MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132502

Total Repeats: 376

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012858	TCAAT	2	10	1261	1270	40 %	40 %	0 %	20 %	241666494
2	NC_012858	CCGCC	2	10	3339	3348	0 %	0 %	20 %	80 %	241666496
3	NC_012858	CGCGC	2	10	4790	4799	0 %	0 %	40 %	60 %	241666497
4	NC_012858	CGCGC	2	10	5039	5048	0 %	0 %	40 %	60 %	241666497
5	NC_012858	GGAAT	2	10	5156	5165	40 %	20 %	40 %	0 %	241666497
6	NC_012858	GCATC	2	10	8687	8696	20 %	20 %	20 %	40 %	241666501
7	NC_012858	CGCTA	2	10	9422	9431	20 %	20 %	20 %	40 %	241666502
8	NC_012858	ACCGC	2	10	11022	11031	20 %	0 %	20 %	60 %	241666503
9	NC_012858	GCCGA	2	10	11773	11782	20 %	0 %	40 %	40 %	241666504
10	NC_012858	CGCCA	2	10	11973	11982	20 %	0 %	20 %	60 %	241666504
11	NC_012858	CATCT	2	10	11988	11997	20 %	40 %	0 %	40 %	241666504
12	NC_012858	ATCGG	2	10	12998	13007	20 %	20 %	40 %	20 %	241666505
13	NC_012858	GCGCG	2	10	13712	13721	0 %	0 %	60 %	40 %	241666506
14	NC_012858	GGCGC	2	10	16459	16468	0 %	0 %	60 %	40 %	241666511
15	NC_012858	CCCGA	2	10	17802	17811	20 %	0 %	20 %	60 %	241666511
16	NC_012858	CGATC	2	10	21663	21672	20 %	20 %	20 %	40 %	241666514
17	NC_012858	CAGCG	2	10	24344	24353	20 %	0 %	40 %	40 %	241666516
18	NC_012858	GGCCA	2	10	25877	25886	20 %	0 %	40 %	40 %	241666519
19	NC_012858	CGATG	2	10	27520	27529	20 %	20 %	40 %	20 %	241666520
20	NC_012858	AGCAG	2	10	29687	29696	40 %	0 %	40 %	20 %	241666522
21	NC_012858	GGCCA	2	10	29960	29969	20 %	0 %	40 %	40 %	241666523
22	NC_012858	GCGCC	2	10	31534	31543	0 %	0 %	40 %	60 %	241666524
23	NC_012858	CGGCG	2	10	32095	32104	0 %	0 %	60 %	40 %	241666525
24	NC_012858	ACATC	2	10	36961	36970	40 %	20 %	0 %	40 %	241666527
25	NC_012858	GGCGA	2	10	37470	37479	20 %	0 %	60 %	20 %	241666527
26	NC_012858	CATCG	2	10	39750	39759	20 %	20 %	20 %	40 %	241666530
27	NC_012858	GCCCG	2	10	42783	42792	0 %	0 %	40 %	60 %	241666532
28	NC_012858	ATCGG	2	10	48057	48066	20 %	20 %	40 %	20 %	241666537
29	NC_012858	TGGGA	2	10	49356	49365	20 %	20 %	60 %	0 %	241666538
30	NC_012858	CTGTC	2	10	49988	49997	0 %	40 %	20 %	40 %	241666539
31	NC_012858	GGCCT	2	10	50940	50949	0 %	20 %	40 %	40 %	241666540
32	NC_012858	AGTGA	2	10	55444	55453	40 %	20 %	40 %	0 %	241666545
33	NC_012858	TTCTT	2	10	60978	60987	0 %	80 %	0 %	20 %	241666548
34	NC_012858	CACCG	2	10	61200	61209	20 %	0 %	20 %	60 %	241666549
35	NC_012858	TGGAT	2	10	62386	62395	20 %	40 %	40 %	0 %	241666550
36	NC_012858	AGCCG	2	10	64061	64070	20 %	0 %	40 %	40 %	241666551
37	NC_012858	TGACG	2	10	72000	72009	20 %	20 %	40 %	20 %	241666558
38	NC_012858	CGGCT	2	10	72842	72851	0 %	20 %	40 %	40 %	241666559
