MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Candidatus Liberibacter asiaticus str. psy62 chromosome

Total Repeats: 408

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012985	GATTGA	2	12	8445	8456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	254780133
2	NC_012985	TGACAA	2	12	8520	8531	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254780133
3	NC_012985	GCTCCT	2	12	14523	14534	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	254780137
4	NC_012985	CTCGCT	2	12	26689	26700	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	254780143
5	NC_012985	GCAGAA	2	12	28732	28743	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	254780144
6	NC_012985	TAAGAG	2	12	28790	28801	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	254780144
7	NC_012985	TCAATA	2	12	30339	30350	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	254780147
8	NC_012985	GTAAAA	2	12	30498	30509	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	254780147
9	NC_012985	AAAAAG	2	12	37348	37359	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012985	AAAGGA	2	12	40621	40632	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	254780158
11	NC_012985	TCTCAA	2	12	45222	45233	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	254780163
12	NC_012985	TGCAAC	2	12	45455	45466	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780163
13	NC_012985	TATTTT	2	12	47985	47996	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012985	ATGCTT	2	12	50626	50637	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254780168
15	NC_012985	TAAATA	2	12	57483	57494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	254780176
16	NC_012985	GAATAC	2	12	58631	58642	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254780177
17	NC_012985	ATCAAA	2	12	61397	61408	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	254780180
18	NC_012985	CGATAC	2	12	62216	62227	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_012985	TTTTAA	2	12	63088	63099	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	254780182
20	NC_012985	ATATTT	2	12	71400	71411	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012985	CATTCT	2	12	72349	72360	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	254780186
22	NC_012985	AAGATA	2	12	73634	73645	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	254780188
23	NC_012985	AAAGAT	2	12	76016	76027	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012985	CTTCAT	2	12	80078	80089	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	254780191
25	NC_012985	GATCAA	2	12	80117	80128	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254780191
26	NC_012985	CCGATT	2	12	83173	83184	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	254780193
27	NC_012985	GCGGAT	2	12	85725	85736	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	254780195
28	NC_012985	CACCTT	2	12	93247	93258	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	254780202
29	NC_012985	AAATCA	2	12	95362	95373	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	254780205
30	NC_012985	TTAAAG	2	12	96237	96248	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	254780205
31	NC_012985	AAAAGG	2	12	102592	102603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	254780215
32	NC_012985	GGCAAA	2	12	103734	103745	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	255764461
33	NC_012985	GAGAAA	2	12	103963	103974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	255764461
34	NC_012985	CAAGAT	2	12	122369	122380	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254780229
35	NC_012985	CCTTTG	2	12	129552	129563	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	254780236
36	NC_012985	AATCAG	2	12	133267	133278	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254780241
37	NC_012985	GCAGAA	2	12	133930	133941	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	254780242
38	NC_012985	CCTTTG	2	12	135647	135658	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	254780246
39	NC_012985	TGGAAA	2	12	136908	136919	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	254780249
40	NC_012985	TCTTAT	2	12	140582	140593	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	254780258
41	NC_012985	TTACGC	2	12	147012	147023	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	254780265
42	NC_012985	CAAAAA	2	12	163887	163898	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	254780277
43	NC_012985	CTCACC	2	12	165725	165736	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	254780279
44	NC_012985	TGCAAT	2	12	166551	166562	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780280
45	NC_012985	TTGAAT	2	12	169619	169630	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	254780282
46	NC_012985	CAGCAT	2	12	170676	170687	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780283
47	NC_012985	TGATCT	2	12	171557	171568	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254780284
48	NC_012985	GAAATC	2	12	173766	173777	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254780285
49	NC_012985	CAGTGA	2	12	178996	179007	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	254780289
50	NC_012985	TCATCT	2	12	179201	179212	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	254780289
51	NC_012985	CTTTAT	3	18	180435	180452	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_012985	CCTCAA	2	12	180558	180569	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	254780290
53	NC_012985	CAGCAT	2	12	182512	182523	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780291
54	NC_012985	AACGGT	2	12	183060	183071	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	254780291
55	NC_012985	AAACGA	2	12	192398	192409	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	254780301
56	NC_012985	GTAGGA	2	12	194226	194237	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012985	CTGATA	2	12	198452	198463	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780307
58	NC_012985	CAATTT	2	12	199920	199931	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	254780308
59	NC_012985	AATCTA	2	12	204467	204478	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	254780313
60	NC_012985	CCAAAT	2	12	211902	211913	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	254780320
61	NC_012985	CCTTTT	2	12	212299	212310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_012985	GACAAT	2	12	212313	212324	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_012985	TCTTTT	2	12	213337	213348	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	254780321
64	NC_012985	CGCTAA	2	12	216134	216145	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780323
