MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus plantarum JDM1

Total Repeats: 121

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012984	TTGGTT	2	12	50028	50039	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012984	GTATAT	2	12	64085	64096	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012984	ATGCGT	2	12	65127	65138	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_012984	ACTAAA	2	12	65612	65623	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_012984	TAAATT	2	12	71380	71391	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012984	GTTAAC	2	12	166219	166230	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_012984	TATGAT	2	12	194162	194173	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012984	AAAGAT	2	12	212427	212438	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012984	CAGTGT	2	12	308796	308807	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_012984	TATGAA	2	12	372487	372498	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012984	AAAAGG	2	12	386774	386785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012984	TTTTAA	2	12	429061	429072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012984	GATATC	2	12	441282	441293	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_012984	ACTAAT	2	12	489502	489513	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_012984	TTTTTA	2	12	489945	489956	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012984	ATTAAG	2	12	490455	490466	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012984	TGCGTA	2	12	493991	494002	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_012984	TTAAAA	2	12	568264	568275	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012984	TCTAAT	2	12	573188	573199	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_012984	TTGAGG	2	12	630660	630671	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012984	AAATTA	2	12	641232	641243	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012984	ATAATT	2	12	738076	738087	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012984	TTCTCT	2	12	738361	738372	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_012984	TCAATT	2	12	765621	765632	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_012984	TATCAT	2	12	771489	771500	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_012984	ATGATT	2	12	776667	776678	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012984	TCAATT	2	12	847912	847923	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_012984	TTACAT	2	12	945055	945066	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_012984	ATAATT	2	12	1012907	1012918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012984	AAATCA	2	12	1013836	1013847	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_012984	TTTTTA	2	12	1021412	1021423	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012984	GTTTTT	2	12	1024360	1024371	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012984	TAAATA	2	12	1081333	1081344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012984	ATTGTT	3	18	1090202	1090219	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012984	GTGAAG	2	12	1130612	1130623	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012984	ACTAAT	2	12	1159752	1159763	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_012984	TAATTG	2	12	1233252	1233263	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012984	TTTGAT	2	12	1261643	1261654	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012984	AAGTTA	2	12	1268029	1268040	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012984	TTTTAA	2	12	1292767	1292778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012984	TTTGCT	2	12	1300309	1300320	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_012984	ATTTTA	2	12	1343213	1343224	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012984	GTTATA	2	12	1431309	1431320	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012984	TTATGA	2	12	1563141	1563152	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012984	CAAGTT	2	12	1576925	1576936	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_012984	ACCGTT	2	12	1604910	1604921	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_012984	CATAAC	2	12	1613493	1613504	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_012984	AATCAT	2	12	1634961	1634972	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_012984	TCATTA	2	12	1653785	1653796	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_012984	TTGACG	2	12	1691726	1691737	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_012984	CAAACT	2	12	1748398	1748409	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_012984	GCACAA	2	12	1786799	1786810	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_012984	TGGCCT	2	12	1794233	1794244	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_012984	TAAATT	2	12	1871005	1871016	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012984	TGCCAA	2	12	1922855	1922866	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_012984	ATTAGT	2	12	1982463	1982474	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012984	ACAACC	2	12	2004456	2004467	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_012984	CTTTAA	2	12	2028095	2028106	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_012984	TTTTAT	2	12	2081233	2081244	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012984	TTTCAT	2	12	2106214	2106225	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_012984	TTAAAA	2	12	2106479	2106490	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012984	TAACCT	2	12	2107251	2107262	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_012984	CAATAT	2	12	2138190	2138201	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_012984	TATTTA	2	12	2138202	2138213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012984	TTACCG	2	12	2146400	2146411	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_012984	AATTCA	2	12	2156254	2156265	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_012984	AATTTA	2	12	2158804	2158815	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012984	TTTGAT	2	12	2159086	2159097	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012984	GGCTAA	2	12	2194062	2194073	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_012984	TTCATC	2	12	2254897	2254908	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_012984	ATTTTG	2	12	2257815	2257826	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012984	GTTATA	2	12	2266555	2266566	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012984	AAACTA	2	12	2282470	2282481	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_012984	TTAATA	2	12	2288539	2288550	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_012984	TTTTCA	2	12	2318577	2318588	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_012984	CTTTAG	2	12	2344457	2344468	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_012984	GAATAT	2	12	2356193	2356204	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012984	ATCATG	2	12	2368122	2368133	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_012984	AATCAC	2	12	2393263	2393274	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_012984	TTTCAT	2	12	2400961	2400972	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_012984	TCTTAA	2	12	2406533	2406544	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_012984	ATTAGT	2	12	2407008	2407019	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012984	CTCATT	2	12	2427846	2427857	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_012984	TAGGAC	2	12	2436805	2436816	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_012984	TTTCAC	2	12	2461755	2461766	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_012984	TAAAAT	2	12	2486937	2486948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012984	ACTGAA	2	12	2491173	2491184	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_012984	GAGCCG	2	12	2492469	2492480	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_012984	GTATTT	2	12	2552568	2552579	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012984	CTATTT	2	12	2589942	2589953	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_012984	TACTTT	2	12	2589963	2589974	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_012984	TAAAAA	2	12	2650195	2650206	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012984	TAATTA	2	12	2655611	2655622	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012984	AACCTA	2	12	2660309	2660320	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_012984	TTCAAT	2	12	2703617	2703628	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_012984	ATCGCC	2	12	2712157	2712168	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_012984	ACTAAT	2	12	2738739	2738750	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_012984	TAGTTT	2	12	2744681	2744692	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012984	TTTTTA	2	12	2749909	2749920	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012984	ATAATC	2	12	2834013	2834024	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_012984	TAATCG	2	12	2839192	2839203	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_012984	ATTAGT	2	12	2857579	2857590	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012984	ATTAAT	2	12	2883229	2883240	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012984	CGTAAA	2	12	2905452	2905463	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_012984	CGGATT	2	12	2906345	2906356	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_012984	TTCTCT	2	12	2912698	2912709	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_012984	ACAAAG	2	12	2913839	2913850	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_012984	ATACCA	2	12	2932234	2932245	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_012984	TTATTT	2	12	2932386	2932397	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012984	TAATCA	2	12	2942824	2942835	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_012984	AAAGCA	2	12	2954358	2954369	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_012984	CGTTGT	2	12	2987624	2987635	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_012984	CAATTA	2	12	3031021	3031032	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_012984	TTCTGA	2	12	3066817	3066828	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_012984	AACCAC	2	12	3066856	3066867	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_012984	TACGTC	2	12	3076928	3076939	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_012984	ATTAAA	2	12	3087125	3087136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012984	TTAAAA	2	12	3178549	3178560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_012984	GCCATC	2	12	3186035	3186046	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
120	NC_012984	TAACGG	2	12	3193375	3193386	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_012984	TTAACT	2	12	3197676	3197687	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.