MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Variovorax paradoxus S110 chromosome 1

Total Repeats: 196

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012791	CCTTCC	2	12	82831	82842	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_012791	CTCCCT	2	12	86953	86964	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_012791	GGCGCA	2	12	96986	96997	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_012791	CCTTCC	2	12	183786	183797	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_012791	CTGTTG	2	12	199361	199372	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_012791	GAACAA	2	12	234188	234199	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_012791	CTCCCT	2	12	285709	285720	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_012791	CTCCCT	2	12	308232	308243	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_012791	GGAAGG	2	12	368571	368582	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012791	CATTAC	2	12	383318	383329	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_012791	CGGCCA	2	12	417959	417970	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
12	NC_012791	TTGCCC	2	12	422338	422349	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_012791	CCCGGG	2	12	434607	434618	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_012791	AGGGCG	2	12	440343	440354	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_012791	GTCCCG	2	12	454065	454076	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_012791	GCGGCA	2	12	483100	483111	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_012791	CGGCCG	2	12	536241	536252	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
18	NC_012791	ACGGAA	2	12	564559	564570	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_012791	CGACAC	2	12	626076	626087	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
20	NC_012791	GCTGGC	2	12	626145	626156	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_012791	CCTGGC	2	12	628292	628303	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
22	NC_012791	TTTCTC	2	12	663074	663085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_012791	GGGAAA	2	12	689208	689219	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012791	GGGTCG	2	12	708699	708710	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_012791	CACGGA	2	12	722843	722854	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_012791	GGCAGG	2	12	739274	739285	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_012791	GGCCAA	2	12	739615	739626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_012791	ATCAAA	2	12	747543	747554	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_012791	GTCAAG	2	12	772351	772362	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_012791	GCCGCG	2	12	797133	797144	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_012791	TTCGCT	2	12	798317	798328	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_012791	CATGTG	2	12	800676	800687	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_012791	AAAAGG	2	12	803835	803846	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012791	GGGCAG	2	12	805468	805479	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_012791	CTGGCC	2	12	903989	904000	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
36	NC_012791	TGTATC	2	12	912821	912832	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_012791	GCCGGT	2	12	932632	932643	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_012791	CAGGGC	2	12	934628	934639	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_012791	CGAGCG	2	12	965869	965880	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_012791	CGGAAG	2	12	1094908	1094919	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_012791	GCGGCT	2	12	1105650	1105661	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_012791	GGAAGG	2	12	1148877	1148888	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_012791	CCGGCG	2	12	1288110	1288121	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_012791	CCTTCC	2	12	1341019	1341030	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_012791	CGCCAG	2	12	1373279	1373290	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
46	NC_012791	CTCCCT	2	12	1381053	1381064	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_012791	AGGGGG	2	12	1411770	1411781	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012791	GCAAAT	2	12	1430536	1430547	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_012791	TGCCGT	2	12	1464244	1464255	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_012791	TGCGCT	2	12	1519771	1519782	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_012791	GCCGAA	2	12	1591487	1591498	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_012791	GGTGCG	2	12	1623704	1623715	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_012791	GAGGAT	2	12	1651890	1651901	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_012791	ACGGGC	2	12	1703314	1703325	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_012791	CGGGCC	2	12	1710779	1710790	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_012791	GCGGCT	2	12	1752757	1752768	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_012791	CAGGAA	2	12	1777179	1777190	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_012791	GGAAGG	2	12	1855579	1855590	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012791	ATTTGA	2	12	1876433	1876444	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_012791	GCTTCA	2	12	1922021	1922032	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_012791	AATGAT	2	12	1940053	1940064	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012791	CAACGA	2	12	1950473	1950484	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_012791	CCGCTG	2	12	1954144	1954155	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
64	NC_012791	CGCGCC	2	12	2011127	2011138	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_012791	CCCTCT	2	12	2044336	2044347	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_012791	TCGGCT	2	12	2051159	2051170	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_012791	CCGGAG	2	12	2058159	2058170	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_012791	CCGCAA	2	12	2122729	2122740	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_012791	TTGGTG	2	12	2134854	2134865	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_012791	GCTCGC	2	12	2136305	2136316	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_012791	GAACAA	2	12	2167784	2167795	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_012791	ACCGCA	2	12	2207440	2207451	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
73	NC_012791	CGCAGG	2	12	2228895	2228906	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_012791	GGTGCC	2	12	2233000	2233011	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_012791	GCCATC	2	12	2250788	2250799	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_012791	ACAGCC	2	12	2306456	2306467	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_012791	TGCCGC	2	12	2377843	2377854	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
78	NC_012791	CGCTGC	2	12	2385825	2385836	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
79	NC_012791	GCAGAT	4	24	2391755	2391778	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_012791	ATGACC	2	12	2394284	2394295	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_012791	GAACGC	2	12	2399263	2399274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_012791	GGGCTC	2	12	2400553	2400564	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_012791	TGCAAT	2	12	2404976	2404987	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_012791	GTTCGA	2	12	2552508	2552519	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_012791	AACCCA	2	12	2602316	2602327	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_012791	TGCGCT	2	12	2611500	2611511	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_012791	GCCAAG	2	12	2611900	2611911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_012791	GAAAAG	2	12	2734404	2734415	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012791	CATCGA	2	12	2736808	2736819	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_012791	GCTGCG	2	12	2740687	2740698	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_012791	GGGTGG	2	12	2800762	2800773	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_012791	CCTTCC	2	12	2803541	2803552	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_012791	CTCCCT	2	12	2822941	2822952	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_012791	TGGCGC	2	12	2826572	2826583	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_012791	GCGGGC	2	12	2843024	2843035	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_012791	CAGGGA	2	12	2844801	2844812	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_012791	GTGAAG	2	12	2854891	2854902	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_012791	CCAAAA	2	12	2914076	2914087	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_012791	ACGATG	2	12	2932532	2932543	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_012791	GGCGCC	2	12	2932827	2932838	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
101	NC_012791	ATCTGT	2	12	2934285	2934296	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_012791	GCAGGT	2	12	2948139	2948150	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_012791	AGCGTG	2	12	2948911	2948922	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_012791	GCAGCG	2	12	3019347	3019358	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_012791	CCTTCC	2	12	3038023	3038034	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_012791	GAACAA	2	12	3063755	3063766	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_012791	TCTCCC	2	12	3119188	3119199	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_012791	ATGCGG	2	12	3136644	3136655	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_012791	GGGATT	2	12	3152225	3152236	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_012791	TTCATT	2	12	3154909	3154920	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_012791	CTGGAA	2	12	3189671	3189682	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_012791	CCTTCC	2	12	3304641	3304652	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_012791	CCGCGC	2	12	3310811	3310822	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_012791	TGGCGA	2	12	3341872	3341883	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_012791	AGATGG	2	12	3345351	3345362	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_012791	AAAGAC	2	12	3391290	3391301	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_012791	GCGGCC	2	12	3407921	3407932	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
118	NC_012791	TGAAAC	2	12	3421153	3421164	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_012791	GCGGAT	2	12	3517608	3517619	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_012791	TTTGTT	2	12	3573481	3573492	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_012791	GCCATC	2	12	3588482	3588493	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
122	NC_012791	TTTTTG	2	12	3713351	3713362	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_012791	GCTGCG	2	12	3741233	3741244	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_012791	TTGCTG	2	12	3818993	3819004	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_012791	GAGGGA	2	12	3865350	3865361	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012791	GCGCCC	2	12	3903648	3903659	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.