MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Mycobacterium tuberculosis KZN 1435 chromosome

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012943	ACCGCG	2	12	31191	31202	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_012943	CGTCGG	2	12	66839	66850	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_012943	CAACGG	2	12	76361	76372	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_012943	TCACCT	2	12	80527	80538	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_012943	GCGGTG	2	12	104875	104886	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_012943	CTCGGT	2	12	149507	149518	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_012943	GCCGCG	2	12	180871	180882	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_012943	ACAGCC	2	12	218419	218430	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
9	NC_012943	CCCCGA	2	12	293571	293582	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_012943	AGATTC	2	12	330303	330314	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_012943	GGTCGC	2	12	344928	344939	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_012943	ATAGTC	2	12	543231	543242	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_012943	ACCAGT	2	12	591178	591189	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_012943	CCGCCA	2	12	625854	625865	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_012943	CGCCGT	2	12	720177	720188	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_012943	CGCGGG	2	12	830822	830833	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_012943	CCGGCG	2	12	864358	864369	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_012943	ACCGGG	2	12	871079	871090	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_012943	GCGGCC	2	12	907970	907981	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
20	NC_012943	ACAGCA	2	12	909343	909354	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_012943	CTGGGT	2	12	924182	924193	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_012943	CTGGTG	2	12	936756	936767	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_012943	CAACGG	2	12	956364	956375	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_012943	GTTGGT	2	12	978062	978073	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012943	TGTACA	2	12	983411	983422	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_012943	CCTACG	2	12	1032608	1032619	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
27	NC_012943	TTCGGA	2	12	1087535	1087546	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_012943	ATCGCG	2	12	1098953	1098964	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_012943	CCGGCC	2	12	1100384	1100395	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_012943	GTGGCG	2	12	1106083	1106094	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_012943	CGGCGA	2	12	1122103	1122114	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_012943	CGGCGA	2	12	1122160	1122171	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_012943	CGACGT	2	12	1185178	1185189	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_012943	GTGATG	2	12	1229034	1229045	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012943	GTCGAT	2	12	1291842	1291853	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_012943	GCAACG	2	12	1313476	1313487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_012943	TGCCGG	2	12	1335849	1335860	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_012943	AATATG	2	12	1399926	1399937	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012943	CTTCCG	2	12	1460504	1460515	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_012943	GGCGCC	2	12	1467973	1467984	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
41	NC_012943	CAACGG	2	12	1487661	1487672	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_012943	CAATAC	2	12	1497597	1497608	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_012943	TCGGGC	2	12	1536033	1536044	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_012943	CCGTCG	2	12	1543128	1543139	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_012943	GGGTGC	2	12	1591409	1591420	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_012943	GTTTGA	2	12	1620705	1620716	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012943	GTGGCG	2	12	1622458	1622469	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_012943	TGCCGG	2	12	1680644	1680655	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_012943	CACGTG	2	12	1698307	1698318	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_012943	TGCGGT	2	12	1784375	1784386	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_012943	TGGGCG	2	12	1819682	1819693	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_012943	CCGACG	2	12	1924209	1924220	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
53	NC_012943	GGTTGG	2	12	1959754	1959765	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012943	CAGCGG	2	12	1984981	1984992	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_012943	GGTTGA	2	12	2005583	2005594	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012943	TTCTAT	2	12	2049686	2049697	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_012943	AGTGCA	2	12	2078090	2078101	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_012943	CGGAGC	2	12	2159897	2159908	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_012943	CTGCGG	2	12	2189211	2189222	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_012943	CAACCG	2	12	2192117	2192128	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_012943	GCTCGC	2	12	2246532	2246543	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
62	NC_012943	CCCAGC	2	12	2277978	2277989	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_012943	CCCTCT	2	12	2347081	2347092	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_012943	AGCCGA	2	12	2367205	2367216	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_012943	GACGGC	2	12	2369452	2369463	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_012943	ATCACC	2	12	2382473	2382484	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_012943	GGTTGT	2	12	2425551	2425562	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012943	TGCGGT	2	12	2493602	2493613	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_012943	ACCGCT	2	12	2495538	2495549	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
70	NC_012943	TCGGCG	2	12	2504870	2504881	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_012943	CCGCGG	2	12	2522644	2522655	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_012943	GGCGCC	2	12	2586369	2586380	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_012943	GCACTC	2	12	2632593	2632604	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_012943	AGGGGC	2	12	2775261	2775272	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_012943	AGGGGC	2	12	2778851	2778862	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_012943	TGAATA	2	12	2852302	2852313	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012943	GCGCGT	2	12	2887330	2887341	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_012943	ACCCAC	2	12	2937370	2937381	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_012943	ACTCGG	2	12	2992458	2992469	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_012943	GCACCG	2	12	3029123	3029134	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_012943	GCGGCC	2	12	3045987	3045998	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
82	NC_012943	CCTCAT	2	12	3046345	3046356	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_012943	TGGCCT	2	12	3070987	3070998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_012943	CTCGTC	2	12	3129285	3129296	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_012943	GTAACT	2	12	3190222	3190233	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_012943	ATGGCT	2	12	3215708	3215719	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_012943	ACGGAA	2	12	3249478	3249489	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_012943	CACCAA	2	12	3260170	3260181	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_012943	GGCATT	2	12	3288305	3288316	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_012943	GTGAGC	2	12	3317362	3317373	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_012943	TGCGCC	2	12	3317493	3317504	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_012943	CGGCGC	2	12	3359289	3359300	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_012943	GCAGTC	2	12	3378152	3378163	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_012943	CTGCCG	2	12	3380529	3380540	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_012943	CCGTTG	2	12	3382608	3382619	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_012943	AACCCG	2	12	3446397	3446408	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_012943	GCTCCT	2	12	3488601	3488612	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
98	NC_012943	TCCGCT	2	12	3547834	3547845	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_012943	GCCTCC	2	12	3638364	3638375	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_012943	TGCCGC	2	12	3734008	3734019	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_012943	GCGCAG	2	12	3774278	3774289	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_012943	TGTACA	2	12	3793625	3793636	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_012943	TCCTCT	2	12	3869898	3869909	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_012943	TCGGAG	2	12	3894177	3894188	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_012943	CCGCTC	2	12	3898206	3898217	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_012943	CGTTGG	2	12	3910846	3910857	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_012943	CGGCCG	2	12	3914986	3914997	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_012943	GGCGAG	2	12	4097502	4097513	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_012943	TGGCGG	2	12	4186074	4186085	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_012943	CTGCGG	2	12	4208757	4208768	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_012943	AACGCG	2	12	4209467	4209478	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_012943	CTCATC	2	12	4253615	4253626	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_012943	GGGTTG	2	12	4310880	4310891	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.