MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 plasmid pR132504

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012852	ATCC	2	8	25	32	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_012852	TAAT	2	8	59	66	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012852	TCGC	2	8	1128	1135	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_012852	GCCC	2	8	1141	1148	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
5	NC_012852	ACGG	2	8	18093	18100	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_012852	GGGA	2	8	18604	18611	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012852	GGGA	2	8	18867	18874	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012852	CGTC	2	8	19546	19553	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_012852	CCGT	2	8	20226	20233	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
10	NC_012852	GACA	2	8	23898	23905	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_012852	GTTG	2	8	29975	29982	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012852	GCAT	2	8	30739	30746	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
13	NC_012852	GGCC	2	8	30863	30870	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_012852	TATC	2	8	34462	34469	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_012852	CGGA	2	8	35156	35163	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_012852	CAGC	2	8	35344	35351	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_012852	GGCC	2	8	36157	36164	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_012852	GGGC	2	8	43664	43671	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
19	NC_012852	CGGA	2	8	50321	50328	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
20	NC_012852	CTCA	2	8	50924	50931	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_012852	CGCC	2	8	51002	51009	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
22	NC_012852	GAAC	2	8	52654	52661	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_012852	GATT	2	8	55762	55769	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012852	CGTC	2	8	56756	56763	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_012852	ACAA	2	8	66152	66159	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_012852	CGGC	2	8	66306	66313	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
27	NC_012852	GTTC	2	8	66340	66347	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_012852	TAAG	2	8	75740	75747	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012852	CTCA	2	8	77799	77806	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_012852	CAAC	2	8	80358	80365	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_012852	GGCG	2	8	81223	81230	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
32	NC_012852	GCCC	2	8	83627	83634	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
33	NC_012852	GAGT	2	8	83930	83937	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012852	CGGA	2	8	84113	84120	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
35	NC_012852	GCTT	2	8	84157	84164	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_012852	CGGG	2	8	85467	85474	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
37	NC_012852	GGCA	2	8	85993	86000	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
38	NC_012852	GCTC	2	8	91581	91588	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_012852	CGCC	2	8	100322	100329	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
40	NC_012852	GCAG	2	8	108321	108328	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_012852	GGGC	2	8	108447	108454	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
42	NC_012852	GGCA	2	8	109043	109050	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_012852	CGCA	2	8	110217	110224	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_012852	GCTC	2	8	110275	110282	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_012852	GCCG	2	8	111948	111955	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_012852	CATC	2	8	112198	112205	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_012852	CCTT	2	8	113680	113687	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_012852	GGCA	2	8	114237	114244	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_012852	CGGT	2	8	116168	116175	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_012852	GGTC	2	8	116638	116645	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_012852	AACC	2	8	118893	118900	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_012852	GTCA	2	8	119631	119638	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_012852	CGCA	2	8	120119	120126	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
54	NC_012852	TGCA	2	8	121097	121104	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_012852	GACT	2	8	127553	127560	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_012852	CAAT	2	8	129021	129028	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_012852	GGAA	2	8	129198	129205	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012852	TCGC	2	8	129940	129947	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
59	NC_012852	TCAG	2	8	129996	130003	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_012852	GTGC	2	8	150389	150396	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_012852	TGCA	2	8	150461	150468	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_012852	GCAG	2	8	150539	150546	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_012852	TTCG	2	8	152919	152926	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_012852	AGGC	2	8	164877	164884	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_012852	CGTT	2	8	164904	164911	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_012852	CAAT	2	8	167604	167611	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_012852	GCCT	2	8	167621	167628	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_012852	CGGT	2	8	174872	174879	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_012852	GAAA	2	8	197559	197566	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012852	AAGC	2	8	199209	199216	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_012852	TTTC	2	8	200280	200287	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_012852	TCCA	2	8	211789	211796	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_012852	TTTA	2	8	217861	217868	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012852	CGGC	2	8	219568	219575	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_012852	GGCC	2	8	231808	231815	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
76	NC_012852	CGGC	2	8	232450	232457	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_012852	ATTG	2	8	232534	232541	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012852	GTTC	2	8	236323	236330	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_012852	CTTC	2	8	243718	243725	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_012852	AGGA	2	8	243738	243745	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012852	CCGG	2	8	244681	244688	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
82	NC_012852	CTCG	2	8	245635	245642	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_012852	TCAA	2	8	248893	248900	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_012852	ATCT	2	8	248942	248949	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_012852	GGGT	2	8	251511	251518	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012852	TTAT	2	8	252762	252769	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012852	AGCA	2	8	252805	252812	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_012852	CGCT	2	8	258605	258612	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_012852	CCGG	2	8	264118	264125	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_012852	CGGC	2	8	274424	274431	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_012852	GCCT	2	8	274487	274494	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
92	NC_012852	CCGG	2	8	274539	274546	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_012852	ACCG	2	8	280447	280454	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_012852	GACG	2	8	286106	286113	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_012852	GCCT	2	8	288160	288167	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_012852	CTTG	2	8	291887	291894	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_012852	AAAT	2	8	297912	297919	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012852	CGGA	2	8	300374	300381	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_012852	CAAG	2	8	300468	300475	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_012852	CGAC	2	8	300553	300560	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
101	NC_012852	GAGC	2	8	300787	300794	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
102	NC_012852	GCCG	2	8	300907	300914	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
103	NC_012852	GGCT	2	8	305577	305584	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_012852	TGCC	2	8	307154	307161	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_012852	TGGC	2	8	308958	308965	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
106	NC_012852	AGCC	2	8	308977	308984	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_012852	CTCC	2	8	317590	317597	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
108	NC_012852	ATTT	2	8	317683	317690	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012852	GGCG	2	8	317703	317710	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
110	NC_012852	CGAT	2	8	319719	319726	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_012852	GTCC	2	8	327009	327016	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_012852	AGAT	2	8	338051	338058	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012852	GACG	2	8	340395	340402	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_012852	CTAG	2	8	342977	342984	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.