MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 chromosome

Total Repeats: 159

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012850	GAGCCA	2	12	15759	15770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_012850	CGGAGA	2	12	99462	99473	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_012850	TCGATG	2	12	105561	105572	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_012850	CTCACC	2	12	106747	106758	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_012850	AAATCG	2	12	107210	107221	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_012850	TTCAAT	2	12	124019	124030	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_012850	GCAACG	2	12	128528	128539	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_012850	GAATCG	2	12	166540	166551	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_012850	AAAAAC	2	12	189044	189055	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_012850	GGAGAA	2	12	260004	260015	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012850	GTTTTT	2	12	438019	438030	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012850	GGCGAG	2	12	453045	453056	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_012850	ATTCTG	2	12	472478	472489	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_012850	AATGAA	2	12	514787	514798	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012850	AACGGC	2	12	534818	534829	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_012850	TTTGCA	2	12	580225	580236	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_012850	CCCTGC	2	12	603820	603831	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_012850	CGGGCG	2	12	617474	617485	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_012850	GATTGA	2	12	619093	619104	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_012850	GAAGGA	2	12	627006	627017	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_012850	TGGAGG	2	12	654142	654153	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012850	TGGCGG	2	12	654187	654198	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_012850	AGGGCG	2	12	663078	663089	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_012850	GGCCGC	2	12	685042	685053	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
25	NC_012850	AAGGGG	2	12	696679	696690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012850	CAAAAA	2	12	708522	708533	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_012850	CGAAAT	2	12	777824	777835	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_012850	CCCGAG	2	12	786041	786052	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_012850	GAAGCC	2	12	794512	794523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_012850	AGATGG	2	12	800027	800038	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012850	CGCCTC	2	12	811457	811468	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
32	NC_012850	ATCGGG	2	12	851474	851485	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_012850	CAGGAC	2	12	853322	853333	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_012850	CGAAAT	2	12	853574	853585	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_012850	CACCGG	2	12	853994	854005	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
36	NC_012850	CGATTT	2	12	912920	912931	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_012850	AAGGAG	2	12	915118	915129	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012850	AAGCGC	2	12	938524	938535	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_012850	GGTTCC	2	12	979912	979923	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_012850	CGGCAA	2	12	1004013	1004024	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_012850	CGGCGC	2	12	1026549	1026560	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_012850	TCACGT	2	12	1031532	1031543	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_012850	CGATTC	2	12	1042339	1042350	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_012850	TTGACG	2	12	1072860	1072871	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_012850	GGCGCA	2	12	1081518	1081529	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_012850	TTTCGA	2	12	1124980	1124991	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_012850	TTTTAT	2	12	1125790	1125801	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012850	ACCCGA	2	12	1173686	1173697	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
49	NC_012850	CATCGC	2	12	1498449	1498460	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
50	NC_012850	ATGCAG	2	12	1513388	1513399	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_012850	CCGCGG	2	12	1600289	1600300	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
52	NC_012850	CGGCGC	2	12	1614234	1614245	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
53	NC_012850	AACCGG	2	12	1632662	1632673	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_012850	CGGATG	2	12	1641403	1641414	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_012850	GCCCGC	2	12	1660907	1660918	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_012850	CGTCGC	2	12	1661675	1661686	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_012850	AATCGG	2	12	1683911	1683922	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_012850	AGGCAT	2	12	1699300	1699311	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_012850	TTTTCG	2	12	1762868	1762879	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_012850	GTTGTC	2	12	1827513	1827524	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_012850	GGAGAG	2	12	1832421	1832432	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012850	CGCGGC	2	12	1844926	1844937	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
63	NC_012850	CGGCAG	2	12	1869104	1869115	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_012850	TGCCGC	2	12	1957361	1957372	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_012850	TCCGAC	2	12	2002139	2002150	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_012850	CTTCCG	2	12	2005260	2005271	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
