MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1_lp54

Total Repeats: 169

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013129	AAAT	2	8	298	305	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013129	AATT	2	8	399	406	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013129	GCAA	2	8	521	528	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_013129	TTGC	2	8	551	558	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_013129	ATTT	2	8	788	795	25 %	75 %	0 %	0 %	256041952
6	NC_013129	AGCA	2	8	951	958	50 %	0 %	25 %	25 %	256041952
7	NC_013129	TAAT	2	8	1406	1413	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013129	TAAT	2	8	1976	1983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013129	TTAA	2	8	2034	2041	50 %	50 %	0 %	0 %	256041954
10	NC_013129	CAAA	2	8	2533	2540	75 %	0 %	0 %	25 %	256041954
11	NC_013129	ATTT	2	8	2641	2648	25 %	75 %	0 %	0 %	256041954
12	NC_013129	TCTA	2	8	2907	2914	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_013129	CAAT	2	8	3605	3612	50 %	25 %	0 %	25 %	256041955
14	NC_013129	CCAC	2	8	3738	3745	25 %	0 %	0 %	75 %	256041955
15	NC_013129	AACA	2	8	4194	4201	75 %	0 %	0 %	25 %	256041955
16	NC_013129	TAAA	2	8	4273	4280	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013129	TACA	2	8	4295	4302	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_013129	ATGT	2	8	4307	4314	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013129	TAAA	2	8	4404	4411	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013129	CTTT	2	8	4826	4833	0 %	75 %	0 %	25 %	256041956
21	NC_013129	TAAA	2	8	5175	5182	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013129	ACAA	2	8	5785	5792	75 %	0 %	0 %	25 %	256041958
23	NC_013129	GCAA	2	8	6053	6060	50 %	0 %	25 %	25 %	256041958
24	NC_013129	ACAA	2	8	6471	6478	75 %	0 %	0 %	25 %	256041958
25	NC_013129	CAAA	2	8	7573	7580	75 %	0 %	0 %	25 %	256041960
26	NC_013129	TTGA	2	8	7635	7642	25 %	50 %	25 %	0 %	256041960
27	NC_013129	AAAT	2	8	7675	7682	75 %	25 %	0 %	0 %	256041960
28	NC_013129	ATTT	2	8	8004	8011	25 %	75 %	0 %	0 %	256041960
29	NC_013129	ATAA	2	8	8231	8238	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013129	TAAA	2	8	8408	8415	75 %	25 %	0 %	0 %	256041961
31	NC_013129	TCAA	2	8	8736	8743	50 %	25 %	0 %	25 %	256041962
32	NC_013129	ATCA	2	8	9108	9115	50 %	25 %	0 %	25 %	256041963
33	NC_013129	TTAA	2	8	9312	9319	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013129	TATT	2	8	9451	9458	25 %	75 %	0 %	0 %	256041964
35	NC_013129	GAAG	2	8	10849	10856	50 %	0 %	50 %	0 %	256041965
36	NC_013129	TGAA	2	8	11452	11459	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013129	ATAA	3	12	11462	11473	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013129	TAAA	2	8	11527	11534	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013129	ACTT	2	8	11600	11607	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_013129	ATTA	2	8	11696	11703	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013129	TTTA	2	8	11889	11896	25 %	75 %	0 %	0 %	256041966
42	NC_013129	TAAA	2	8	11898	11905	75 %	25 %	0 %	0 %	256041966
43	NC_013129	GAAA	2	8	11912	11919	75 %	0 %	25 %	0 %	256041966
44	NC_013129	AAAT	2	8	12153	12160	75 %	25 %	0 %	0 %	256041966
45	NC_013129	GAAA	2	8	13332	13339	75 %	0 %	25 %	0 %	256041967
46	NC_013129	TCAA	2	8	13641	13648	50 %	25 %	0 %	25 %	256041968
47	NC_013129	ATTT	2	8	14038	14045	25 %	75 %	0 %	0 %	256041968
48	NC_013129	TAAT	2	8	14089	14096	50 %	50 %	0 %	0 %	256041968
49	NC_013129	TAAA	2	8	14275	14282	75 %	25 %	0 %	0 %	256041968
50	NC_013129	AAAG	2	8	14673	14680	75 %	0 %	25 %	0 %	256041969
51	NC_013129	CTTT	2	8	14786	14793	0 %	75 %	0 %	25 %	256041969
52	NC_013129	ATTT	2	8	14880	14887	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013129	GAAA	2	8	15745	15752	75 %	0 %	25 %	0 %	256041971
54	NC_013129	TAGT	2	8	16543	16550	25 %	50 %	25 %	0 %	256041972
55	NC_013129	ATTT	2	8	16709	16716	25 %	75 %	0 %	0 %	256041973
56	NC_013129	GCAA	2	8	16814	16821	50 %	0 %	25 %	25 %	256041973
57	NC_013129	TTCT	2	8	17190	17197	0 %	75 %	0 %	25 %	256041973
