MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Ralstonia pickettii 12D plasmid pRp12D01

Total Repeats: 49

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012855	CGAGG	2	10	15388	15397	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
2	NC_012855	GGCGA	2	10	15802	15811	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
3	NC_012855	ATTTG	2	10	25313	25322	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012855	TGACC	2	10	46017	46026	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_012855	GAAGG	2	10	52216	52225	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012855	CTCGT	2	10	53976	53985	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_012855	CACGG	2	10	73491	73500	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_012855	GATGG	2	10	110805	110814	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012855	CGCAG	2	10	122895	122904	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_012855	ATGCA	2	10	126833	126842	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_012855	CGAAA	2	10	130982	130991	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_012855	CGTCG	2	10	132523	132532	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
13	NC_012855	GAAGC	2	10	133037	133046	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_012855	CCGCA	2	10	138740	138749	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_012855	ATGCT	2	10	141984	141993	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_012855	TGGGT	2	10	156079	156088	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012855	GAACG	2	10	158461	158470	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_012855	TCGCT	2	10	166949	166958	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_012855	CATGC	2	10	178260	178269	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_012855	AAACA	2	10	178766	178775	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012855	CAAGC	2	10	189568	189577	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_012855	TTTCC	2	10	192092	192101	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_012855	TCCGC	2	10	194627	194636	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_012855	TTCAG	2	10	200695	200704	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_012855	CGGAA	2	10	210810	210819	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_012855	TGCAC	2	10	213663	213672	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_012855	CTGCC	2	10	223786	223795	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
28	NC_012855	GTCAT	2	10	226919	226928	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_012855	GCAAC	2	10	231609	231618	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_012855	CGGGG	2	10	232021	232030	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
31	NC_012855	TAGTC	2	10	248562	248571	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_012855	CTCAT	2	10	248968	248977	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_012855	TGAAA	2	10	257145	257154	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012855	CGCAT	2	10	272132	272141	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_012855	CTAGG	2	10	294240	294249	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_012855	CGGAA	2	10	296527	296536	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_012855	CAGTT	2	10	316524	316533	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_012855	GCATC	2	10	317233	317242	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_012855	AAGGG	2	10	321726	321735	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012855	TCGTA	3	15	333259	333273	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_012855	ATACG	2	10	333307	333316	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_012855	ACTGC	2	10	336200	336209	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_012855	CTGCG	2	10	350864	350873	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_012855	CATCA	2	10	354306	354315	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_012855	GGGTG	2	10	357988	357997	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012855	CTGCC	2	10	365331	365340	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_012855	GCGCC	2	10	365616	365625	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
48	NC_012855	GGAGG	2	10	375446	375455	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012855	CTAAA	2	10	377796	377805	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.