MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132505

Total Repeats: 233

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012854	AGACG	2	10	355	364	40 %	0 %	40 %	20 %	241554071
2	NC_012854	CTGCA	2	10	5464	5473	20 %	20 %	20 %	40 %	241554075
3	NC_012854	ATTCA	2	10	5818	5827	40 %	40 %	0 %	20 %	241554076
4	NC_012854	AAGGC	2	10	6405	6414	40 %	0 %	40 %	20 %	241554076
5	NC_012854	GAAGC	2	10	6748	6757	40 %	0 %	40 %	20 %	241554077
6	NC_012854	TGGAA	2	10	7304	7313	40 %	20 %	40 %	0 %	241554077
7	NC_012854	ACAGC	2	10	8560	8569	40 %	0 %	20 %	40 %	241554079
8	NC_012854	ATCCC	2	10	10672	10681	20 %	20 %	0 %	60 %	241554080
9	NC_012854	CGCAG	2	10	11531	11540	20 %	0 %	40 %	40 %	241554080
10	NC_012854	ATGGG	2	10	11987	11996	20 %	20 %	60 %	0 %	241554081
11	NC_012854	GAAAG	2	10	12999	13008	60 %	0 %	40 %	0 %	241554081
12	NC_012854	CGTGC	2	10	13168	13177	0 %	20 %	40 %	40 %	241554081
13	NC_012854	ATTGA	2	10	14091	14100	40 %	40 %	20 %	0 %	241554082
14	NC_012854	CTTTG	2	10	14943	14952	0 %	60 %	20 %	20 %	241554083
15	NC_012854	CAAGT	2	10	17639	17648	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_012854	CTCGC	2	10	22145	22154	0 %	20 %	20 %	60 %	241554089
17	NC_012854	GCGCC	2	10	22606	22615	0 %	0 %	40 %	60 %	241554089
18	NC_012854	AAATG	2	10	23862	23871	60 %	20 %	20 %	0 %	241554089
19	NC_012854	GCAAA	2	10	23917	23926	60 %	0 %	20 %	20 %	241554089
20	NC_012854	CCCTT	2	10	25209	25218	0 %	40 %	0 %	60 %	241554090
21	NC_012854	CATGG	2	10	25694	25703	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_012854	GCCCT	2	10	27056	27065	0 %	20 %	20 %	60 %	241554094
23	NC_012854	GCATG	2	10	27145	27154	20 %	20 %	40 %	20 %	241554094
24	NC_012854	CCCTG	2	10	27295	27304	0 %	20 %	20 %	60 %	241554094
25	NC_012854	CCCCT	2	10	27554	27563	0 %	20 %	0 %	80 %	241554094
26	NC_012854	GGCTG	2	10	27784	27793	0 %	20 %	60 %	20 %	241554094
27	NC_012854	CCACG	2	10	28142	28151	20 %	0 %	20 %	60 %	241554095
28	NC_012854	CCCCT	2	10	28777	28786	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
29	NC_012854	CCCTT	2	10	29816	29825	0 %	40 %	0 %	60 %	241554097
30	NC_012854	GCTGT	2	10	30047	30056	0 %	40 %	40 %	20 %	241554097
31	NC_012854	CCCTG	2	10	30306	30315	0 %	20 %	20 %	60 %	241554097
32	NC_012854	GCCAT	2	10	30412	30421	20 %	20 %	20 %	40 %	241554097
33	NC_012854	CGCAT	2	10	32803	32812	20 %	20 %	20 %	40 %	241554099
34	NC_012854	TCGTC	2	10	33035	33044	0 %	40 %	20 %	40 %	241554099
35	NC_012854	GACTC	2	10	33051	33060	20 %	20 %	20 %	40 %	241554099
36	NC_012854	GAGCG	2	10	33511	33520	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
37	NC_012854	AGGGG	2	10	33653	33662	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012854	GGGGA	2	10	33899	33908	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012854	GCCAG	2	10	34005	34014	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_012854	CCGGC	2	10	36621	36630	0 %	0 %	40 %	60 %	241554102
41	NC_012854	CGCGG	2	10	36941	36950	0 %	0 %	60 %	40 %	241554102
42	NC_012854	TGTCC	2	10	37738	37747	0 %	40 %	20 %	40 %	241554103
