MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132503

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012853	GATAT	2	10	5339	5348	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012853	CCGGC	2	10	5357	5366	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
3	NC_012853	CCGAA	2	10	7976	7985	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_012853	GCAAA	2	10	8548	8557	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_012853	ATGAC	2	10	15494	15503	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_012853	CAAGC	2	10	22575	22584	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_012853	AACCT	2	10	31103	31112	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_012853	ATAGA	2	10	34697	34706	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012853	GCAAG	2	10	41863	41872	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_012853	CCGCG	2	10	47092	47101	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
11	NC_012853	CCATC	2	10	47655	47664	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
12	NC_012853	CAGAA	2	10	59198	59207	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_012853	TTTCA	2	10	62801	62810	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_012853	GGTTG	2	10	83402	83411	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012853	GCCTC	2	10	83446	83455	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_012853	CCAAT	2	10	88878	88887	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_012853	GCGTA	2	10	91494	91503	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_012853	GCGTC	2	10	102646	102655	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_012853	GCCGG	2	10	105598	105607	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
20	NC_012853	TCTGG	2	10	105668	105677	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012853	TGCGG	2	10	106115	106124	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_012853	AAATG	2	10	107404	107413	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012853	TGCCG	2	10	108155	108164	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_012853	CCAGC	2	10	111701	111710	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_012853	AACCG	2	10	112755	112764	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_012853	TATCT	2	10	118648	118657	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_012853	TCCTC	2	10	127043	127052	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
28	NC_012853	GGCCG	2	10	131721	131730	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
29	NC_012853	CTTCA	2	10	132464	132473	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
30	NC_012853	GCAGC	2	10	133295	133304	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_012853	GAGCT	2	10	136172	136181	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_012853	GCGCG	2	10	139832	139841	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
33	NC_012853	TTGTG	2	10	142003	142012	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012853	ATGGA	2	10	142640	142649	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012853	CCTCG	2	10	143744	143753	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
36	NC_012853	CGAGG	2	10	143756	143765	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
37	NC_012853	TCCGG	2	10	146653	146662	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_012853	GCGCG	3	15	147676	147690	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
39	NC_012853	TCGCA	2	10	151044	151053	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_012853	TTTGG	2	10	153727	153736	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012853	TCGCT	2	10	154107	154116	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_012853	GAAAG	2	10	174249	174258	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012853	CTCCG	2	10	175751	175760	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_012853	GTCGG	2	10	203285	203294	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_012853	GCCCG	2	10	204465	204474	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
46	NC_012853	GCCAT	2	10	208468	208477	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_012853	TCCTG	2	10	208649	208658	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_012853	AGCGG	2	10	210243	210252	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_012853	GCAAC	2	10	216845	216854	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_012853	GCAAG	2	10	221475	221484	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_012853	GCGAT	2	10	222507	222516	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012853	GGTCT	2	10	226166	226175	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_012853	GCATG	2	10	226265	226274	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_012853	AAGTG	2	10	230045	230054	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012853	GCGGA	2	10	231759	231768	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_012853	GGAGC	2	10	232766	232775	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_012853	CGGTG	2	10	234718	234727	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
58	NC_012853	AAGGC	2	10	249605	249614	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_012853	TTCAT	2	10	292694	292703	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_012853	TTCCT	2	10	300487	300496	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_012853	TCCTC	2	10	303961	303970	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_012853	CCGGC	2	10	307586	307595	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
63	NC_012853	CTGGC	2	10	307716	307725	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_012853	AGGGA	2	10	307829	307838	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012853	CCACG	2	10	313204	313213	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_012853	CGCGC	2	10	319910	319919	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
67	NC_012853	TATCA	2	10	322883	322892	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_012853	CCGAA	2	10	326151	326160	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_012853	CCTCT	2	10	331850	331859	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_012853	GCATC	2	10	331955	331964	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_012853	TCGAA	2	10	341619	341628	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_012853	GCCGC	2	10	352870	352879	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
73	NC_012853	GCGAC	2	10	353316	353325	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_012853	GGGCG	2	10	356136	356145	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
75	NC_012853	CGATG	2	10	357464	357473	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_012853	GTCCC	2	10	361257	361266	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
77	NC_012853	ACTGA	2	10	364110	364119	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_012853	ACCGG	2	10	364196	364205	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_012853	CTCGC	2	10	364310	364319	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
80	NC_012853	AGCCA	2	10	374712	374721	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_012853	CTACC	2	10	374794	374803	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
82	NC_012853	CACGA	2	10	382691	382700	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_012853	CCGGT	2	10	385183	385192	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
84	NC_012853	CGAAA	2	10	387886	387895	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_012853	CGCTC	2	10	389502	389511	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_012853	TACGC	2	10	389675	389684	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_012853	CGGAG	2	10	391204	391213	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
88	NC_012853	TGAGC	2	10	413627	413636	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_012853	GCCTC	2	10	429817	429826	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
90	NC_012853	TGCGG	2	10	442343	442352	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
91	NC_012853	TGGGA	2	10	445719	445728	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012853	CGATG	2	10	449834	449843	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_012853	CCACA	2	10	465095	465104	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
94	NC_012853	CGACG	2	10	468619	468628	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
95	NC_012853	AGCCT	2	10	473237	473246	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_012853	ACCCG	2	10	477684	477693	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
97	NC_012853	GATGG	2	10	486046	486055	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012853	AGGCA	2	10	502353	502362	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_012853	GGCCA	2	10	505886	505895	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_012853	AGACG	2	10	506851	506860	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_012853	AGCCA	2	10	512128	512137	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_012853	GTTTC	2	10	512158	512167	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_012853	CGAAG	2	10	513856	513865	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.