MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132505

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012854	CGGATG	2	12	840	851	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241554071
2	NC_012854	GGCTTC	2	12	5409	5420	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241554075
3	NC_012854	AGCGAT	2	12	5943	5954	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241554076
4	NC_012854	CGTGGA	2	12	6347	6358	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241554076
5	NC_012854	CTGGCG	2	12	6823	6834	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241554077
6	NC_012854	TCAGCA	2	12	8874	8885	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241554079
7	NC_012854	CCTCCC	2	12	24536	24547	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	241554090
8	NC_012854	GCCAGC	2	12	24726	24737	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241554090
9	NC_012854	TCGCCT	2	12	27456	27467	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241554094
10	NC_012854	TCGACG	2	12	35014	35025	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554100
11	NC_012854	GCCGAT	2	12	37913	37924	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554103
12	NC_012854	CCGCTG	2	12	38547	38558	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241554103
13	NC_012854	GCCGTC	2	12	40851	40862	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241554105
14	NC_012854	ACGCCA	2	12	41094	41105	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	241554106
15	NC_012854	TCGTCA	2	12	54459	54470	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241554124
16	NC_012854	ACATCG	2	12	61131	61142	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241554130
17	NC_012854	GCCGAA	2	12	66115	66126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241554135
18	NC_012854	CGCCGA	2	12	66394	66405	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241554135
19	NC_012854	CGCTGG	2	12	68002	68013	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241554136
20	NC_012854	ATGCCG	2	12	68188	68199	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554136
21	NC_012854	TGACCG	2	12	74827	74838	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554144
22	NC_012854	GCGCCG	2	12	75968	75979	0 %	0 %	50 %	50 %	241554145
23	NC_012854	GGTGCG	2	12	81149	81160	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	241554151
24	NC_012854	CGATGG	2	12	82919	82930	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241554153
25	NC_012854	TCGGGC	2	12	83132	83143	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241554153
26	NC_012854	GCAAGG	2	12	85666	85677	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241554156
27	NC_012854	ATCGGC	2	12	85716	85727	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554156
28	NC_012854	GATCGG	2	12	89123	89134	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241554160
29	NC_012854	GCCGAG	2	12	93053	93064	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241554164
30	NC_012854	CTTGCC	2	12	95714	95725	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241554166
31	NC_012854	TCTGGG	2	12	95950	95961	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241554166
32	NC_012854	GAGGCG	2	12	98494	98505	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	241554168
33	NC_012854	GGCGCT	2	12	99418	99429	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241554169
34	NC_012854	GATCCT	2	12	101537	101548	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241554171
35	NC_012854	TCACCG	2	12	105432	105443	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241554175
36	NC_012854	ATGGCG	2	12	105863	105874	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241554175
37	NC_012854	CTTTGC	2	12	112535	112546	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	241554183
38	NC_012854	GCTTCC	2	12	117255	117266	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241554186
39	NC_012854	GATGCG	2	12	123811	123822	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241554193
40	NC_012854	CGTCTT	2	12	125517	125528	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	241554194
41	NC_012854	ATGCCG	2	12	129052	129063	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554198
42	NC_012854	CTGCAT	2	12	133552	133563	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241554201
43	NC_012854	CAGGTC	2	12	136056	136067	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554204
44	NC_012854	ATTTCC	2	12	138000	138011	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	241554205
45	NC_012854	GCCGAG	2	12	139755	139766	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241554206
46	NC_012854	CTCGAT	2	12	141879	141890	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241554208
47	NC_012854	CGCCGG	2	12	149565	149576	0 %	0 %	50 %	50 %	241554213
48	NC_012854	CCTGAT	2	12	149788	149799	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241554214
49	NC_012854	CAGCCG	2	12	152558	152569	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241554216
50	NC_012854	GCCGCT	2	12	153469	153480	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241554217
51	NC_012854	ATATCG	2	12	155050	155061	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	241554218
52	NC_012854	GCTCGA	2	12	157301	157312	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554219
53	NC_012854	CGTGCC	2	12	158793	158804	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241554221
54	NC_012854	GCCGGC	2	12	160089	160100	0 %	0 %	50 %	50 %	241554222
55	NC_012854	CTTGTC	2	12	162206	162217	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	241554224
56	NC_012854	CGGCAG	2	12	162589	162600	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241554224
57	NC_012854	CATGAA	2	12	162611	162622	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	241554224
58	NC_012854	GCGATC	2	12	165806	165817	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554228
