MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132503

Total Repeats: 317

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012853	TGGC	2	8	40	47	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_012853	ACGA	2	8	881	888	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_012853	TCAC	2	8	1517	1524	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_012853	CGGG	2	8	2077	2084	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
5	NC_012853	GAGC	2	8	2905	2912	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_012853	GAAG	2	8	4464	4471	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012853	TGCG	2	8	5213	5220	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_012853	GAAA	2	8	8654	8661	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012853	AAGC	2	8	10026	10033	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_012853	TGGC	2	8	10505	10512	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
11	NC_012853	GAAC	2	8	13309	13316	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_012853	CGGA	2	8	13421	13428	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_012853	ACGA	2	8	13490	13497	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_012853	CAGC	2	8	13742	13749	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_012853	ATCG	2	8	14417	14424	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_012853	GATG	2	8	15175	15182	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012853	CCAG	2	8	16011	16018	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_012853	ATCG	2	8	16258	16265	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_012853	GATG	2	8	17037	17044	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012853	GGAA	2	8	17213	17220	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012853	GCAG	2	8	18721	18728	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_012853	CGGC	2	8	19395	19402	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_012853	CTCC	2	8	20552	20559	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
24	NC_012853	CATC	2	8	31437	31444	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_012853	GTTT	2	8	31456	31463	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012853	ATCC	2	8	40104	40111	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_012853	CCTC	2	8	47040	47047	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
28	NC_012853	CCGG	2	8	47052	47059	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
29	NC_012853	TCTT	2	8	47642	47649	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_012853	GCTT	2	8	47687	47694	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_012853	TCGA	2	8	51527	51534	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_012853	GATT	2	8	57209	57216	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012853	CCGA	2	8	59014	59021	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_012853	CGGG	2	8	59211	59218	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
35	NC_012853	AGAT	2	8	62162	62169	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_012853	TGGT	2	8	62695	62702	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012853	TCCG	2	8	62781	62788	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_012853	TGAA	2	8	63020	63027	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_012853	CTCA	2	8	63059	63066	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_012853	CGCC	2	8	63537	63544	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
41	NC_012853	AACC	2	8	67733	67740	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_012853	GCAG	2	8	68422	68429	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_012853	CGCC	2	8	79149	79156	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
44	NC_012853	GCTT	2	8	79209	79216	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_012853	TGCG	2	8	79430	79437	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_012853	TTTG	2	8	79467	79474	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_012853	CGGC	2	8	82019	82026	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
48	NC_012853	GCCC	2	8	83529	83536	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
49	NC_012853	GGCA	2	8	83597	83604	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_012853	GCCT	2	8	83634	83641	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_012853	CCTG	2	8	88664	88671	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_012853	GGTC	2	8	88924	88931	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_012853	TCGG	2	8	90508	90515	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_012853	GCGA	2	8	91452	91459	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_012853	GCCC	2	8	95613	95620	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
56	NC_012853	AGGA	2	8	95671	95678	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_012853	TTCC	2	8	102576	102583	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_012853	GGTC	2	8	102760	102767	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_012853	CTTC	2	8	105548	105555	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_012853	CCGG	2	8	105617	105624	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
61	NC_012853	CCAT	2	8	106373	106380	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_012853	GTTA	2	8	108170	108177	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012853	CGGC	2	8	108200	108207	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_012853	ACCC	2	8	110056	110063	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
65	NC_012853	ATGG	2	8	119325	119332	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012853	TGTC	2	8	127066	127073	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_012853	CTGC	2	8	131216	131223	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_012853	GCCG	2	8	131477	131484	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_012853	GGGA	2	8	131630	131637	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012853	CAGA	2	8	131662	131669	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_012853	GAAC	2	8	132444	132451	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_012853	TTCG	2	8	133107	133114	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_012853	CCAA	2	8	135099	135106	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_012853	GCTC	2	8	135171	135178	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_012853	CGGG	2	8	135302	135309	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
76	NC_012853	GGAG	2	8	135312	135319	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012853	CGAA	2	8	135402	135409	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_012853	ATGG	2	8	135563	135570	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_012853	CGAC	2	8	136057	136064	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_012853	CAGC	2	8	138675	138682	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_012853	GAGC	2	8	138757	138764	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_012853	ACCG	2	8	140435	140442	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_012853	CGGA	2	8	141947	141954	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_012853	ACGG	2	8	142094	142101	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_012853	CGAC	2	8	142694	142701	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_012853	ATCA	2	8	144166	144173	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_012853	TCGC	2	8	145288	145295	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_012853	TTGC	2	8	146570	146577	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_012853	CGAT	2	8	146955	146962	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
90	NC_012853	GGGA	2	8	149213	149220	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012853	CCTT	2	8	149900	149907	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_012853	ATCG	2	8	152739	152746	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_012853	CGGC	2	8	152784	152791	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
94	NC_012853	TCGT	2	8	152925	152932	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