43	NC_012854	AAGGC	2	10	38079	38088	40 %	0 %	40 %	20 %	241554103
44	NC_012854	GGCAA	2	10	38123	38132	40 %	0 %	40 %	20 %	241554103
45	NC_012854	TCGGC	2	10	39507	39516	0 %	20 %	40 %	40 %	241554104
46	NC_012854	GCCGC	2	10	42091	42100	0 %	0 %	40 %	60 %	241554107
47	NC_012854	TCGGC	2	10	42841	42850	0 %	20 %	40 %	40 %	241554108
48	NC_012854	CGAAG	2	10	42863	42872	40 %	0 %	40 %	20 %	241554108
49	NC_012854	CCCGG	2	10	43100	43109	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
50	NC_012854	ACAGC	2	10	45103	45112	40 %	0 %	20 %	40 %	241554111
51	NC_012854	GTGGC	2	10	45737	45746	0 %	20 %	60 %	20 %	241554112
52	NC_012854	CCAGG	2	10	46045	46054	20 %	0 %	40 %	40 %	241554112
53	NC_012854	ACGCC	2	10	48476	48485	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
54	NC_012854	GCCAT	2	10	49614	49623	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_012854	GCCGC	2	10	53797	53806	0 %	0 %	40 %	60 %	241554123
56	NC_012854	CGGCT	2	10	54266	54275	0 %	20 %	40 %	40 %	241554124
57	NC_012854	CGGCG	2	10	54485	54494	0 %	0 %	60 %	40 %	241554124
58	NC_012854	GGGCA	2	10	56715	56724	20 %	0 %	60 %	20 %	241554125
59	NC_012854	GTTTG	2	10	60109	60118	0 %	60 %	40 %	0 %	241554130
60	NC_012854	AGCGC	2	10	61114	61123	20 %	0 %	40 %	40 %	241554130
61	NC_012854	TCTGC	2	10	62769	62778	0 %	40 %	20 %	40 %	241554131
62	NC_012854	GCGTC	2	10	63480	63489	0 %	20 %	40 %	40 %	241554132
63	NC_012854	TTTCA	2	10	63583	63592	20 %	60 %	0 %	20 %	241554132
64	NC_012854	TCCAT	2	10	64895	64904	20 %	40 %	0 %	40 %	241554134
65	NC_012854	TGCGA	2	10	65314	65323	20 %	20 %	40 %	20 %	241554134
66	NC_012854	TGATG	2	10	68253	68262	20 %	40 %	40 %	0 %	241554136
67	NC_012854	CGCGA	2	10	68338	68347	20 %	0 %	40 %	40 %	241554136
68	NC_012854	CGGCA	2	10	68689	68698	20 %	0 %	40 %	40 %	241554137
69	NC_012854	AGGGT	2	10	69030	69039	20 %	20 %	60 %	0 %	241554137
70	NC_012854	GAAGA	2	10	70024	70033	60 %	0 %	40 %	0 %	241554138
71	NC_012854	GAACC	2	10	70520	70529	40 %	0 %	20 %	40 %	241554139
72	NC_012854	CTTCA	2	10	73905	73914	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_012854	GATCG	2	10	78170	78179	20 %	20 %	40 %	20 %	241554148
74	NC_012854	GCTGC	2	10	80531	80540	0 %	20 %	40 %	40 %	241554150
75	NC_012854	TTTCG	2	10	82969	82978	0 %	60 %	20 %	20 %	241554153
76	NC_012854	TGCGC	2	10	84532	84541	0 %	20 %	40 %	40 %	241554155
77	NC_012854	CTGCG	2	10	85173	85182	0 %	20 %	40 %	40 %	241554156
78	NC_012854	CGGCC	2	10	86151	86160	0 %	0 %	40 %	60 %	241554157
79	NC_012854	GGACG	2	10	87017	87026	20 %	0 %	60 %	20 %	241554158
80	NC_012854	GCAGG	2	10	88596	88605	20 %	0 %	60 %	20 %	241554159
81	NC_012854	CGCGC	2	10	92813	92822	0 %	0 %	40 %	60 %	241554164
82	NC_012854	TCGCC	2	10	94155	94164	0 %	20 %	20 %	60 %	241554165
83	NC_012854	AGTGC	2	10	94550	94559	20 %	20 %	40 %	20 %	241554165
84	NC_012854	CACGC	2	10	97144	97153	20 %	0 %	20 %	60 %	241554167
85	NC_012854	CGATC	2	10	99385	99394	20 %	20 %	20 %	40 %	241554169
86	NC_012854	AGCCG	2	10	99855	99864	20 %	0 %	40 %	40 %	241554169
87	NC_012854	CGGCC	2	10	100106	100115	0 %	0 %	40 %	60 %	241554170
