MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Ralstonia pickettii 12D plasmid pRp12D02

Total Repeats: 209

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012849	GCCAA	2	10	235	244	40 %	0 %	20 %	40 %	241114101
2	NC_012849	AGCGC	2	10	1990	1999	20 %	0 %	40 %	40 %	241114102
3	NC_012849	ATGTA	2	10	2285	2294	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012849	CGTTG	2	10	2644	2653	0 %	40 %	40 %	20 %	241114103
5	NC_012849	GGACC	2	10	3422	3431	20 %	0 %	40 %	40 %	241114103
6	NC_012849	ACGAT	2	10	4081	4090	40 %	20 %	20 %	20 %	241114103
7	NC_012849	GGGCA	2	10	6427	6436	20 %	0 %	60 %	20 %	241114106
8	NC_012849	TGCCG	2	10	8729	8738	0 %	20 %	40 %	40 %	241114108
9	NC_012849	TTGGC	2	10	10472	10481	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_012849	GCGAC	2	10	11415	11424	20 %	0 %	40 %	40 %	241114111
11	NC_012849	GCTTC	2	10	11916	11925	0 %	40 %	20 %	40 %	241114111
12	NC_012849	CCCAT	2	10	12441	12450	20 %	20 %	0 %	60 %	241114112
13	NC_012849	TTCCA	2	10	13511	13520	20 %	40 %	0 %	40 %	241114113
14	NC_012849	GTGCT	2	10	15671	15680	0 %	40 %	40 %	20 %	241114115
15	NC_012849	ATCGC	2	10	16914	16923	20 %	20 %	20 %	40 %	241114117
16	NC_012849	CGGTC	2	10	17682	17691	0 %	20 %	40 %	40 %	241114118
17	NC_012849	TCTGG	2	10	19207	19216	0 %	40 %	40 %	20 %	241114120
18	NC_012849	AGGGG	2	10	19387	19396	20 %	0 %	80 %	0 %	241114120
19	NC_012849	GCCAC	2	10	23606	23615	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
20	NC_012849	GAACC	2	10	24808	24817	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_012849	GCACC	2	10	26249	26258	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
22	NC_012849	ACGTG	2	10	26648	26657	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_012849	GGACG	2	10	27556	27565	20 %	0 %	60 %	20 %	241114123
24	NC_012849	CGCTG	2	10	28606	28615	0 %	20 %	40 %	40 %	241114125
25	NC_012849	CAAGC	2	10	28644	28653	40 %	0 %	20 %	40 %	241114126
26	NC_012849	GTGCT	2	10	31193	31202	0 %	40 %	40 %	20 %	241114131
27	NC_012849	AGTTG	2	10	31793	31802	20 %	40 %	40 %	0 %	241114132
28	NC_012849	AGGTG	2	10	34501	34510	20 %	20 %	60 %	0 %	241114135
29	NC_012849	AAGGC	2	10	35798	35807	40 %	0 %	40 %	20 %	241114136
30	NC_012849	CTGGA	2	10	36019	36028	20 %	20 %	40 %	20 %	241114136
31	NC_012849	CGCAA	2	10	36164	36173	40 %	0 %	20 %	40 %	241114136
32	NC_012849	GCGCT	2	10	38099	38108	0 %	20 %	40 %	40 %	241114136
33	NC_012849	GGTGT	2	10	38811	38820	0 %	40 %	60 %	0 %	241114137
34	NC_012849	GCCGC	2	10	40103	40112	0 %	0 %	40 %	60 %	241114139
35	NC_012849	TGCGC	2	10	42985	42994	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_012849	CTCCG	2	10	43193	43202	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
37	NC_012849	GAACC	2	10	45265	45274	40 %	0 %	20 %	40 %	241114144
38	NC_012849	GCACC	2	10	46706	46715	20 %	0 %	20 %	60 %	241114144
39	NC_012849	GAACG	2	10	52693	52702	40 %	0 %	40 %	20 %	241114149
40	NC_012849	ACGCT	2	10	53387	53396	20 %	20 %	20 %	40 %	241114150
41	NC_012849	AGGGG	2	10	54898	54907	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
42	NC_012849	CGTCC	2	10	55073	55082	0 %	20 %	20 %	60 %	241114152
43	NC_012849	CGGGA	2	10	56049	56058	20 %	0 %	60 %	20 %	241114154
