MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome

Total Repeats: 102

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012960	TGTGC	2	10	53	62	0 %	40 %	40 %	20 %	253795548
2	NC_012960	TTTGA	2	10	421	430	20 %	60 %	20 %	0 %	253795548
3	NC_012960	GTTTT	2	10	1917	1926	0 %	80 %	20 %	0 %	253795550
4	NC_012960	CGCGG	2	10	2575	2584	0 %	0 %	60 %	40 %	253795550
5	NC_012960	GCGTC	2	10	7017	7026	0 %	20 %	40 %	40 %	253795554
6	NC_012960	GCGCG	2	10	7609	7618	0 %	0 %	60 %	40 %	253795554
7	NC_012960	TGAGC	2	10	8318	8327	20 %	20 %	40 %	20 %	253795555
8	NC_012960	GCTGC	2	10	10051	10060	0 %	20 %	40 %	40 %	253795557
9	NC_012960	CGCGC	2	10	16787	16796	0 %	0 %	40 %	60 %	253795564
10	NC_012960	CGCGC	2	10	18492	18501	0 %	0 %	40 %	60 %	253795565
11	NC_012960	TCGAC	2	10	19091	19100	20 %	20 %	20 %	40 %	253795566
12	NC_012960	TTGTG	2	10	21423	21432	0 %	60 %	40 %	0 %	253795570
13	NC_012960	GGTGA	2	10	24014	24023	20 %	20 %	60 %	0 %	253795574
14	NC_012960	GTGCT	2	10	24310	24319	0 %	40 %	40 %	20 %	253795574
15	NC_012960	GGCGT	2	10	27599	27608	0 %	20 %	60 %	20 %	253795582
16	NC_012960	GCTTC	2	10	29272	29281	0 %	40 %	20 %	40 %	253795584
17	NC_012960	TGTGG	2	10	30086	30095	0 %	40 %	60 %	0 %	253795585
18	NC_012960	CTTAG	2	10	31150	31159	20 %	40 %	20 %	20 %	253795586
19	NC_012960	AGCTG	2	10	31220	31229	20 %	20 %	40 %	20 %	253795586
20	NC_012960	GGCTT	2	10	31450	31459	0 %	40 %	40 %	20 %	253795586
21	NC_012960	AGCCA	2	10	34999	35008	40 %	0 %	20 %	40 %	253795589
22	NC_012960	AGCTA	2	10	35878	35887	40 %	20 %	20 %	20 %	253795590
23	NC_012960	GCCGC	2	10	35935	35944	0 %	0 %	40 %	60 %	253795590
24	NC_012960	AAGCT	2	10	36902	36911	40 %	20 %	20 %	20 %	253795591
25	NC_012960	GCGCT	2	10	37695	37704	0 %	20 %	40 %	40 %	253795591
26	NC_012960	TAGCT	2	10	41549	41558	20 %	40 %	20 %	20 %	253795595
27	NC_012960	GCGCC	4	20	41732	41751	0 %	0 %	40 %	60 %	253795596
28	NC_012960	GGGTG	2	10	42290	42299	0 %	20 %	80 %	0 %	253795597
29	NC_012960	AGCTT	2	10	43177	43186	20 %	40 %	20 %	20 %	253795601
30	NC_012960	GCGCG	2	10	44217	44226	0 %	0 %	60 %	40 %	253795604
31	NC_012960	CAGAA	2	10	45961	45970	60 %	0 %	20 %	20 %	253795605
32	NC_012960	AAGCT	2	10	48978	48987	40 %	20 %	20 %	20 %	253795609
33	NC_012960	GCCGC	2	10	52390	52399	0 %	0 %	40 %	60 %	253795610
34	NC_012960	GCATG	2	10	53274	53283	20 %	20 %	40 %	20 %	253795610
35	NC_012960	GAGTT	2	10	53426	53435	20 %	40 %	40 %	0 %	253795610
36	NC_012960	CAGCT	2	10	53930	53939	20 %	20 %	20 %	40 %	253795610
37	NC_012960	TGGCG	2	10	54957	54966	0 %	20 %	60 %	20 %	253795610
38	NC_012960	TGAGC	2	10	54969	54978	20 %	20 %	40 %	20 %	253795610
39	NC_012960	GCGCG	2	10	55919	55928	0 %	0 %	60 %	40 %	253795611
40	NC_012960	GCGTG	2	10	56141	56150	0 %	20 %	60 %	20 %	253795611
41	NC_012960	TGTCG	2	10	56352	56361	0 %	40 %	40 %	20 %	253795612
42	NC_012960	AGGTC	2	10	56510	56519	20 %	20 %	40 %	20 %	253795612
43	NC_012960	AGGTG	2	10	56867	56876	20 %	20 %	60 %	0 %	253795613
44	NC_012960	AAGCC	2	10	61421	61430	40 %	0 %	20 %	40 %	253795617
45	NC_012960	GCGAC	2	10	62181	62190	20 %	0 %	40 %	40 %	253795618
46	NC_012960	CAGCC	2	10	63429	63438	20 %	0 %	20 %	60 %	253795621
47	NC_012960	AGCGC	2	10	64142	64151	20 %	0 %	40 %	40 %	253795624
48	NC_012960	CGCTG	2	10	67863	67872	0 %	20 %	40 %	40 %	253795633
49	NC_012960	GCTGC	2	10	68284	68293	0 %	20 %	40 %	40 %	253795635
50	NC_012960	GGGCT	2	10	68400	68409	0 %	20 %	60 %	20 %	253795635
51	NC_012960	CTTCG	2	10	70093	70102	0 %	40 %	20 %	40 %	253795638
