MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Liberibacter asiaticus str. psy62 chromosome

Total Repeats: 321

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012985	GATTGA	2	12	8445	8456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	254780133
2	NC_012985	TGACAA	2	12	8520	8531	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254780133
3	NC_012985	GCTCCT	2	12	14523	14534	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	254780137
4	NC_012985	CTCGCT	2	12	26689	26700	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	254780143
5	NC_012985	GCAGAA	2	12	28732	28743	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	254780144
6	NC_012985	TAAGAG	2	12	28790	28801	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	254780144
7	NC_012985	TCAATA	2	12	30339	30350	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	254780147
8	NC_012985	GTAAAA	2	12	30498	30509	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	254780147
9	NC_012985	AAAGGA	2	12	40621	40632	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	254780158
10	NC_012985	TCTCAA	2	12	45222	45233	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	254780163
11	NC_012985	TGCAAC	2	12	45455	45466	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780163
12	NC_012985	ATGCTT	2	12	50626	50637	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254780168
13	NC_012985	TAAATA	2	12	57483	57494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	254780176
14	NC_012985	GAATAC	2	12	58631	58642	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254780177
15	NC_012985	ATCAAA	2	12	61397	61408	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	254780180
16	NC_012985	TTTTAA	2	12	63088	63099	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	254780182
17	NC_012985	CATTCT	2	12	72349	72360	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	254780186
18	NC_012985	AAGATA	2	12	73634	73645	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	254780188
19	NC_012985	CTTCAT	2	12	80078	80089	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	254780191
20	NC_012985	GATCAA	2	12	80117	80128	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254780191
21	NC_012985	CCGATT	2	12	83173	83184	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	254780193
22	NC_012985	GCGGAT	2	12	85725	85736	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	254780195
23	NC_012985	CACCTT	2	12	93247	93258	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	254780202
24	NC_012985	AAATCA	2	12	95362	95373	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	254780205
25	NC_012985	TTAAAG	2	12	96237	96248	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	254780205
26	NC_012985	AAAAGG	2	12	102592	102603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	254780215
27	NC_012985	GGCAAA	2	12	103734	103745	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	255764461
28	NC_012985	GAGAAA	2	12	103963	103974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	255764461
29	NC_012985	CAAGAT	2	12	122369	122380	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254780229
30	NC_012985	CCTTTG	2	12	129552	129563	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	254780236
31	NC_012985	AATCAG	2	12	133267	133278	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254780241
32	NC_012985	GCAGAA	2	12	133930	133941	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	254780242
33	NC_012985	CCTTTG	2	12	135647	135658	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	254780246
34	NC_012985	TGGAAA	2	12	136908	136919	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	254780249
35	NC_012985	TCTTAT	2	12	140582	140593	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	254780258
36	NC_012985	TTACGC	2	12	147012	147023	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	254780265
37	NC_012985	CAAAAA	2	12	163887	163898	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	254780277
38	NC_012985	CTCACC	2	12	165725	165736	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	254780279
39	NC_012985	TGCAAT	2	12	166551	166562	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780280
40	NC_012985	TTGAAT	2	12	169619	169630	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	254780282
41	NC_012985	CAGCAT	2	12	170676	170687	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780283
42	NC_012985	TGATCT	2	12	171557	171568	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254780284
43	NC_012985	GAAATC	2	12	173766	173777	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254780285
44	NC_012985	CAGTGA	2	12	178996	179007	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	254780289
45	NC_012985	TCATCT	2	12	179201	179212	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	254780289
46	NC_012985	CCTCAA	2	12	180558	180569	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	254780290
47	NC_012985	CAGCAT	2	12	182512	182523	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780291
48	NC_012985	AACGGT	2	12	183060	183071	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	254780291
49	NC_012985	AAACGA	2	12	192398	192409	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	254780301
50	NC_012985	CTGATA	2	12	198452	198463	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780307
51	NC_012985	CAATTT	2	12	199920	199931	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	254780308
52	NC_012985	AATCTA	2	12	204467	204478	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	254780313
53	NC_012985	CCAAAT	2	12	211902	211913	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	254780320
54	NC_012985	TCTTTT	2	12	213337	213348	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	254780321
55	NC_012985	CGCTAA	2	12	216134	216145	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780323
56	NC_012985	TAATTT	2	12	216509	216520	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	254780323
57	NC_012985	ATTCGT	2	12	230884	230895	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254780335
58	NC_012985	GCAAGA	2	12	243133	243144	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	254780348
59	NC_012985	TCCCAA	2	12	244782	244793	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	254780349
60	NC_012985	AAAAGT	2	12	247284	247295	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	254780351
61	NC_012985	TGGTTT	2	12	250142	250153	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	254780353
62	NC_012985	AATATA	2	12	252337	252348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	254780355
63	NC_012985	CTTGGA	2	12	253860	253871	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	254780357
64	NC_012985	GCTCCC	2	12	258026	258037	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	254780360
65	NC_012985	TGCTAT	2	12	259988	259999	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	255764465
66	NC_012985	ATTTGT	2	12	260300	260311	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	255764465
67	NC_012985	ATGCCA	2	12	265237	265248	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780367
68	NC_012985	ACAAAA	2	12	265260	265271	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	254780367
69	NC_012985	ACTATG	2	12	266744	266755	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780368
70	NC_012985	TCCCAT	2	12	271668	271679	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	254780372
71	NC_012985	GAATCC	2	12	273329	273340	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780375
72	NC_012985	AGTTCA	2	12	285898	285909	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780387
