MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Ralstonia pickettii 12D plasmid pRp12D02

Total Repeats: 115

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012849	CAAAGT	2	12	1211	1222	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	241114101
2	NC_012849	ACGTTC	2	12	1354	1365	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241114101
3	NC_012849	ATGCAA	2	12	4831	4842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	241114104
4	NC_012849	TTGCGT	2	12	5434	5445	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	241114104
5	NC_012849	CTTCCA	2	12	8138	8149	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	241114108
6	NC_012849	TGCCGC	2	12	11044	11055	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241114110
7	NC_012849	GGCGCT	2	12	16137	16148	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241114116
8	NC_012849	CCGCAA	2	12	17891	17902	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	241114118
9	NC_012849	GCCCCA	2	12	18059	18070	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	241114118
10	NC_012849	CAGCGC	2	12	20663	20674	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241114121
11	NC_012849	CAGGTT	2	12	21719	21730	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241114121
12	NC_012849	CCAGCA	2	12	21787	21798	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	241114121
13	NC_012849	CAGCGT	2	12	22136	22147	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241114121
14	NC_012849	TCTCGA	2	12	23323	23334	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241114121
15	NC_012849	GCTCAT	2	12	27286	27297	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241114122
16	NC_012849	GAGAGC	2	12	30110	30121	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241114130
17	NC_012849	TGGGAA	2	12	30934	30945	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	241114130
18	NC_012849	CTCGCG	2	12	32934	32945	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241114134
19	NC_012849	TGCCGC	2	12	33452	33463	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241114134
20	NC_012849	GGCGCA	2	12	33881	33892	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241114134
21	NC_012849	CGCAGG	2	12	34096	34107	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241114134
22	NC_012849	GCTGAG	2	12	34679	34690	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241114135
23	NC_012849	GCCGGT	2	12	34942	34953	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241114135
24	NC_012849	GAACCT	2	12	37104	37115	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241114136
25	NC_012849	AGTTCA	2	12	37829	37840	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	241114136
26	NC_012849	GAACCC	2	12	38536	38547	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	241114136
27	NC_012849	GCTCAA	2	12	42020	42031	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241114141
28	NC_012849	TGCGCG	2	12	44531	44542	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241114143
29	NC_012849	AGAAGC	2	12	49832	49843	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	241114146
30	NC_012849	CGCTGG	2	12	50253	50264	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241114147
31	NC_012849	ACGTGC	2	12	50973	50984	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241114147
32	NC_012849	GCCAGC	2	12	53509	53520	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241114150
33	NC_012849	GGAGCG	2	12	59659	59670	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	241114158
34	NC_012849	CGCCTT	2	12	63621	63632	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241114164
35	NC_012849	CACGGC	2	12	65335	65346	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241114165
36	NC_012849	GGGGAT	2	12	66715	66726	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	241114165
37	NC_012849	TCGATC	2	12	67471	67482	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241114166
38	NC_012849	CCTTGC	2	12	70474	70485	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	241114169
39	NC_012849	TTGTCT	2	12	77462	77473	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	241114173
40	NC_012849	ATCGAG	2	12	80480	80491	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241114178
41	NC_012849	TGGCCT	2	12	83270	83281	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241114181
42	NC_012849	TGAGCG	2	12	83380	83391	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241114181
43	NC_012849	CAGGGC	2	12	84586	84597	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241114182
44	NC_012849	CCGTCG	2	12	89996	90007	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241114187
45	NC_012849	GCCGCG	2	12	91018	91029	0 %	0 %	50 %	50 %	241114188
46	NC_012849	ACTGTC	2	12	96205	96216	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241114194
47	NC_012849	TGTCTA	2	12	100960	100971	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	241114198
48	NC_012849	ATCGCC	2	12	102726	102737	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	241114201
49	NC_012849	CACCGC	2	12	105670	105681	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	241114203
50	NC_012849	TGGCGG	2	12	106247	106258	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	241114204
51	NC_012849	TGGACA	2	12	107094	107105	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241114206
52	NC_012849	GCAGAT	2	12	112080	112091	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241114211
53	NC_012849	TGCCGG	2	12	114080	114091	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241114214
54	NC_012849	AGGCGA	2	12	114333	114344	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	241114215
55	NC_012849	TCGGAC	2	12	114346	114357	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241114215
56	NC_012849	CAATGG	2	12	115491	115502	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241114216
57	NC_012849	CCAGAG	2	12	118099	118110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	241114218
