MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132504

Total Repeats: 154

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012852	GTCGCC	2	12	151	162	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241258600
2	NC_012852	GATCGA	2	12	1376	1387	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241258601
3	NC_012852	TGCCAT	2	12	3102	3113	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241258602
4	NC_012852	CAGGCC	2	12	4843	4854	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241258604
5	NC_012852	TGACCG	2	12	6425	6436	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258605
6	NC_012852	TTCTCG	2	12	6445	6456	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	241258605
7	NC_012852	TTTCCT	2	12	7964	7975	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	241258605
8	NC_012852	GTCCTC	2	12	10354	10365	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241258609
9	NC_012852	TCGCGC	2	12	16673	16684	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241258614
10	NC_012852	TTCTGC	2	12	18481	18492	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_012852	CTTTGG	2	12	18891	18902	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	241258618
12	NC_012852	GTCGAG	2	12	20961	20972	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241258622
13	NC_012852	GCGTCA	2	12	32847	32858	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258633
14	NC_012852	TGGCGA	2	12	39845	39856	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241258639
15	NC_012852	AGGATG	2	12	40678	40689	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	241258639
16	NC_012852	CTCGCC	2	12	49048	49059	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	241258645
17	NC_012852	GTTTTC	2	12	52189	52200	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	241258648
18	NC_012852	ATGCCG	2	12	55414	55425	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258650
19	NC_012852	TCGCAA	2	12	58739	58750	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241258653
20	NC_012852	GCGTCA	2	12	61338	61349	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258655
21	NC_012852	GCCGGA	2	12	63190	63201	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241258657
22	NC_012852	GGCGAA	2	12	63503	63514	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241258658
23	NC_012852	GCGCGA	2	12	69193	69204	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241258662
24	NC_012852	AGCCGC	2	12	74537	74548	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241258663
25	NC_012852	GAAACG	2	12	75427	75438	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	241258664
26	NC_012852	CGCATG	2	12	77948	77959	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258668
27	NC_012852	CGATGT	2	12	78385	78396	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241258668
28	NC_012852	GGCATG	2	12	80073	80084	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241258670
29	NC_012852	GGCATG	2	12	80154	80165	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241258670
30	NC_012852	GACGTG	2	12	84297	84308	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241258675
31	NC_012852	CGTCTT	2	12	84819	84830	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	241258675
32	NC_012852	ACCCTG	2	12	85288	85299	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241258675
33	NC_012852	TTTCGA	2	12	86876	86887	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	241258676
34	NC_012852	CGACAT	2	12	88885	88896	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241258678
35	NC_012852	ACGCTG	2	12	91862	91873	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258682
36	NC_012852	GCGACA	2	12	92400	92411	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241258682
37	NC_012852	CCAGCA	2	12	92892	92903	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	241258682
38	NC_012852	GGCGAC	2	12	92908	92919	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241258682
39	NC_012852	GACGCA	2	12	93851	93862	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241258683
40	NC_012852	AATGAA	2	12	95849	95860	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	241258685
41	NC_012852	CTGGAC	2	12	97273	97284	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258686
42	NC_012852	GTCTTC	2	12	97463	97474	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	241258686
43	NC_012852	CGTCGC	2	12	99603	99614	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241258687
44	NC_012852	GCAATT	2	12	101040	101051	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_012852	ATGGCG	2	12	111547	111558	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241258699
46	NC_012852	CGATCC	2	12	114156	114167	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241258701
47	NC_012852	TTCGAG	2	12	115554	115565	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241258703
48	NC_012852	AACCGA	2	12	118656	118667	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_012852	GCTTCT	2	12	121308	121319	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	241258709
50	NC_012852	TGAGGC	2	12	122126	122137	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241258709
51	NC_012852	TCGGCT	2	12	128143	128154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241258714
