MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Ralstonia pickettii 12D plasmid pRp12D01

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012855	CGAGAA	2	12	610	621	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	241589535
2	NC_012855	GCCGTG	2	12	6462	6473	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241589541
3	NC_012855	CAGTAC	2	12	8836	8847	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241589542
4	NC_012855	TTCGCG	2	12	10205	10216	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241589544
5	NC_012855	ACGAAG	2	12	22992	23003	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	241589558
6	NC_012855	GGCTGC	2	12	26081	26092	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241589561
7	NC_012855	GCACCG	2	12	26238	26249	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241589561
8	NC_012855	CCCATA	2	12	32729	32740	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	241589566
9	NC_012855	TTTTCA	2	12	33791	33802	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	241589567
10	NC_012855	CTGCCA	2	12	34586	34597	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241589568
11	NC_012855	CGCGGC	2	12	37509	37520	0 %	0 %	50 %	50 %	241589569
12	NC_012855	TCGGCA	2	12	38119	38130	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241589570
13	NC_012855	CCGTGG	2	12	38748	38759	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241589570
14	NC_012855	GGCTGG	2	12	40096	40107	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	241589571
15	NC_012855	CCGGCG	2	12	45323	45334	0 %	0 %	50 %	50 %	241589575
16	NC_012855	CAATCA	2	12	47602	47613	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	241589576
17	NC_012855	CGGTAA	2	12	51798	51809	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241589579
18	NC_012855	TAGCCA	2	12	56134	56145	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241589582
19	NC_012855	GAATTT	2	12	56676	56687	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	241589582
20	NC_012855	GGGTTG	2	12	56796	56807	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	241589582
21	NC_012855	TCCGCA	2	12	67495	67506	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241589589
22	NC_012855	GTCGCC	2	12	81972	81983	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241589602
23	NC_012855	CGAGTG	2	12	82209	82220	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241589602
24	NC_012855	GGACGA	2	12	83188	83199	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241589603
25	NC_012855	CAACCC	2	12	84790	84801	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	241589604
26	NC_012855	ATCGAA	2	12	85107	85118	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	241589604
27	NC_012855	GGCGCA	2	12	86465	86476	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241589605
28	NC_012855	CGCCTG	2	12	97216	97227	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241589617
29	NC_012855	CTTTGA	2	12	97860	97871	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	241589617
30	NC_012855	TCGAAC	2	12	99734	99745	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241589619
31	NC_012855	ATATCA	2	12	103460	103471	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	241589622
32	NC_012855	GCGCGA	2	12	104103	104114	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241589623
33	NC_012855	TGGTGC	2	12	104951	104962	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241589623
34	NC_012855	GCTGGA	2	12	109221	109232	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241589626
35	NC_012855	GGCGTT	2	12	111756	111767	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241589629
36	NC_012855	GCCAAT	2	12	118050	118061	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241589634
37	NC_012855	TCAAGG	2	12	122116	122127	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241589638
38	NC_012855	GATCGA	2	12	124491	124502	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241589641
39	NC_012855	AAGGGC	2	12	128617	128628	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241589649
40	NC_012855	TCGTGG	2	12	129833	129844	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241589653
41	NC_012855	TGCCGA	2	12	131039	131050	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241589656
42	NC_012855	CGGTGC	2	12	139754	139765	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241589668
43	NC_012855	CATCAA	2	12	141461	141472	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	241589673
44	NC_012855	GCGATC	2	12	143521	143532	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241589677
45	NC_012855	GAATCG	2	12	154328	154339	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241589692
46	NC_012855	ACACGG	2	12	168179	168190	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241589717
47	NC_012855	CGAAGG	2	12	169192	169203	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241589718
48	NC_012855	ATGAGA	2	12	172260	172271	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	241589724
49	NC_012855	TGATCT	2	12	175766	175777	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	241589732
50	NC_012855	AGGCTG	2	12	175855	175866	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241589732
