MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis BM407 chromosome

Total Repeats: 140

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012926	TGGAAG	2	12	21763	21774	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012926	AGTCTA	2	12	52242	52253	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_012926	TGGAAG	2	12	92564	92575	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012926	TTCGGG	2	12	93501	93512	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_012926	ACTTTG	2	12	110529	110540	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_012926	TAAGAT	2	12	136983	136994	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012926	ATACTC	2	12	139577	139588	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_012926	ACTAAG	2	12	150858	150869	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_012926	GTTATA	2	12	154289	154300	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012926	AAACAG	2	12	163393	163404	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_012926	ACTGAT	2	12	163740	163751	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_012926	GAAAGC	2	12	165245	165256	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_012926	TGATGC	2	12	166781	166792	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_012926	AGATGC	2	12	167009	167020	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_012926	AGATGC	2	12	167237	167248	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_012926	ATTTTT	2	12	174822	174833	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012926	TGATTT	2	12	186413	186424	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012926	ATTGCC	2	12	211469	211480	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_012926	CATTGC	2	12	212797	212808	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_012926	ATCTGC	2	12	218716	218727	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_012926	AAAATT	2	12	220273	220284	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012926	TTTTTC	2	12	257741	257752	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_012926	AACCAA	2	12	264225	264236	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_012926	TAGAAA	2	12	288999	289010	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012926	TAGCCG	2	12	289038	289049	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_012926	TAAAAA	2	12	326549	326560	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012926	TGGAAG	2	12	333814	333825	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012926	ATCTGC	2	12	358346	358357	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_012926	AGGAAA	2	12	361206	361217	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012926	TCTTTT	2	12	386849	386860	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_012926	TAGCAG	2	12	393077	393088	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_012926	TGTGAT	2	12	393403	393414	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012926	AAACTA	2	12	415948	415959	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_012926	TGGAAG	2	12	429615	429626	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012926	CAAAAT	2	12	431113	431124	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_012926	ATTGTA	2	12	433481	433492	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012926	TAAAAA	2	12	449638	449649	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012926	TGTATT	2	12	453459	453470	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012926	AAATAC	2	12	464225	464236	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_012926	AAGCAG	2	12	465393	465404	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_012926	AAAATC	2	12	489430	489441	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_012926	ATCTGC	2	12	489478	489489	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_012926	TACGAT	2	12	491648	491659	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_012926	ACCTAT	2	12	498330	498341	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_012926	GAGAAG	2	12	601086	601097	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012926	TCCTTT	2	12	609491	609502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_012926	TGATTT	2	12	635886	635897	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012926	AAAATC	2	12	693882	693893	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_012926	GATTCG	2	12	704544	704555	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_012926	CAGGTA	2	12	733580	733591	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_012926	AGAAAA	2	12	736803	736814	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012926	ATGTAA	2	12	752689	752700	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012926	AAAATC	2	12	758870	758881	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_012926	ATCTGC	2	12	758918	758929	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_012926	AAAATC	2	12	768282	768293	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_012926	AAAATC	2	12	772710	772721	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_012926	ATCTGC	2	12	772758	772769	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_012926	AATGTT	2	12	795765	795776	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012926	GTGTTC	2	12	804385	804396	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_012926	AACGAC	2	12	806197	806208	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_012926	AAAATC	2	12	827993	828004	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_012926	ACGATT	2	12	851858	851869	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_012926	CTTTAT	2	12	885064	885075	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_012926	GGATGT	2	12	892956	892967	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012926	AAGAAA	2	12	904277	904288	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012926	TTTGAT	2	12	939191	939202	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012926	ATGTAG	2	12	948051	948062	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012926	TGTTTT	2	12	990794	990805	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012926	TCGTTT	2	12	1027631	1027642	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_012926	TAATTT	2	12	1073936	1073947	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_012926	TGTCGA	2	12	1077281	1077292	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_012926	ATAATG	2	12	1084529	1084540	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012926	AAAATA	2	12	1105973	1105984	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012926	AAAATC	2	12	1106250	1106261	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_012926	GATTTT	2	12	1106322	1106333	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012926	GTGGGA	2	12	1116823	1116834	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012926	AATGAG	2	12	1149195	1149206	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012926	TCCAGC	2	12	1149939	1149950	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
79	NC_012926	CATATT	2	12	1157112	1157123	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_012926	CCCGAA	2	12	1193979	1193990	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_012926	TGCAAG	2	12	1194367	1194378	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_012926	GACTGG	2	12	1232749	1232760	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_012926	AGAATA	2	12	1284859	1284870	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012926	ATTTTT	2	12	1335226	1335237	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012926	TTTCCT	2	12	1345939	1345950	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_012926	TTGAAG	2	12	1355209	1355220	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012926	TATTTG	2	12	1356702	1356713	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012926	TCAATT	2	12	1357158	1357169	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_012926	ACTCCA	2	12	1360213	1360224	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_012926	TCAGTC	2	12	1363721	1363732	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_012926	GGAAAA	2	12	1389203	1389214	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012926	TTTCTA	2	12	1397058	1397069	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_012926	TTTATA	2	12	1408311	1408322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012926	CTTTAA	2	12	1419185	1419196	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_012926	ACTTTT	2	12	1420520	1420531	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_012926	CATCCC	2	12	1446213	1446224	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_012926	ATCAGA	2	12	1465287	1465298	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_012926	GCAGAT	2	12	1465308	1465319	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_012926	ATCAAA	2	12	1470588	1470599	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_012926	CCATCG	2	12	1476944	1476955	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
101	NC_012926	TATCAA	2	12	1488994	1489005	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_012926	AAATAA	2	12	1491989	1492000	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012926	TAAAAA	2	12	1496481	1496492	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012926	AAAATC	2	12	1550120	1550131	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_012926	ATCTGC	2	12	1550168	1550179	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_012926	ATAAAA	2	12	1563458	1563469	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_012926	CGTTTG	2	12	1581712	1581723	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_012926	ATTGAC	2	12	1582278	1582289	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_012926	AACACT	2	12	1599019	1599030	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_012926	ATTTAT	2	12	1625535	1625546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_012926	AGGAAC	2	12	1626745	1626756	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_012926	TGATTT	2	12	1631962	1631973	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012926	AAAATC	2	12	1641933	1641944	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_012926	CAAAAT	2	12	1642579	1642590	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_012926	ATAAAA	2	12	1647894	1647905	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012926	TGATTT	2	12	1649662	1649673	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012926	TCCCAG	2	12	1665981	1665992	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
118	NC_012926	AGCCTG	2	12	1683509	1683520	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_012926	TGATTT	2	12	1710972	1710983	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012926	AAAATC	2	12	1747795	1747806	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_012926	CTCAAT	2	12	1810514	1810525	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_012926	AATAGA	2	12	1848276	1848287	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012926	AAGAAA	2	12	1898181	1898192	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012926	CTCCAC	2	12	1924354	1924365	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_012926	GAAAGC	2	12	1932117	1932128	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_012926	TAGAAA	2	12	1935744	1935755	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012926	TGATTT	2	12	1954467	1954478	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012926	TTTATT	2	12	1983317	1983328	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012926	TAGTGT	2	12	2023617	2023628	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012926	TAAGAT	2	12	2039526	2039537	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012926	TTTTAT	2	12	2040927	2040938	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.