MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Streptococcus suis BM407 plasmid pBM407

Total Repeats: 333

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012923	GAA	2	6	70	75	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750613
2	NC_012923	AAT	2	6	121	126	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750613
3	NC_012923	GGT	2	6	136	141	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253750613
4	NC_012923	CTT	2	6	317	322	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750613
5	NC_012923	ATT	3	9	472	480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750613
6	NC_012923	AAT	2	6	511	516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750613
7	NC_012923	AGA	3	9	558	566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750613
8	NC_012923	GAA	2	6	700	705	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750613
9	NC_012923	AGA	2	6	723	728	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750613
10	NC_012923	TAA	2	6	762	767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750613
11	NC_012923	ATT	2	6	868	873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750613
12	NC_012923	TTG	2	6	945	950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012923	AAG	2	6	967	972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012923	AAG	2	6	1143	1148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750614
15	NC_012923	AGA	2	6	1165	1170	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750614
16	NC_012923	ATT	2	6	1340	1345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750615
17	NC_012923	TTA	2	6	1356	1361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750615
18	NC_012923	ATT	2	6	1399	1404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750615
19	NC_012923	AGA	2	6	1409	1414	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750615
20	NC_012923	AGA	2	6	1554	1559	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750616
21	NC_012923	TGG	2	6	1608	1613	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253750616
22	NC_012923	GAA	2	6	1657	1662	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750616
23	NC_012923	ACA	2	6	1704	1709	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750616
24	NC_012923	TGA	2	6	1722	1727	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750616
25	NC_012923	GTA	2	6	1753	1758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750616
26	NC_012923	AAC	2	6	1854	1859	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750616
27	NC_012923	CAA	2	6	1880	1885	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750616
28	NC_012923	GAT	2	6	1987	1992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750616
29	NC_012923	TTG	2	6	2033	2038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750616
30	NC_012923	CAA	2	6	2287	2292	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750616
31	NC_012923	ACC	2	6	2319	2324	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253750616
32	NC_012923	AGT	2	6	2377	2382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012923	ACT	2	6	2398	2403	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_012923	TTA	2	6	2533	2538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012923	TAA	2	6	2554	2559	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012923	AAT	2	6	2679	2684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750617
37	NC_012923	CTT	2	6	2725	2730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750617
38	NC_012923	ATT	2	6	2852	2857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750617
39	NC_012923	TCA	2	6	2967	2972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750617
40	NC_012923	GCT	2	6	3006	3011	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750617
41	NC_012923	AAT	2	6	3079	3084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750617
42	NC_012923	AGT	2	6	3171	3176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750617
43	NC_012923	TCG	2	6	3205	3210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750617
44	NC_012923	TAG	2	6	3282	3287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750617
45	NC_012923	AAT	2	6	3299	3304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750617
46	NC_012923	CTG	2	6	3311	3316	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750617
47	NC_012923	TCC	2	6	3350	3355	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_012923	TAT	2	6	3369	3374	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012923	TAG	2	6	3389	3394	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012923	TTG	2	6	3564	3569	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012923	ATG	2	6	3570	3575	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_012923	TCC	2	6	3719	3724	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_012923	TCT	2	6	4040	4045	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_012923	CAT	2	6	4137	4142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750618
55	NC_012923	TCT	2	6	4244	4249	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750618
56	NC_012923	ATC	2	6	4372	4377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750618
57	NC_012923	TTA	2	6	4379	4384	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750618
58	NC_012923	CCT	2	6	4409	4414	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_012923	TCA	2	6	4483	4488	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_012923	TAA	2	6	4537	4542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012923	ATA	2	6	4564	4569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012923	TAT	2	6	4599	4604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012923	AAC	2	6	4607	4612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_012923	ATC	2	6	4639	4644	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_012923	CTC	2	6	4706	4711	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_012923	TCA	2	6	4716	4721	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_012923	AAT	2	6	4900	4905	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012923	AGA	2	6	4911	4916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_012923	ACA	2	6	4960	4965	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_012923	GTT	2	6	4992	4997	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750619
71	NC_012923	TCT	2	6	5024	5029	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750619