88	NC_012854	CGGAA	2	10	101973	101982	40 %	0 %	40 %	20 %	241554172
89	NC_012854	CAGAG	2	10	102037	102046	40 %	0 %	40 %	20 %	241554172
90	NC_012854	CGATC	2	10	103092	103101	20 %	20 %	20 %	40 %	241554172
91	NC_012854	GGCCC	2	10	105565	105574	0 %	0 %	40 %	60 %	241554175
92	NC_012854	CGCGC	2	10	106321	106330	0 %	0 %	40 %	60 %	241554176
93	NC_012854	TGTGT	2	10	107513	107522	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012854	TCGCG	2	10	107937	107946	0 %	20 %	40 %	40 %	241554178
95	NC_012854	GTCCG	2	10	108037	108046	0 %	20 %	40 %	40 %	241554178
96	NC_012854	CGCTG	2	10	108854	108863	0 %	20 %	40 %	40 %	241554179
97	NC_012854	GCGCC	2	10	111142	111151	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
98	NC_012854	ACGGC	2	10	111577	111586	20 %	0 %	40 %	40 %	241554183
99	NC_012854	CTGTG	2	10	111862	111871	0 %	40 %	40 %	20 %	241554183
100	NC_012854	GGCGA	2	10	112659	112668	20 %	0 %	60 %	20 %	241554183
101	NC_012854	GCTTT	2	10	113086	113095	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_012854	GCATC	2	10	116974	116983	20 %	20 %	20 %	40 %	241554186
103	NC_012854	CGAGA	2	10	118944	118953	40 %	0 %	40 %	20 %	241554188
104	NC_012854	GCCGA	2	10	119569	119578	20 %	0 %	40 %	40 %	241554188
105	NC_012854	TCTCC	2	10	119780	119789	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
106	NC_012854	CCGAC	2	10	120561	120570	20 %	0 %	20 %	60 %	241554189
107	NC_012854	CATCG	2	10	122190	122199	20 %	20 %	20 %	40 %	241554191
108	NC_012854	TGGCC	2	10	122363	122372	0 %	20 %	40 %	40 %	241554191
109	NC_012854	GCAGA	2	10	125469	125478	40 %	0 %	40 %	20 %	241554194
110	NC_012854	GTCTC	2	10	126842	126851	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_012854	CGCGC	2	10	129797	129806	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
112	NC_012854	TCGCC	2	10	129895	129904	0 %	20 %	20 %	60 %	241554199
113	NC_012854	GATGC	2	10	136421	136430	20 %	20 %	40 %	20 %	241554204
114	NC_012854	AGCGC	2	10	136624	136633	20 %	0 %	40 %	40 %	241554204
115	NC_012854	GTCAG	2	10	137939	137948	20 %	20 %	40 %	20 %	241554205
116	NC_012854	TTCGG	2	10	142936	142945	0 %	40 %	40 %	20 %	241554208
117	NC_012854	TTTCC	2	10	143207	143216	0 %	60 %	0 %	40 %	241554209
118	NC_012854	GCTTC	2	10	143224	143233	0 %	40 %	20 %	40 %	241554209
119	NC_012854	GCCAC	2	10	144026	144035	20 %	0 %	20 %	60 %	241554210
120	NC_012854	AGCCG	2	10	144501	144510	20 %	0 %	40 %	40 %	241554210
121	NC_012854	CATGC	2	10	145600	145609	20 %	20 %	20 %	40 %	241554210
122	NC_012854	CCGCC	2	10	145770	145779	0 %	0 %	20 %	80 %	241554210
123	NC_012854	TCGCC	2	10	147485	147494	0 %	20 %	20 %	60 %	241554212
124	NC_012854	GTTCG	2	10	152294	152303	0 %	40 %	40 %	20 %	241554216
125	NC_012854	TCGCT	2	10	154122	154131	0 %	40 %	20 %	40 %	241554217
126	NC_012854	AGCGC	2	10	154550	154559	20 %	0 %	40 %	40 %	241554218
127	NC_012854	CAATC	2	10	154643	154652	40 %	20 %	0 %	40 %	241554218
128	NC_012854	GATGA	2	10	154939	154948	40 %	20 %	40 %	0 %	241554218
129	NC_012854	CTTGC	2	10	156360	156369	0 %	40 %	20 %	40 %	241554219