73	NC_012985	TTTCTC	2	12	286398	286409	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	254780387
74	NC_012985	TCTCAT	2	12	288117	288128	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	254780388
75	NC_012985	CATAGG	2	12	296588	296599	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	254780395
76	NC_012985	TATCGA	2	12	297044	297055	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780395
77	NC_012985	AAATTT	2	12	298484	298495	50 %	50 %	0 %	0 %	254780397
78	NC_012985	TTTACT	2	12	307738	307749	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	254780406
79	NC_012985	GTGCAC	2	12	310423	310434	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	254780409
80	NC_012985	ATCTAT	2	12	311821	311832	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	254780410
81	NC_012985	AAAAAG	2	12	313652	313663	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	254780412
82	NC_012985	GAAAAA	2	12	315085	315096	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	254780413
83	NC_012985	TACAGC	2	12	319826	319837	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	255764470
84	NC_012985	GACAAG	2	12	321488	321499	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	254780417
85	NC_012985	CAATTA	2	12	323479	323490	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	254780419
86	NC_012985	TTGGAA	2	12	328202	328213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	255764471
87	NC_012985	CAGAAA	2	12	329883	329894	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	254780423
88	NC_012985	TTCCTA	2	12	332707	332718	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	254780425
89	NC_012985	TTCTAT	2	12	334420	334431	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	254780427
90	NC_012985	AAAAGG	2	12	338833	338844	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	254780432
91	NC_012985	AGAAAA	2	12	341613	341624	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	254780434
92	NC_012985	ATGGAA	2	12	345428	345439	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	254780438
93	NC_012985	CAGATC	2	12	346330	346341	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780439
94	NC_012985	TAGATG	2	12	348700	348711	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	254780439
95	NC_012985	CTTCAC	2	12	350622	350633	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	255764474
96	NC_012985	AGCAGA	2	12	355554	355565	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	254780445
97	NC_012985	TCAAAA	2	12	356848	356859	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	254780445
98	NC_012985	TTAGAT	2	12	363401	363412	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	254780450
99	NC_012985	GAATAT	2	12	368840	368851	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	254780452
100	NC_012985	AATTTC	2	12	371372	371383	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	254780454
101	NC_012985	ACTTCA	2	12	374953	374964	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	254780456
102	NC_012985	GAAAAA	2	12	377649	377660	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	254780459
103	NC_012985	GATACC	2	12	377829	377840	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780459
104	NC_012985	GGAGAA	2	12	378612	378623	50 %	0 %	50 %	0 %	254780460
105	NC_012985	TTTGCT	2	12	385937	385948	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	254780465
106	NC_012985	CAAAAG	2	12	387319	387330	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	254780466
107	NC_012985	CCGAAT	2	12	390450	390461	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780468
108	NC_012985	ATCCCA	2	12	390684	390695	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	254780468
109	NC_012985	TACTTT	2	12	392976	392987	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	254780470
110	NC_012985	CATATT	2	12	393910	393921	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	254780471
111	NC_012985	CAACTC	2	12	396026	396037	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	254780473
112	NC_012985	TCCCCC	2	12	396791	396802	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	254780474
113	NC_012985	AGTAAC	2	12	398186	398197	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254780475
114	NC_012985	TTAAGA	2	12	402634	402645	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	254780480
115	NC_012985	GCTATT	2	12	408942	408953	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	254780486
116	NC_012985	CGTAAT	2	12	409199	409210	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780486
117	NC_012985	GTCCTT	2	12	423112	423123	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	254780826
118	NC_012985	ACAGAA	2	12	424677	424688	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	255764476
119	NC_012985	ACTTAA	2	12	428919	428930	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	254780823
120	NC_012985	TTTTGG	2	12	429063	429074	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	254780823
121	NC_012985	AACGTG	2	12	436997	437008	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	255764477
122	NC_012985	TGAATC	2	12	438406	438417	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780816
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125	NC_012985	TGGTTT	2	12	444890	444901	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	254780810
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229	NC_012985	GCATTG	2	12	865742	865753	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	254780889
230	NC_012985	TTCCTT	2	12	881825	881836	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	254780903
231	NC_012985	AGTCCA	2	12	881896	881907	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	254780903
232	NC_012985	TTAGCA	2	12	882514	882525	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780903
233	NC_012985	TACTTC	2	12	883589	883600	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	254780903
234	NC_012985	TCGTAA	2	12	884622	884633	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780904
235	NC_012985	GAAAAA	2	12	884985	884996	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	254780904
236	NC_012985	ATCAAA	2	12	885654	885665	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	254780905
237	NC_012985	TCTTTA	2	12	886149	886160	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	254780906
238	NC_012985	CTTTGT	2	12	886572	886583	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	254780907
239	NC_012985	GCATAT	2	12	893513	893524	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	254780915
240	NC_012985	AAAGTT	2	12	893813	893824	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	254780915
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249	NC_012985	TATAGG	2	12	928665	928676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	254780938
250	NC_012985	TATTTC	2	12	928920	928931	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	254780938
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261	NC_012985	AATATC	2	12	1012451	1012462	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	254781012
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283	NC_012985	TCAAGA	2	12	1087891	1087902	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	254781091
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320	NC_012985	GAAGAT	2	12	1222930	1222941	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	254781222
321	NC_012985	CTTTAC	2	12	1225542	1225553	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	254781225

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.