44	NC_012849	CAGCC	2	10	56160	56169	20 %	0 %	20 %	60 %	241114154
45	NC_012849	CCCCG	2	10	56466	56475	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
46	NC_012849	TCGTA	3	15	59162	59176	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_012849	ATACG	2	10	59210	59219	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_012849	CAAAC	2	10	60085	60094	60 %	0 %	0 %	40 %	241114158
49	NC_012849	CGGAT	2	10	60806	60815	20 %	20 %	40 %	20 %	241114159
50	NC_012849	TGTCT	2	10	62630	62639	0 %	60 %	20 %	20 %	241114162
51	NC_012849	GCAAG	2	10	64619	64628	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012849	GCGCT	2	10	65555	65564	0 %	20 %	40 %	40 %	241114165
53	NC_012849	AACAG	2	10	66064	66073	60 %	0 %	20 %	20 %	241114165
54	NC_012849	CCCTG	2	10	66190	66199	0 %	20 %	20 %	60 %	241114165
55	NC_012849	CAAAC	2	10	66604	66613	60 %	0 %	0 %	40 %	241114165
56	NC_012849	CGCGG	2	10	68515	68524	0 %	0 %	60 %	40 %	241114168
57	NC_012849	CAGCG	2	10	68701	68710	20 %	0 %	40 %	40 %	241114168
58	NC_012849	GCGCC	2	10	69272	69281	0 %	0 %	40 %	60 %	241114169
59	NC_012849	GCCCG	2	10	70013	70022	0 %	0 %	40 %	60 %	241114169
60	NC_012849	CCGCT	2	10	70795	70804	0 %	20 %	20 %	60 %	241114169
61	NC_012849	CGAAG	2	10	73371	73380	40 %	0 %	40 %	20 %	241114171
62	NC_012849	GGGGA	2	10	74184	74193	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012849	ATTCA	2	10	75266	75275	40 %	40 %	0 %	20 %	241114172
64	NC_012849	CCGGC	2	10	77345	77354	0 %	0 %	40 %	60 %	241114173
65	NC_012849	CCCAG	2	10	77758	77767	20 %	0 %	20 %	60 %	241114174
66	NC_012849	CAGCG	2	10	78360	78369	20 %	0 %	40 %	40 %	241114175
67	NC_012849	TCAGA	2	10	78734	78743	40 %	20 %	20 %	20 %	241114176
68	NC_012849	GTTCA	2	10	80142	80151	20 %	40 %	20 %	20 %	241114177
69	NC_012849	CAGGG	2	10	80618	80627	20 %	0 %	60 %	20 %	241114179
70	NC_012849	CGAGC	2	10	88143	88152	20 %	0 %	40 %	40 %	241114186
71	NC_012849	TGACA	2	10	89359	89368	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_012849	GTGGC	2	10	93806	93815	0 %	20 %	60 %	20 %	241114191
73	NC_012849	GCCAA	2	10	94959	94968	40 %	0 %	20 %	40 %	241114193
74	NC_012849	CAACG	2	10	95772	95781	40 %	0 %	20 %	40 %	241114194
75	NC_012849	GGTGG	2	10	96952	96961	0 %	20 %	80 %	0 %	241114194
76	NC_012849	CAAGC	2	10	98384	98393	40 %	0 %	20 %	40 %	241114196
77	NC_012849	CTTCC	2	10	101416	101425	0 %	40 %	0 %	60 %	241114198
78	NC_012849	GCGGT	2	10	104863	104872	0 %	20 %	60 %	20 %	241114203
79	NC_012849	GTGGA	2	10	107732	107741	20 %	20 %	60 %	0 %	241114206
80	NC_012849	TTCAC	2	10	108244	108253	20 %	40 %	0 %	40 %	241114207
81	NC_012849	GCGTT	2	10	108625	108634	0 %	40 %	40 %	20 %	241114207
82	NC_012849	GCGTC	2	10	109822	109831	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_012849	GCATC	2	10	111933	111942	20 %	20 %	20 %	40 %	241114211
84	NC_012849	CGCAG	2	10	112210	112219	20 %	0 %	40 %	40 %	241114211
85	NC_012849	TTCGG	2	10	114838	114847	0 %	40 %	40 %	20 %	241114216
86	NC_012849	GCGAT	2	10	115020	115029	20 %	20 %	40 %	20 %	241114216
87	NC_012849	CCGAT	2	10	115227	115236	20 %	20 %	20 %	40 %	241114216
88	NC_012849	AGCAG	2	10	120200	120209	40 %	0 %	40 %	20 %	241114220