39	NC_012858	CGAAA	2	10	73504	73513	60 %	0 %	20 %	20 %	241666560
40	NC_012858	GCGCC	2	10	74053	74062	0 %	0 %	40 %	60 %	241666560
41	NC_012858	TGGCG	2	10	77456	77465	0 %	20 %	60 %	20 %	241666562
42	NC_012858	GCGCC	2	10	86423	86432	0 %	0 %	40 %	60 %	241666572
43	NC_012858	GGCAA	2	10	86760	86769	40 %	0 %	40 %	20 %	241666573
44	NC_012858	CCGGA	2	10	87207	87216	20 %	0 %	40 %	40 %	241666573
45	NC_012858	ATCCG	2	10	91532	91541	20 %	20 %	20 %	40 %	241666578
46	NC_012858	GGCCC	2	10	94617	94626	0 %	0 %	40 %	60 %	241666582
47	NC_012858	GCAAG	2	10	95001	95010	40 %	0 %	40 %	20 %	241666582
48	NC_012858	CGAGC	2	10	95608	95617	20 %	0 %	40 %	40 %	241666582
49	NC_012858	CAGCG	2	10	96472	96481	20 %	0 %	40 %	40 %	241666583
50	NC_012858	TCGGC	2	10	99809	99818	0 %	20 %	40 %	40 %	241666586
51	NC_012858	GGATG	2	10	101204	101213	20 %	20 %	60 %	0 %	241666587
52	NC_012858	CGACC	2	10	105270	105279	20 %	0 %	20 %	60 %	241666591
53	NC_012858	CCGCA	2	10	105718	105727	20 %	0 %	20 %	60 %	241666592
54	NC_012858	TCCGG	2	10	108253	108262	0 %	20 %	40 %	40 %	241666594
55	NC_012858	CGCGT	2	10	108530	108539	0 %	20 %	40 %	40 %	241666594
56	NC_012858	TCTGC	2	10	108900	108909	0 %	40 %	20 %	40 %	241666594
57	NC_012858	CCCGG	2	10	109442	109451	0 %	0 %	40 %	60 %	241666595
58	NC_012858	GCGCA	2	10	116468	116477	20 %	0 %	40 %	40 %	241666601
59	NC_012858	GGATC	2	10	120496	120505	20 %	20 %	40 %	20 %	241666606
60	NC_012858	GGCGA	2	10	120713	120722	20 %	0 %	60 %	20 %	241666606
61	NC_012858	ATGTC	2	10	122232	122241	20 %	40 %	20 %	20 %	241666609
62	NC_012858	GCCGA	2	10	123471	123480	20 %	0 %	40 %	40 %	241666610
63	NC_012858	TGGCA	2	10	125127	125136	20 %	20 %	40 %	20 %	241666611
64	NC_012858	CATCG	2	10	125536	125545	20 %	20 %	20 %	40 %	241666611
65	NC_012858	CGGCC	2	10	128344	128353	0 %	0 %	40 %	60 %	241666615
66	NC_012858	GGCGC	2	10	128992	129001	0 %	0 %	60 %	40 %	241666616
67	NC_012858	TCGCC	2	10	131458	131467	0 %	20 %	20 %	60 %	241666619
68	NC_012858	CGAGC	2	10	133839	133848	20 %	0 %	40 %	40 %	241666621
69	NC_012858	CGCGC	2	10	134306	134315	0 %	0 %	40 %	60 %	241666622
70	NC_012858	CATCG	2	10	135515	135524	20 %	20 %	20 %	40 %	241666623
71	NC_012858	CGAGG	2	10	136246	136255	20 %	0 %	60 %	20 %	241666625
72	NC_012858	GCGAC	2	10	136955	136964	20 %	0 %	40 %	40 %	241666625
73	NC_012858	GCGAT	2	10	138758	138767	20 %	20 %	40 %	20 %	241666626
74	NC_012858	CGGCA	2	10	139386	139395	20 %	0 %	40 %	40 %	241666627
75	NC_012858	CGCGC	2	10	140758	140767	0 %	0 %	40 %	60 %	241666628
76	NC_012858	CACCG	2	10	141239	141248	20 %	0 %	20 %	60 %	241666628
77	NC_012858	ACGGC	2	10	144796	144805	20 %	0 %	40 %	40 %	241666632
