MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132503

Total Repeats: 166

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012853	GGGCGG	2	12	7294	7305	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	241518172
2	NC_012853	CCGTCG	2	12	7329	7340	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241518172
3	NC_012853	ATGGCG	2	12	9021	9032	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241518174
4	NC_012853	ATCGGC	2	12	17875	17886	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518184
5	NC_012853	TTGCGG	2	12	26964	26975	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241518194
6	NC_012853	TCGACA	2	12	29026	29037	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241518195
7	NC_012853	AATCGT	2	12	32129	32140	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	241518197
8	NC_012853	GGCCGA	2	12	32281	32292	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241518197
9	NC_012853	GTGCTG	2	12	34032	34043	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241518198
10	NC_012853	TGCGGT	2	12	39169	39180	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241518201
11	NC_012853	CTGGAC	2	12	42961	42972	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518204
12	NC_012853	GCAGAT	2	12	45359	45370	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241518205
13	NC_012853	ACAAGG	2	12	46080	46091	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	241518206
14	NC_012853	CCGGCG	2	12	48031	48042	0 %	0 %	50 %	50 %	241518208
15	NC_012853	CCTCCC	2	12	55996	56007	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	241518213
16	NC_012853	TTGCCT	2	12	57926	57937	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	241518214
17	NC_012853	AGCGAC	2	12	62051	62062	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241518217
18	NC_012853	GCCATC	2	12	64874	64885	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241518218
19	NC_012853	AGATCG	2	12	72278	72289	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241518225
20	NC_012853	GTGCAC	2	12	79844	79855	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518234
21	NC_012853	AAGCCG	2	12	80218	80229	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241518234
22	NC_012853	ATCGTC	2	12	84661	84672	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241518238
23	NC_012853	CATCGC	2	12	92001	92012	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241518244
24	NC_012853	ACAGGA	2	12	93043	93054	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	241518245
25	NC_012853	CGGCCG	2	12	94992	95003	0 %	0 %	50 %	50 %	241518247
26	NC_012853	TGTCGG	2	12	97009	97020	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241518250
27	NC_012853	GGCAAG	2	12	98642	98653	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241518251
28	NC_012853	CCGGCG	2	12	101328	101339	0 %	0 %	50 %	50 %	241518253
29	NC_012853	GGCAAG	2	12	101942	101953	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241518253
30	NC_012853	GATGAG	2	12	103274	103285	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	241518255
31	NC_012853	CATGTT	2	12	107305	107316	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	241518259
32	NC_012853	CGGCAG	2	12	108821	108832	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241518261
33	NC_012853	GCTCGA	2	12	111880	111891	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518264
34	NC_012853	CTGCCG	2	12	113601	113612	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241518266
35	NC_012853	CGGCCG	2	12	115494	115505	0 %	0 %	50 %	50 %	241518268
36	NC_012853	GAGATC	2	12	116488	116499	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241518268
37	NC_012853	ATGCCG	2	12	121609	121620	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518273
38	NC_012853	CGTCCT	2	12	121859	121870	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241518273
39	NC_012853	AGCGGT	2	12	122204	122215	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241518273
40	NC_012853	GGTGCC	2	12	122941	122952	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518274
41	NC_012853	CCAGCA	2	12	123231	123242	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	241518274
42	NC_012853	GACGGC	2	12	123817	123828	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241518275
43	NC_012853	ATCGCG	2	12	124067	124078	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518275
44	NC_012853	ACCAGG	2	12	124112	124123	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241518275
45	NC_012853	CAAGGC	2	12	124480	124491	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241518276
46	NC_012853	TGCCGA	2	12	125037	125048	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518277
47	NC_012853	GAGCAG	2	12	125212	125223	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241518277
48	NC_012853	ACCTCG	2	12	125354	125365	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241518277
49	NC_012853	GCCGTC	2	12	126453	126464	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241518278
50	NC_012853	TGCCGT	2	12	136386	136397	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241518288
51	NC_012853	CGATAT	2	12	137463	137474	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	241518288
52	NC_012853	TCGGCG	2	12	142430	142441	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518294
53	NC_012853	CGAAGT	2	12	142596	142607	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241518294
54	NC_012853	TGGCGA	2	12	158361	158372	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241518315
55	NC_012853	GACTGG	2	12	161775	161786	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241518318