89	NC_012849	GAAGG	2	10	121740	121749	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012849	GGCGG	2	10	122527	122536	0 %	0 %	80 %	20 %	241114223
91	NC_012849	TGCTG	2	10	122681	122690	0 %	40 %	40 %	20 %	241114224
92	NC_012849	CCTTG	2	10	122828	122837	0 %	40 %	20 %	40 %	241114224
93	NC_012849	GCGCC	2	10	123415	123424	0 %	0 %	40 %	60 %	241114225
94	NC_012849	CCTGA	2	10	125565	125574	20 %	20 %	20 %	40 %	241114226
95	NC_012849	CGTGG	2	10	128129	128138	0 %	20 %	60 %	20 %	241114228
96	NC_012849	CTGGC	2	10	128981	128990	0 %	20 %	40 %	40 %	241114229
97	NC_012849	CAGCG	2	10	129037	129046	20 %	0 %	40 %	40 %	241114229
98	NC_012849	CCGCA	2	10	129647	129656	20 %	0 %	20 %	60 %	241114229
99	NC_012849	CCATC	2	10	132805	132814	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
100	NC_012849	TCGAT	2	10	135461	135470	20 %	40 %	20 %	20 %	241114237
101	NC_012849	TGCGC	2	10	138478	138487	0 %	20 %	40 %	40 %	241114240
102	NC_012849	TTCTG	2	10	139743	139752	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_012849	GGGGC	2	10	140668	140677	0 %	0 %	80 %	20 %	241114242
104	NC_012849	GGGAC	2	10	140887	140896	20 %	0 %	60 %	20 %	241114242
105	NC_012849	CTGAT	2	10	144372	144381	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_012849	CGTTC	2	10	145316	145325	0 %	40 %	20 %	40 %	241114249
107	NC_012849	GGCGA	2	10	145483	145492	20 %	0 %	60 %	20 %	241114250
108	NC_012849	GCGTC	2	10	145936	145945	0 %	20 %	40 %	40 %	241114251
109	NC_012849	AGGCG	2	10	146377	146386	20 %	0 %	60 %	20 %	241114252
110	NC_012849	GTTTG	2	10	147225	147234	0 %	60 %	40 %	0 %	241114254
111	NC_012849	CGCTC	2	10	147712	147721	0 %	20 %	20 %	60 %	241114255
112	NC_012849	CGCGG	2	10	149422	149431	0 %	0 %	60 %	40 %	241114256
113	NC_012849	GCGCC	2	10	149644	149653	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
114	NC_012849	TTTCA	2	10	150963	150972	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_012849	AGGGC	2	10	152407	152416	20 %	0 %	60 %	20 %	241114259
116	NC_012849	AACGC	2	10	152788	152797	40 %	0 %	20 %	40 %	241114259
117	NC_012849	TGAAG	2	10	152830	152839	40 %	20 %	40 %	0 %	241114259
118	NC_012849	CTCGG	2	10	155096	155105	0 %	20 %	40 %	40 %	241114264
119	NC_012849	GGTCG	2	10	155180	155189	0 %	20 %	60 %	20 %	241114264
120	NC_012849	TTGTC	2	10	155617	155626	0 %	60 %	20 %	20 %	241114264
121	NC_012849	GCCGA	2	10	155957	155966	20 %	0 %	40 %	40 %	241114266
122	NC_012849	GACGA	2	10	156126	156135	40 %	0 %	40 %	20 %	241114266
123	NC_012849	GTGCG	2	10	156380	156389	0 %	20 %	60 %	20 %	241114267
124	NC_012849	ATCTC	2	10	157728	157737	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_012849	TTTTC	2	10	159966	159975	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_012849	GCCGG	2	10	160858	160867	0 %	0 %	60 %	40 %	241114271
127	NC_012849	GGATG	2	10	162117	162126	20 %	20 %	60 %	0 %	241114273
128	NC_012849	GCCAA	2	10	166383	166392	40 %	0 %	20 %	40 %	241114275
129	NC_012849	CGCTG	2	10	166440	166449	0 %	20 %	40 %	40 %	241114275
130	NC_012849	GCGCC	2	10	166806	166815	0 %	0 %	40 %	60 %	241114275
131	NC_012849	GTCTT	2	10	170747	170756	0 %	60 %	20 %	20 %	241114277
132	NC_012849	CAGCG	2	10	172411	172420	20 %	0 %	40 %	40 %	241114279
133	NC_012849	CTGGA	2	10	172822	172831	20 %	20 %	40 %	20 %	241114279