78	NC_012858	CGTTT	2	10	146188	146197	0 %	60 %	20 %	20 %	241666633
79	NC_012858	CGACG	2	10	148081	148090	20 %	0 %	40 %	40 %	241666635
80	NC_012858	GGATC	2	10	149044	149053	20 %	20 %	40 %	20 %	241666635
81	NC_012858	GGCAC	2	10	150279	150288	20 %	0 %	40 %	40 %	241666636
82	NC_012858	TCGTC	2	10	150367	150376	0 %	40 %	20 %	40 %	241666636
83	NC_012858	ACCGC	2	10	152445	152454	20 %	0 %	20 %	60 %	241666638
84	NC_012858	GGCGA	2	10	153854	153863	20 %	0 %	60 %	20 %	241666639
85	NC_012858	CGGGC	2	10	154255	154264	0 %	0 %	60 %	40 %	241666639
86	NC_012858	GCTGC	2	10	154733	154742	0 %	20 %	40 %	40 %	241666640
87	NC_012858	CGCCC	2	10	155160	155169	0 %	0 %	20 %	80 %	241666640
88	NC_012858	CGCCA	2	10	156423	156432	20 %	0 %	20 %	60 %	241666641
89	NC_012858	GTGGC	2	10	158047	158056	0 %	20 %	60 %	20 %	241666642
90	NC_012858	AGCAG	2	10	158117	158126	40 %	0 %	40 %	20 %	241666642
91	NC_012858	CGCGG	2	10	162753	162762	0 %	0 %	60 %	40 %	241666647
92	NC_012858	TGAAA	2	10	167214	167223	60 %	20 %	20 %	0 %	241666651
93	NC_012858	CGTGC	2	10	169199	169208	0 %	20 %	40 %	40 %	241666653
94	NC_012858	TCCGC	2	10	170344	170353	0 %	20 %	20 %	60 %	241666653
95	NC_012858	TGCTC	2	10	171852	171861	0 %	40 %	20 %	40 %	241666655
96	NC_012858	ACCGC	2	10	178233	178242	20 %	0 %	20 %	60 %	241666661
97	NC_012858	CGGCG	2	10	179042	179051	0 %	0 %	60 %	40 %	241666661
98	NC_012858	CGTTT	2	10	179540	179549	0 %	60 %	20 %	20 %	241666662
99	NC_012858	CGAGC	2	10	180069	180078	20 %	0 %	40 %	40 %	241666663
100	NC_012858	CGGCT	2	10	183048	183057	0 %	20 %	40 %	40 %	241666664
101	NC_012858	CTCGC	2	10	184563	184572	0 %	20 %	20 %	60 %	241666666
102	NC_012858	TGCGC	2	10	187002	187011	0 %	20 %	40 %	40 %	241666668
103	NC_012858	GGCGA	2	10	187279	187288	20 %	0 %	60 %	20 %	241666668
104	NC_012858	GCCAC	2	10	187328	187337	20 %	0 %	20 %	60 %	241666668
105	NC_012858	TCCCT	2	10	189728	189737	0 %	40 %	0 %	60 %	241666670
106	NC_012858	GCTCG	2	10	189982	189991	0 %	20 %	40 %	40 %	241666670
107	NC_012858	CGTAC	2	10	191117	191126	20 %	20 %	20 %	40 %	241666671
108	NC_012858	TGACC	2	10	191152	191161	20 %	20 %	20 %	40 %	241666671
109	NC_012858	TGGAA	2	10	194534	194543	40 %	20 %	40 %	0 %	241666675
110	NC_012858	CCCAG	2	10	194936	194945	20 %	0 %	20 %	60 %	241666675
111	NC_012858	CCGGC	2	10	196888	196897	0 %	0 %	40 %	60 %	241666677
112	NC_012858	GCCCC	2	10	199040	199049	0 %	0 %	20 %	80 %	241666679
113	NC_012858	GGCGG	2	10	199233	199242	0 %	0 %	80 %	20 %	241666679
114	NC_012858	ACGGC	2	10	201289	201298	20 %	0 %	40 %	40 %	241666681
115	NC_012858	GCGTC	2	10	207774	207783	0 %	20 %	40 %	40 %	241666687
116	NC_012858	TGCCC	2	10	209580	209589	0 %	20 %	20 %	60 %	241666689
