MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Streptococcus suis BM407 plasmid pBM407

Total Repeats: 222

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012923	GAA	2	6	70	75	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750613
2	NC_012923	AAT	2	6	121	126	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750613
3	NC_012923	GGT	2	6	136	141	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253750613
4	NC_012923	CTT	2	6	317	322	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750613
5	NC_012923	ATT	3	9	472	480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750613
6	NC_012923	AAT	2	6	511	516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750613
7	NC_012923	AGA	3	9	558	566	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750613
8	NC_012923	GAA	2	6	700	705	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750613
9	NC_012923	AGA	2	6	723	728	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750613
10	NC_012923	TAA	2	6	762	767	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750613
11	NC_012923	ATT	2	6	868	873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750613
12	NC_012923	AAG	2	6	1143	1148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750614
13	NC_012923	AGA	2	6	1165	1170	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750614
14	NC_012923	ATT	2	6	1340	1345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750615
15	NC_012923	TTA	2	6	1356	1361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750615
16	NC_012923	ATT	2	6	1399	1404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750615
17	NC_012923	AGA	2	6	1409	1414	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750615
18	NC_012923	AGA	2	6	1554	1559	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750616
19	NC_012923	TGG	2	6	1608	1613	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253750616
20	NC_012923	GAA	2	6	1657	1662	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750616
21	NC_012923	ACA	2	6	1704	1709	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750616
22	NC_012923	TGA	2	6	1722	1727	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750616
23	NC_012923	GTA	2	6	1753	1758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750616
24	NC_012923	AAC	2	6	1854	1859	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750616
25	NC_012923	CAA	2	6	1880	1885	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750616
26	NC_012923	GAT	2	6	1987	1992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750616
27	NC_012923	TTG	2	6	2033	2038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750616
28	NC_012923	CAA	2	6	2287	2292	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750616
29	NC_012923	ACC	2	6	2319	2324	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253750616
30	NC_012923	AAT	2	6	2679	2684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750617
31	NC_012923	CTT	2	6	2725	2730	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750617
32	NC_012923	ATT	2	6	2852	2857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750617
33	NC_012923	TCA	2	6	2967	2972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750617
34	NC_012923	GCT	2	6	3006	3011	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750617
35	NC_012923	AAT	2	6	3079	3084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750617
36	NC_012923	AGT	2	6	3171	3176	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750617
37	NC_012923	TCG	2	6	3205	3210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750617
38	NC_012923	TAG	2	6	3282	3287	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750617
39	NC_012923	AAT	2	6	3299	3304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750617
40	NC_012923	CTG	2	6	3311	3316	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750617
41	NC_012923	CAT	2	6	4137	4142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750618
42	NC_012923	TCT	2	6	4244	4249	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750618
43	NC_012923	ATC	2	6	4372	4377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750618
44	NC_012923	TTA	2	6	4379	4384	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750618
45	NC_012923	GTT	2	6	4992	4997	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750619
46	NC_012923	TCT	2	6	5024	5029	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750619
47	NC_012923	TCT	2	6	5058	5063	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750619
48	NC_012923	AAT	2	6	5091	5096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750619
49	NC_012923	AAT	2	6	5246	5251	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750619
50	NC_012923	ATT	2	6	5255	5260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750619
51	NC_012923	CTT	2	6	5268	5273	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750619
52	NC_012923	ATC	2	6	5279	5284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750619
53	NC_012923	AAG	2	6	5299	5304	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750619
54	NC_012923	TAT	2	6	5371	5376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750619
55	NC_012923	ACA	3	9	5403	5411	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750619
56	NC_012923	TAA	2	6	5425	5430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750619
57	NC_012923	AAT	2	6	5436	5441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750619
58	NC_012923	TCT	2	6	5442	5447	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750619
59	NC_012923	TAC	2	6	5545	5550	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750619
60	NC_012923	ATA	2	6	5844	5849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750620
61	NC_012923	CCT	2	6	5920	5925	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253750620
62	NC_012923	TCT	2	6	6094	6099	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750620
63	NC_012923	CTT	2	6	6141	6146	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750620
64	NC_012923	TGT	2	6	6183	6188	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750620
65	NC_012923	AGC	2	6	6240	6245	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750620
66	NC_012923	TTC	2	6	6295	6300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750620
67	NC_012923	TTC	2	6	6336	6341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750620
68	NC_012923	ATA	2	6	6415	6420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750620
69	NC_012923	AAG	2	6	6453	6458	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750620
70	NC_012923	AAG	2	6	6510	6515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750620
71	NC_012923	ATC	2	6	6540	6545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750620
72	NC_012923	TTG	2	6	6546	6551	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750620
73	NC_012923	ATT	2	6	6588	6593	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750620
74	NC_012923	ATC	2	6	6706	6711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750620
75	NC_012923	AGC	2	6	6741	6746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750620
76	NC_012923	AGC	2	6	6756	6761	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750620
77	NC_012923	GAT	2	6	6838	6843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750620
78	NC_012923	ATT	2	6	6924	6929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750620
79	NC_012923	TAC	2	6	7082	7087	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750620
80	NC_012923	TGA	2	6	7186	7191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750620
81	NC_012923	GCA	2	6	10063	10068	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750621
82	NC_012923	ATC	2	6	10071	10076	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750621
