MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium animalis subsp. lactis DSM 10140 chromosome

Total Repeats: 285

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012815	TCTGT	2	10	21384	21393	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_012815	GCCGT	2	10	26067	26076	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_012815	AGAGA	2	10	28163	28172	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_012815	CGGTT	2	10	28212	28221	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_012815	GAAGA	2	10	31023	31032	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012815	TTCAC	2	10	31435	31444	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_012815	TGAGT	2	10	34473	34482	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012815	AAATC	2	10	36007	36016	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_012815	TGCTG	2	10	41065	41074	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_012815	GGAAG	2	10	45923	45932	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012815	GGGAA	2	10	64393	64402	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012815	TTGTA	2	10	77130	77139	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012815	CGGCT	2	10	87776	87785	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_012815	GAGAA	2	10	89865	89874	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012815	ATACA	2	10	91486	91495	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_012815	CGCCC	2	10	107436	107445	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
17	NC_012815	AGGAA	2	10	108699	108708	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012815	TGTTT	2	10	111453	111462	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_012815	GCAAA	2	10	111881	111890	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_012815	GTGCG	2	10	118988	118997	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_012815	AGGTG	2	10	125712	125721	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_012815	TGGGT	2	10	134515	134524	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012815	TGAGG	2	10	138045	138054	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012815	TCTCA	2	10	144025	144034	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
25	NC_012815	ATCTC	2	10	146938	146947	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_012815	CTCGC	2	10	147203	147212	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_012815	AACAG	2	10	147357	147366	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_012815	ATGAG	2	10	151762	151771	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012815	TCCCG	2	10	160046	160055	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_012815	GCGAA	2	10	163883	163892	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_012815	AGTGT	2	10	164380	164389	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012815	CGGCG	2	10	166541	166550	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
33	NC_012815	GTGCG	2	10	167678	167687	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_012815	GGAGG	2	10	171908	171917	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012815	CTCAT	2	10	177635	177644	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_012815	TGAGG	2	10	180061	180070	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012815	GCACC	2	10	181805	181814	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_012815	AGCCG	2	10	199086	199095	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_012815	GCGCC	2	10	200562	200571	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
40	NC_012815	GAAGT	2	10	200608	200617	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_012815	ACGAG	2	10	209788	209797	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_012815	GTGAG	2	10	216468	216477	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012815	ATGCA	2	10	221623	221632	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_012815	CAGCA	2	10	229274	229283	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_012815	CAATA	2	10	249301	249310	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_012815	TGCGT	2	10	251878	251887	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_012815	GCGCG	2	10	252253	252262	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
48	NC_012815	CGTTG	2	10	254343	254352	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_012815	GTTGG	2	10	258541	258550	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_012815	TGCCG	2	10	259966	259975	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_012815	GGCTG	2	10	268918	268927	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_012815	AGTGT	2	10	275071	275080	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012815	CGGGG	2	10	276967	276976	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
54	NC_012815	TGTAG	2	10	279281	279290	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_012815	AGGAG	2	10	291599	291608	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_012815	CGTTC	2	10	297797	297806	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_012815	AGCGT	2	10	302586	302595	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_012815	AGAGA	2	10	337237	337246	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012815	ATGAG	2	10	348925	348934	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012815	CTGGG	2	10	348951	348960	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
61	NC_012815	AGTGT	2	10	368207	368216	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012815	ACGGC	2	10	410989	410998	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_012815	TTCGC	2	10	419258	419267	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_012815	GGCGG	2	10	419362	419371	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
65	NC_012815	CCCGC	2	10	419420	419429	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
66	NC_012815	TGGGG	2	10	420759	420768	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012815	CTGTC	2	10	431146	431155	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_012815	ATTCG	2	10	453175	453184	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012815	AGCAA	2	10	480199	480208	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_012815	CGTTG	2	10	497043	497052	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_012815	ACACG	2	10	498555	498564	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_012815	CGAAT	2	10	498871	498880	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_012815	GGAAG	2	10	527084	527093	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012815	CCGCG	2	10	534456	534465	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