117	NC_012858	GCCGC	3	15	211789	211803	0 %	0 %	40 %	60 %	241666691
118	NC_012858	AAAGC	2	10	213501	213510	60 %	0 %	20 %	20 %	241666692
119	NC_012858	ACGAG	2	10	213921	213930	40 %	0 %	40 %	20 %	241666693
120	NC_012858	TGCCG	2	10	215615	215624	0 %	20 %	40 %	40 %	241666695
121	NC_012858	GCGAT	2	10	218408	218417	20 %	20 %	40 %	20 %	241666698
122	NC_012858	CGCCT	2	10	219322	219331	0 %	20 %	20 %	60 %	241666699
123	NC_012858	TTCAA	2	10	219942	219951	40 %	40 %	0 %	20 %	241666700
124	NC_012858	GGATC	2	10	222453	222462	20 %	20 %	40 %	20 %	241666702
125	NC_012858	AAAGG	2	10	223192	223201	60 %	0 %	40 %	0 %	241666702
126	NC_012858	GGCGA	2	10	223740	223749	20 %	0 %	60 %	20 %	241666703
127	NC_012858	GCGCC	2	10	224371	224380	0 %	0 %	40 %	60 %	241666703
128	NC_012858	AGGGA	2	10	229233	229242	40 %	0 %	60 %	0 %	241666706
129	NC_012858	GCAGG	2	10	233412	233421	20 %	0 %	60 %	20 %	241666708
130	NC_012858	CACCG	2	10	233606	233615	20 %	0 %	20 %	60 %	241666709
131	NC_012858	GCCGG	2	10	235274	235283	0 %	0 %	60 %	40 %	241666710
132	NC_012858	CGGTC	2	10	238203	238212	0 %	20 %	40 %	40 %	241666713
133	NC_012858	GCCGC	2	10	238768	238777	0 %	0 %	40 %	60 %	241666714
134	NC_012858	GCGCG	2	10	240263	240272	0 %	0 %	60 %	40 %	241666715
135	NC_012858	TCCGA	2	10	247258	247267	20 %	20 %	20 %	40 %	241666721
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141	NC_012858	CTCAC	2	10	256058	256067	20 %	20 %	0 %	60 %	241666726
142	NC_012858	CCTGT	2	10	256364	256373	0 %	40 %	20 %	40 %	241666726
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148	NC_012858	CCAAG	2	10	267420	267429	40 %	0 %	20 %	40 %	241666739
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150	NC_012858	CCGAT	2	10	268297	268306	20 %	20 %	20 %	40 %	241666740
151	NC_012858	CGCGG	2	10	268463	268472	0 %	0 %	60 %	40 %	241666740
152	NC_012858	ATCGG	2	10	272135	272144	20 %	20 %	40 %	20 %	241666744
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155	NC_012858	TCCGT	2	10	278943	278952	0 %	40 %	20 %	40 %	241666750
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171	NC_012858	ATGGG	2	10	305319	305328	20 %	20 %	60 %	0 %	241666772
172	NC_012858	GGATC	2	10	305946	305955	20 %	20 %	40 %	20 %	241666773
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175	NC_012858	GCGTG	2	10	308864	308873	0 %	20 %	60 %	20 %	241666774
176	NC_012858	TCCGT	2	10	315960	315969	0 %	40 %	20 %	40 %	241666777
177	NC_012858	CGTGA	2	10	316426	316435	20 %	20 %	40 %	20 %	241666778
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255	NC_012858	GCATC	2	10	470811	470820	20 %	20 %	20 %	40 %	241666945
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.