52	NC_012852	CTGCCG	2	12	128427	128438	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241258714
53	NC_012852	CGATGA	2	12	134715	134726	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241258720
54	NC_012852	GCAGGA	2	12	135232	135243	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241258720
55	NC_012852	GAAGCT	2	12	139351	139362	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241258723
56	NC_012852	TCGAGG	2	12	139584	139595	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241258723
57	NC_012852	GCCGAT	2	12	139966	139977	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258723
58	NC_012852	GACCTC	2	12	140769	140780	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241258726
59	NC_012852	GGCCGA	2	12	144171	144182	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241258727
60	NC_012852	ATGCCG	2	12	145421	145432	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258727
61	NC_012852	GTGCCG	2	12	146333	146344	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241258728
62	NC_012852	GGATCG	2	12	146716	146727	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241258729
63	NC_012852	GATGCG	2	12	148270	148281	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241258731
64	NC_012852	CGATGA	2	12	148611	148622	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241258731
65	NC_012852	TGCGGG	2	12	150939	150950	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	241258733
66	NC_012852	CAGCGC	2	12	155071	155082	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241258737
67	NC_012852	GGCAAG	2	12	161651	161662	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241258742
68	NC_012852	CGAGGA	2	12	163965	163976	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241258743
69	NC_012852	CCGGCG	2	12	164677	164688	0 %	0 %	50 %	50 %	241258744
70	NC_012852	GGGCGC	2	12	165918	165929	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	241258745
71	NC_012852	AAGCCG	2	12	172332	172343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241258750
72	NC_012852	CAGGTG	2	12	176874	176885	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241258754
73	NC_012852	TGAAGG	2	12	177339	177350	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	241258755
74	NC_012852	GCCGCG	2	12	179649	179660	0 %	0 %	50 %	50 %	241258757
75	NC_012852	CCGGCA	2	12	183698	183709	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241258761
76	NC_012852	TCGATC	2	12	184261	184272	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241258761
77	NC_012852	CGCTGG	2	12	184884	184895	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241258762
78	NC_012852	GCAATG	2	12	186529	186540	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241258764
79	NC_012852	GGCAAG	2	12	186579	186590	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241258764
80	NC_012852	TCAGCG	2	12	190186	190197	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258767
81	NC_012852	GGTGCG	2	12	192323	192334	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	241258769
82	NC_012852	TTCATT	2	12	193942	193953	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	241258770
83	NC_012852	CAATGC	2	12	195512	195523	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241258771
84	NC_012852	CGAGCG	2	12	195977	195988	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241258771
85	NC_012852	CAATTT	2	12	197942	197953	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	241258774
86	NC_012852	AGATCA	2	12	199519	199530	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	241258775
87	NC_012852	GGCCAA	2	12	202984	202995	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241258778
88	NC_012852	TCGCGG	2	12	205148	205159	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241258780
89	NC_012852	CAGCGC	2	12	205959	205970	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241258781
90	NC_012852	GCGATC	2	12	209412	209423	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258784
91	NC_012852	CCTGAT	2	12	210574	210585	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241258785
92	NC_012852	TCGCCA	2	12	212983	212994	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241258788
93	NC_012852	CCTGTC	2	12	214494	214505	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241258790
94	NC_012852	GCCGCG	2	12	214960	214971	0 %	0 %	50 %	50 %	241258790
95	NC_012852	ATCGAC	2	12	216180	216191	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241258792
96	NC_012852	GGGGCA	2	12	217055	217066	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	241258794
97	NC_012852	GGCGCT	2	12	218084	218095	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241258795
98	NC_012852	ACCTCG	2	12	218331	218342	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241258795
99	NC_012852	CGCCTG	2	12	221910	221921	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241258798
100	NC_012852	GCGATC	2	12	223424	223435	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258800
101	NC_012852	GATCAG	2	12	223642	223653	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241258800
102	NC_012852	CAGCCT	2	12	227054	227065	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241258803
103	NC_012852	GCCCGC	2	12	229491	229502	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	241258805
