MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome

Total Repeats: 39

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012960	CCTT	2	8	10823	10830	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_012960	CTTC	3	12	10945	10956	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_012960	ATCT	2	8	11027	11034	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
4	NC_012960	GCTG	2	8	13147	13154	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_012960	GCTT	2	8	13314	13321	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_012960	AACA	2	8	13405	13412	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_012960	TGAT	2	8	13629	13636	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012960	GTTT	2	8	13667	13674	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012960	TTGT	2	8	13906	13913	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012960	GGCT	2	8	14157	14164	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_012960	CAGC	2	8	15582	15589	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_012960	AGCG	2	8	25451	25458	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_012960	GCCC	2	8	25913	25920	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
14	NC_012960	CTCG	2	8	25995	26002	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_012960	GCTT	2	8	29116	29123	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_012960	GCTG	2	8	35578	35585	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_012960	GCTG	2	8	35741	35748	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_012960	CGCT	2	8	39216	39223	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_012960	GCTG	2	8	43164	43171	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_012960	CTTG	2	8	70766	70773	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_012960	TGCG	2	8	72606	72613	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_012960	TTGC	2	8	74748	74755	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_012960	GCTG	3	12	82298	82309	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_012960	TGGC	2	8	82339	82346	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
25	NC_012960	GACT	2	8	82898	82905	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_012960	GTGA	2	8	93734	93741	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012960	CAAC	2	8	94365	94372	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_012960	AGGA	2	8	94527	94534	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012960	GCAA	2	8	95132	95139	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_012960	GCGA	2	8	95417	95424	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_012960	GGCT	2	8	95871	95878	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_012960	AAAG	2	8	96247	96254	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012960	GGGC	2	8	96785	96792	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
34	NC_012960	CTGA	2	8	97244	97251	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_012960	TGCT	2	8	98236	98243	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_012960	TGCT	2	8	98258	98265	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_012960	CTCC	2	8	98376	98383	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
38	NC_012960	TTTC	2	8	115795	115802	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_012960	TCTT	2	8	115803	115810	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.