59	NC_012854	ATCCGG	2	12	167141	167152	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554230
60	NC_012854	ATGGCG	2	12	168290	168301	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241554232
61	NC_012854	CGATGA	2	12	168813	168824	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241554232
62	NC_012854	TCGATC	2	12	169561	169572	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241554233
63	NC_012854	GCCTCG	2	12	170990	171001	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241554234
64	NC_012854	ACGGAT	2	12	172136	172147	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241554235
65	NC_012854	TGTAGG	2	12	172333	172344	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	241554236
66	NC_012854	CGGCGA	2	12	172363	172374	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241554236
67	NC_012854	GATGCC	2	12	174134	174145	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554237
68	NC_012854	GGCGAT	2	12	174757	174768	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241554238
69	NC_012854	CTGGAG	2	12	177112	177123	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241554240
70	NC_012854	GCGGGG	2	12	177629	177640	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	241554241
71	NC_012854	CGAGGT	2	12	177949	177960	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241554241
72	NC_012854	CATAGC	2	12	182110	182121	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241554245
73	NC_012854	ATGCCG	2	12	184247	184258	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554246
74	NC_012854	TCGGCA	2	12	185653	185664	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554248
75	NC_012854	ATGCCG	2	12	185746	185757	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554248
76	NC_012854	TTCGCC	2	12	186270	186281	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241554248
77	NC_012854	GCGCCA	2	12	187155	187166	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241554249
78	NC_012854	GCCGTT	2	12	191555	191566	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241554255
79	NC_012854	ATTTGC	2	12	195978	195989	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	241554258
80	NC_012854	GTTCGA	2	12	205714	205725	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241554266
81	NC_012854	GTGGCC	2	12	208044	208055	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241554269
82	NC_012854	TCGACG	2	12	210901	210912	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554273
83	NC_012854	GATCGA	2	12	213520	213531	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241554276
84	NC_012854	TCCACC	2	12	213996	214007	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	241554276
85	NC_012854	TGATGG	2	12	214638	214649	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	241554277
86	NC_012854	CCGGGA	2	12	215672	215683	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241554278
87	NC_012854	ATCGAG	2	12	215872	215883	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241554278
88	NC_012854	TTCGGC	2	12	216800	216811	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241554279
89	NC_012854	CCTCGC	2	12	217690	217701	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	241554279
90	NC_012854	TGGATC	2	12	218065	218076	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241554280
91	NC_012854	GCCTCG	2	12	220127	220138	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241554281
92	NC_012854	GAAGGC	2	12	223721	223732	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241554285
93	NC_012854	CGACAG	2	12	224208	224219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241554286
94	NC_012854	AGCTGC	2	12	229782	229793	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554290
95	NC_012854	GAACGT	2	12	231450	231461	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241554291
96	NC_012854	TCAGCG	2	12	237533	237544	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554296
97	NC_012854	CGCTGG	2	12	239603	239614	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241554298
98	NC_012854	GATCGA	2	12	240462	240473	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241554299
99	NC_012854	TCAGGA	2	12	242451	242462	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241554300
100	NC_012854	CCGAGC	2	12	249596	249607	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241554305
101	NC_012854	TCGGCA	2	12	251626	251637	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554307
102	NC_012854	GGCGCT	2	12	251732	251743	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241554307
103	NC_012854	GATCCT	2	12	252397	252408	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241554308
104	NC_012854	ATGGCA	2	12	257379	257390	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241554314
105	NC_012854	CGGCAT	2	12	261438	261449	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554318
106	NC_012854	TCGACG	2	12	261593	261604	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241554318
107	NC_012854	GCGAGG	2	12	262553	262564	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	241554320
108	NC_012854	CCGTCG	2	12	262606	262617	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241554320
109	NC_012854	TCGCCG	2	12	267613	267624	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241554325
110	NC_012854	CCGGCA	2	12	274624	274635	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241554330
111	NC_012854	GTCATC	2	12	276564	276575	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241554332
112	NC_012854	GCTTGC	2	12	285970	285981	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241554341
113	NC_012854	TGACGA	2	12	290476	290487	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241554344
114	NC_012854	AAAGAA	2	12	291065	291076	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	241554344

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.