MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Neorickettsia risticii str. Illinois

Total Repeats: 211

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013009	CAGTTG	2	12	2047	2058	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	254796402
2	NC_013009	TATCTT	2	12	2632	2643	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	254796403
3	NC_013009	GCTAGA	2	12	5684	5695	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	254796405
4	NC_013009	TAGCGT	2	12	7473	7484	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	254796407
5	NC_013009	ATTTCT	2	12	21927	21938	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	254796424
6	NC_013009	ACGTTG	2	12	32711	32722	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	254796440
7	NC_013009	TCCGAT	2	12	33359	33370	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	254796440
8	NC_013009	TTTCAA	2	12	36045	36056	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	254796443
9	NC_013009	GTTTTT	2	12	38041	38052	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	254796445
10	NC_013009	AGTGGT	2	12	55765	55776	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	254796463
11	NC_013009	GCAACA	2	12	56550	56561	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	254796464
12	NC_013009	TTATTG	2	12	63580	63591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	254796470
13	NC_013009	CACTAC	2	12	67141	67152	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	254796473
14	NC_013009	TCCACA	2	12	71186	71197	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	254796478
15	NC_013009	AAACGT	2	12	79716	79727	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254796486
16	NC_013009	TTGGTT	2	12	80572	80583	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	254796487
17	NC_013009	CATGAT	2	12	98722	98733	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254796511
18	NC_013009	AAGGTT	2	12	98992	99003	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	254796511
19	NC_013009	TGCTTC	2	12	107184	107195	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	254796519
20	NC_013009	TGCACC	2	12	107604	107615	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	254796519
21	NC_013009	AGGGTA	2	12	110051	110062	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	254796520
22	NC_013009	AAAAAT	2	12	110911	110922	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	254796521
23	NC_013009	AAAAAT	2	12	111415	111426	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	254796521
24	NC_013009	TCTGCT	2	12	116002	116013	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	254796527
25	NC_013009	GAAAGA	2	12	116804	116815	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	254796528
26	NC_013009	TCTGAT	2	12	117928	117939	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254796529
27	NC_013009	AGAAAA	2	12	122566	122577	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	254796536
28	NC_013009	GAGCTT	2	12	122864	122875	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	254796537
29	NC_013009	AAATAA	2	12	126778	126789	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	254796541
30	NC_013009	TCTGAT	2	12	128687	128698	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254796543
31	NC_013009	TGAAAA	2	12	131942	131953	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	254796546
32	NC_013009	GTTTCT	2	12	140390	140401	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	254796552
33	NC_013009	AAGTGC	2	12	140756	140767	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	254796553
34	NC_013009	TTTTCC	2	12	143085	143096	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	254796556
35	NC_013009	AAAGTA	2	12	143113	143124	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	254796556
36	NC_013009	TGGGTT	2	12	143283	143294	0 %	50 %	50 %	0 %	254796556
37	NC_013009	AGGTGA	2	12	144506	144517	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	254796557
38	NC_013009	TTGGTC	2	12	154456	154467	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	254796563
39	NC_013009	TGCAGA	2	12	157793	157804	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	254796566
40	NC_013009	TCTACA	2	12	177998	178009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	254796583
41	NC_013009	CTTTAC	2	12	179939	179950	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	254796586
42	NC_013009	ATTGAT	2	12	181977	181988	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	254796588
43	NC_013009	TAGACA	2	12	183182	183193	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254796591
44	NC_013009	CCTATA	2	12	183784	183795	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	254796591
45	NC_013009	ATGTGA	2	12	188887	188898	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	254796594
46	NC_013009	TAATGG	2	12	189128	189139	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	254796595
47	NC_013009	CAAAGC	2	12	193273	193284	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	254796601
48	NC_013009	AGAATG	2	12	194008	194019	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	254796602
49	NC_013009	GGGTAA	2	12	202231	202242	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	254796610
50	NC_013009	CTTTTG	2	12	209908	209919	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	254796618
51	NC_013009	TTGCTA	2	12	214016	214027	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254796623
52	NC_013009	CTTTTT	2	12	215848	215859	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	254796626
53	NC_013009	TCAATT	2	12	219195	219206	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	254796629
54	NC_013009	TGTTCA	2	12	219513	219524	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254796629
55	NC_013009	GAGGTT	2	12	231371	231382	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	254796642
56	NC_013009	TTTGCT	2	12	233538	233549	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	254796643
57	NC_013009	TGTAGT	2	12	241300	241311	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	254796659
58	NC_013009	TTTCTG	2	12	243964	243975	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	254796665