58	NC_012849	TGCCGG	4	24	119076	119099	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241114218
59	NC_012849	GGCGCG	2	12	121338	121349	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	241114222
60	NC_012849	CGCTGG	2	12	122048	122059	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241114223
61	NC_012849	TTGCCG	2	12	122457	122468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241114223
62	NC_012849	CACCGG	2	12	124410	124421	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241114225
63	NC_012849	CAGCAC	2	12	126714	126725	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	241114227
64	NC_012849	CTCGCC	2	12	129935	129946	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	241114230
65	NC_012849	CGCCGG	2	12	131976	131987	0 %	0 %	50 %	50 %	241114233
66	NC_012849	ATCGAT	2	12	132260	132271	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	241114233
67	NC_012849	GGTGCT	2	12	142588	142599	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241114244
68	NC_012849	ATCGAC	2	12	148794	148805	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241114256
69	NC_012849	TGAAGG	2	12	149485	149496	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	241114256
70	NC_012849	GGCGCT	2	12	151978	151989	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241114259
71	NC_012849	GCAGGT	2	12	152881	152892	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241114259
72	NC_012849	CTTTTT	2	12	153814	153825	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	241114261
73	NC_012849	GATGGG	2	12	157378	157389	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	241114268
74	NC_012849	CAAGCT	2	12	163389	163400	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	241114273
75	NC_012849	CGACCG	2	12	166350	166361	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241114275
76	NC_012849	CGTCAT	2	12	174675	174686	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241114281
77	NC_012849	GGCGAT	2	12	176867	176878	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241114282
78	NC_012849	GGAACA	2	12	176989	177000	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	241114282
79	NC_012849	GTGGCT	2	12	178923	178934	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241114283
80	NC_012849	GCACGG	2	12	180562	180573	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241114284
81	NC_012849	GCGAGC	2	12	180865	180876	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	241114284
82	NC_012849	TGCGCT	2	12	181617	181628	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241114286
83	NC_012849	CAACAT	2	12	183735	183746	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	241114288
84	NC_012849	GGCTCG	2	12	185206	185217	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241114288
85	NC_012849	CGATGA	2	12	188895	188906	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241114293
86	NC_012849	CTGGTG	2	12	190346	190357	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241114295
87	NC_012849	GTGGCG	2	12	191713	191724	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	241114297
88	NC_012849	TGAGCT	2	12	197198	197209	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	241114300
89	NC_012849	TGCCGC	2	12	197506	197517	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241114301
90	NC_012849	CGGTCA	2	12	197810	197821	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241114301
91	NC_012849	TCCTTC	2	12	204453	204464	0 %	50 %	0 %	50 %	241114309
92	NC_012849	TTGCGT	2	12	210209	210220	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	241114314
93	NC_012849	GCCGTT	2	12	211296	211307	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241114316
94	NC_012849	GGCTGT	2	12	218939	218950	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	241114323
95	NC_012849	GATCGC	2	12	220194	220205	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241114323
96	NC_012849	GCAGGG	2	12	220386	220397	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	241114323
97	NC_012849	GCCCAG	2	12	225041	225052	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241114327
98	NC_012849	CAGCAA	2	12	225655	225666	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	241114328
99	NC_012849	GTCGCC	2	12	236071	236082	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241114341
100	NC_012849	GCTGCA	2	12	239695	239706	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241114343
101	NC_012849	GATGGT	2	12	241179	241190	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	241114345
102	NC_012849	CGTCAT	2	12	244027	244038	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	241114347
103	NC_012849	TGGCGC	2	12	244808	244819	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241114348
104	NC_012849	GGCGAT	2	12	246222	246233	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241114348
105	NC_012849	GGAACA	2	12	246344	246355	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	241114348
106	NC_012849	CGGCCA	2	12	249084	249095	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241114350
107	NC_012849	TGGGCC	2	12	249278	249289	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	241114350
108	NC_012849	TTGTCC	2	12	250527	250538	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	241114351
109	NC_012849	GCCCAG	2	12	252553	252564	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	241114353
110	NC_012849	GCGCTT	2	12	254815	254826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	241114355
111	NC_012849	GATGCA	2	12	255006	255017	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	241114355
112	NC_012849	GGGCAT	2	12	258170	258181	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241114359
113	NC_012849	GTACCG	2	12	269062	269073	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	241114370
114	NC_012849	TGCCCG	2	12	269129	269140	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	241114370
115	NC_012849	TAGCGG	2	12	271819	271830	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	241114374

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.