67	NC_012850	CTTAAC	2	12	2047474	2047485	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_012850	CACGAA	2	12	2168890	2168901	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_012850	GGATAA	2	12	2171319	2171330	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012850	AAATCG	2	12	2233426	2233437	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_012850	GCTCAA	2	12	2241747	2241758	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_012850	CTTCCT	2	12	2321752	2321763	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_012850	CCTCAA	2	12	2333213	2333224	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_012850	GTCGTT	2	12	2337849	2337860	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_012850	AATTTG	2	12	2342570	2342581	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012850	TCGCAA	2	12	2342627	2342638	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_012850	TCTGCT	2	12	2371398	2371409	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_012850	CATGGA	2	12	2406957	2406968	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_012850	GAGATG	2	12	2537005	2537016	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012850	ATTTTA	2	12	2538487	2538498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012850	ATGGCG	2	12	2542557	2542568	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_012850	AACCCC	2	12	2553413	2553424	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_012850	CCCTCA	2	12	2574841	2574852	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_012850	GGCAAG	2	12	2609211	2609222	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_012850	GGGCCG	2	12	2612099	2612110	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_012850	TCGCGA	2	12	2613175	2613186	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_012850	CCGTGC	2	12	2648625	2648636	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_012850	TGACAG	2	12	2652664	2652675	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_012850	GCAACG	2	12	2655411	2655422	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_012850	AAGTGC	2	12	2671544	2671555	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_012850	GCGGCC	2	12	2685863	2685874	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_012850	GTTGGG	2	12	2686556	2686567	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_012850	CGTTGC	2	12	2696772	2696783	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_012850	CCTCAG	2	12	2793765	2793776	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
95	NC_012850	TGATGG	2	12	2918660	2918671	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012850	AAAAGC	2	12	2944541	2944552	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_012850	AGGCGG	2	12	2958750	2958761	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_012850	AAATCG	2	12	2987231	2987242	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_012850	ATAGAA	2	12	3004899	3004910	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_012850	TCGCCA	2	12	3010498	3010509	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
101	NC_012850	GATTGC	2	12	3019556	3019567	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_012850	ACGAGG	2	12	3034969	3034980	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_012850	ACCTCA	2	12	3070443	3070454	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_012850	CGGATG	2	12	3188136	3188147	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_012850	GATTCC	2	12	3190693	3190704	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_012850	GCGCCC	2	12	3224677	3224688	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_012850	AGCTTT	2	12	3336863	3336874	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_012850	CGGCAA	2	12	3354019	3354030	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_012850	TCCTTC	2	12	3367656	3367667	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_012850	ATTCGC	2	12	3401610	3401621	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_012850	CCCGGA	2	12	3461597	3461608	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
112	NC_012850	TCGCTT	2	12	3463058	3463069	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_012850	TGGAGA	2	12	3499099	3499110	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_012850	CGCGCC	2	12	3545644	3545655	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_012850	TGTTTT	2	12	3548228	3548239	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012850	CTTAAT	2	12	3629001	3629012	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_012850	GCAACA	2	12	3675252	3675263	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_012850	GTCGAC	2	12	3675892	3675903	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_012850	TCGAGA	2	12	3676061	3676072	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_012850	GGGGTT	2	12	3685197	3685208	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012850	AAAATT	2	12	3690084	3690095	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_012850	CCCATC	2	12	3711464	3711475	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_012850	CTTGCG	2	12	3782713	3782724	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_012850	TGGGCT	2	12	3806474	3806485	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_012850	AAATCG	2	12	3839891	3839902	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_012850	CAAACT	2	12	3839925	3839936	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_012850	TGACGC	2	12	3845836	3845847	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_012850	CCTCTA	2	12	3853181	3853192	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_012850	CCGCGC	2	12	3856513	3856524	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_012850	CCCGGA	2	12	3876462	3876473	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
131	NC_012850	TCGCTT	2	12	3877923	3877934	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_012850	CAATAA	2	12	3887972	3887983	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_012850	CTCGCC	2	12	3932048	3932059	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_012850	CGGCCG	2	12	3977117	3977128	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_012850	TTGCGG	2	12	4007329	4007340	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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137	NC_012850	AATCGG	2	12	4172058	4172069	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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139	NC_012850	CAAAAA	2	12	4217889	4217900	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_012850	GAGCGG	2	12	4301066	4301077	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_012850	GAAGGA	2	12	4315252	4315263	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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147	NC_012850	AAGGCG	2	12	4434549	4434560	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_012850	TCGGAT	2	12	4435584	4435595	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_012850	GAGGCC	2	12	4458753	4458764	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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152	NC_012850	CGCATC	2	12	4521425	4521436	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
153	NC_012850	CGATTC	2	12	4540887	4540898	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_012850	GCGCCG	2	12	4614024	4614035	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
155	NC_012850	GTTCCG	2	12	4624807	4624818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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159	NC_012850	CAAAAA	2	12	4725444	4725455	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.