51	NC_012855	GCGAAG	2	12	176164	176175	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241589733
52	NC_012855	CGGTGC	2	12	177293	177304	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241589734
53	NC_012855	GAAGGT	2	12	192526	192537	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	241589748
54	NC_012855	GCGCCG	2	12	203836	203847	0 %	0 %	50 %	50 %	241589760
55	NC_012855	TGGCTG	2	12	204053	204064	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241589760
56	NC_012855	TGCCCA	2	12	212980	212991	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241589773
57	NC_012855	TTGAGA	2	12	215030	215041	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	241589777
58	NC_012855	TCTGGC	2	12	219855	219866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241589785
59	NC_012855	GACGGC	2	12	220865	220876	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241589786
60	NC_012855	GACCGT	2	12	230978	230989	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241589798
61	NC_012855	GAAGAT	2	12	240156	240167	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	241589813
62	NC_012855	AGCCCG	2	12	240242	240253	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241589813
63	NC_012855	ATGTTG	2	12	240305	240316	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	241589813
64	NC_012855	ACGGTG	2	12	244688	244699	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241589818
65	NC_012855	TCCACG	2	12	245639	245650	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241589818
66	NC_012855	GAAACC	2	12	249982	249993	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	241589821
67	NC_012855	TCGACC	2	12	251981	251992	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241589823
68	NC_012855	TTCGCC	2	12	252343	252354	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241589823
69	NC_012855	CAGCGT	2	12	254079	254090	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241589825
70	NC_012855	CTACGG	2	12	256856	256867	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241589827
71	NC_012855	TGGCAT	2	12	257544	257555	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241589828
72	NC_012855	AACGCG	2	12	257869	257880	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241589828
73	NC_012855	GCCGCG	2	12	262619	262630	0 %	0 %	50 %	50 %	241589833
74	NC_012855	CTGGCC	2	12	263714	263725	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241589834
75	NC_012855	CACCAG	2	12	265679	265690	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	241589837
76	NC_012855	CGATCT	2	12	267862	267873	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241589842
77	NC_012855	CTACTC	2	12	269252	269263	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	241589843
78	NC_012855	TTCAGT	2	12	269395	269406	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	241589843
79	NC_012855	GATCCC	2	12	269555	269566	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241589843
80	NC_012855	CCGGCG	2	12	278068	278079	0 %	0 %	50 %	50 %	241589849
81	NC_012855	GCCGCT	2	12	305557	305568	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241589883
82	NC_012855	GATTTC	2	12	306919	306930	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	241589883
83	NC_012855	GCTCGC	2	12	309296	309307	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241589887
84	NC_012855	GCCGGC	2	12	317793	317804	0 %	0 %	50 %	50 %	241589895
85	NC_012855	TCACCT	2	12	319038	319049	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	241589898
86	NC_012855	ACGTGT	2	12	322263	322274	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241589903
87	NC_012855	GATCAA	2	12	326516	326527	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	241589907
88	NC_012855	GCCTCA	2	12	341824	341835	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241589920
89	NC_012855	CCGTCG	2	12	344825	344836	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241589921
90	NC_012855	CGTGGC	2	12	345546	345557	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241589921
91	NC_012855	TTGCCG	2	12	346216	346227	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241589921
92	NC_012855	GCGGTC	2	12	348010	348021	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241589921
93	NC_012855	GTCAAT	2	12	348688	348699	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	241589921
94	NC_012855	CGGAAA	2	12	349316	349327	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	241589921
95	NC_012855	CGTTAC	2	12	349421	349432	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241589921
96	NC_012855	CCATGC	2	12	357248	357259	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241589929
97	NC_012855	CGCAAG	2	12	363381	363392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241589937
98	NC_012855	TGATCG	2	12	371866	371877	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241589942
99	NC_012855	CTTGAG	2	12	372535	372546	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241589944
100	NC_012855	ACGAGG	2	12	373884	373895	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241589945
101	NC_012855	CGAGTA	2	12	384995	385006	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241589956

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.