65	NC_012985	TAATTT	2	12	216509	216520	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	254780323
66	NC_012985	ATTAAT	2	12	217591	217602	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012985	ATTCGT	2	12	230884	230895	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254780335
68	NC_012985	GCAAGA	2	12	243133	243144	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	254780348
69	NC_012985	TCCCAA	2	12	244782	244793	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	254780349
70	NC_012985	AAAAGT	2	12	247284	247295	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	254780351
71	NC_012985	TGGTTT	2	12	250142	250153	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	254780353
72	NC_012985	AATATA	2	12	252337	252348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	254780355
73	NC_012985	CTTGGA	2	12	253860	253871	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	254780357
74	NC_012985	GCTCCC	2	12	258026	258037	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	254780360
75	NC_012985	ATCTTT	2	12	259489	259500	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_012985	TGCTAT	2	12	259988	259999	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	255764465
77	NC_012985	ATTTGT	2	12	260300	260311	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	255764465
78	NC_012985	ATGCCA	2	12	265237	265248	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780367
79	NC_012985	ACAAAA	2	12	265260	265271	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	254780367
80	NC_012985	ACTATG	2	12	266744	266755	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780368
81	NC_012985	TCCCAT	2	12	271668	271679	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	254780372
82	NC_012985	GAATCC	2	12	273329	273340	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780375
83	NC_012985	TCTTTT	2	12	277975	277986	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_012985	AGTTCA	2	12	285898	285909	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780387
85	NC_012985	TTTCTC	2	12	286398	286409	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	254780387
86	NC_012985	ATTAAC	2	12	287631	287642	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_012985	TCTCAT	2	12	288117	288128	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	254780388
88	NC_012985	CATAGG	2	12	296588	296599	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	254780395
89	NC_012985	TATCGA	2	12	297044	297055	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780395
90	NC_012985	AAATTT	2	12	298484	298495	50 %	50 %	0 %	0 %	254780397
91	NC_012985	TTTACT	2	12	307738	307749	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	254780406
92	NC_012985	GTGCAC	2	12	310423	310434	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	254780409
93	NC_012985	ATCTAT	2	12	311821	311832	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	254780410
94	NC_012985	AAAAAG	2	12	313652	313663	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	254780412
95	NC_012985	GAAAAA	2	12	315085	315096	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	254780413
96	NC_012985	TACAGC	2	12	319826	319837	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	255764470
97	NC_012985	GACAAG	2	12	321488	321499	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	254780417
98	NC_012985	CAATTA	2	12	323479	323490	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	254780419
99	NC_012985	TTGGAA	2	12	328202	328213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	255764471
100	NC_012985	CAGAAA	2	12	329883	329894	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	254780423
101	NC_012985	TTCCTA	2	12	332707	332718	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	254780425
102	NC_012985	TTCTAT	2	12	334420	334431	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	254780427
103	NC_012985	CTATTT	2	12	338736	338747	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_012985	AAAAGG	2	12	338833	338844	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	254780432
105	NC_012985	AGAAAA	2	12	341613	341624	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	254780434
106	NC_012985	AATAGA	2	12	344947	344958	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012985	ATGGAA	2	12	345428	345439	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	254780438
108	NC_012985	CAGATC	2	12	346330	346341	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780439
109	NC_012985	TAGATG	2	12	348700	348711	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	254780439
110	NC_012985	CTTCAC	2	12	350622	350633	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	255764474
111	NC_012985	AGCAGA	2	12	355554	355565	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	254780445
112	NC_012985	TCAAAA	2	12	356848	356859	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	254780445
113	NC_012985	ATTTAT	2	12	359079	359090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012985	TAAAAT	2	12	360423	360434	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012985	TTTAAT	4	24	360544	360567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012985	TTAGAT	2	12	363401	363412	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	254780450
117	NC_012985	TGTACA	2	12	365338	365349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_012985	GAATAT	2	12	368840	368851	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	254780452
119	NC_012985	TATAAA	2	12	370343	370354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012985	AATTTC	2	12	371372	371383	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	254780454
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123	NC_012985	GATACC	2	12	377829	377840	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780459
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145	NC_012985	AACGTG	2	12	436997	437008	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	255764477
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151	NC_012985	TGGTTT	2	12	444890	444901	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	254780810
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228	NC_012985	ATTTTT	2	12	692662	692673	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
229	NC_012985	GCAAGT	2	12	694220	694231	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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235	NC_012985	TTCAAA	2	12	710837	710848	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
236	NC_012985	TTTTCA	2	12	711123	711134	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
237	NC_012985	ATTCCA	2	12	713325	713336	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	254780569