59	NC_013009	GCGATA	2	12	259839	259850	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	254796685
60	NC_013009	GAAAAA	2	12	260384	260395	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	254796685
61	NC_013009	GTTGGA	2	12	262040	262051	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	254796687
62	NC_013009	TCCTTC	2	12	263913	263924	0 %	50 %	0 %	50 %	254796690
63	NC_013009	AGAACC	2	12	275826	275837	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	254796703
64	NC_013009	TGCAAT	2	12	281633	281644	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254796709
65	NC_013009	AGTATG	2	12	281985	281996	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	254796710
66	NC_013009	GAAAAA	2	12	282514	282525	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	254796712
67	NC_013009	AGCAAA	2	12	286608	286619	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	254796716
68	NC_013009	GCATCA	2	12	295346	295357	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254796724
69	NC_013009	CTTCCT	2	12	298254	298265	0 %	50 %	0 %	50 %	254796726
70	NC_013009	TTGTTA	2	12	302225	302236	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	254796731
71	NC_013009	GCTTTT	2	12	307278	307289	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	254796737
72	NC_013009	TTCTGG	2	12	314290	314301	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	254796742
73	NC_013009	TGATGT	2	12	323919	323930	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	254796750
74	NC_013009	CCTTTT	2	12	334441	334452	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	254796763
75	NC_013009	ACTTGC	2	12	334675	334686	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	254796763
76	NC_013009	GCTTGA	2	12	335672	335683	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	254796765
77	NC_013009	AAAATT	2	12	341292	341303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	254796771
78	NC_013009	AGATGT	2	12	341403	341414	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	254796771
79	NC_013009	GGTTGT	2	12	344889	344900	0 %	50 %	50 %	0 %	254796774
80	NC_013009	AACAGT	2	12	351820	351831	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254796780
81	NC_013009	AAAACG	2	12	356384	356395	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	254796785
82	NC_013009	TTTGAA	2	12	367550	367561	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	254796794
83	NC_013009	CTTTCT	2	12	367922	367933	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	254796795
84	NC_013009	GGTGTT	2	12	375766	375777	0 %	50 %	50 %	0 %	254796806
85	NC_013009	AGTACA	2	12	376819	376830	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254796807
86	NC_013009	ACATTT	2	12	378980	378991	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	254796808
87	NC_013009	GGGTTG	2	12	380598	380609	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	254796811
88	NC_013009	TTCATG	2	12	384399	384410	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254796814
89	NC_013009	CTTCAC	2	12	386023	386034	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	254796815
90	NC_013009	TTTTCT	2	12	394304	394315	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	254796824
91	NC_013009	ATCTTG	2	12	395181	395192	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254796825
92	NC_013009	GTGGAA	2	12	398317	398328	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	254796826
93	NC_013009	AGGTAT	2	12	406075	406086	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	254796834
94	NC_013009	GACTAG	2	12	406934	406945	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	254796834
95	NC_013009	TGCTTT	2	12	410173	410184	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	254796836
96	NC_013009	GATATC	2	12	414056	414067	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254796842
97	NC_013009	TGAAGA	2	12	425829	425840	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	254796851
98	NC_013009	TGAGCG	2	12	426237	426248	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	254796851
99	NC_013009	TTTGCT	2	12	428390	428401	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	254796853
100	NC_013009	TTTTTC	2	12	430234	430245	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	254796853
101	NC_013009	GTATCT	2	12	437970	437981	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254796861
102	NC_013009	TTTTCT	2	12	452588	452599	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	254796873
103	NC_013009	GGATGA	2	12	458280	458291	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	254796879
104	NC_013009	AATGAG	2	12	458647	458658	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	254796879
105	NC_013009	ATAAGC	2	12	459315	459326	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254796879
106	NC_013009	AGGCTC	2	12	462937	462948	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	254796884
107	NC_013009	TGAAGA	2	12	464596	464607	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	254796885
108	NC_013009	AAGCGT	2	12	469056	469067	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	254796889
109	NC_013009	TTTGTA	2	12	470264	470275	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	254796890
110	NC_013009	TAAACT	2	12	473466	473477	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	254796893
111	NC_013009	CCTTAA	2	12	483933	483944	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	254796900
112	NC_013009	CTTCTC	2	12	485318	485329	0 %	50 %	0 %	50 %	254796901
113	NC_013009	AGATAG	2	12	492460	492471	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	254796908
114	NC_013009	TTTGCA	2	12	496928	496939	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254796912
115	NC_013009	AATAGC	2	12	500323	500334	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254796915
116	NC_013009	AGCTTC	2	12	505878	505889	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	254796923
117	NC_013009	TAGAGG	2	12	506714	506725	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	254796923
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119	NC_013009	GGCCTT	2	12	514977	514988	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	254796932
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.