72	NC_012923	TCT	2	6	5058	5063	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750619
73	NC_012923	AAT	2	6	5091	5096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750619
74	NC_012923	AAT	2	6	5246	5251	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750619
75	NC_012923	ATT	2	6	5255	5260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750619
76	NC_012923	CTT	2	6	5268	5273	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750619
77	NC_012923	ATC	2	6	5279	5284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750619
78	NC_012923	AAG	2	6	5299	5304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750619
79	NC_012923	TAT	2	6	5371	5376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750619
80	NC_012923	ACA	3	9	5403	5411	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750619
81	NC_012923	TAA	2	6	5425	5430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750619
82	NC_012923	AAT	2	6	5436	5441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750619
83	NC_012923	TCT	2	6	5442	5447	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750619
84	NC_012923	TAC	2	6	5545	5550	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750619
85	NC_012923	ATA	2	6	5844	5849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750620
86	NC_012923	CCT	2	6	5920	5925	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253750620
87	NC_012923	TCT	2	6	6094	6099	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750620
88	NC_012923	CTT	2	6	6141	6146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750620
89	NC_012923	TGT	2	6	6183	6188	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750620
90	NC_012923	AGC	2	6	6240	6245	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750620
91	NC_012923	TTC	2	6	6295	6300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750620
92	NC_012923	TTC	2	6	6336	6341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750620
93	NC_012923	ATA	2	6	6415	6420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750620
94	NC_012923	AAG	2	6	6453	6458	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750620
95	NC_012923	AAG	2	6	6510	6515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750620
96	NC_012923	ATC	2	6	6540	6545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750620
97	NC_012923	TTG	2	6	6546	6551	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750620
98	NC_012923	ATT	2	6	6588	6593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750620
99	NC_012923	ATC	2	6	6706	6711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750620
100	NC_012923	AGC	2	6	6741	6746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750620
101	NC_012923	AGC	2	6	6756	6761	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750620
102	NC_012923	GAT	2	6	6838	6843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750620
103	NC_012923	ATT	2	6	6924	6929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750620
104	NC_012923	TAC	2	6	7082	7087	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750620
105	NC_012923	TGA	2	6	7186	7191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750620
106	NC_012923	TCG	2	6	7257	7262	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_012923	ACT	2	6	7286	7291	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_012923	AGT	2	6	7386	7391	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012923	ATT	2	6	7581	7586	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012923	ATC	2	6	7601	7606	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_012923	TTA	2	6	7684	7689	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_012923	ATA	2	6	7867	7872	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012923	ATT	2	6	7900	7905	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012923	CCA	2	6	7947	7952	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_012923	ACC	2	6	7994	7999	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_012923	TTC	2	6	8015	8020	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_012923	CTT	2	6	8029	8034	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_012923	CTT	2	6	8068	8073	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_012923	ATT	2	6	8074	8079	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_012923	GAT	2	6	8131	8136	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012923	CTG	2	6	8150	8155	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_012923	GCT	2	6	8274	8279	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_012923	TAT	2	6	8399	8404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_012923	AAC	2	6	8481	8486	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_012923	CAC	2	6	8676	8681	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_012923	ATC	2	6	8690	8695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_012923	AAT	2	6	8944	8949	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012923	GCA	2	6	8956	8961	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_012923	TGC	2	6	8990	8995	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_012923	GCT	2	6	9049	9054	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_012923	TTC	2	6	9058	9063	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_012923	TCC	2	6	9098	9103	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
133	NC_012923	GCA	2	6	9108	9113	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_012923	AAT	2	6	9120	9125	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_012923	TCA	2	6	9186	9191	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_012923	AAT	2	6	9255	9260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012923	ATA	2	6	9270	9275	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012923	TAA	2	6	9353	9358	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012923	GCA	2	6	9437	9442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_012923	CCT	2	6	9458	9463	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
141	NC_012923	CAG	2	6	9486	9491	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_012923	ACA	3	9	9521	9529	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_012923	TCA	2	6	9552	9557	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_012923	TTC	3	9	9559	9567	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_012923	TAT	2	6	9640	9645	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_012923	AAC	2	6	9722	9727	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_012923	CTT	2	6	9887	9892	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_012923	GCA	2	6	10063	10068	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750621