130	NC_012854	ATGAT	2	10	158540	158549	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_012854	CGGTG	2	10	161321	161330	0 %	20 %	60 %	20 %	241554223
132	NC_012854	TTTTG	2	10	161438	161447	0 %	80 %	20 %	0 %	241554224
133	NC_012854	CTCTC	2	10	164108	164117	0 %	40 %	0 %	60 %	241554226
134	NC_012854	GGCAA	2	10	165237	165246	40 %	0 %	40 %	20 %	241554227
135	NC_012854	CGATC	2	10	166614	166623	20 %	20 %	20 %	40 %	241554229
136	NC_012854	CGAAA	2	10	166989	166998	60 %	0 %	20 %	20 %	241554229
137	NC_012854	AGGGC	3	15	167449	167463	20 %	0 %	60 %	20 %	241554230
138	NC_012854	TGCCG	2	10	168544	168553	0 %	20 %	40 %	40 %	241554232
139	NC_012854	GCCGC	2	10	169746	169755	0 %	0 %	40 %	60 %	241554233
140	NC_012854	CGGAC	2	10	170755	170764	20 %	0 %	40 %	40 %	241554234
141	NC_012854	AGCCG	2	10	172420	172429	20 %	0 %	40 %	40 %	241554236
142	NC_012854	TCGCC	2	10	174055	174064	0 %	20 %	20 %	60 %	241554237
143	NC_012854	GCGCG	2	10	174531	174540	0 %	0 %	60 %	40 %	241554238
144	NC_012854	GGCTC	2	10	175190	175199	0 %	20 %	40 %	40 %	241554238
145	NC_012854	CCGGG	2	10	178093	178102	0 %	0 %	60 %	40 %	241554241
146	NC_012854	GATCG	2	10	178807	178816	20 %	20 %	40 %	20 %	241554242
147	NC_012854	GAGCA	2	10	179036	179045	40 %	0 %	40 %	20 %	241554242
148	NC_012854	AGCGA	2	10	180991	181000	40 %	0 %	40 %	20 %	241554244
149	NC_012854	CATCG	2	10	182393	182402	20 %	20 %	20 %	40 %	241554245
150	NC_012854	AGGAA	2	10	182788	182797	60 %	0 %	40 %	0 %	241554245
151	NC_012854	AAGCG	2	10	182918	182927	40 %	0 %	40 %	20 %	241554245
152	NC_012854	CCGGG	2	10	183318	183327	0 %	0 %	60 %	40 %	241554246
153	NC_012854	CCGCG	2	10	183462	183471	0 %	0 %	40 %	60 %	241554246
154	NC_012854	GCCTC	2	10	184263	184272	0 %	20 %	20 %	60 %	241554246
155	NC_012854	GAGGC	2	10	184280	184289	20 %	0 %	60 %	20 %	241554246
156	NC_012854	TGCCG	2	10	185895	185904	0 %	20 %	40 %	40 %	241554248
157	NC_012854	GCGAC	2	10	189725	189734	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
158	NC_012854	TCGGC	2	10	190387	190396	0 %	20 %	40 %	40 %	241554253
159	NC_012854	AGCAG	2	10	194197	194206	40 %	0 %	40 %	20 %	241554257
160	NC_012854	GATGG	2	10	195659	195668	20 %	20 %	60 %	0 %	241554258
161	NC_012854	TCCGT	2	10	199397	199406	0 %	40 %	20 %	40 %	241554259
162	NC_012854	GGGAA	2	10	200142	200151	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
163	NC_012854	TCAAT	2	10	200358	200367	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
164	NC_012854	GCATC	2	10	201443	201452	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
165	NC_012854	CGGCG	2	10	202159	202168	0 %	0 %	60 %	40 %	241554263
166	NC_012854	GCTCA	2	10	202769	202778	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
167	NC_012854	CAACC	2	10	202950	202959	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
168	NC_012854	GATCT	2	10	204126	204135	20 %	40 %	20 %	20 %	241554265
169	NC_012854	GGCCA	2	10	204738	204747	20 %	0 %	40 %	40 %	241554265
170	NC_012854	CCGCG	2	10	204965	204974	0 %	0 %	40 %	60 %	241554265
171	NC_012854	CGTCC	2	10	207949	207958	0 %	20 %	20 %	60 %	241554269
172	NC_012854	ATGAC	2	10	208954	208963	40 %	20 %	20 %	20 %	241554271