134	NC_012849	CAGGC	2	10	173816	173825	20 %	0 %	40 %	40 %	241114279
135	NC_012849	CCGCT	2	10	175913	175922	0 %	20 %	20 %	60 %	241114282
136	NC_012849	ACCGG	2	10	177077	177086	20 %	0 %	40 %	40 %	241114282
137	NC_012849	AGGAC	2	10	178101	178110	40 %	0 %	40 %	20 %	241114283
138	NC_012849	TGCCA	2	10	178111	178120	20 %	20 %	20 %	40 %	241114283
139	NC_012849	CGCTG	2	10	178999	179008	0 %	20 %	40 %	40 %	241114283
140	NC_012849	GGTTC	2	10	179599	179608	0 %	40 %	40 %	20 %	241114283
141	NC_012849	GCTGG	2	10	181985	181994	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
142	NC_012849	GTTCT	2	10	183222	183231	0 %	60 %	20 %	20 %	241114288
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145	NC_012849	CGACG	2	10	187899	187908	20 %	0 %	40 %	40 %	241114293
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147	NC_012849	CAGGT	2	10	189425	189434	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
148	NC_012849	AAGCA	2	10	190874	190883	60 %	0 %	20 %	20 %	241114296
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151	NC_012849	CGGCA	2	10	193739	193748	20 %	0 %	40 %	40 %	241114298
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158	NC_012849	GCACA	2	10	211850	211859	40 %	0 %	20 %	40 %	241114316
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172	NC_012849	GCCAA	2	10	223842	223851	40 %	0 %	20 %	40 %	241114327
173	NC_012849	CGCTG	2	10	226238	226247	0 %	20 %	40 %	40 %	241114329
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176	NC_012849	GACAA	2	10	229808	229817	60 %	0 %	20 %	20 %	241114332
177	NC_012849	GCTTG	2	10	230163	230172	0 %	40 %	40 %	20 %	241114332
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179	NC_012849	TTTTC	2	10	232328	232337	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
180	NC_012849	GCCGC	2	10	232414	232423	0 %	0 %	40 %	60 %	241114335
181	NC_012849	GCCAC	2	10	232860	232869	20 %	0 %	20 %	60 %	241114335
182	NC_012849	CGGTG	2	10	234285	234294	0 %	20 %	60 %	20 %	241114338
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187	NC_012849	CAGCG	2	10	241291	241300	20 %	0 %	40 %	40 %	241114345
188	NC_012849	TGGAT	2	10	241703	241712	20 %	40 %	40 %	0 %	241114345
189	NC_012849	CGCAG	2	10	242019	242028	20 %	0 %	40 %	40 %	241114345
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196	NC_012849	CATTC	2	10	254427	254436	20 %	40 %	0 %	40 %	241114354
197	NC_012849	GATGC	2	10	254571	254580	20 %	20 %	40 %	20 %	241114354
198	NC_012849	ATGGC	2	10	255817	255826	20 %	20 %	40 %	20 %	241114357
199	NC_012849	TGCCG	2	10	255918	255927	0 %	20 %	40 %	40 %	241114357
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202	NC_012849	CAGAC	2	10	259187	259196	40 %	0 %	20 %	40 %	241114360
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205	NC_012849	TGGCG	2	10	265535	265544	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
206	NC_012849	AGTCA	2	10	266689	266698	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
207	NC_012849	GGTCC	2	10	268043	268052	0 %	20 %	40 %	40 %	241114370
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209	NC_012849	GCACG	2	10	272723	272732	20 %	0 %	40 %	40 %	241114376

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.