56	NC_012853	GGCGCT	2	12	164625	164636	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518320
57	NC_012853	GGCCGA	2	12	165878	165889	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241518321
58	NC_012853	GGCGCC	2	12	166482	166493	0 %	0 %	50 %	50 %	241518321
59	NC_012853	ATCCTC	2	12	166751	166762	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	241518322
60	NC_012853	TCCCGA	2	12	166900	166911	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241518322
61	NC_012853	CCGGCA	2	12	168176	168187	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241518323
62	NC_012853	CAGCCG	2	12	169816	169827	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241518325
63	NC_012853	GGCCGC	2	12	171479	171490	0 %	0 %	50 %	50 %	241518326
64	NC_012853	CTGACG	2	12	177160	177171	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518333
65	NC_012853	GTGCCG	2	12	181518	181529	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518338
66	NC_012853	GATCTG	2	12	193803	193814	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241518347
67	NC_012853	CCCATC	2	12	194625	194636	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	241518347
68	NC_012853	CTGGCG	2	12	196879	196890	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518348
69	NC_012853	GATGGC	2	12	198261	198272	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241518348
70	NC_012853	TTTTCG	2	12	198742	198753	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	241518349
71	NC_012853	CGAGGA	2	12	201391	201402	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241518350
72	NC_012853	GTGTCG	2	12	203536	203547	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241518352
73	NC_012853	AGATCG	2	12	204013	204024	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241518353
74	NC_012853	TCCGTC	2	12	213263	213274	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241518363
75	NC_012853	GGCAAC	2	12	213686	213697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241518363
76	NC_012853	TGGCCG	2	12	214105	214116	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518364
77	NC_012853	TGCGCA	2	12	224852	224863	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518369
78	NC_012853	CTTGAA	2	12	224901	224912	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	241518369
79	NC_012853	CTTCGA	2	12	225053	225064	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241518369
80	NC_012853	CGATGG	2	12	227545	227556	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241518373
81	NC_012853	CCGGAT	2	12	228650	228661	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518375
82	NC_012853	GCTTTC	2	12	240520	240531	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	241518386
83	NC_012853	GAACGC	2	12	244388	244399	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241518392
84	NC_012853	ACCTCG	2	12	246400	246411	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241518394
85	NC_012853	CCTCGA	2	12	248740	248751	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241518396
86	NC_012853	TGCGGG	2	12	251070	251081	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	241518398
87	NC_012853	GCCGTC	2	12	252474	252485	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241518399
88	NC_012853	CAATCT	2	12	257432	257443	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	241518403
89	NC_012853	CAGCGT	2	12	257784	257795	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518403
90	NC_012853	CTCGAT	2	12	258827	258838	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241518404
91	NC_012853	GCCGGC	2	12	259570	259581	0 %	0 %	50 %	50 %	241518404
92	NC_012853	CCGGCG	2	12	265376	265387	0 %	0 %	50 %	50 %	241518408
93	NC_012853	CTTCGG	2	12	267515	267526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241518410
94	NC_012853	CACCGC	2	12	270515	270526	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	241518413
95	NC_012853	CCGAGG	2	12	273550	273561	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241518415
96	NC_012853	TGCGGC	2	12	276898	276909	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518417
97	NC_012853	AGCGCT	2	12	283074	283085	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518423
98	NC_012853	CAAGGG	2	12	288183	288194	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241518429
99	NC_012853	TTCGGC	2	12	290217	290228	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241518430
100	NC_012853	GTCACG	2	12	293713	293724	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518434
101	NC_012853	TGGCCG	2	12	294113	294124	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518434
102	NC_012853	ATGACG	2	12	296420	296431	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241518436
103	NC_012853	CCAAAG	2	12	303353	303364	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	241518443
104	NC_012853	GGCGAC	2	12	306614	306625	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241518444
105	NC_012853	CTGGCG	2	12	314040	314051	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518448
106	NC_012853	TGCCGG	2	12	315052	315063	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518449
107	NC_012853	GCCTTC	2	12	315206	315217	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241518449
108	NC_012853	CTCGAG	2	12	316988	316999	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518451
109	NC_012853	ATATCT	2	12	318370	318381	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	241518453
110	NC_012853	CCCTGA	2	12	321316	321327	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241518456
111	NC_012853	TGAAAA	2	12	325217	325228	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	241518460