75	NC_012815	GACCC	2	10	536144	536153	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_012815	GCAAT	2	10	544056	544065	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_012815	TCGTC	2	10	544620	544629	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_012815	TCGAT	2	10	545538	545547	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_012815	GAGAG	2	10	546356	546365	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012815	AAGAG	2	10	549655	549664	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012815	AGGGA	2	10	552187	552196	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012815	ATCGG	2	10	564476	564485	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_012815	GATGC	2	10	572888	572897	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_012815	CATGC	2	10	596642	596651	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_012815	CCGCA	2	10	602639	602648	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_012815	CTTTC	2	10	606072	606081	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_012815	CCGAA	2	10	606282	606291	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_012815	GGCTG	2	10	610665	610674	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
89	NC_012815	ATGAC	2	10	614454	614463	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_012815	AGCGT	2	10	630604	630613	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_012815	CGGGG	2	10	642832	642841	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
92	NC_012815	ATGGC	2	10	646715	646724	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_012815	CTGCA	2	10	653752	653761	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_012815	AAATG	2	10	655383	655392	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012815	GGAGT	2	10	655588	655597	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
96	NC_012815	GCCAT	2	10	657333	657342	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_012815	AATGG	2	10	666754	666763	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012815	GGCAA	2	10	673818	673827	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_012815	TTTCG	2	10	675850	675859	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_012815	ATTGG	2	10	680106	680115	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012815	TGGCA	2	10	680835	680844	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_012815	GGGAC	2	10	686714	686723	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
103	NC_012815	ACATG	2	10	711918	711927	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_012815	TCAAC	2	10	711935	711944	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_012815	CAAAT	2	10	712336	712345	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_012815	CCAAC	2	10	722062	722071	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
107	NC_012815	TGGGC	2	10	724740	724749	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
108	NC_012815	CAGAG	2	10	726305	726314	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_012815	CGAGG	2	10	726362	726371	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
110	NC_012815	CACAA	2	10	730027	730036	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_012815	TGCAC	2	10	733062	733071	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_012815	TGGAA	2	10	752707	752716	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_012815	CTGTT	2	10	769001	769010	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_012815	TGCGT	2	10	770916	770925	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_012815	GTTCC	2	10	773039	773048	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_012815	CATTG	2	10	786179	786188	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_012815	TCCCC	2	10	787722	787731	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
118	NC_012815	GCATC	2	10	789177	789186	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_012815	GGCGG	2	10	789222	789231	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
120	NC_012815	ACGGG	2	10	809002	809011	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
121	NC_012815	CCCGT	2	10	809061	809070	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
122	NC_012815	AGTGG	2	10	813131	813140	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012815	TGGTC	2	10	833530	833539	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_012815	GTTGG	2	10	833624	833633	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
125	NC_012815	TCGCA	2	10	838676	838685	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_012815	GATTC	2	10	867707	867716	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_012815	CATGG	2	10	881453	881462	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_012815	AACAC	2	10	892335	892344	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_012815	CTAAA	2	10	894878	894887	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_012815	TCACA	2	10	924174	924183	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_012815	TGTCA	2	10	930006	930015	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_012815	TTTTC	2	10	935542	935551	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_012815	GTTCA	2	10	956522	956531	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_012815	CGTGT	2	10	957514	957523	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_012815	TCCCC	2	10	967509	967518	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
136	NC_012815	TTGCC	2	10	975039	975048	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_012815	GAGTG	2	10	998578	998587	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
138	NC_012815	CATTT	2	10	1001519	1001528	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_012815	GAAGC	2	10	1002658	1002667	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_012815	ATGCA	2	10	1003039	1003048	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_012815	CTTCG	2	10	1022182	1022191	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_012815	TCTTT	2	10	1032190	1032199	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_012815	GAGCT	2	10	1041136	1041145	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_012815	ACACG	2	10	1047201	1047210	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
145	NC_012815	TCCTT	2	10	1051794	1051803	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_012815	CCTAA	2	10	1056717	1056726	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
147	NC_012815	TATGC	2	10	1083468	1083477	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_012815	TGGTT	2	10	1090580	1090589	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
149	NC_012815	ATTGG	2	10	1090696	1090705	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_012815	CCCCA	2	10	1198041	1198050	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
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165	NC_012815	GGCTA	2	10	1204828	1204837	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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282	NC_012815	CCGAG	2	10	1916467	1916476	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
283	NC_012815	CCCAC	2	10	1934393	1934402	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
284	NC_012815	CGCAC	2	10	1935624	1935633	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
285	NC_012815	CACCG	2	10	1935680	1935689	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.