MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012960	AGGCTG	2	12	316	327	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	253795548
2	NC_012960	CGGCTG	2	12	2062	2073	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795550
3	NC_012960	ACGGCG	2	12	2500	2511	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	253795550
4	NC_012960	GCCGTC	2	12	4010	4021	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	253795550
5	NC_012960	CGTAGC	2	12	6363	6374	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795553
6	NC_012960	GGCTGC	2	12	7475	7486	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795554
7	NC_012960	TTGATG	2	12	8241	8252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	253795555
8	NC_012960	ACGCTT	2	12	9494	9505	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	253795556
9	NC_012960	TGCCGC	2	12	10609	10620	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	253795558
10	NC_012960	AGCGCG	2	12	11667	11678	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	253795559
11	NC_012960	GCTGGC	2	12	14211	14222	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795561
12	NC_012960	GCGTGC	2	12	15605	15616	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795563
13	NC_012960	GTTTCG	2	12	16802	16813	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	253795564
14	NC_012960	AGCGCT	2	12	17817	17828	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795565
15	NC_012960	GCCTGC	2	12	23604	23615	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	253795574
16	NC_012960	GCTTGA	2	12	23966	23977	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	253795574
17	NC_012960	GCGCCG	3	18	27876	27893	0 %	0 %	50 %	50 %	253795582
18	NC_012960	TAAGCT	2	12	28743	28754	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	253795583
19	NC_012960	GCTAGC	2	12	29001	29012	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795583
20	NC_012960	GCGCCG	2	12	29260	29271	0 %	0 %	50 %	50 %	253795584
21	NC_012960	TAGCGT	2	12	29603	29614	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	253795584
22	NC_012960	CGCCGG	2	12	30607	30618	0 %	0 %	50 %	50 %	253795585
23	NC_012960	GCTGGC	2	12	31509	31520	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795586
24	NC_012960	GCTTGC	2	12	36386	36397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795590
25	NC_012960	AAGCTT	2	12	36712	36723	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	253795590
26	NC_012960	GCTGGC	2	12	37734	37745	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795592
27	NC_012960	GCCGGC	2	12	38078	38089	0 %	0 %	50 %	50 %	253795592
28	NC_012960	TGCGCT	2	12	38650	38661	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795592
29	NC_012960	GCTGGC	2	12	40157	40168	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795594
30	NC_012960	CCCACC	2	12	41045	41056	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	253795595
31	NC_012960	GGAGAG	2	12	42344	42355	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	253795597
32	NC_012960	CGAAGC	2	12	42652	42663	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795599
33	NC_012960	TTTGGG	2	12	44013	44024	0 %	50 %	50 %	0 %	253795604
34	NC_012960	GACGTC	2	12	45138	45149	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795604
35	NC_012960	AAGCTT	2	12	47850	47861	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	253795608
36	NC_012960	TGACGA	2	12	48131	48142	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	253795609
37	NC_012960	GCTGAC	2	12	48240	48251	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795609
38	NC_012960	TGAAGC	2	12	50519	50530	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	253795609
39	NC_012960	GGCTCT	2	12	52368	52379	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795610
40	NC_012960	AAGCTG	2	12	52978	52989	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	253795610
41	NC_012960	GGCGCT	2	12	53229	53240	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795610
42	NC_012960	CGTCAG	2	12	55048	55059	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795610
43	NC_012960	CGACGC	2	12	56276	56287	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	253795611
44	NC_012960	CGGACG	2	12	56330	56341	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	253795612
45	NC_012960	GGCTGG	2	12	56576	56587	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	253795612
46	NC_012960	CGCCAG	2	12	57644	57655	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	253795613
47	NC_012960	TGTGGC	2	12	57866	57877	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	253795613
48	NC_012960	TTTAGC	2	12	61381	61392	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	253795617
49	NC_012960	GGTGTG	2	12	63403	63414	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253795621
50	NC_012960	AGGCTG	2	12	63468	63479	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	253795621
51	NC_012960	GGGCAA	2	12	63671	63682	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	253795622
52	NC_012960	TTAAGC	2	12	66147	66158	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	253795629
53	NC_012960	GCGGCT	2	12	66842	66853	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795631
54	NC_012960	GCACGC	2	12	68716	68727	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	253795635
55	NC_012960	CCAAGC	2	12	69057	69068	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	253795636
56	NC_012960	GGCGCC	2	12	70539	70550	0 %	0 %	50 %	50 %	253795638
57	NC_012960	CTAGCG	2	12	71130	71141	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795639
58	NC_012960	CTGGCG	2	12	72488	72499	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795640
59	NC_012960	CGTTTT	2	12	72707	72718	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	253795641
60	NC_012960	GCTGGC	2	12	74237	74248	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795642
