MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Variovorax paradoxus S110 chromosome 2

Total Repeats: 416

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012792	GCCC	2	8	13739	13746	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2	NC_012792	CTGC	2	8	22117	22124	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_012792	TTCC	2	8	22234	22241	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_012792	GGCC	2	8	33208	33215	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
5	NC_012792	ACGT	2	8	55194	55201	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_012792	AACG	2	8	58351	58358	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_012792	AACG	2	8	58384	58391	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_012792	GGGC	2	8	63235	63242	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
9	NC_012792	GACG	2	8	66077	66084	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_012792	AGTG	2	8	66099	66106	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012792	TTTG	2	8	66137	66144	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012792	TGAG	2	8	83681	83688	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012792	GTGG	2	8	85957	85964	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012792	GACA	2	8	86048	86055	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_012792	ACCC	2	8	88346	88353	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
16	NC_012792	ATGT	2	8	94942	94949	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012792	TAAA	2	8	94955	94962	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012792	CGCT	2	8	97083	97090	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_012792	CTGC	2	8	97148	97155	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
20	NC_012792	TCCC	2	8	99125	99132	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
21	NC_012792	CCGG	3	12	99282	99293	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_012792	GCCG	2	8	111865	111872	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_012792	TCGT	2	8	111880	111887	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_012792	AACA	2	8	115121	115128	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_012792	GACC	2	8	117381	117388	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
26	NC_012792	ATTG	2	8	119827	119834	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012792	TGCC	2	8	119845	119852	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
28	NC_012792	GCAG	2	8	119855	119862	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_012792	CGTG	2	8	123353	123360	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_012792	GCCG	2	8	128192	128199	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_012792	GCCT	2	8	133271	133278	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_012792	CATC	2	8	135611	135618	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_012792	TGCA	2	8	137230	137237	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_012792	AGTG	2	8	138135	138142	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_012792	CCAA	2	8	139273	139280	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_012792	CCCT	2	8	147674	147681	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
37	NC_012792	CACC	2	8	148856	148863	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
38	NC_012792	CATC	2	8	151961	151968	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_012792	GGTT	2	8	161415	161422	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_012792	GATC	2	8	164327	164334	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_012792	TCAT	2	8	164760	164767	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_012792	CTCG	2	8	164860	164867	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_012792	CGCC	2	8	166519	166526	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
44	NC_012792	AGAA	2	8	169188	169195	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_012792	TTTC	2	8	175080	175087	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_012792	CAAC	2	8	182928	182935	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_012792	CGGC	2	8	185316	185323	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
48	NC_012792	CTCG	2	8	186120	186127	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_012792	TTGC	2	8	186132	186139	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_012792	GTAA	2	8	186192	186199	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012792	CAAG	2	8	189728	189735	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_012792	ATCG	2	8	193667	193674	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_012792	GGCA	2	8	194991	194998	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_012792	GCTT	2	8	197845	197852	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_012792	CGAG	2	8	208707	208714	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_012792	CCTT	2	8	211099	211106	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_012792	ATTT	2	8	211220	211227	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012792	GCCC	2	8	213872	213879	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
59	NC_012792	GGCC	2	8	233437	233444	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
60	NC_012792	ACGC	2	8	234371	234378	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_012792	TCGG	2	8	241385	241392	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_012792	GATG	2	8	242617	242624	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012792	AACG	2	8	262724	262731	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_012792	TAAT	2	8	263700	263707	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_012792	TTCC	2	8	263803	263810	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_012792	CCGC	2	8	274049	274056	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
67	NC_012792	GATG	2	8	274136	274143	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_012792	GATC	2	8	276680	276687	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_012792	TGCG	2	8	278576	278583	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_012792	GCCG	3	12	282695	282706	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_012792	GGCC	2	8	283635	283642	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_012792	GCCC	2	8	295176	295183	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
73	NC_012792	CCTT	2	8	298490	298497	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_012792	CCTG	2	8	303527	303534	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_012792	ATCG	2	8	303566	303573	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_012792	AAGA	4	16	303588	303603	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012792	TTTC	2	8	304819	304826	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_012792	GGTC	2	8	310344	310351	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_012792	ATTT	2	8	325026	325033	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012792	GCGG	2	8	325136	325143	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
81	NC_012792	GAAT	2	8	325918	325925	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012792	CGAC	2	8	330128	330135	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_012792	ATGG	2	8	332060	332067	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012792	GAAG	2	8	334943	334950	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012792	CATC	2	8	337229	337236	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_012792	GCAC	2	8	337533	337540	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
87	NC_012792	GTTT	2	8	339721	339728	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_012792	GCCG	2	8	341509	341516	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_012792	AATG	2	8	350657	350664	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012792	GCCA	2	8	352141	352148	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_012792	CCAC	3	12	363701	363712	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
92	NC_012792	GCGG	2	8	367174	367181	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
93	NC_012792	GCCG	2	8	367199	367206	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
94	NC_012792	TCCT	2	8	368369	368376	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_012792	CGGG	2	8	370202	370209	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
96	NC_012792	ATGA	2	8	395367	395374	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_012792	GGCA	2	8	395497	395504	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_012792	GATC	2	8	395702	395709	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
