MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) plasmid pHD5AT

Total Repeats: 49

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012752	TCGCT	2	10	1221	1230	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_012752	ATTAA	2	10	1343	1352	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012752	AGAGG	2	10	2517	2526	40 %	0 %	60 %	0 %	238899348
4	NC_012752	GAAAA	2	10	2576	2585	80 %	0 %	20 %	0 %	238899348
5	NC_012752	AGAAT	2	10	6651	6660	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012752	CACGG	2	10	8827	8836	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_012752	GATCG	2	10	8839	8848	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_012752	AGAAA	2	10	9980	9989	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012752	ATCTT	2	10	12099	12108	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_012752	TTTAT	2	10	12227	12236	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012752	ATTTT	2	10	13310	13319	20 %	80 %	0 %	0 %	238899356
12	NC_012752	TTTGT	2	10	13371	13380	0 %	80 %	20 %	0 %	238899356
13	NC_012752	CTGGC	2	10	14221	14230	0 %	20 %	40 %	40 %	238899356
14	NC_012752	AAGCG	2	10	14411	14420	40 %	0 %	40 %	20 %	238899356
15	NC_012752	ATAAG	2	10	15930	15939	60 %	20 %	20 %	0 %	238899358
16	NC_012752	ACAGG	2	10	16153	16162	40 %	0 %	40 %	20 %	238899358
17	NC_012752	AAGGT	2	10	16171	16180	40 %	20 %	40 %	0 %	238899358
18	NC_012752	ATAAA	2	10	16509	16518	80 %	20 %	0 %	0 %	238899358
19	NC_012752	CGTGC	2	10	17317	17326	0 %	20 %	40 %	40 %	238899359
20	NC_012752	GGCAA	2	10	18285	18294	40 %	0 %	40 %	20 %	238899359
21	NC_012752	TTACT	2	10	18622	18631	20 %	60 %	0 %	20 %	238899359
22	NC_012752	CGCGG	2	10	23643	23652	0 %	0 %	60 %	40 %	238899361
23	NC_012752	GGCAA	2	10	24129	24138	40 %	0 %	40 %	20 %	238899362
24	NC_012752	GTTGA	2	10	24750	24759	20 %	40 %	40 %	0 %	238899364
25	NC_012752	ATATA	2	10	25061	25070	60 %	40 %	0 %	0 %	238899364
26	NC_012752	CTGAG	2	10	26440	26449	20 %	20 %	40 %	20 %	238899365
27	NC_012752	ATGGG	2	10	29269	29278	20 %	20 %	60 %	0 %	238899367
28	NC_012752	ATCGG	2	10	30419	30428	20 %	20 %	40 %	20 %	238899368
29	NC_012752	ATGAG	2	10	34426	34435	40 %	20 %	40 %	0 %	238899373
30	NC_012752	TCCCT	2	10	36324	36333	0 %	40 %	0 %	60 %	238899375
31	NC_012752	GGGGC	2	10	37137	37146	0 %	0 %	80 %	20 %	238899376
32	NC_012752	TTGCT	2	10	39997	40006	0 %	60 %	20 %	20 %	238899379
33	NC_012752	TGTGA	2	10	40421	40430	20 %	40 %	40 %	0 %	238899379
34	NC_012752	GCGCT	2	10	40624	40633	0 %	20 %	40 %	40 %	238899379
35	NC_012752	ATCGG	2	10	41357	41366	20 %	20 %	40 %	20 %	238899379
36	NC_012752	CAGGA	2	10	41589	41598	40 %	0 %	40 %	20 %	238899380
37	NC_012752	GCCCT	2	10	42787	42796	0 %	20 %	20 %	60 %	238899381
38	NC_012752	TTTAT	2	10	43119	43128	20 %	80 %	0 %	0 %	238899382
39	NC_012752	GAGAC	2	10	43519	43528	40 %	0 %	40 %	20 %	238899382
40	NC_012752	ATCTC	2	10	43947	43956	20 %	40 %	0 %	40 %	238899383
41	NC_012752	TGTGA	2	10	45806	45815	20 %	40 %	40 %	0 %	238899386
42	NC_012752	CAAAG	2	10	47237	47246	60 %	0 %	20 %	20 %	238899387
43	NC_012752	CGGCA	2	10	50538	50547	20 %	0 %	40 %	40 %	238899390
44	NC_012752	TTTTC	2	10	51170	51179	0 %	80 %	0 %	20 %	238899392
45	NC_012752	CTTTG	2	10	52664	52673	0 %	60 %	20 %	20 %	238899394
46	NC_012752	TGCAC	2	10	54517	54526	20 %	20 %	20 %	40 %	238899395
47	NC_012752	TTATC	2	10	55995	56004	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_012752	GAAAT	2	10	56383	56392	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_012752	AATTT	2	10	56820	56829	40 %	60 %	0 %	0 %	238899398

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.