52	NC_012960	GTGTG	2	10	71065	71074	0 %	40 %	60 %	0 %	253795639
53	NC_012960	GCGCT	2	10	71370	71379	0 %	20 %	40 %	40 %	253795639
54	NC_012960	GCTTG	2	10	72096	72105	0 %	40 %	40 %	20 %	253795640
55	NC_012960	GCTGC	2	10	73317	73326	0 %	20 %	40 %	40 %	253795642
56	NC_012960	GTGTG	2	10	73954	73963	0 %	40 %	60 %	0 %	253795642
57	NC_012960	GAGGG	2	10	79078	79087	20 %	0 %	80 %	0 %	253795646
58	NC_012960	GCTGT	2	10	79381	79390	0 %	40 %	40 %	20 %	253795647
59	NC_012960	TGGCA	2	10	82545	82554	20 %	20 %	40 %	20 %	253795652
60	NC_012960	GCGCT	2	10	84377	84386	0 %	20 %	40 %	40 %	253795655
61	NC_012960	TTTGA	2	10	86665	86674	20 %	60 %	20 %	0 %	253795657
62	NC_012960	TTGAC	2	10	87969	87978	20 %	40 %	20 %	20 %	253795658
63	NC_012960	CGCGC	2	10	89282	89291	0 %	0 %	40 %	60 %	253795660
64	NC_012960	GCTTG	2	10	91837	91846	0 %	40 %	40 %	20 %	253795663
65	NC_012960	GAGCT	2	10	92027	92036	20 %	20 %	40 %	20 %	253795663
66	NC_012960	GCGTG	2	10	92160	92169	0 %	20 %	60 %	20 %	253795663
67	NC_012960	AAGCT	2	10	100147	100156	40 %	20 %	20 %	20 %	253795668
68	NC_012960	GCCTT	2	10	100203	100212	0 %	40 %	20 %	40 %	253795668
69	NC_012960	GTGCT	2	10	100311	100320	0 %	40 %	40 %	20 %	253795668
70	NC_012960	AGCTG	2	10	101702	101711	20 %	20 %	40 %	20 %	253795670
71	NC_012960	GAGCT	2	10	101930	101939	20 %	20 %	40 %	20 %	253795671
72	NC_012960	GACTT	2	10	102077	102086	20 %	40 %	20 %	20 %	253795671
73	NC_012960	ACGCC	2	10	102379	102388	20 %	0 %	20 %	60 %	253795671
74	NC_012960	CCCGC	2	10	102913	102922	0 %	0 %	20 %	80 %	253795671
75	NC_012960	TCACG	2	10	105624	105633	20 %	20 %	20 %	40 %	253795675
76	NC_012960	GCTTG	2	10	106436	106445	0 %	40 %	40 %	20 %	253795675
77	NC_012960	GCGCG	2	10	107250	107259	0 %	0 %	60 %	40 %	253795677
78	NC_012960	AGCGC	2	10	108270	108279	20 %	0 %	40 %	40 %	253795678
79	NC_012960	AAACG	2	10	108820	108829	60 %	0 %	20 %	20 %	253795679
80	NC_012960	CTCAC	2	10	110480	110489	20 %	20 %	0 %	60 %	253795680
81	NC_012960	TCGGC	2	10	111170	111179	0 %	20 %	40 %	40 %	253795680
82	NC_012960	GCTGT	2	10	115493	115502	0 %	40 %	40 %	20 %	253795684
83	NC_012960	CGCGC	3	15	115647	115661	0 %	0 %	40 %	60 %	253795684
84	NC_012960	TCTAG	2	10	115675	115684	20 %	40 %	20 %	20 %	253795684
85	NC_012960	CGGCG	2	10	117090	117099	0 %	0 %	60 %	40 %	253795685
86	NC_012960	GTTTT	2	10	118825	118834	0 %	80 %	20 %	0 %	253795688
87	NC_012960	CAAAC	2	10	119575	119584	60 %	0 %	0 %	40 %	253795688
88	NC_012960	TAGCT	2	10	119898	119907	20 %	40 %	20 %	20 %	253795688
89	NC_012960	CAAAC	2	10	121578	121587	60 %	0 %	0 %	40 %	253795690
90	NC_012960	TGTTT	2	10	123612	123621	0 %	80 %	20 %	0 %	253795694
91	NC_012960	TGGTC	2	10	124073	124082	0 %	40 %	40 %	20 %	253795695
92	NC_012960	TCAAA	2	10	125820	125829	60 %	20 %	0 %	20 %	253795695
93	NC_012960	AGCTG	2	10	126614	126623	20 %	20 %	40 %	20 %	253795695
94	NC_012960	ACGTC	2	10	126909	126918	20 %	20 %	20 %	40 %	253795695
95	NC_012960	GTTGT	2	10	130614	130623	0 %	60 %	40 %	0 %	253795700
96	NC_012960	GCGCC	2	10	130960	130969	0 %	0 %	40 %	60 %	253795700
97	NC_012960	CGGGT	2	10	131477	131486	0 %	20 %	60 %	20 %	253795701
98	NC_012960	GTTTT	2	10	136026	136035	0 %	80 %	20 %	0 %	253795706
99	NC_012960	TTGTT	2	10	137083	137092	0 %	80 %	20 %	0 %	253795707
100	NC_012960	TTCAG	2	10	142069	142078	20 %	40 %	20 %	20 %	253795713
101	NC_012960	GCTGC	2	10	142356	142365	0 %	20 %	40 %	40 %	253795714
102	NC_012960	TGGCT	2	10	143035	143044	0 %	40 %	40 %	20 %	253795716

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.