83	NC_012923	CTT	2	6	10115	10120	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750621
84	NC_012923	GCA	2	6	12002	12007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750622
85	NC_012923	ATC	2	6	12010	12015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750622
86	NC_012923	CTT	2	6	12054	12059	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750622
87	NC_012923	TTG	2	6	12182	12187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750622
88	NC_012923	TTC	2	6	12202	12207	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750622
89	NC_012923	AGG	2	6	12219	12224	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	253750622
90	NC_012923	TTG	2	6	12270	12275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750622
91	NC_012923	CTT	2	6	12294	12299	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750622
92	NC_012923	ACC	2	6	12349	12354	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253750622
93	NC_012923	TCC	2	6	12463	12468	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253750622
94	NC_012923	TCC	2	6	12679	12684	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253750622
95	NC_012923	CTA	2	6	12702	12707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750622
96	NC_012923	TGA	2	6	13049	13054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750623
97	NC_012923	ATT	2	6	13304	13309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750623
98	NC_012923	CAA	2	6	13364	13369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750623
99	NC_012923	GAA	2	6	13447	13452	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750623
100	NC_012923	ATG	2	6	13510	13515	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750623
101	NC_012923	AAT	2	6	13557	13562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750623
102	NC_012923	GTT	2	6	13569	13574	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750623
103	NC_012923	GTA	2	6	13584	13589	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750623
104	NC_012923	GGT	2	6	13665	13670	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	253750623
105	NC_012923	AAC	2	6	13723	13728	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750623
106	NC_012923	ACT	2	6	13753	13758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750623
107	NC_012923	TAG	2	6	13825	13830	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750623
108	NC_012923	TAA	2	6	13838	13843	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750623
109	NC_012923	ATG	2	6	13946	13951	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750623
110	NC_012923	AAT	2	6	14038	14043	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750624
111	NC_012923	CTT	2	6	14084	14089	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750624
112	NC_012923	ATT	2	6	14211	14216	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750624
113	NC_012923	TCA	2	6	14326	14331	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750624
114	NC_012923	GCT	2	6	14365	14370	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750624
115	NC_012923	AAT	2	6	14438	14443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750624
116	NC_012923	AGT	2	6	14530	14535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750624
117	NC_012923	TCG	2	6	14564	14569	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750624
118	NC_012923	TAG	2	6	14641	14646	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750624
119	NC_012923	AAT	2	6	14658	14663	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750624
120	NC_012923	CTG	2	6	14670	14675	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750624
121	NC_012923	CCA	2	6	14924	14929	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253750625
122	NC_012923	ATC	2	6	15076	15081	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750625
123	NC_012923	ATC	2	6	15233	15238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750625
124	NC_012923	GCT	2	6	15290	15295	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750625
125	NC_012923	TCT	2	6	15305	15310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
126	NC_012923	CTG	2	6	15354	15359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750625
127	NC_012923	CTT	2	6	15453	15458	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
128	NC_012923	CTT	2	6	15481	15486	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
129	NC_012923	AGC	2	6	15523	15528	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750625
130	NC_012923	AGA	2	6	15556	15561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750625
131	NC_012923	TCT	2	6	15587	15592	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
132	NC_012923	TCT	2	6	15620	15625	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
133	NC_012923	TCT	2	6	15654	15659	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
134	NC_012923	TCT	2	6	15707	15712	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
135	NC_012923	TCA	2	6	15725	15730	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750625
136	NC_012923	CTT	2	6	15859	15864	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
137	NC_012923	ATT	2	6	15937	15942	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750625
138	NC_012923	TGA	3	9	16047	16055	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	253750625
139	NC_012923	TGC	2	6	16314	16319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750625
140	NC_012923	TCT	2	6	16449	16454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
141	NC_012923	ATT	2	6	16627	16632	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750625
142	NC_012923	AGG	2	6	16683	16688	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	253750625
143	NC_012923	CTT	2	6	16800	16805	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
144	NC_012923	AAT	2	6	16819	16824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	253750625
145	NC_012923	CAG	2	6	16851	16856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	253750625
146	NC_012923	TTC	2	6	16867	16872	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
147	NC_012923	CTG	2	6	16903	16908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750625
148	NC_012923	GTC	2	6	16987	16992	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750625
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150	NC_012923	ATC	2	6	17147	17152	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	253750625
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152	NC_012923	GTT	2	6	17254	17259	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	253750625
153	NC_012923	CCA	2	6	17274	17279	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	253750625
154	NC_012923	TCT	2	6	17327	17332	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
155	NC_012923	GCT	2	6	17375	17380	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750625
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159	NC_012923	TTC	2	6	17551	17556	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
160	NC_012923	ATT	2	6	17623	17628	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	253750625
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162	NC_012923	CAA	2	6	17692	17697	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	253750625
163	NC_012923	CTT	2	6	17706	17711	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	253750625
164	NC_012923	GAA	2	6	17773	17778	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	253750625
165	NC_012923	TCG	2	6	17907	17912	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	253750625
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222	NC_012923	TCC	2	6	24280	24285	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	253750627

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.