58	NC_013129	TTAG	2	8	17347	17354	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013129	TTAA	2	8	18126	18133	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013129	AAAT	2	8	18256	18263	75 %	25 %	0 %	0 %	256041974
61	NC_013129	ACCA	2	8	18832	18839	50 %	0 %	0 %	50 %	256041975
62	NC_013129	AAAT	2	8	18862	18869	75 %	25 %	0 %	0 %	256041975
63	NC_013129	TCAA	2	8	19551	19558	50 %	25 %	0 %	25 %	256041975
64	NC_013129	GTGG	2	8	19607	19614	0 %	25 %	75 %	0 %	256041975
65	NC_013129	TGCT	2	8	19707	19714	0 %	50 %	25 %	25 %	256041975
66	NC_013129	TTTG	2	8	19903	19910	0 %	75 %	25 %	0 %	256041975
67	NC_013129	TAAT	2	8	20131	20138	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013129	ATTT	2	8	20643	20650	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013129	AAAT	2	8	21026	21033	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013129	GAAA	2	8	21132	21139	75 %	0 %	25 %	0 %	256041977
71	NC_013129	CTTT	2	8	21175	21182	0 %	75 %	0 %	25 %	256041977
72	NC_013129	TGAC	2	8	21233	21240	25 %	25 %	25 %	25 %	256041977
73	NC_013129	TAAG	2	8	21389	21396	50 %	25 %	25 %	0 %	256041977
74	NC_013129	TTGT	2	8	21702	21709	0 %	75 %	25 %	0 %	256041978
75	NC_013129	TGCT	2	8	22918	22925	0 %	50 %	25 %	25 %	256041978
76	NC_013129	CCTT	2	8	23256	23263	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_013129	GATT	2	8	23675	23682	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013129	GCAA	2	8	24111	24118	50 %	0 %	25 %	25 %	256041979
79	NC_013129	GATT	2	8	24843	24850	25 %	50 %	25 %	0 %	256041980
80	NC_013129	CAGA	2	8	24971	24978	50 %	0 %	25 %	25 %	256041980
81	NC_013129	AGTA	2	8	25222	25229	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013129	TAAT	2	8	25260	25267	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013129	AATC	2	8	25483	25490	50 %	25 %	0 %	25 %	256041981
84	NC_013129	AATT	2	8	25567	25574	50 %	50 %	0 %	0 %	256041981
85	NC_013129	CTTG	2	8	25593	25600	0 %	50 %	25 %	25 %	256041981
86	NC_013129	AAAG	2	8	25601	25608	75 %	0 %	25 %	0 %	256041981
87	NC_013129	ATTT	2	8	25985	25992	25 %	75 %	0 %	0 %	256041981
88	NC_013129	CAAA	2	8	26151	26158	75 %	0 %	0 %	25 %	256041981
89	NC_013129	ATAA	2	8	26860	26867	75 %	25 %	0 %	0 %	256041982
90	NC_013129	GAAT	2	8	27234	27241	50 %	25 %	25 %	0 %	256041982
91	NC_013129	TTTG	2	8	27276	27283	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013129	TACT	2	8	28247	28254	25 %	50 %	0 %	25 %	256041984
93	NC_013129	AATT	2	8	28532	28539	50 %	50 %	0 %	0 %	256041984
94	NC_013129	TGTT	2	8	29122	29129	0 %	75 %	25 %	0 %	256041985
95	NC_013129	TTAA	2	8	29510	29517	50 %	50 %	0 %	0 %	256041986
96	NC_013129	CAAA	2	8	29855	29862	75 %	0 %	0 %	25 %	256041987
97	NC_013129	AGAA	2	8	30611	30618	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013129	AGAA	2	8	30621	30628	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013129	GCAA	2	8	31166	31173	50 %	0 %	25 %	25 %	256041989
100	NC_013129	CAAG	2	8	31210	31217	50 %	0 %	25 %	25 %	256041989
101	NC_013129	AGCA	2	8	31835	31842	50 %	0 %	25 %	25 %	256041990
102	NC_013129	CAAT	2	8	32122	32129	50 %	25 %	0 %	25 %	256041990
103	NC_013129	ACAT	2	8	32250	32257	50 %	25 %	0 %	25 %	256041991
104	NC_013129	GGTT	2	8	32525	32532	0 %	50 %	50 %	0 %	256041991
105	NC_013129	TACA	2	8	32791	32798	50 %	25 %	0 %	25 %	256041992
106	NC_013129	AGCA	2	8	34395	34402	50 %	0 %	25 %	25 %	256041994
107	NC_013129	ATTA	2	8	34903	34910	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013129	GTAT	2	8	35058	35065	25 %	50 %	25 %	0 %	256041995
109	NC_013129	TTTA	2	8	35776	35783	25 %	75 %	0 %	0 %	256041995
110	NC_013129	AATT	2	8	35912	35919	50 %	50 %	0 %	0 %	256041996
111	NC_013129	TAAT	2	8	36077	36084	50 %	50 %	0 %	0 %	256041996
112	NC_013129	AATC	2	8	36526	36533	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_013129	ATGA	2	8	37056	37063	50 %	25 %	25 %	0 %	256041998
114	NC_013129	ATTT	2	8	37202	37209	25 %	75 %	0 %	0 %	256041998
115	NC_013129	TTTG	2	8	37268	37275	0 %	75 %	25 %	0 %	256041998
116	NC_013129	AGAC	2	8	37379	37386	50 %	0 %	25 %	25 %	256041998