61	NC_012960	GCCGTC	2	12	74919	74930	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	253795644
62	NC_012960	GCTAGC	2	12	77768	77779	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795645
63	NC_012960	AACGCG	2	12	78134	78145	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795645
64	NC_012960	GCTGGC	2	12	79697	79708	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795648
65	NC_012960	TCCAAA	2	12	81841	81852	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	253795651
66	NC_012960	GCGTTG	2	12	82013	82024	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	253795651
67	NC_012960	TGGGCT	2	12	82232	82243	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	253795651
68	NC_012960	ACTTGA	2	12	83625	83636	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	253795653
69	NC_012960	GCTAGC	2	12	84548	84559	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795655
70	NC_012960	GCGTCG	2	12	86885	86896	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795658
71	NC_012960	GTGCCC	2	12	88052	88063	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	253795658
72	NC_012960	AAGCCA	2	12	89225	89236	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	253795660
73	NC_012960	ACTGTG	2	12	90112	90123	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	253795660
74	NC_012960	TTCAGG	2	12	90858	90869	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	253795661
75	NC_012960	GGGGGC	2	12	100117	100128	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	253795668
76	NC_012960	AGCTTG	2	12	101912	101923	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	253795671
77	NC_012960	CGGCTT	2	12	102546	102557	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795671
78	NC_012960	CCAGCC	2	12	104546	104557	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	253795673
79	NC_012960	AAGCTT	2	12	104943	104954	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	253795674
80	NC_012960	GCGCTG	2	12	105658	105669	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795675
81	NC_012960	CGTTGA	2	12	105882	105893	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	253795675
82	NC_012960	GCGCTA	2	12	106895	106906	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795676
83	NC_012960	AGCTGG	2	12	108553	108564	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	253795679
84	NC_012960	GCGCTA	2	12	108849	108860	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795679
85	NC_012960	AAGCTT	2	12	109290	109301	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	253795679
86	NC_012960	CACGCC	2	12	110148	110159	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	253795680
87	NC_012960	TTGGAC	2	12	110211	110222	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	253795680
88	NC_012960	CGCCAG	2	12	111155	111166	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	253795680
89	NC_012960	CCACGG	2	12	112440	112451	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	253795682
90	NC_012960	GAGAGG	2	12	113252	113263	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	253795682
91	NC_012960	AGCGCT	2	12	114190	114201	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795683
92	NC_012960	CTCGCG	2	12	114531	114542	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	253795683
93	NC_012960	TCGCTT	2	12	114544	114555	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	253795683
94	NC_012960	TCGTCC	2	12	114574	114585	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	253795683
95	NC_012960	TGGGGC	2	12	117824	117835	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	253795686
96	NC_012960	GCTGGC	2	12	118153	118164	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795687
97	NC_012960	CGGCGC	2	12	118404	118415	0 %	0 %	50 %	50 %	253795687
98	NC_012960	CGCTGG	2	12	118455	118466	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795687
99	NC_012960	CCGGCG	2	12	119547	119558	0 %	0 %	50 %	50 %	253795688
100	NC_012960	GCTAGC	2	12	120021	120032	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795688
101	NC_012960	AGCTGA	2	12	122966	122977	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	253795693
102	NC_012960	GCTTTG	2	12	124056	124067	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	253795695
103	NC_012960	CGGCGC	2	12	124096	124107	0 %	0 %	50 %	50 %	253795695
104	NC_012960	GGCGTT	2	12	125773	125784	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	253795695
105	NC_012960	GCTGGC	2	12	126769	126780	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795695
106	NC_012960	ACAGGT	2	12	128139	128150	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	253795698
107	NC_012960	CGGCTT	2	12	129318	129329	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253795700
108	NC_012960	GCTGGC	2	12	130315	130326	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795700
109	NC_012960	GCTAGC	2	12	132275	132286	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795702
110	NC_012960	AAGCGC	2	12	132906	132917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253795703
111	NC_012960	CCAGCG	2	12	134135	134146	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	253795705
112	NC_012960	AAGCTT	2	12	134451	134462	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	253795705
113	NC_012960	CGTGGG	2	12	135177	135188	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	253795706
114	NC_012960	CGCCTG	2	12	135431	135442	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	253795706
115	NC_012960	GCGCGT	2	12	136155	136166	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	253795706
116	NC_012960	GCTAGC	2	12	136596	136607	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	253795706
117	NC_012960	AGGCGC	2	12	142721	142732	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	253795715
118	NC_012960	CAGCTT	2	12	143320	143331	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	253795716

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.