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151	NC_012923	ATA	2	6	10275	10280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_012923	TGT	2	6	10337	10342	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_012923	ATA	2	6	10364	10369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_012923	ATT	2	6	10375	10380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_012923	ACC	2	6	10454	10459	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
156	NC_012923	CAT	2	6	10469	10474	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_012923	CAT	2	6	10660	10665	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_012923	TCT	2	6	10728	10733	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_012923	TCC	2	6	10821	10826	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
160	NC_012923	TCC	2	6	10983	10988	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
161	NC_012923	CTT	2	6	11141	11146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_012923	TTC	2	6	11465	11470	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_012923	ATT	2	6	11489	11494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_012923	CCT	2	6	11504	11509	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
165	NC_012923	CCA	2	6	11536	11541	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
166	NC_012923	CCA	2	6	11560	11565	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
167	NC_012923	CCA	2	6	11593	11598	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
168	NC_012923	CAT	2	6	11607	11612	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_012923	CTT	2	6	11826	11831	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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174	NC_012923	TTC	2	6	12202	12207	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750622
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182	NC_012923	ATT	2	6	12766	12771	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_012923	ATT	2	6	12822	12827	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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265	NC_012923	CCT	2	6	18550	18555	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253750625
266	NC_012923	CCG	2	6	18600	18605	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	253750626
267	NC_012923	GCT	2	6	18653	18658	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750626
268	NC_012923	TCC	2	6	18832	18837	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253750626
269	NC_012923	TTC	2	6	18898	18903	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750626
270	NC_012923	CCT	2	6	19271	19276	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253750626
271	NC_012923	GAA	2	6	19472	19477	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750626
272	NC_012923	AGC	2	6	19566	19571	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750626
273	NC_012923	GTT	2	6	19589	19594	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750626
274	NC_012923	TCT	2	6	19649	19654	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750626
275	NC_012923	CTC	2	6	19701	19706	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253750626
276	NC_012923	TTC	2	6	19803	19808	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750626
277	NC_012923	GAG	2	6	19880	19885	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	253750626
278	NC_012923	CAT	2	6	19926	19931	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750626
279	NC_012923	AGC	2	6	19932	19937	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750626
280	NC_012923	TTC	2	6	19942	19947	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750626
281	NC_012923	TCT	3	9	20017	20025	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750626
282	NC_012923	ATC	2	6	20208	20213	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750626
283	NC_012923	TGA	2	6	20242	20247	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750626
284	NC_012923	AAG	2	6	20256	20261	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750626
285	NC_012923	CTT	2	6	20288	20293	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750626
286	NC_012923	TGA	2	6	20495	20500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750626
287	NC_012923	CAT	2	6	20507	20512	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750626
288	NC_012923	AGC	2	6	20550	20555	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750626
289	NC_012923	GAG	2	6	20640	20645	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	253750626
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297	NC_012923	ACC	2	6	21232	21237	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253750626
298	NC_012923	TTC	2	6	21247	21252	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750626
299	NC_012923	CTT	2	6	21323	21328	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750626
300	NC_012923	CAT	2	6	21557	21562	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750626
301	NC_012923	CTT	2	6	21578	21583	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750626
302	NC_012923	ATA	2	6	21631	21636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750626
303	NC_012923	AGT	2	6	21941	21946	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
304	NC_012923	ACG	3	9	22109	22117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
305	NC_012923	GTT	2	6	22263	22268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
306	NC_012923	TTA	2	6	22272	22277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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309	NC_012923	CTT	2	6	22537	22542	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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319	NC_012923	GTA	2	6	23418	23423	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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332	NC_012923	TAT	2	6	24299	24304	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
333	NC_012923	TAG	2	6	24319	24324	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.