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240	NC_012985	TGCGTC	2	12	720627	720638	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	255764501
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244	NC_012985	TATTTG	2	12	728875	728886	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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250	NC_012985	AATGTT	2	12	747713	747724	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	254780533
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266	NC_012985	ACGATT	2	12	803654	803665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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335	NC_012985	AATATC	2	12	1012451	1012462	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	254781012
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337	NC_012985	ATCCTG	2	12	1017544	1017555	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	254781017
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339	NC_012985	TCCTGC	2	12	1018488	1018499	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	254781018
340	NC_012985	CACATG	2	12	1026280	1026291	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254781025
341	NC_012985	ATATTT	2	12	1028749	1028760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
342	NC_012985	CTTTTT	2	12	1040722	1040733	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	254781037
343	NC_012985	TTTTTC	2	12	1041992	1042003	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	254781038
344	NC_012985	CTCGTT	2	12	1042366	1042377	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	254781038
345	NC_012985	ACTTTG	2	12	1046926	1046937	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254781044
346	NC_012985	GTTCTT	2	12	1053156	1053167	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	254781051
347	NC_012985	AGGGAC	2	12	1055109	1055120	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	254781051
348	NC_012985	AGATGA	2	12	1056082	1056093	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	254781052
349	NC_012985	TTGTGG	2	12	1068298	1068309	0 %	50 %	50 %	0 %	254781064
350	NC_012985	GCCATA	2	12	1075899	1075910	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254781073
351	NC_012985	ATTTCT	2	12	1078015	1078026	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	254781076
352	NC_012985	GTATAC	2	12	1081982	1081993	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
353	NC_012985	TCAGAA	2	12	1082268	1082279	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254781081
354	NC_012985	TCCAAA	2	12	1082457	1082468	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	254781081
355	NC_012985	TTTAGA	2	12	1083463	1083474	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	254781084
356	NC_012985	AGAATT	2	12	1083565	1083576	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	254781084
357	NC_012985	AAAAAT	2	12	1083635	1083646	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
358	NC_012985	AAAATA	2	12	1085838	1085849	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	254781088
359	NC_012985	TTATAA	2	12	1086640	1086651	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
360	NC_012985	TAAAAA	2	12	1086728	1086739	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
361	NC_012985	CTTGCG	2	12	1087177	1087188	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	254781089
362	NC_012985	TCAAGA	2	12	1087891	1087902	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254781091
363	NC_012985	GATATT	2	12	1093339	1093350	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	254781095
364	NC_012985	AGTTCT	2	12	1093904	1093915	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254781096
365	NC_012985	CTGATC	2	12	1095582	1095593	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	254781097
366	NC_012985	ATCTAC	2	12	1101114	1101125	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	254781101
367	NC_012985	AAAATC	2	12	1102181	1102192	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	254781102
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369	NC_012985	TTGTAA	2	12	1105144	1105155	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	254781104
370	NC_012985	GAACGT	2	12	1105482	1105493	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	255764511
371	NC_012985	TTTTGA	2	12	1108152	1108163	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	254781107
372	NC_012985	ATTGAT	2	12	1108198	1108209	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	254781107
373	NC_012985	TCCTTT	2	12	1109253	1109264	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
374	NC_012985	CTGCTC	2	12	1110347	1110358	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	254781108
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376	NC_012985	CACATG	2	12	1111654	1111665	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
377	NC_012985	CACTAT	2	12	1115704	1115715	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	254781113
378	NC_012985	GATATG	2	12	1116524	1116535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	254781114
379	NC_012985	CAATAT	2	12	1117929	1117940	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	254781115
380	NC_012985	ACGCAT	2	12	1121789	1121800	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254781118
381	NC_012985	ATATAC	2	12	1124636	1124647	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	254781121
382	NC_012985	ACGCAA	2	12	1126442	1126453	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	254781123
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385	NC_012985	TAAATA	2	12	1131813	1131824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
386	NC_012985	ATCCTA	2	12	1141560	1141571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	254781144
387	NC_012985	AAATCC	2	12	1148929	1148940	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	254781152
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391	NC_012985	ATGGGA	2	12	1156585	1156596	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	254781160
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393	NC_012985	TTTCTT	2	12	1161278	1161289	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	254781165
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401	NC_012985	TCAATA	2	12	1185975	1185986	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
402	NC_012985	TTGCTC	2	12	1191726	1191737	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	254781193
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404	NC_012985	CGTAAA	2	12	1215938	1215949	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254781213
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.