95	NC_012853	ACCG	2	8	152947	152954	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_012853	TGCC	2	8	154096	154103	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_012853	AAAG	2	8	156488	156495	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012853	CCGG	2	8	156612	156619	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
99	NC_012853	GGCC	2	8	160067	160074	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
100	NC_012853	CGAG	2	8	174653	174660	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
101	NC_012853	ATCG	2	8	175552	175559	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_012853	TCCA	2	8	177660	177667	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_012853	CTTC	2	8	180418	180425	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_012853	CGTT	2	8	180436	180443	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_012853	GTTT	2	8	180863	180870	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012853	GCAC	2	8	182621	182628	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_012853	AGGA	2	8	189292	189299	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_012853	GGCT	2	8	189500	189507	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_012853	ATTG	2	8	193070	193077	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012853	CGGC	2	8	201013	201020	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_012853	ACCC	2	8	203187	203194	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
112	NC_012853	AATT	2	8	205247	205254	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012853	GAAG	2	8	208503	208510	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012853	CGCA	2	8	208735	208742	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NC_012853	CGAT	2	8	208938	208945	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_012853	GCCG	2	8	209275	209282	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
117	NC_012853	GGAC	2	8	209811	209818	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_012853	GCCG	2	8	209863	209870	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
119	NC_012853	AGCG	2	8	212346	212353	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
120	NC_012853	GGTT	2	8	212383	212390	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012853	GCGG	2	8	213883	213890	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
122	NC_012853	ACGC	2	8	217085	217092	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_012853	CTAA	2	8	218178	218185	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_012853	TTCG	2	8	218191	218198	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_012853	TTGC	2	8	218230	218237	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_012853	CGCT	2	8	222048	222055	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
127	NC_012853	TGCC	2	8	222155	222162	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_012853	AAGG	2	8	226581	226588	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_012853	GGCC	2	8	227792	227799	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
130	NC_012853	ACCA	2	8	227843	227850	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_012853	TTTG	2	8	228196	228203	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012853	ATGC	2	8	229022	229029	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_012853	GATC	2	8	230318	230325	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_012853	GCTG	2	8	233843	233850	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_012853	CGAT	2	8	233946	233953	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_012853	GGTG	2	8	234028	234035	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012853	TTGA	2	8	244852	244859	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012853	AGAT	2	8	250953	250960	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012853	CTTG	2	8	260948	260955	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_012853	ATCC	2	8	267824	267831	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_012853	CCGG	2	8	277071	277078	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
142	NC_012853	AGGC	2	8	278284	278291	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
143	NC_012853	GATC	2	8	283158	283165	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_012853	ACCA	2	8	285328	285335	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_012853	GAAT	2	8	285381	285388	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
146	NC_012853	GGGC	2	8	287411	287418	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
147	NC_012853	GCAT	2	8	289715	289722	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_012853	CCGG	2	8	293509	293516	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
149	NC_012853	AACG	2	8	294610	294617	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_012853	GGCG	2	8	295581	295588	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
151	NC_012853	GCTG	2	8	296918	296925	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
152	NC_012853	CCCG	2	8	297500	297507	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
153	NC_012853	TCCT	2	8	297785	297792	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
154	NC_012853	TCTG	2	8	297863	297870	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
155	NC_012853	CTTT	2	8	298216	298223	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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169	NC_012853	CCGG	2	8	310502	310509	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
170	NC_012853	GTGA	2	8	310530	310537	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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177	NC_012853	GTCA	2	8	320433	320440	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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182	NC_012853	CCCG	2	8	325977	325984	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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191	NC_012853	AGGG	2	8	341510	341517	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
192	NC_012853	GCCA	2	8	344918	344925	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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265	NC_012853	TGAG	2	8	443729	443736	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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298	NC_012853	TTCA	2	8	482687	482694	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
299	NC_012853	GAGC	2	8	489771	489778	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
300	NC_012853	CCCG	2	8	489938	489945	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
301	NC_012853	TGGC	2	8	490270	490277	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
302	NC_012853	ATGG	2	8	490416	490423	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
303	NC_012853	CCGA	2	8	502695	502702	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
304	NC_012853	CTTC	2	8	503801	503808	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
305	NC_012853	ATAA	2	8	504446	504453	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
306	NC_012853	AAAC	2	8	506106	506113	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
307	NC_012853	AGCA	2	8	506203	506210	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
308	NC_012853	CAAG	2	8	506315	506322	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
309	NC_012853	CGAA	2	8	507477	507484	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
310	NC_012853	GCCA	2	8	512001	512008	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
311	NC_012853	AGCA	2	8	512760	512767	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
312	NC_012853	GGCC	2	8	512944	512951	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
313	NC_012853	CGGA	2	8	513263	513270	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
314	NC_012853	GGTT	2	8	513424	513431	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
315	NC_012853	GCTG	2	8	513763	513770	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
316	NC_012853	CCTT	2	8	513866	513873	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
317	NC_012853	TCGC	2	8	514315	514322	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.