MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) plasmid pHD5AT

Total Repeats: 19

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012752	GTGCCA	2	12	4792	4803	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	238899349
2	NC_012752	GATCTG	2	12	4844	4855	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	238899349
3	NC_012752	AATACC	2	12	5258	5269	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	238899350
4	NC_012752	ACCCAT	2	12	6146	6157	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	238899350
5	NC_012752	GCGGTG	2	12	11274	11285	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	238899354
6	NC_012752	TGGCTT	2	12	20928	20939	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	238899359
7	NC_012752	TCACTG	2	12	22452	22463	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	238899360
8	NC_012752	GCCAAT	2	12	33738	33749	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	238899372
9	NC_012752	ATTTTT	2	12	34714	34725	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238899374
10	NC_012752	TCCCTG	2	12	39133	39144	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	238899379
11	NC_012752	TTTATT	2	12	44636	44647	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	238899384
12	NC_012752	CCTTTT	2	12	46503	46514	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	238899387
13	NC_012752	CGTGGC	2	12	47096	47107	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	238899387
14	NC_012752	AAACGC	2	12	50712	50723	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	238899391
15	NC_012752	ATAAAA	2	12	51697	51708	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	238899392
16	NC_012752	GATTTT	2	12	52424	52435	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	238899393
17	NC_012752	GGTGAT	2	12	52914	52925	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	238899395
18	NC_012752	GAGAGC	2	12	55111	55122	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	238899396
19	NC_012752	AGCTAA	2	12	56914	56925	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	238899399

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.