99	NC_012792	ACCA	2	8	395962	395969	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_012792	ATGC	2	8	396943	396950	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_012792	TTTA	2	8	396987	396994	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012792	CTAC	2	8	397595	397602	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_012792	GCCG	2	8	398026	398033	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
104	NC_012792	GGTT	2	8	398954	398961	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_012792	AGAA	2	8	398971	398978	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_012792	ATGC	2	8	402288	402295	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_012792	CGGC	2	8	402641	402648	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_012792	TAGA	2	8	402793	402800	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_012792	GCAT	2	8	402828	402835	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_012792	TCCT	2	8	404741	404748	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_012792	GCGG	2	8	410470	410477	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
112	NC_012792	CGGC	2	8	418998	419005	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
113	NC_012792	GACA	2	8	419035	419042	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_012792	AGCA	2	8	419898	419905	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_012792	CGAA	2	8	421141	421148	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_012792	ATAG	2	8	421490	421497	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012792	CTGT	2	8	432778	432785	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_012792	ATGC	2	8	439236	439243	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_012792	TCGT	2	8	439409	439416	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_012792	AGCA	2	8	442320	442327	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_012792	GCGG	2	8	451753	451760	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
122	NC_012792	GCAG	2	8	452780	452787	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
123	NC_012792	CGGC	2	8	452922	452929	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
124	NC_012792	CTTC	2	8	454978	454985	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_012792	GGCG	2	8	455582	455589	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
126	NC_012792	GGGT	2	8	457445	457452	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
127	NC_012792	GGAT	2	8	458512	458519	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_012792	CATC	2	8	473338	473345	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_012792	TGGG	2	8	488497	488504	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
130	NC_012792	TCAT	2	8	490153	490160	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_012792	ACGC	2	8	494611	494618	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
132	NC_012792	AACA	2	8	494619	494626	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_012792	ATCG	2	8	505730	505737	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_012792	CGGC	2	8	510571	510578	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_012792	GATC	2	8	515783	515790	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_012792	GCAA	2	8	518782	518789	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_012792	GCAC	2	8	523433	523440	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
138	NC_012792	CCTG	2	8	530755	530762	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_012792	TGCG	2	8	532043	532050	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_012792	GGTC	2	8	533166	533173	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_012792	TCGA	2	8	534855	534862	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_012792	ATCG	2	8	535005	535012	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_012792	CCTT	2	8	535993	536000	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_012792	GAAA	2	8	536488	536495	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_012792	CTTC	2	8	536886	536893	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_012792	GCCA	2	8	537041	537048	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
147	NC_012792	GATA	2	8	538143	538150	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_012792	AAAG	2	8	538201	538208	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_012792	CGAG	2	8	538386	538393	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
150	NC_012792	CCAT	2	8	538492	538499	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_012792	CGAT	2	8	538612	538619	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
152	NC_012792	CCGG	2	8	538705	538712	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
153	NC_012792	TGCG	2	8	538720	538727	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
154	NC_012792	CCGC	2	8	538744	538751	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
155	NC_012792	TGCC	2	8	539748	539755	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
156	NC_012792	CGAC	2	8	539807	539814	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
157	NC_012792	GGAC	2	8	542803	542810	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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160	NC_012792	GCTC	2	8	560580	560587	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
161	NC_012792	CCGA	2	8	564886	564893	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
162	NC_012792	CGCA	2	8	577045	577052	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
163	NC_012792	GTCG	2	8	577428	577435	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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165	NC_012792	CTAT	2	8	577606	577613	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
166	NC_012792	GATG	2	8	580711	580718	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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168	NC_012792	CTCC	2	8	585835	585842	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
169	NC_012792	GGAT	2	8	587719	587726	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
170	NC_012792	GGCC	2	8	587804	587811	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
171	NC_012792	GCCG	2	8	587825	587832	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
172	NC_012792	CCCG	2	8	587835	587842	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
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177	NC_012792	TTCC	2	8	608918	608925	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
178	NC_012792	TGGG	2	8	611295	611302	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
179	NC_012792	GGAC	2	8	611469	611476	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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184	NC_012792	TGCC	2	8	617017	617024	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
185	NC_012792	CGTA	2	8	617100	617107	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
186	NC_012792	CCTG	2	8	617134	617141	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
187	NC_012792	CTGG	2	8	618139	618146	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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190	NC_012792	GCCG	2	8	618905	618912	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
191	NC_012792	CCGG	2	8	619091	619098	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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221	NC_012792	CGTG	2	8	663892	663899	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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247	NC_012792	CAGC	2	8	719297	719304	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
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257	NC_012792	GAGC	2	8	721719	721726	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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261	NC_012792	GACG	2	8	725676	725683	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
262	NC_012792	GACC	2	8	725687	725694	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
263	NC_012792	ATGC	2	8	726298	726305	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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270	NC_012792	CTTC	2	8	746584	746591	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
271	NC_012792	TGGG	2	8	748192	748199	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
272	NC_012792	GCTG	2	8	748333	748340	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
273	NC_012792	CATC	2	8	748457	748464	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
274	NC_012792	TGCG	2	8	750377	750384	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
275	NC_012792	AATG	2	8	758573	758580	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
276	NC_012792	GCCC	2	8	758653	758660	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
277	NC_012792	GCAG	2	8	764402	764409	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.