173	NC_012854	GACGA	2	10	209214	209223	40 %	0 %	40 %	20 %	241554271
174	NC_012854	GCATC	2	10	210071	210080	20 %	20 %	20 %	40 %	241554272
175	NC_012854	CGATC	2	10	210300	210309	20 %	20 %	20 %	40 %	241554272
176	NC_012854	GCCGC	2	10	218189	218198	0 %	0 %	40 %	60 %	241554280
177	NC_012854	GCGAT	2	10	218374	218383	20 %	20 %	40 %	20 %	241554280
178	NC_012854	TCGCC	2	10	219114	219123	0 %	20 %	20 %	60 %	241554281
179	NC_012854	CGGTG	2	10	219391	219400	0 %	20 %	60 %	20 %	241554281
180	NC_012854	GCGCT	2	10	221491	221500	0 %	20 %	40 %	40 %	241554283
181	NC_012854	CGGCT	2	10	221764	221773	0 %	20 %	40 %	40 %	241554283
182	NC_012854	GCGCG	2	10	221835	221844	0 %	0 %	60 %	40 %	241554283
183	NC_012854	CCGAG	2	10	222116	222125	20 %	0 %	40 %	40 %	241554283
184	NC_012854	CCTGC	2	10	224586	224595	0 %	20 %	20 %	60 %	241554286
185	NC_012854	GCCTT	2	10	225719	225728	0 %	40 %	20 %	40 %	241554286
186	NC_012854	CTCGC	2	10	228312	228321	0 %	20 %	20 %	60 %	241554289
187	NC_012854	GCGGA	2	10	232968	232977	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
188	NC_012854	CCTGC	2	10	233593	233602	0 %	20 %	20 %	60 %	241554293
189	NC_012854	ACACC	2	10	235793	235802	40 %	0 %	0 %	60 %	241554295
190	NC_012854	GCGCC	2	10	237503	237512	0 %	0 %	40 %	60 %	241554296
191	NC_012854	GCCGT	2	10	238218	238227	0 %	20 %	40 %	40 %	241554297
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194	NC_012854	GCCCG	2	10	246003	246012	0 %	0 %	40 %	60 %	241554303
195	NC_012854	TGCGC	2	10	246071	246080	0 %	20 %	40 %	40 %	241554303
196	NC_012854	CCGCG	2	10	246896	246905	0 %	0 %	40 %	60 %	241554304
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201	NC_012854	CTCTG	2	10	255012	255021	0 %	40 %	20 %	40 %	241554311
202	NC_012854	GCCTC	2	10	257581	257590	0 %	20 %	20 %	60 %	241554314
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216	NC_012854	CTCAC	2	10	275383	275392	20 %	20 %	0 %	60 %	241554330
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220	NC_012854	GATTG	2	10	279408	279417	20 %	40 %	40 %	0 %	241554334
221	NC_012854	CGCAG	2	10	279681	279690	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
222	NC_012854	ACCTT	2	10	282276	282285	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
223	NC_012854	GCCGC	2	10	283010	283019	0 %	0 %	40 %	60 %	241554339
224	NC_012854	CCGAT	2	10	283755	283764	20 %	20 %	20 %	40 %	241554339
225	NC_012854	GCGAA	2	10	285088	285097	40 %	0 %	40 %	20 %	241554341
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227	NC_012854	CCATG	2	10	286272	286281	20 %	20 %	20 %	40 %	241554341
228	NC_012854	AACTC	2	10	290009	290018	40 %	20 %	0 %	40 %	241554343
229	NC_012854	TGACT	2	10	291625	291634	20 %	40 %	20 %	20 %	241554344
230	NC_012854	ACAGA	2	10	291883	291892	60 %	0 %	20 %	20 %	241554344
231	NC_012854	CCCGG	2	10	292313	292322	0 %	0 %	40 %	60 %	241554344
232	NC_012854	TTGGC	2	10	292989	292998	0 %	40 %	40 %	20 %	241554344
233	NC_012854	CTCCG	2	10	294466	294475	0 %	20 %	20 %	60 %	241554345

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.