256041977
35	NC_013129	AATTA	2	10	23081	23090	60 %	40 %	0 %	0 %	256041978
36	NC_013129	TATTT	2	10	23341	23350	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013129	TTAAT	2	10	25161	25170	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013129	CAAAT	2	10	28456	28465	60 %	20 %	0 %	20 %	256041984
39	NC_013129	TTTAA	2	10	29184	29193	40 %	60 %	0 %	0 %	256041985
40	NC_013129	GTTTT	2	10	30320	30329	0 %	80 %	20 %	0 %	256041988
41	NC_013129	TAATG	2	10	31820	31829	40 %	40 %	20 %	0 %	256041990
42	NC_013129	TAGAT	2	10	33477	33486	40 %	40 %	20 %	0 %	256041993
43	NC_013129	AAATA	2	10	33747	33756	80 %	20 %	0 %	0 %	256041993
44	NC_013129	AAATC	2	10	34377	34386	60 %	20 %	0 %	20 %	256041994
45	NC_013129	CCAAG	2	10	35608	35617	40 %	0 %	20 %	40 %	256041995
46	NC_013129	AGCAT	2	10	36116	36125	40 %	20 %	20 %	20 %	256041996
47	NC_013129	TATTT	2	10	36242	36251	20 %	80 %	0 %	0 %	256041997
48	NC_013129	CAAAT	2	10	36467	36476	60 %	20 %	0 %	20 %	256041997
49	NC_013129	ATTTT	2	10	39418	39427	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013129	TGCTC	2	10	39829	39838	0 %	40 %	20 %	40 %	256042001
51	NC_013129	AGAAT	2	10	39975	39984	60 %	20 %	20 %	0 %	256042001
52	NC_013129	TATTT	2	10	40135	40144	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013129	ATTTG	2	10	40776	40785	20 %	60 %	20 %	0 %	256042002
54	NC_013129	CAAGA	2	10	40947	40956	60 %	0 %	20 %	20 %	256042002
55	NC_013129	TAATA	2	10	42182	42191	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013129	AGATG	2	10	42289	42298	40 %	20 %	40 %	0 %	256042004
57	NC_013129	ATTAA	2	10	42491	42500	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013129	TCCTT	2	10	43355	43364	0 %	60 %	0 %	40 %	256042005
59	NC_013129	TGTAT	2	10	43765	43774	20 %	60 %	20 %	0 %	256042006
60	NC_013129	ATTTT	2	10	44481	44490	20 %	80 %	0 %	0 %	256042006
61	NC_013129	TTCTT	2	10	44831	44840	0 %	80 %	0 %	20 %	256042007
62	NC_013129	TTTGT	2	10	45496	45505	0 %	80 %	20 %	0 %	256042007
63	NC_013129	CTTTT	2	10	48938	48947	0 %	80 %	0 %	20 %	256042010
64	NC_013129	ATTTT	2	10	49976	49985	20 %	80 %	0 %	0 %	256042012
65	NC_013129	ATATA	2	10	51877	51886	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013129	AAAAG	2	10	52077	52086	80 %	0 %	20 %	0 %	256042014
67	NC_013129	TAAAT	2	10	52872	52881	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.