MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome

Total Repeats: 124

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012960	TGTGC	2	10	53	62	0 %	40 %	40 %	20 %	253795548
2	NC_012960	TTTGA	2	10	421	430	20 %	60 %	20 %	0 %	253795548
3	NC_012960	GTTTT	2	10	1917	1926	0 %	80 %	20 %	0 %	253795550
4	NC_012960	CGCGG	2	10	2575	2584	0 %	0 %	60 %	40 %	253795550
5	NC_012960	GCGTC	2	10	7017	7026	0 %	20 %	40 %	40 %	253795554
6	NC_012960	GCGCG	2	10	7609	7618	0 %	0 %	60 %	40 %	253795554
7	NC_012960	TGAGC	2	10	8318	8327	20 %	20 %	40 %	20 %	253795555
8	NC_012960	GCTGC	2	10	10051	10060	0 %	20 %	40 %	40 %	253795557
9	NC_012960	GTTTG	2	10	13709	13718	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012960	TATGC	2	10	14055	14064	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_012960	CGCGC	2	10	16787	16796	0 %	0 %	40 %	60 %	253795564
12	NC_012960	CGCGC	2	10	18492	18501	0 %	0 %	40 %	60 %	253795565
13	NC_012960	TCGAC	2	10	19091	19100	20 %	20 %	20 %	40 %	253795566
14	NC_012960	TTGTG	2	10	21423	21432	0 %	60 %	40 %	0 %	253795570
15	NC_012960	GGTGA	2	10	24014	24023	20 %	20 %	60 %	0 %	253795574
16	NC_012960	GTGCT	2	10	24310	24319	0 %	40 %	40 %	20 %	253795574
17	NC_012960	AGTCT	2	10	25509	25518	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_012960	GGCGT	2	10	27599	27608	0 %	20 %	60 %	20 %	253795582
19	NC_012960	CTTTT	2	10	29105	29114	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_012960	GCTTC	2	10	29272	29281	0 %	40 %	20 %	40 %	253795584
21	NC_012960	TGTGG	2	10	30086	30095	0 %	40 %	60 %	0 %	253795585
22	NC_012960	CTTAG	2	10	31150	31159	20 %	40 %	20 %	20 %	253795586
23	NC_012960	AGCTG	2	10	31220	31229	20 %	20 %	40 %	20 %	253795586
24	NC_012960	GGCTT	2	10	31450	31459	0 %	40 %	40 %	20 %	253795586
25	NC_012960	AGCCA	2	10	34999	35008	40 %	0 %	20 %	40 %	253795589
26	NC_012960	CAAAA	2	10	35755	35764	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_012960	AGCTA	2	10	35878	35887	40 %	20 %	20 %	20 %	253795590
28	NC_012960	GCCGC	2	10	35935	35944	0 %	0 %	40 %	60 %	253795590
29	NC_012960	AAGCT	2	10	36902	36911	40 %	20 %	20 %	20 %	253795591
30	NC_012960	GCGCT	2	10	37695	37704	0 %	20 %	40 %	40 %	253795591
31	NC_012960	TAGCT	2	10	41549	41558	20 %	40 %	20 %	20 %	253795595
32	NC_012960	GTTTC	2	10	41626	41635	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_012960	GCGCC	4	20	41732	41751	0 %	0 %	40 %	60 %	253795596
34	NC_012960	GGGTG	2	10	42290	42299	0 %	20 %	80 %	0 %	253795597
35	NC_012960	AGCTT	2	10	43177	43186	20 %	40 %	20 %	20 %	253795601
36	NC_012960	GCGCG	2	10	44217	44226	0 %	0 %	60 %	40 %	253795604
37	NC_012960	CAGAA	2	10	45961	45970	60 %	0 %	20 %	20 %	253795605
38	NC_012960	AAGCT	2	10	48978	48987	40 %	20 %	20 %	20 %	253795609
39	NC_012960	GCCGC	2	10	52390	52399	0 %	0 %	40 %	60 %	253795610
40	NC_012960	GCATG	2	10	53274	53283	20 %	20 %	40 %	20 %	253795610
41	NC_012960	GAGTT	2	10	53426	53435	20 %	40 %	40 %	0 %	253795610
42	NC_012960	CAGCT	2	10	53930	53939	20 %	20 %	20 %	40 %	253795610