104	NC_012852	TGGTCG	2	12	230091	230102	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241258806
105	NC_012852	ATGCCG	2	12	232308	232319	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258809
106	NC_012852	CGAATG	2	12	232356	232367	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_012852	ATCGAA	2	12	233447	233458	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	241258811
108	NC_012852	GCCGAG	2	12	238217	238228	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241258815
109	NC_012852	CCGTCT	2	12	240504	240515	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241258817
110	NC_012852	CATCGA	2	12	240729	240740	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241258817
111	NC_012852	GGCAAT	2	12	242001	242012	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241258819
112	NC_012852	GGCAGC	2	12	243289	243300	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241258820
113	NC_012852	TCGCTT	2	12	243385	243396	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	241258820
114	NC_012852	CGATGC	2	12	243907	243918	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258821
115	NC_012852	CATTGC	2	12	248316	248327	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241258826
116	NC_012852	GGCATC	2	12	254870	254881	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241258832
117	NC_012852	CCAGCG	2	12	255844	255855	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241258832
118	NC_012852	GAAGGT	2	12	256259	256270	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	241258832
119	NC_012852	CAGCCC	2	12	256382	256393	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	241258832
120	NC_012852	GGTGAT	2	12	257259	257270	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	241258833
121	NC_012852	CGACCT	2	12	258834	258845	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241258835
122	NC_012852	GCCGTG	2	12	259136	259147	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241258835
123	NC_012852	CTGGGC	2	12	259225	259236	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241258835
124	NC_012852	TCGCTG	2	12	260093	260104	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241258835
125	NC_012852	GGTGGC	2	12	265746	265757	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	241258837
126	NC_012852	GTGGCG	2	12	266281	266292	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	241258837
127	NC_012852	GTGGCG	2	12	266959	266970	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	241258837
128	NC_012852	GTATCG	2	12	267190	267201	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241258837
129	NC_012852	TTGGTG	2	12	283300	283311	0 %	50 %	50 %	0 %	241258847
130	NC_012852	GCCGAC	2	12	289359	289370	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241258852
131	NC_012852	AGCCAG	2	12	290748	290759	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241258853
132	NC_012852	AGCCGA	2	12	290959	290970	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241258853
133	NC_012852	CCGATC	2	12	293732	293743	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241258855
134	NC_012852	ACGACT	2	12	294896	294907	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241258856
135	NC_012852	CCGGCA	2	12	303507	303518	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241258860
136	NC_012852	GCCGTT	2	12	310748	310759	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241258866
137	NC_012852	CGATGA	2	12	314043	314054	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241258869
138	NC_012852	GCTTCC	2	12	316132	316143	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241258870
139	NC_012852	GTTGAG	2	12	321846	321857	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	241258875
140	NC_012852	CCCCTG	2	12	325289	325300	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	241258879
141	NC_012852	CAACAT	2	12	329036	329047	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	241258882
142	NC_012852	ACGGCC	2	12	330146	330157	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241258883
143	NC_012852	GCATCA	2	12	330252	330263	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_012852	CTGGCG	2	12	332386	332397	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241258886
145	NC_012852	GCGCTG	2	12	332716	332727	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241258886
146	NC_012852	GCGCGG	2	12	333802	333813	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	241258887
147	NC_012852	TGATCA	2	12	335382	335393	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	241258889
148	NC_012852	GCTTCG	2	12	337147	337158	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241258890
149	NC_012852	GTCGAT	2	12	337202	337213	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241258890
150	NC_012852	TTGACA	2	12	340600	340611	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_012852	CACCGG	2	12	341995	342006	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241258894
152	NC_012852	TCGCCG	2	12	342435	342446	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241258894
153	NC_012852	GCAGGC	2	12	342520	342531	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241258894
154	NC_012852	GCAGCG	2	12	347140	347151	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241258901

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.