117	NC_013129	GTTG	2	8	38199	38206	0 %	50 %	50 %	0 %	256042000
118	NC_013129	AGTG	2	8	38711	38718	25 %	25 %	50 %	0 %	256042000
119	NC_013129	AATA	2	8	40022	40029	75 %	25 %	0 %	0 %	256042001
120	NC_013129	AAAT	2	8	40039	40046	75 %	25 %	0 %	0 %	256042001
121	NC_013129	TAAT	2	8	40117	40124	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013129	GCTT	2	8	40743	40750	0 %	50 %	25 %	25 %	256042002
123	NC_013129	TTTA	2	8	40928	40935	25 %	75 %	0 %	0 %	256042002
124	NC_013129	ATTT	2	8	40995	41002	25 %	75 %	0 %	0 %	256042002
125	NC_013129	ATTA	2	8	41099	41106	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013129	ACTT	2	8	41413	41420	25 %	50 %	0 %	25 %	256042003
127	NC_013129	ATTT	2	8	41992	41999	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013129	TACA	2	8	42030	42037	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_013129	ATTT	2	8	42063	42070	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013129	TTGC	2	8	42264	42271	0 %	50 %	25 %	25 %	256042004
131	NC_013129	CTTG	2	8	42430	42437	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_013129	AATT	2	8	42440	42447	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013129	TATT	2	8	42467	42474	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013129	GTTT	2	8	42814	42821	0 %	75 %	25 %	0 %	256042005
135	NC_013129	AATT	2	8	43463	43470	50 %	50 %	0 %	0 %	256042005
136	NC_013129	ATTA	2	8	43520	43527	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013129	GTTT	2	8	44022	44029	0 %	75 %	25 %	0 %	256042006
138	NC_013129	TTTG	2	8	44305	44312	0 %	75 %	25 %	0 %	256042006
139	NC_013129	ATTT	2	8	44951	44958	25 %	75 %	0 %	0 %	256042007
140	NC_013129	GAAA	2	8	44975	44982	75 %	0 %	25 %	0 %	256042007
141	NC_013129	ATTT	2	8	45112	45119	25 %	75 %	0 %	0 %	256042007
142	NC_013129	TTTG	2	8	45372	45379	0 %	75 %	25 %	0 %	256042007
143	NC_013129	ATTA	2	8	45955	45962	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013129	ATTA	2	8	45972	45979	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_013129	TTAA	2	8	45980	45987	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013129	AATA	2	8	46018	46025	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013129	TAAA	2	8	46026	46033	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_013129	ATTT	2	8	46339	46346	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013129	AATC	2	8	46703	46710	50 %	25 %	0 %	25 %	256042008
150	NC_013129	ATTA	2	8	47220	47227	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_013129	ATTT	2	8	47332	47339	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_013129	ATTT	2	8	47342	47349	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_013129	GATT	2	8	48136	48143	25 %	50 %	25 %	0 %	256042009
154	NC_013129	ATTA	2	8	48261	48268	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_013129	ATTT	2	8	48343	48350	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_013129	ATTT	2	8	48353	48360	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_013129	ATTA	2	8	48516	48523	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_013129	ATTT	2	8	48611	48618	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_013129	TTTG	2	8	48690	48697	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
160	NC_013129	CTTT	2	8	49237	49244	0 %	75 %	0 %	25 %	256042011
161	NC_013129	TGAT	2	8	49390	49397	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
162	NC_013129	TATT	2	8	50082	50089	25 %	75 %	0 %	0 %	256042012
163	NC_013129	TTAA	2	8	50872	50879	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_013129	TTTA	2	8	50898	50905	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_013129	AAAT	2	8	50948	50955	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_013129	TAAA	2	8	51471	51478	75 %	25 %	0 %	0 %	256042013
167	NC_013129	AAGG	2	8	51944	51951	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
168	NC_013129	AATT	2	8	51954	51961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_013129	ATTG	2	8	52752	52759	25 %	50 %	25 %	0 %	256042014

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.