43	NC_012960	TGGCG	2	10	54957	54966	0 %	20 %	60 %	20 %	253795610
44	NC_012960	TGAGC	2	10	54969	54978	20 %	20 %	40 %	20 %	253795610
45	NC_012960	GCGCG	2	10	55919	55928	0 %	0 %	60 %	40 %	253795611
46	NC_012960	GCGTG	2	10	56141	56150	0 %	20 %	60 %	20 %	253795611
47	NC_012960	TGTCG	2	10	56352	56361	0 %	40 %	40 %	20 %	253795612
48	NC_012960	AGGTC	2	10	56510	56519	20 %	20 %	40 %	20 %	253795612
49	NC_012960	AGGTG	2	10	56867	56876	20 %	20 %	60 %	0 %	253795613
50	NC_012960	AAGCC	2	10	61421	61430	40 %	0 %	20 %	40 %	253795617
51	NC_012960	GCGAC	2	10	62181	62190	20 %	0 %	40 %	40 %	253795618
52	NC_012960	CAGCC	2	10	63429	63438	20 %	0 %	20 %	60 %	253795621
53	NC_012960	AGCGC	2	10	64142	64151	20 %	0 %	40 %	40 %	253795624
54	NC_012960	CGCTG	2	10	67863	67872	0 %	20 %	40 %	40 %	253795633
55	NC_012960	GCTGC	2	10	68284	68293	0 %	20 %	40 %	40 %	253795635
56	NC_012960	GGGCT	2	10	68400	68409	0 %	20 %	60 %	20 %	253795635
57	NC_012960	CTTCG	2	10	70093	70102	0 %	40 %	20 %	40 %	253795638
58	NC_012960	AAGCT	2	10	70794	70803	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_012960	GTGTG	2	10	71065	71074	0 %	40 %	60 %	0 %	253795639
60	NC_012960	GCGCT	2	10	71370	71379	0 %	20 %	40 %	40 %	253795639
61	NC_012960	GCTTG	2	10	72096	72105	0 %	40 %	40 %	20 %	253795640
62	NC_012960	GCTTG	2	10	72528	72537	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_012960	GCTGC	2	10	73317	73326	0 %	20 %	40 %	40 %	253795642
64	NC_012960	GTGTG	2	10	73954	73963	0 %	40 %	60 %	0 %	253795642
65	NC_012960	TCTCT	2	10	78889	78898	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_012960	GAGGG	2	10	79078	79087	20 %	0 %	80 %	0 %	253795646
67	NC_012960	GCTGT	2	10	79381	79390	0 %	40 %	40 %	20 %	253795647
68	NC_012960	AGCTG	2	10	81050	81059	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012960	TGGCA	2	10	82545	82554	20 %	20 %	40 %	20 %	253795652
70	NC_012960	GCGCT	2	10	84377	84386	0 %	20 %	40 %	40 %	253795655
71	NC_012960	TTTGA	2	10	86665	86674	20 %	60 %	20 %	0 %	253795657
72	NC_012960	TTGAC	2	10	87969	87978	20 %	40 %	20 %	20 %	253795658
73	NC_012960	CGCGC	2	10	89282	89291	0 %	0 %	40 %	60 %	253795660
74	NC_012960	GCTTG	2	10	91837	91846	0 %	40 %	40 %	20 %	253795663
75	NC_012960	GAGCT	2	10	92027	92036	20 %	20 %	40 %	20 %	253795663
76	NC_012960	GCGTG	2	10	92160	92169	0 %	20 %	60 %	20 %	253795663
77	NC_012960	TGGCT	2	10	92772	92781	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_012960	TGCTT	2	10	92968	92977	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_012960	AAATA	2	10	93001	93010	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012960	TCGTG	2	10	94422	94431	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_012960	TGGGC	2	10	94565	94574	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