112	NC_012853	GTTGGT	2	12	327194	327205	0 %	50 %	50 %	0 %	241518461
113	NC_012853	TCGATT	2	12	332423	332434	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	241518462
114	NC_012853	CGGCGC	2	12	334548	334559	0 %	0 %	50 %	50 %	241518465
115	NC_012853	GCGCCA	2	12	334656	334667	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241518465
116	NC_012853	ACCGAT	2	12	335754	335765	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241518466
117	NC_012853	CATTGC	2	12	343019	343030	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241518474
118	NC_012853	CGGCTG	2	12	347188	347199	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518477
119	NC_012853	GGCCTT	2	12	348307	348318	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241518477
120	NC_012853	ACAAGA	2	12	357170	357181	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	241518487
121	NC_012853	ATTGCG	2	12	357284	357295	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241518487
122	NC_012853	CGGCGC	2	12	360663	360674	0 %	0 %	50 %	50 %	241518491
123	NC_012853	CAAAGG	2	12	360675	360686	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	241518491
124	NC_012853	CTCGAT	2	12	364855	364866	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241518498
125	NC_012853	CATCAA	2	12	364896	364907	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	241518498
126	NC_012853	GCCTGG	2	12	376217	376228	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518508
127	NC_012853	GTCGTT	2	12	379909	379920	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	241518511
128	NC_012853	CTCAAA	2	12	384416	384427	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	241518515
129	NC_012853	TCCCAA	2	12	384759	384770	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	241518515
130	NC_012853	GATCGG	2	12	392669	392680	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241518523
131	NC_012853	TTTCCC	2	12	394009	394020	0 %	50 %	0 %	50 %	241518525
132	NC_012853	CTGGCG	2	12	394805	394816	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518526
133	NC_012853	TGCTGG	2	12	399809	399820	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241518530
134	NC_012853	TGGCGA	2	12	400819	400830	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241518531
135	NC_012853	TCTGGC	2	12	406291	406302	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241518537
136	NC_012853	CAGCGT	2	12	407782	407793	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518538
137	NC_012853	GATCGC	2	12	412302	412313	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518544
138	NC_012853	GATCAA	2	12	416841	416852	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	241518550
139	NC_012853	CGAGGT	2	12	418134	418145	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241518551
140	NC_012853	CGACGG	2	12	421597	421608	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241518554
141	NC_012853	GTCGCC	2	12	425441	425452	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241518558
142	NC_012853	AAGCGG	2	12	425707	425718	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241518558
143	NC_012853	GACAAT	2	12	426198	426209	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	241518559
144	NC_012853	CGAAAT	2	12	426561	426572	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	241518559
145	NC_012853	GCTGGC	2	12	433463	433474	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518565
146	NC_012853	CTCGCC	2	12	433866	433877	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	241518565
147	NC_012853	CCATCG	2	12	435473	435484	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241518568
148	NC_012853	GACGTG	2	12	444080	444091	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241518579
149	NC_012853	GTCGGC	2	12	450184	450195	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518586
150	NC_012853	TCAGGC	2	12	458209	458220	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518594
151	NC_012853	GGTCGG	2	12	462905	462916	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	241518600
152	NC_012853	GGAGCC	2	12	464726	464737	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241518603
153	NC_012853	TGTGTC	2	12	473894	473905	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	241518614
154	NC_012853	GAAGCC	2	12	474188	474199	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241518615
155	NC_012853	AGGTGC	2	12	482059	482070	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241518624
156	NC_012853	CGGCGT	2	12	485196	485207	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241518626
157	NC_012853	CTCGCC	2	12	485629	485640	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	241518626
158	NC_012853	AGCGTC	2	12	488789	488800	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241518629
159	NC_012853	CGCCAT	2	12	491138	491149	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241518631
160	NC_012853	AAAATG	2	12	491711	491722	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	241518632
161	NC_012853	CGTGGA	2	12	491859	491870	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241518632
162	NC_012853	CTGCCC	2	12	494169	494180	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	241518634
163	NC_012853	CCCAGC	2	12	496151	496162	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	241518636
164	NC_012853	TGTCAA	2	12	496858	496869	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	241518638
165	NC_012853	AGATCG	2	12	499284	499295	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241518640
166	NC_012853	GACGGT	2	12	504131	504142	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241518644

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.