MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132505

Total Repeats: 104

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012854	TGCC	2	8	1560	1567	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_012854	GCCA	2	8	1872	1879	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_012854	TCGC	2	8	1912	1919	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_012854	CCAT	2	8	2057	2064	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_012854	GAAG	2	8	2094	2101	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012854	CCGT	2	8	2151	2158	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_012854	GCTA	2	8	5109	5116	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_012854	GTTG	2	8	5294	5301	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012854	TGAG	2	8	7987	7994	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012854	CCAA	2	8	9389	9396	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_012854	AGAC	2	8	9463	9470	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_012854	GAGC	2	8	9504	9511	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_012854	TTCG	2	8	9516	9523	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_012854	CATT	2	8	17604	17611	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_012854	AGAA	2	8	28052	28059	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012854	CGAT	2	8	28894	28901	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_012854	CTAT	2	8	29356	29363	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_012854	ACAG	2	8	33193	33200	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_012854	AGGC	2	8	34390	34397	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_012854	GAGG	2	8	37505	37512	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012854	TTGG	2	8	42519	42526	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012854	GCTC	2	8	43668	43675	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_012854	GGAC	2	8	43683	43690	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_012854	TCCC	2	8	44291	44298	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
25	NC_012854	CAGT	2	8	44370	44377	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_012854	GCCT	2	8	47759	47766	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_012854	GCGG	2	8	47808	47815	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
28	NC_012854	CGGG	2	8	47824	47831	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
29	NC_012854	CGCC	2	8	48594	48601	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
30	NC_012854	CGAT	2	8	51186	51193	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_012854	CGAG	2	8	51237	51244	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_012854	GAAG	2	8	58542	58549	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012854	CGGG	2	8	61919	61926	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
34	NC_012854	CGTT	2	8	71575	71582	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_012854	AAGC	2	8	72685	72692	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_012854	TCAA	2	8	82016	82023	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_012854	ACCA	2	8	85041	85048	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_012854	CAGG	2	8	86757	86764	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_012854	GGAG	2	8	89458	89465	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012854	CGTG	2	8	105239	105246	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_012854	TCCA	2	8	111185	111192	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_012854	TCGG	2	8	111250	111257	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_012854	ATCG	2	8	121562	121569	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_012854	TGTT	2	8	122704	122711	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012854	ATGT	2	8	125326	125333	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_012854	AAGC	2	8	131005	131012	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_012854	CAGA	2	8	134883	134890	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_012854	CTTC	2	8	151660	151667	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_012854	GTTT	2	8	152749	152756	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012854	GCAG	2	8	152957	152964	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_012854	ATGC	2	8	159651	159658	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_012854	AACG	2	8	165638	165645	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_012854	TGCA	2	8	176482	176489	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_012854	TGCA	2	8	176561	176568	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_012854	CAAA	2	8	189170	189177	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_012854	TGAA	2	8	189611	189618	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012854	ACAT	2	8	190694	190701	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_012854	TCGT	2	8	191412	191419	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_012854	CCGC	2	8	192510	192517	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
60	NC_012854	GCCG	2	8	192821	192828	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_012854	CCAT	2	8	197069	197076	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_012854	ATCG	2	8	197629	197636	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_012854	ATCG	2	8	197749	197756	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_012854	ATCG	2	8	198295	198302	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_012854	CACC	2	8	198318	198325	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
66	NC_012854	CAAT	2	8	198903	198910	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_012854	AGGC	2	8	200820	200827	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_012854	GCCT	2	8	200883	200890	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_012854	GCAA	2	8	201495	201502	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_012854	GGCG	2	8	202807	202814	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
71	NC_012854	ATGG	2	8	203076	203083	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_012854	CCGC	2	8	203534	203541	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
73	NC_012854	TGCC	2	8	203608	203615	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_012854	CGCT	2	8	206604	206611	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_012854	TCCT	2	8	207375	207382	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_012854	CTTG	2	8	207534	207541	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_012854	AGCG	2	8	211926	211933	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_012854	CGGC	2	8	212541	212548	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_012854	CACT	2	8	212824	212831	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_012854	CTAG	2	8	212870	212877	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
81	NC_012854	TCGC	2	8	222495	222502	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_012854	GCTT	2	8	233015	233022	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_012854	TGAT	2	8	233142	233149	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012854	CGGC	2	8	234353	234360	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
85	NC_012854	GCAA	2	8	246332	246339	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_012854	GCCG	2	8	246349	246356	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
87	NC_012854	CAAT	2	8	254050	254057	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_012854	AGGC	2	8	267307	267314	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_012854	TCGC	2	8	269834	269841	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_012854	GACG	2	8	270568	270575	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_012854	CATT	2	8	276066	276073	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_012854	ATCG	2	8	278131	278138	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_012854	CTGC	2	8	279501	279508	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_012854	TCGC	2	8	279661	279668	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
95	NC_012854	TTGG	2	8	281007	281014	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012854	GCCC	2	8	281128	281135	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
97	NC_012854	CCTC	2	8	282241	282248	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_012854	ATAA	2	8	286520	286527	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_012854	CGAC	2	8	286661	286668	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_012854	AGGC	2	8	286719	286726	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
101	NC_012854	CATG	2	8	286760	286767	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_012854	GGTG	2	8	287788	287795	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
103	NC_012854	GCAG	2	8	294507	294514	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_012854	CCTG	2	8	294521	294528	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.