82	NC_012960	GAGGG	2	10	94946	94955	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012960	AGGAA	2	10	95379	95388	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012960	CTTCT	2	10	98387	98396	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_012960	CCTTT	2	10	98800	98809	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_012960	AAGCT	2	10	100147	100156	40 %	20 %	20 %	20 %	253795668
87	NC_012960	GCCTT	2	10	100203	100212	0 %	40 %	20 %	40 %	253795668
88	NC_012960	GTGCT	2	10	100311	100320	0 %	40 %	40 %	20 %	253795668
89	NC_012960	AGCTG	2	10	101702	101711	20 %	20 %	40 %	20 %	253795670
90	NC_012960	GAGCT	2	10	101930	101939	20 %	20 %	40 %	20 %	253795671
91	NC_012960	GACTT	2	10	102077	102086	20 %	40 %	20 %	20 %	253795671
92	NC_012960	ACGCC	2	10	102379	102388	20 %	0 %	20 %	60 %	253795671
93	NC_012960	CCCGC	2	10	102913	102922	0 %	0 %	20 %	80 %	253795671
94	NC_012960	TTTGG	2	10	105274	105283	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012960	TCACG	2	10	105624	105633	20 %	20 %	20 %	40 %	253795675
96	NC_012960	GCTTG	2	10	106436	106445	0 %	40 %	40 %	20 %	253795675
97	NC_012960	GCGCG	2	10	107250	107259	0 %	0 %	60 %	40 %	253795677
98	NC_012960	AGCGC	2	10	108270	108279	20 %	0 %	40 %	40 %	253795678
99	NC_012960	AAACG	2	10	108820	108829	60 %	0 %	20 %	20 %	253795679
100	NC_012960	CTCAC	2	10	110480	110489	20 %	20 %	0 %	60 %	253795680
101	NC_012960	TCGGC	2	10	111170	111179	0 %	20 %	40 %	40 %	253795680
102	NC_012960	GCTGT	2	10	115493	115502	0 %	40 %	40 %	20 %	253795684
103	NC_012960	CGCGC	3	15	115647	115661	0 %	0 %	40 %	60 %	253795684
104	NC_012960	TCTAG	2	10	115675	115684	20 %	40 %	20 %	20 %	253795684
105	NC_012960	TATTT	2	10	116055	116064	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012960	CGGCG	2	10	117090	117099	0 %	0 %	60 %	40 %	253795685
107	NC_012960	CGCGC	2	10	118681	118690	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
108	NC_012960	GTTTT	2	10	118825	118834	0 %	80 %	20 %	0 %	253795688
109	NC_012960	CAAAC	2	10	119575	119584	60 %	0 %	0 %	40 %	253795688
110	NC_012960	TAGCT	2	10	119898	119907	20 %	40 %	20 %	20 %	253795688
111	NC_012960	CAAAC	2	10	121578	121587	60 %	0 %	0 %	40 %	253795690
112	NC_012960	TGTTT	2	10	123612	123621	0 %	80 %	20 %	0 %	253795694
113	NC_012960	TGGTC	2	10	124073	124082	0 %	40 %	40 %	20 %	253795695
114	NC_012960	TCAAA	2	10	125820	125829	60 %	20 %	0 %	20 %	253795695
115	NC_012960	AGCTG	2	10	126614	126623	20 %	20 %	40 %	20 %	253795695
116	NC_012960	ACGTC	2	10	126909	126918	20 %	20 %	20 %	40 %	253795695
117	NC_012960	GTTGT	2	10	130614	130623	0 %	60 %	40 %	0 %	253795700
118	NC_012960	GCGCC	2	10	130960	130969	0 %	0 %	40 %	60 %	253795700
119	NC_012960	CGGGT	2	10	131477	131486	0 %	20 %	60 %	20 %	253795701
120	NC_012960	GTTTT	2	10	136026	136035	0 %	80 %	20 %	0 %	253795706
121	NC_012960	TTGTT	2	10	137083	137092	0 %	80 %	20 %	0 %	253795707
122	NC_012960	TTCAG	2	10	142069	142078	20 %	40 %	20 %	20 %	253795713
123	NC_012960	GCTGC	2	10	142356	142365	0 %	20 %	40 %	40 %	253795714
124	NC_012960	TGGCT	2	10	143035	143044	0 %	40 %	40 %	20 %	253795716

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.